远征埃及
拿破仑乘“东方号”船驶向埃及这个神秘色彩的古国。自从拿破仑大败奥地利后，英国更是轻视法国，积极地准备第二次反法同盟，想把法国资产阶级革命扼杀在飘摇动荡之中。
而拿破仑却清楚地看到了这一点，于是他远征埃及，这是为打击英国。
督政府对拿破仑的远征极其赞同。除了有拿破仑以上考虑的因素外，也同样高兴这位野心勃勃、军权在手的年青人能远离巴黎，越远越好。
拿破仑在出发前，精心地重建了这支东方军团。贝尔蒂埃自然是他的参谋长，其参谋班子则由他的弟弟路易、继子欧仁、上校马尔蒙、缪拉和朱诺及中校迪罗志，上慰拉瓦莱特组成。
这支远征队最显著的特征也许是它含有一支由167位科学、技术和文化专家所组成的考察团，他们去调察研究埃及的自然资源和古代文物。他们之中有博物学家、物理学家、化学家、地图绘制人员、工程师、考古学家和艺术家。
1798年5月19日，这支大船队从土伦启航，它由300余艘运输船组成，装载了25000名步兵、3000名骑兵、3000名炮兵和工兵。布律埃斯中将指挥的13艘大型战舰和6艘快炮帆船负责护航。
7月2日，拿破仑来到亚历山大，迅速登陆，占领了亚历山大。当纳尔逊得知确切消息赶往亚历山大时，拿破仑已经完成对亚历山大的占领，并率军向开罗挺进了。这样，法军钻了英国舰队的空子，踏上了非洲的土地。这样的奇迹，几乎超越了当年古罗马统帅恺撒在埃及的壮举。
7月25日，法军开进开罗，征服埃及的战斗取得胜利。
为了争取埃及人的支持，拿破仑宣布：“我在埃及是伊斯兰教徒。”他不放过任何迎合当地人的机会，把自己打扮成伊斯兰教徒的解放者。他告诫官兵说：“对待穆斯林要像对待犹太人和意大利人一样，对穆斯林的穆夫蒂和伊玛姆要像对待犹太教的经师和基督教的主教一样。”他不仅保护当地清真寺的礼拜活动，而且还亲自前往参加，请阿訇们讲解古兰经，大力颂扬先知。对于刑事和民事及行政方面的事务，他放手让阿訇们去处理。在法军卫戍司令部之下，他成立了伊斯兰教长老会组成的行政会议，解决行政方面的问题，并解决法军的供应问题。在各村、镇、乡等地，又成立了由当地有名望者组成的“咨议会”，征收实物税，没收马穆留克的土地和财产。此举强烈地冲击了埃及原来的封建生产关系，为法军的殖民统治打下基础。如果没有这些措施，3万法军恐怕已经成为英国舰队的俘虏了。
由于法国对埃及的征服，奥斯曼土耳其帝国对法国宣战。土耳其人的两支大军从叙利亚出发前来收复埃及。英国舰队利用雅法和阿克两座沿海港口充当自己的供应基地，对法军实行海上封锁，对拿破仑构成了重大的威胁。坐等挨打从来就不是拿破仑的性格，他决定主动出击。他对自己在陆上的决胜有强烈的信心。战胜的效果是明显的：不仅可以乘胜击败土耳其军队，也可以夺取沿海城市，使英国舰队失去补给，迫使其不能在埃及沿海活动。这不正是当年亚历山大“沿海洋进军”计划的翻版吗？但困难也是明摆着的：新占领的埃及地区需要驻守，只有1.2万人可以调动；后勤供应系统还刚刚建立，尚残缺不全。在这种情况下主动进攻，无异于冒险。但在拿破仑富于想像力和巨大的组织能力之下，使之变成了现实。
1799年2月，拿破仑留下德赛将军留守埃及，自己亲率1.2万人向叙利亚进军，战事进展十分顺利。
