所谓自然哲学，在哲学意义上和自然科学意义上的含义可能不尽相同，哲学意义上的自然哲学，主要侧重于对宇宙自然的本原或本性问题的哲学解释，包括宇宙本体论和宇宙生成论；宇宙万物的发展变化及其规律；宇宙和人的关系等问题。儒家的自然哲学就是儒家学者对上述问题的哲学探究和解释，它以天人问题，道气（器）问题，常变动静问题切人和展开，表达了儒家的自然哲学观。
一、天人关系论
中国古代哲学家观察和反思自然的方式与西方哲学家不同，中国古代哲学家不是把自然作为独立于人的主体之外的纯粹客体去认识和把握．而是把自然作为主体的一部分或主体作为客体的一部分，主客相含，没有清晰的界限，这就导致了在自然哲学方面．没有纯粹的自然哲学，所谓的自然哲学都是与主体人密切相连，与人的道德属性和道德实践相连，这在儒家关于天人的思想中表现的最为典型。
天人关系问题是中国古代各派哲学共同关心的基本问题，在对天人的解释中，表现出各自的自然观。天在殷墟甲骨文卜辞中已经出现，其含义有天命、自然、天志、万物之祖、道、理、性、心等多种。在中国古代哲学中，可以归结为这样几层意思，“天”的含义大体上有四个：一是指与地相对的大空，《中庸》云：“今夫天，斯昭昭之多，及其无穷也，日月星辰系焉，万物覆焉。今夫地，一撮土之多，及其广厚，载华岳而不重，振河海而不泄，万物载焉。”二是指宗教性的主宰之天，包括人格化至上神和客观必然性双重含义。“天之将丧斯文也，后死者不得与于斯文也。天之未丧斯文也，匡人其如予何？”（《论语·子罕》）
三是指道德性的义理之天；“天者，理也”，“理则为仁义礼智”。此天是儒家哲学的形上本体，是儒家哲学体系构造的根据。四是与人相对的自然、天然意义和状态的天，即广义的自然。包括作为实体和属性的存在两个方，天作为实体的自然界为人的认识世界准备前提和条件，提供认识的对象和源泉；作为属性的存在则表现为自然的客观必然性，儒道均主张自然之天，只是道家之自然是指自然而然的属性，而儒家的自然是兼指属性与自然界。“人”的含义大体上有两个：一是指现实中的认知主体或实践主体，这是各派哲学基本认同的含义；二是指价值意义上的道德主体，主要是儒家哲学所主张的理想的道德人。这是分而言之，事实上，在中国古代哲学中，无论天还是人，作为概念范畴都是多义混合的，以此构成的哲学也就自然是自然哲学和社会政治哲学、人生哲学缠绕交织。
（一）自然与道德合一
这是儒家哲学中占据主流地位的天人观，这一天人观既承认天和人的自然属性，又承认天和人的道德属性，并趋向于天人在道德属性上达至合一。儒家哲学自其始祖孔子开始，论天就有自然之天和意志之天两重含义。孔子一方面认为天是自然而然的自然，有其自己的规律，不以人的意志为转移，“天何言哉？四时行焉，百物生焉，天何言哉？”
（《论语·阳货》）同时又认为，天是有意志的，天能赏善罚恶，主宰人间的吉凶祸福，如果“获罪于天，无所祷也”（《论语·八佾》）。“天生德于予，桓魋其如予何！”（《论语·述而》）“天之未丧斯文也，匡人其如予何？”（《论语·子罕》）把自己的生死罪罚都看作是天决定的。
可见孔子对自然之天和意志之天都是尊敬和顺从的。但这并不排除孔子对人的重视，在孔子看来天固然是人的生命之源、生存基础和生活背景，不过要想认识天，把握天之道，需要人的认识活动和实践活动参与其间，正如巍巍乎广大自然的天，只有待尧才具有了意义和价值。在孔子看来，人既具有“食色，性也”的自然属性，又具有“孝悌也者，其为人之本也”的道德属性，他把人的自然属性称为“质”，把道德属性称为“文”，理想的人就是“文质彬彬”的君子。
在《易传》中，孔子以天道、人道和地道关系来认识天人关系。
