我们简要叙述各派假说的论据：最初，有认为它是鲸鱼、鲨鱼的，也有说是海豹、海龟的，但是这几种猜测，依照留下的3个证据都被一一否认了：鲸鱼的颈骨比怪兽短；鲨鱼的脂肪藏在肝脏里，而怪兽则在表层；最大的海豹长5～6米，最大的海龟长2米，这比10米长的怪兽要小得多，并且骨骼也不同。现在焦点是人们怀疑它是距今7000万年前便已绝灭了的蛇颈龙的子孙。其中一个主要的依据，是它有那样长的颈。围绕着它的长脖子，人们争论不休，许多学家欣喜地宣布：它是“活着的蛇颈龙”。日本横滨国立大学的鹿间时夫教授认为：“从照片上看，仅限于爬行类，然而可以考虑太古生息过的蛇颈龙，可以说是发现了名副其实的活着的化石。”日本国立科学博物馆古生物第三研究室小岛郁生也说：“从照片看来，似乎是蛇颈龙后裔。蛇颈龙有两种，一种是头小颈长，一种是头稍大颈短；这似乎是颈短的一种……”法国自然博物馆副馆长包雪女士以及一些新西兰生物学家等都同意这种说法。
的确，怪兽与蛇颈龙有着极其相似的地方。人们以怪兽骨骼图与蛇颈龙的化石骨骼做了比较，无论是整个骨架结构，或者局部的鳍、尾、颈，都与之相似。特别应该指出矢野的怪兽骨骼图是根据他的目测和推测画的，并不完全准确，但其结构与短颈蛇颈龙如此相像，不能不说这种蛇颈龙说是有一定根据的。蛇颈龙是生存于侏罗纪后期至白垩纪时期的一种海洋爬行动物，它的细脖子很长。与它外形相似的陆上蜥脚类恐龙，最初也有着细长脖子，但是发展到侏罗纪后期，这种细长颈的恐龙逐渐消亡，代之而起的是白垩纪早期的素食龙（如肿头龙、沧龙等），颈部都比较短了。蛇颈龙也向颈短的方向发展，如果是这样，日本发现的这头怪兽也可以说是更进化了一些吧？于是报上宣布：“这是本世纪的最大的发现！”
但是不久，对那一把唯一的物证——怪物须条，东京水产大学进行了蛋白质的分析，发现它的成分酷似鲨鱼的鳍须，于是报纸、新闻又转向鲨鱼说，一时间“巨鲨”“一种未见过的鲨鱼”的说法又充满了报纸。此时，英、美一些国家的生物学家也持此观点。英国伦敦自然史博物馆的奥韦恩·惠勒说：“这个猎获物大概是鲨鱼，以前在世界各海滨附近曾发现许多别的怪物，结果弄清楚后，都是死鲨鱼。鲨鱼是一类软骨鱼。它们没有硬骨架。当鲨鱼死后，尸体逐渐腐烂时，头部和鳃部先从躯体脱垂，这样就形成一个细长的‘颈’，末端像个小小的头。许多日本渔民，甚至更为内行的人都被类似蛇颈龙的形状所愚弄……”这种说法似乎很有道理，而且一时间许多持有蛇颈龙说法的人也都放弃了自己原来的主张。怪兽等于鲨鱼，仿佛已成定论。
但是，经过再次测试须条，又不能肯定它是鲨鱼了，加上一部分科学家坚持爬行类动物说，鲨鱼说又开始动摇。的确，根据科学家和日本记者的现场调查，提出了种种否定它是鲨鱼的根据：其一，鲨鱼的肉是白的，姥鲛的肉是粉红色的，而怪兽的肉则是赤红的。
其二，当“瑞弹丸”船员们把它捞上来时，现场没有一个人怀疑它是鲨鱼，为什么呢？记者调查了这个问题。原来鲨鱼没有排尿器，体内积蓄的尿是利用海水的浸透压力，从全身排出的；因此，鲨鱼的肉有一种尿特有的臭味，有经验的渔民都会闻出来。“瑞弹丸”的渔民们正是由于这一点而否定了它是鲨鱼。
其三，如果真是鲨鱼，那么具有软骨架的鲨鱼，在死了半年之后，是绝对不会被起重机吊起来的。因为尸体开始腐烂，软骨也开始腐烂，尸体的软骨架绝对经受不住大约两吨的自重。对此，许多鱼类学权威都认为这是否定鲨鱼说的一个重要论据。
其四，怪兽有较厚的脂肪层，包裹在全身的肌肉上，而鲨鱼只在肝脏里才有脂肪。
于是，从鲨鱼说又转回到爬行类动物说。证明怪兽可能是爬行类动物还有一个重要的论据，即怪兽的头部呈三角形，这是爬行类独具的特点，日本著名科学漫画家石森章太郎根据骨骼草图，画了一幅怪兽复原图，如果照此图来看，它可真像一个爬行类动物了。
1977年9月1日和19日，在日本东京召开了两次有关怪兽身份问题的学术讨论会，参加会议的人有鱼类、化石、鲸鱼、古生物学、比较解剖学、生物化学、血清等方面的专家共19人。他们研究了照片、草图和鳍须的组织切片，进行了认真的讨论，写出了9篇论文。综合两次座谈会的讨论意见，会议主持人、东京水产大学校长佐木忠义于同年12月15日下午向报界发表了日本学术界的研究结论：
（1）从怪兽鳍端须条的化学成分来看，得不出是鲨鱼的结论；
（2）从怪兽的两对腹鳍、长身体、长尾巴以及身体表面都是脂肪等特点来看，是和迄今已知的鱼类完全不同的一种动物；