2月17日，当拿破仑到达阿里什时，他发现雷尼埃师和克莱贝尔久攻不克，至今军队依旧在土耳其要塞面前止步不前，不禁非常恼火。由于他过于乐观，他在达米埃塔把所有的攻城炮都装船海运，预定在阿克卸载供他使用。然而，在预定的航线上却为英国海军所截获。于是，他便集中所有的野战炮对敌人要塞猛轰。2月20日，900名土耳其和马穆鲁克守军投降，法军继续前进。24日，法军未遇抵抗进入加沙。3月3日，法军兵临雅法城下遭到守军的顽强抵抗。3月7日，法军工兵在城墙上炸开了一个缺口，该城遂被攻克并遭洗劫。法军在城内大肆奸淫掳掠，其行为也许只有13年后英军在巴达霍斯的行为才能与之相比。然而，更有甚者，当在堡垒内据守的2500名土耳其部队于第二天投降之后（他们的投降条件是免于一死），拿破仑仍下令屠杀这些战俘。这是拿破仑生平及其人格上最大的一个污点。他把他们驱赶到海边枪杀或刺死，他的借口是他既无足够的部队押送这些战俘回埃及也没有足够的口粮养活他们。在城内，法军找到了40万份干粮和100吨大米，但同时也出现了鼠疫。自此，法军每天都有30人死于这种疫病。
3月17日，拿破仑在卡梅尔山设立了司令部，准备围攻阿克要塞。但是部队里染上鼠疫的人越来越多，每周死于鼠疫者高达140余人，这样导致围攻积极性不高。
5月10日，拿破仑组织的最后一次进攻也被击退而且伤亡惨重。拿破仑终于决定放弃围城。
7月14日，有消息传到开罗说，一支土耳其舰队已抵达亚历山大港外并准备登陆。拿破仑立即率领一个纵队长驱100英里沿尼罗河而下至拉曼尼亚。在那里，他才获悉一个土耳其运兵船队在西德尼·史密斯的海军中队护送下，已在阿布基尔湾登陆了8000人并俘虏了据守该要塞的法军。不过这支土军没有前进而是在该堡以南的滩头掘壕据守。拿破仑在集结了1万人之后于7月25日拂晓向土军防线发起进攻。缪拉准将率一个骑兵旅冲击，结果突破了土军的防线，他还亲手砍伤并俘虏了土军司令。土军被撵进大海，数千人战死或淹死，不过仍有少数残余土军坚守该堡一直到8月23日。法军伤约一千人。
在阿布基尔之战结束，双方交换俘虏时拿破仑从西德尼·史密斯送给他的报纸中得知，法国国内局势正急转直下，在莱茵和意大利的法军被奥军和俄军击败，举国上下惊惶不安，一片混乱。“祖国处于危险之中！”这对拿破仑的确是一个很好的借口。他决定返国回法国。8月11日，他去开罗待了一周。8月18日，他带了一批精心挑选的人材，乘夜幕悄悄离开了开罗，声称他要去上埃及视察，却登船沿尼罗河而下。22日，他抵达亚历山大港，黄昏之后，他在冈托姆将军的陪同下登上了一艘快速炮帆船。翌晨，他在拂晓的微风中起航，仅留给克莱贝尔一封信，命令他代理东方军团司令。经过47天的顺利航行并成功地避开了纳尔逊的舰队之后，拿破仑于10月9日在圣拉菲尔登岸。
雾月政变
当拿破仑在远征埃及、跋涉在干涸的沙漠中的时候，巴黎依然是一派纸醉金迷。
1799年10月16日，众望所归的拿破仑抵达巴黎，受到万人空巷的欢迎。资产阶级对他尤为热情，银行家科洛一次就给了他50万法郎。拿破仑凭其敏锐的政治嗅觉意识到：果子已经成熟了。他对心腹说：“当眼看一所房子就要倒塌的时候，你难道还能一心一意地忙着拾掇花园吗？这里非变不可了！”
整整三个星期，拿破仑在公众场合装出一副单纯、朴实的样子，同各界人士虚与委蛇；而在家里，却同政客、豪富、亲友们紧张地磋商着发动政变的每一个细节。
雾月18日（公历11月9日，法国本月为雾月）7时到8时之间，元老院在杜伊勒里宫开会。
当国民议会代表们来到会议厅时，谁都还没有意识这一天对法兰西是个多重要的日子。