《系辞传》说：“《易》之为书也，广大悉备，有天道焉，有人道焉，有地道焉。兼三才而两之，故六。六者非它也，三才之道也。”因为“易与天地准，故能弥纶天地之道。”即包括天之道，地之道，也包括人之道。在这里孔子是把天看作和地一样的自然，把人看作是与天地相对的存在，三者的性质如《说卦传》所言：“立天之道日阴与阳，立地之道日柔与刚，立人之道日仁与义。”天道、地道、人道性质不同，天道为阴阳，地道为柔刚，人道为仁义，但都是“顺性命之理”，目的在于“明于天之道而察于民之故”。从中可以看出，《易传》对天人的看法包含三层意思：一是天人相分。天是自然的存在，而人既是自然的存在，又是社会性的存在，它们各有其自己的性质和规律；二是天乃人之摹本。人类社会中的圣人效法“天地变化”，“崇法天，卑法地”，“法象莫大乎天地，变通莫大乎四时”（《系辞传》），“圣人以通天下之志，以定天下之业，以断天下之疑”（《系辞传》）。《序卦传》详细描述为“有天地然后有万物，有万物然后有男女，有男女然后有夫妇，有夫妇然后有父子，有父子然后有君臣，有君臣然后有上下，有上下然后礼义有所错”，人类社会是效法天地而立的。三是人与天地参。天地人三才之中，只有人具有能动性，即“天地设位”，人能“观其会通”，“神以知来，智以藏往”（《系辞传》），所以“大人者，与天地合其德，与日月合其明，与四时合其序，与鬼神合其吉凶”（《文言传》）。人能与天地合其德，与日月合其明，与四时合其序，与鬼神合其吉凶，在于人“先天而天弗违，后天而奉天时”，依据天地之规律，参与天地的变化。
《中庸》不谈天人而谈天道和人道、天命和人性，并强调人能“参天地之化育”，对孔子的思想加以继承和发挥。《中庸》开篇即云：“天命之谓性，率性之谓道，修道之谓教。道也者，不可须臾离也，可离一II道也。”把人性看作是天所赋予的，天和天所赋予人的人性都依循一定的规则，这一规则就是“中庸之道”，因为中庸之道是天地间万物生育繁衍之本，也是人类社会和谐之本，是天道与人道的最佳平衡状态。
《中庸》谓之为：“中也者，天下之大本也；和也者，天下之达道也。
致中和，天地位焉，万物育焉。”《中庸》进一步认为天道和人道有着共同的属性——“诚”，“诚者，天之道也；诚之者，人之道也。”汉代郑玄对这句话的解释为：“诚者天之道也，诚之者人之道也：言诚者天性也；诚之者学而诚之者也。”（《礼记注》）张岱年先生按日：“‘诚者天之道’含有以诚为人的天性之意，但亦有以诚为‘天之所以为天’
的意义。”《中庸》本文释“诚”云：“故至诚无息，不息则久，久则徵，徵则悠远，悠远则博厚，博厚则高明。博厚所以载物也；高明所以覆物也；悠久所以成物也。……天地之道，可一言而尽也，其为物不贰则其生物不测。天地之道，博也，厚也，高也，明也，悠也久也。……
《诗》云：维天之命，于穆不已。盖日天之所以为天也。”诚即“不贰”，亦即“不已”。“不贰”即前后一贯；“不已”即永无间断。这一“诚”作为天之道是一以贯之、永恒运动的，作为“人之道”是“不勉而中，不思而得”的，即人的思想行动无不合道，即无不合理，是人的境界和追求。“诚”沟通天道和人道，使天人各得其所，各安其位，达到天人和谐的中和之境。
孟子自称继承孔子的思想，在天人关系上，更加强调天的主宰性和道德性，认为天是以道德法则来决定人世的生活。孟子引《尚书·泰誓》“天视自我民视，天听自我民听”，说明天通过人（民）的耳目来观察处理国家政事。“天子不能以天下与人”，而是“天与之”，只是“天不言，以行与事示之而已矣”（《孟子·万章上》）。天也是人的心性的来源，“心之官则思，思则得之，不思则不得。此天之所与我者”（《孟子·告子上》）。人的思维能力是天所赋予的，不仅如此，天还能通过一系列的行为磨练人的意志和心性，使其承担天降的大任，“天之将降大任于斯人也，必先苦其心志，劳其筋骨，饿其体肤，空乏其身，行弗乱其所为，所以动心忍性，增益其所不能”（《孟子·告子下》）。
