战争是被称为“死亡贩子”的杜邦家族发财的好机会。小战小发，大战大发。1939年，规模空前的第二次世界大战爆发，机会又来了。1940年，杜邦公司向英国和德国提出了一个无烟火药工厂的预算，6月4日轴心国批准了这笔预算，并签订了一项合同，同意资助全部工程。7月，罗斯福政府向杜邦公司订购了价值2000万美元的无烟火药。为了生产这批火药，杜邦公司被授权以2500万美元建造并管理一家新厂，其产量将达到全国火药总产量的3倍。杜邦公司第8任总裁拉摩特·杜邦高兴地说：“他们需要我们所拥有的东西，好，让他们付出相应的高价吧！”
1940年，杜邦公司第6任总裁皮埃尔·杜邦的妹婿之弟、52岁的沃尔特·S·卡彭特被公司选中，出任公司第7任总裁。此人不仅是专业研究人员出身，而且办事果断敏锐、有很强的社交能力。时值“二战”，正是这种人物大显身手的好机会。在他的领导下，杜邦公司生产了40.5亿磅的火药，占战时全国总产量的70％，比公司在第一次世界大战时总产量增加了3倍。与一战不同的是，杜邦的非火药生产和营业利润更大，这些非火药生产也是军用的。杜邦的尼龙降落伞、蚊帐，油漆、染料用于军舰，军服、防冻液用于军车，等等。1940年，杜邦公司的营业利润为1亿美元，1941年猛增到1.58亿美元。另外，1941年杜邦公司还从通用汽车公司的红利中捞到了3700万美元。在1941年至1945年的军工生产期间，杜邦公司获得了7.41亿美元的营业利润，3倍于第一次世界大战时曾使杜邦家族获得“死亡贩子”称号的数字。
1943年，杜邦公司盘进了制造X光和荧光镜的帕特森屏幕公司，并开始买进最大的军工承包商之一的波音公司的股份。1944年，艾尔弗雷德·I·杜邦家族在佛罗里达州增加了其第15家银行——美国国家银行，使其总财力上升到2.59亿美元。在北美航空公司，杜邦家族获得了惊人的利润，该公司营业利润从1940年的0.1美元上升到1944年的0.87亿美元。这段时期政府付给杜邦的价格高得不能再高了。从1941年到1945年的军火生产期间，杜邦公司总共获得了7.41亿美元的营业利润。姻亲总裁援造原子弹1939年9月1日，以德国进攻波兰为序幕，第二次世界大战爆发。战争爆发后的头两年间，美国政府受孤立主义和中立主义思潮的影响，一向对战争持观望态度，想使美国置身于战争圈子之外，1941年12月底，当日本海空军袭击珍珠港事件发生以后，美国才被迫参战。
这时杜邦公司的火药生产获得了更大发展，又从战争的火与血中捞取了大量美元。1942年上半年，美国科学家开始研制一种新武器——原子弹。杜邦公司又以其经济和政治实力，被委托为原子弹的研制提供秘密基地，于是杜邦公司除大发横财外又大捞政治资本，企图洗尽第一次世界大战被称为“死亡贩子”的不光彩的声誉。
不过，这时候杜邦公司的三位亲兄弟都已经退出了历史舞台，由皮埃尔的妹婿之弟瓦尔特·卡班达继任公司总裁了。正是他力排众议，接下了速造原子弹的“汉福德”工程。
1941年，拉蒙·杜邦辞去了总经理职务，由瓦尔特·卡班达继任总经理，瓦尔特不仅成了世界上最大的军火企业的掌权人，而且获得了将自己的名字和世界上第一颗原子弹联在一起的机遇。在后来的二十多年，也许在美国企业界的名人中，没有一个比沃尔特·卡彭特更令人肃然起敬，尤其是在他的那些同等地位的人当中，有关杜邦公司如何参与建造原子弹的“曼哈顿研究计划”的故事，既反映了卡彭特对杜邦公司应起作用的态度，也反映了在杜邦公司人们对这种态度的接受程度。