（3）在分类学上，很可能是代表着全新的一种人类未认识的动物（海栖爬行类动物）。
现在，人们都盼望在南纬43°53′，东经173°48′曾经打捞上怪兽尸体的地方，有一天会再现怪兽的踪影。或许它正是人们所期待的史前爬行动物。
神秘的海妖
相比湖怪，也许海妖更神秘一些。因为不管怎么样，湖里的水可以抽干，海里的水恐怕就不容易了。下面谈的便是形形色色的海妖。布赖恩·牛顿在《怪物与人》一书中，对德国潜艇U28在1915年用鱼雷击沉英国汽船“伊比利亚”号进行了生动的描述。当“伊比利亚”下沉时，它在水中发生了巨大的爆炸。德国潜艇指挥官乔治·巩特尔·费黑尔·冯·福斯特纳和他的艇员惊异地看到，一个巨大的海怪被这爆炸抛向空中。这些德国的目击者说，它至少有18米长，而且看上去像一条巨大的鳄鱼，但它却长有4只带蹼的脚和一条尖尖的尾巴。
亚里士多德在《动物历史》一书中写到：“在利比亚，蛇都非常大。经过海岸的水手们说他们看到许多牲口的骨头，在他们看来，这些牲口是被蛇吃掉的。而且，在他们继续航行时，那些蛇过来攻击他们，它们爬上一条三层船上并将它倾覆。李维（公元前59年～公元17年）记述了一个巨大的海怪，它甚至扰乱了布匿战争期间无所畏惧的罗马军团。最后，它被罗马军团的重型导炮和投石器摧毁。”
《自然历史》的作者普林尼曾提到，有一支希腊部队按马其顿国王亚历山大的命令在进行探险，他们在波斯湾受到了许多有9米长的海蛇状怪异动物的攻击。
尽管这些海蛇状的怪物可能会是形状巨大、速度很快、非常强壮的怪物，但是与一位澳大利亚潜水员从南太平洋所报告的“怪物”相比，它们都显得无足轻重。那是1953年，这位澳大利亚潜水员使用当时最新型的设备，正进行一项破记录的潜水。有一条4.5米长的鲨鱼尾随着这位潜水员，当这条鲨鱼盘旋地向下游到他的上方时，它似乎很好奇，并没有攻击的意思。潜水员来到一处暗礁并停了下来。在暗礁下方有一巨大的深沟。这条深沟似乎是向下永远地通向未知的黑暗世界。他不打算再往下走了，只是站在暗礁上四处观察。鲨鱼距离他有9米，相对高出他6米。
突然海水变冷了，一个怪物从暗礁下面那巨大的黑洞中冒了出来。他形容说，它是一个平平的、褐色的东西，有一个球场那么大，深褐色，而且很慢地收缩。它从他和暗礁边漂浮上去，此时他一丝不动地站在那里。那条鲨鱼也没有动，或许是因为那怪物从深洞中带出的寒冷，或许是因为极度恐惧（如果鲨鱼的大脑能够体验到这种心情的话）。这位吓坏了的潜水员看到，那张活生生的大被单一样的怪物抓住了鲨鱼，这条鲨鱼无助地挣扎着，然后随着那怪物沉了下去。潜水员继续看着直到它消失在黑暗之中。渐渐地水温又恢复了，他也谢天谢地安全地返回到了水面。
那么，海怪会是什么样的呢？有没有一种全都包容的理论呢？或者，也许我们正在寻找几种适合不同目击情况的特定假设？这第一个和最可信的解释就是，我们正在注意到来自较早时代所幸存下的动物，或者我们正在注意到那些幸存下来的动物们的变异后代，它们沿着不同的演变过程进化而来。这个世界很大，它的湖泊和大洋很深，足以容纳下大量人类未曾见过的巨大的和神秘的怪物。未知领域并未完全消失，我们对大洋深处的了解不及我们对火星表面的了解。
更随意的推断也许会得出这样的可能性，即海怪不仅对我们这些陆地人是陌生的，而且对这个地球也是陌生的。体积这么大的东西需要更大的飞船，要比人类登月的飞船还要大。当然，体积的大小不会成为星际旅行的最终障碍。许多古代的人们都拜奉水神，以至于好思索的人文历史学家有时会怀疑，是否那些鬼怪似的半水生动物来自“其他的地方”，也许在海洋最深的隐蔽之处留下了他们的战马、宠物或他们的后代。
正如卑尔根市的主教埃里克·庞托比丹1755年在他的《挪威自然历史》一书中写到：“假设有这种可能，即海洋的水能被排出，而且会被某种特大事故排空，那么，令人难以置信的无数的和各种非同寻常而又令人惊讶的海怪就可能展现在我们的眼前，这些都是我们完全未知的事物！人们为海洋动物的存在而争吵，认为它们的存在是虚构的，而眼前的这番景观马上就会确定关于海洋动物的许多假设的真实性。”
许多人认为太平洋里的怪兽、尼斯湖怪兽等都是无稽之谈，根本不可能存在。他们认为生活在恐龙时代的生物根本不可能还会活到今天。但是奇迹的确发生了：一种生活在4亿年前远古时代的古老大鱼——矛尾鱼，真正的活化石，被人们捕捞上岸。这一惊人的发现证实了大海里确有古老生命的后裔存活着。