天是无所不能而又“莫之为而为”的。孟子的天是主宰之天与道德之天的合一。天的法则根源于人心，天心与人心足相通的，天的道德属性包含在人性之中，孟子以“尽其心者，知其性也；知其性，则知天矣”（《孟子·尽心上》）的方式，将天道与人性合而为一，对天人关系作出了先验的道德解释，淡化了天的自然属性．模糊了天的本来面貌。
关于人，孟子基本上是从人的道德属性上讲的，但不排除人的自然生理性。在孟子看来人的肢体以及生理欲望是人的自然规定性．但不是绝对规定性，决定人之所以为人的绝对规定性是道德性，这种道德性与人的生理属性是一样的，仁义礼智四德就像人的四肢，孟子言谓：“恻隐之心，仁之端也；羞恶之心，义之端也；辞让之心，礼之端也；是非之心，智之端也。人之有是四端也，犹其有四体也。”（《孟子·公孙丑上》）并且“口之于味”、“耳之于声”、“日之于色”与“心之所同然者”也是相同的“理义”。所以人的自然属性和道德属性是同一的，人是自然人和道德人的统一体。
把孟子的天人观上升到哲学本体高度的是程朱理学。在二程的思想中，所谓“天”含有最高实体的意义，二程认为“天者，理也”（《程氏遗书·卷十一》）。这个“理”，也叫做“天理”、“道”，程颐认为道、理、性、天是同一的，“道与性一也。……性之自然者谓之天；自性之有形者谓之心；自性之有动者谓之情，凡此数者皆一也。”（《程氏遗书·卷二十五》）天既是自然之理。也是宇宙的最高实体，作为“天理”它是“莫之为而为，英之致而致”（《程氏遗书·卷第十八》）
的，既“不为尧存”，也“不为桀亡”，从本体论上说，“天下只有一个理”，此理“在天为命，在义为理，在人为性，主于身为心，其实一也”（《程氏遗书·卷第十八》）。理既是万事万物所根据的法则，是物质世界的“所以然”，也是人类社会的纲常伦理，“父子君臣，天下之定理”（《程氏遗书·卷五》）。程颢不赞成董仲舒的天人相与说，认为“只心便是天”，“大人本无二，不必言合”（《程氏遗书·卷六》）。程颢认为。天人合一内在的理论基础就是儒家一向倡导的“仁”，“仁者，浑然与物同体，义礼智信皆仁也。识得此理，以诚敬存之而已”（《程氏遗书·卷五》）。二程把天人合一描述为“仁”的道德境界，将天人合一建立在价值理性的基础之上，把天人之自然问题转化为道德问题。
朱熹继承二程的思想，更明确地提出了“理也者，形而上之道也，生物之本也。气也者，形而下之器也，生物之具也”（《答黄道夫》）。理是创造万物的本体，具体的万事万物都是理所决定的，“宇宙之间，一理而已。
天得之而为天，地得之而为地，而凡生于天地之间者，又各得之以为性。”
（《朱文公文集·卷十七》）万事万物各自所得之理，都分有最根本的整体的理——太极，即“总天地万物之理，便是太极”（《朱子语类·卷九十四》）。“太极只是个极好至善底道理，……是天地人物万善至好的表德”，“其中含具万理，而纲领之大者有四，故命之日仁义礼智”（《答陈器之》）。所以，朱熹的“理”一方面是指物理，即每一种具体事物的本质规定性；另一方面又是指伦理，即三纲五常等道德规范。在朱熹的“天理”观念中，既包含知识理性的意思，又包含价值理性的意思，但他把侧重点放在后者上，强调道德伦理的本体性和至上性，他的天人观也就成为道德本体论。
陆九渊与王阳明的心学看似与程朱的理学不同，但在天人观上，都可归为道德之天人观。王阳明“心即天，言心则天地万物皆举之矣”（《王阳明全集·答李明德》），“心即道，道即天，知心则知道知天”（《王阳明全集·传习录》），因为“心即理也。此心无私欲之蔽，即是天理，不须外面添一分。以此纯乎天理之心，发之事父便是孝，发之事君便是忠，发之交友治民，便是信与仁”（《王阳明全集·传习录》），“千变万化，至不可穷竭，而莫非发于吾之一心”（《王阳明全集·书诸阳卷》）。“心”是道德心，形上心，所以，陆王心学与程朱理学在天人观上一样，重在从道德价值角度考察天人，建立的是道德形上学的天人观。
（二）自然与道德相分