创业系统工程从层次上看，有宏观、中观、微观三个层次。
创业系统工程从宏观来看，就是人类二次创业工程。人类已经发生和正在发生两次创业。第一次创业，是由低层的经营活动向高层的经营活动转移，第二次创业是用高层的经营活动统驭低层的经营活动。二次创业，就是以知识产业为龙头，以对人类第一次创业的成果——传统产业——按生态原则重塑改造为途径，以人与环境的协同为基础，以人类可持续发展为目标，以人的全面发展为归宿。
如果说，建立国民创新体系是鼓励创新、保护创新的社会系统工程，那么建立国民创业体系也同样是鼓励创业、保护创业的社会系统工程。创业自由的前提是平等竞争，平等竞争的保障是法制环境，法制环境的基础是司法独立、民主选择、民主监督。如果司法为官商勾结提供保护伞，司法沦为黑社会、准黑社会搞不正当经营、不正当竞争的工具，将断绝平民百姓进行创业的任何可能。国家要用不亚于搞计划生育的资源和措施力度来建设国民创业体系、扶持创业工程；因为从资源再生与配置的角度来讲，创业工程与人口的关系，是源与流的关系——如果人人有事干、人人都能创造财富，人口还怕多吗？因此建设国民创业体系、扶持创业工程的长远意义决不亚于计划生育政策。
当全球性金融危机使经济发展的中心由外向转向国内时，用创业带就业，通过政治体制改革建构鼓励、扶持、保障创业的政治、法制、社会环境，迫在眉睫。国家要用不亚于搞计划生育的资源和措施力度来建设国民创业体系、扶持创业工程；因为从资源再生与配置的角度来讲，创业工程与人口的关系，是源与流的关系——如果人人有事干、人人都能创造财富，人口还怕多吗？因此建设国民创业体系、扶持创业工程的长远意义决不亚于计划生育政策。
创业系统工程从中观来看，就是民间的创业潮。创业潮：民营企业的一次创业、二次创业与国有企业的二次创业。当前创业潮的走向：一方面，扩大创业范围，主要通过扩大农村土地承包经营权、促使农村土地承包经营权流转，释放农村的创业潜力；另方面，提高创业层次，鼓励和扶持高科技创业，为此要尽快设立创业板，使高科技、高成长性企业能得到超速发展。
农业的创业潮，是人类二次创业的起点；高科技企业的创业潮，是人类二次创业的主导。创业潮是创业型企业与企业主体性形成的基础。中观的创业工程，是宏观的创业工程与微观的创业工程的中介，对宏观的创业工程与微观的创业工程起承上启下的作用。
创业系统工程从微观来看，就是建构创业工程的主体——创业型企业与企业主体性。
创业工程的主体是创业型企业与企业主体性。所谓主体性，就是系统的自组织“能力”，就是人作为系统的自我意识、自我设计、自我控制、自我发展、自我完善、自我实现的能力，就是企业作为系统通过自组织同外界进行物质能量信息交流从而进行生产和竞争的能力，就是个人和企业的创新-创造-创业能力，就是企业通过建立创业型组织优化企业资本结构提高公司价值的能力。主体性高低同自组织能力成正比，由系统的要素和结构两方面决定。一个人创新能力强，是主体性强的表现；一个人能白手起家，是主体性强的表现；一个企业能靠自身能力从无到有、从小到大，是主体性强的表现。而国有企业之所以没有主体性，就是由于它们缺乏自组织能力。但如果为了提高国企的主体性，而把其廉价拍卖甚至送人，造成国有资产流失，则同样是用他组织来代替自组织，因为主体改变了。提高企业主体性的基础是创业，提高国有企业主体性的基础是二次创业——在市场经济条件下重新创业。
非创业型企业是平面型企业，创业型企业是立体型企业。创业型企业就是不断改进自身的要素与结构、不断提升自组织能力的企业；就是以创新能力为主导、以产权明确为基础、以团队精神为核心、以制度健全为保证的主体素质全面提升的企业；就是以知识运营为主导、以资本运营为核心、以资产运营为纽带、以产品运营为归宿的创业型组织。创业型企业肯定是创新型企业，而创新型企业要成为创业型企业，还要有其他方面的配套措施。与非创业型企业只着眼于资本的扩展、生产的扩大、利润的增加不同，创业型企业首先着眼于自身综合素质的提高、企业整体功能的发挥、生产力与竞争力的增强，以取得可持续发展。
创业系统工程从程序上看，是创新→创造→创业→创业工程→国民创业工程的逻辑进展，是市场经济体系→知识经济时代以知识运营为主导的知识市场经济体系的历史进程，是国民创新体系→国民创业体系的整体延伸。知识经济的时代要求与人类二次创业的历史定位，决定了国民创新体系与国民创业体系的相互关系：国民创新体系是国民创业体系的主导，国民创业体系是国民创新体系的基础。没有国民创业体系，国民创新体系将成为无源之水，无本之木。我们不但要建设创新型国家，我们更要建设创业型国家。但没有国民创新体系，国民创业体系将落后于知识经济时代。在国民创业体系基本建设投资中，最大、最基本的基本建设投资，是基础科研的投资，其次是技术开发与技术转化的投资。因为只有基础理论的突破，才有新技术诞生；只有新技术的诞生并及时转化为现实的生产项目，才有新能源、新材料的产生，才有再生经济、可持续发展经济。而这些基础理论的突破、新技术开发、转化与运用，不仅仅是加大货币投入就能解决问题；更根本的，是科研人员的整体素质，积极性、主动性、创造性的发挥问题。这就牵涉到科研和教育体制问题。而目前官本位、行政化的学术体制、教育体制，极大地缩小了出原创成果的可能性。而要改变现有的科研、教育体制，必将牵一发而动全身；因为形成和支撑官本位、行政化的学术体制、教育体制的土壤，是官本位、官僚化的政治体制，并在官本位、官僚化的政治体制主导下形成官本位、行政化的社会体制与人的普遍的行为方式。官本位、官僚化的政治体制与国民创业体系之间是一个悖境。因此，要改革学术、教育体制，首先要改革政治体制。如果说，国民创业体系的建设依赖于国民创新体系的建成，那么国民创新体系的建成有待于政治体制的完善。政治体制改革，是国民创新体系与国民创业体系建设的主导。
创业工程，使效率与公平、政府调控与经济自由、增加就业与货币稳定、消费扩张与生产发展等许多似乎对立的东西建立起对称关系，使之相辅相成；建设国民创新体系与国民创业体系，可以使宏观经济与微观经济相对称、公平与效率相一致的再生型与福利型国民经济系统水到渠成、瓜熟蒂落。中国改革开放发展的系统工程就是建设对称的国民创新体系与国民创业体系。