研究原子弹这项工程，说来话长，第二次世界大战期间，有几个国家在从事这项研究，其中美国、英国和德国几乎在同一时候开始的。
1941年12月，在爱因斯坦博士的推动下，罗斯福总统终于下令成立特别研究小组。参加这一小组的成员有：哥伦比亚大学的培格拉姆博士，芝加哥大学的康卜顿博士和费米博士，加州大学的劳伦斯博士等等，全是物理学界的泰斗。
1941年12月11日，罗斯福写信给当时的英国首相丘吉尔，建议两国联合进行研究。因此，英美双方所有的工作就联合起来了。而且，一些有关的英国科学家去了美国。1942年6月，这个绝密的计划命名为“曼哈顿计划”，并且隶属于以莱斯利·格罗夫斯将军为首的陆军领导，研究费用也有了保障。两个月后，杜邦研究室的库帕博士也参加了研究工作。
1942年上半年，丘吉尔了解到研究工作已经到能够投产的时候了，便于6月份访美时，同罗斯福举行会谈。在会谈中，他们俩人都感到，在全面试验以前，谁也说不准能否碰到什么实际问题，同时感到有一种一事无成的危险。如果德国人先于英美获得一枚原子弹，那将是多么可怕的情景，俩人都决心努力做工作，决不冒落在敌人后面的危险。丘吉尔提出应立即搜集所有情报，在平等条件下共同工作，如果获得好的结果，要平等分享。于是，俩人又研究了建设工厂的地址、经费等问题，然而使丘吉尔为难的是，英伦三岛正遭德国轰炸，肯定不能建原子能工厂，而且英国也负担不起巨额经费。这时罗斯福表示由美国承担建厂和试爆的一切任务。于是，英美共同作出决定，达成了协定的基础。这是一项巨大的事业，美国政府对这个研究计划的拨款总数达23亿美元，最后大功告成时花去的费用为22亿美元。杜邦公司负责的最大部分是建造汉福德工厂。这是一家生产钚的工厂，位于华盛顿州，占地近50万英亩，耗资约3亿5千万美元。此外杜邦公司在原子弹的研制阶段，还在田纳西州的橡树岭建了生产钚的分厂。当时格罗夫斯将军向卡班达宣称除设备建造外，原子炉的建造及运转也由杜邦公司承担。卡班达提出杜邦公司是化学公司，而这些事情主要依靠物理知识，恐怕一家承担不了。格罗夫斯将军进一步向他说明，这是一项重大的绝密计划，不能涉及过多的公司及人员，所以尽量由杜邦公司一家来承担。随后卡班达派格林沃尔特与格罗夫斯将军进行具体谈判。而杜邦公司此时的顾问是哈佛大学的校长詹姆士·卡依博士，他利用这一特殊的地位，斡旋于卡班达和格罗夫斯之间，促成双方达成协议。
1942年12月2日，克罗福德·格林沃尔特成为“曼哈顿计划”董事会的一个成员，并被委任为发展处主任，亲自代表杜邦领导。他的具体工作是在从事原子弹研究的芝加哥科学家和从事制造原子弹材料的杜邦公司工程师之间穿针引线。从那天开始标志着核时代的开始，也标志着格林沃尔特流星般地升到董事职位的开始。那天开始，研制世界上第一颗原子弹的实际工作主要成了杜邦的责任，曼哈顿工程实际上成为杜邦工程。这项工程是高度保密的，因为那时候德国的间谍遍布各地，几乎是无孔不入，所以工厂警卫非常严密，在带刺的铁丝网后面，秘密地建造了生产车间，杜邦的经理人员十分喜欢清静，因而来调查的美国议员们被挡驾了。据说有一次，一位议员询问卫兵，“他们在里面制造什么？”卫兵毫无表情地回答：“口香糖。”为了保守机密，杜邦公司将全体职工六万人从东至西搬迁了约4345公里。