在私下早已被拉到拿破仑阵营的西艾耶斯，开会时首先提议说：“共和国已处于危难之中，能拯救这个危难的只有一个人——那就是波拿巴将军，我建议由他担任巴黎卫戍司令，保卫巴黎，保卫和平。”
议员们在迷糊状态中，经西艾耶斯一煽动，很快通过了这项提议。
当了卫戍司令的拿破仑，随即任命勒费弗尔为副司令，并在士兵面前发表讲话道：“将士们，我们同甘共苦，创造了无数财富，征服了大片土地，现在有人挥霍丢掉这些，你们答应吗？”
士兵齐声回答：“不答应！”
拿破仑又说：“如果现在需要你们用生命来保卫我们的共和国，并来支持与你们荣辱与共的波拿巴将军，你们愿意吗？”
士兵们又齐声答：“愿意！”
拿破仑看到士兵都响应，他高兴了，于是他可以放心去解决巴拉斯这个问题了。
当即，拿破仑带人来到巴拉斯家，当时他正在沐浴。听说拿破仑来了，他急忙披着浴衣来到客厅。
拿破仑对他道：“我是陪塔列朗来的，说几句话就走，你可以继续沐浴。”
塔列朗即细声对巴拉斯道：“西艾耶斯等人已辞职，波拿巴将军将出面拯救人民，我是来听听你的意见的。”
讲完后，拿破仑转头对身边副官说：“你让士兵们回去吧，巴拉斯先生这里用不着他们，巴拉斯先生，你说呢？”巴拉斯不由冒出满头冷汗，他喃喃地说：“当然，那当然……只是我……”
“你只要在这上面签个字，保你平安无险，而且厚赏无数。”塔列朗说着，递给他一张早拟好的辞职书。
无可奈何的巴拉斯，只好乖乖地签上了自己的名字。
巴拉斯做梦也没想到，由自己提拔起来的这位小青年，终于长全了羽毛，还转过来迫使自己的辞职。
第二天，拿破仑又在塔列朗、富歇等人的陪同下，率兵来到了五百人院。该院议长是拿破仑的弟弟吕西安。此时吕西安走上讲台高声道：“诸位，今天把大家请来，是想告诉大家，督政府的5位督政官已全部辞职，为了法兰西民众，我提议听听人民的呼声。”
吕西安说罢将手一挥，院外的士兵就齐声高呼：“拥护波拿巴！”“波拿巴万岁！”
议员们明白这是明火执仗来抢班夺权了，顿时，责问、反对和谩骂声响彻大厅，有人甚至高叫：“反对独裁！”
看到这种情况，拿破仑立刻站身讲道：“为了共和，我已经率领将士在外餐风露宿，吃尽苦头，但今天，在共和又一次面临危机时，我依然挺身而出，如果议员们能同意的话，我会继续为共和而奋斗的！”
议员们可以不怕拿破仑，但却怕他手中的军队，于是大厅内静了下来，拿破仑即转身走了出去。
谁知他刚走出大厅，议员们又对着吕西安责难起来，在众人的围攻下，吕西安有些招架不住了。此时拿破仑却退而未走，他手一挥，大队士兵举着刀枪就冲进了大厅，每个议员面前都有士兵肃立。那些平日养尊处优的议员，哪里领教过这种场面，顿时都管住自己的舌头，默认了拿破仑的预谋。
雾月22日，拿破仑发布公告宣布自己就任共和国执政，也宣告了雾月政变的成功。它实际上也宣告了旧时代的终结和拿破仑时代的开始。
就这样，在拿破仑精心策划、精心活动下，他如愿地成立了执政府。担任第一执政把法兰西紧紧地攥在自己的手心。
拿破仑一从执政之日起，便大权独揽，他爱权，就像音乐家爱谱曲那么热烈。他把其余两位执政排斥一边，自己挑选了两个人取而代之。他们是康巴塞雷斯和勒布伦，他们是好参谋，但坚决服从波拿巴的指挥。
拿破仑天生爱好装潢门面，为了使他的专制镀上一层古香古色的辉煌金光，他决定离开卢森堡宫，搬进大革命前的王宫杜伊勒里宫。
雾月政变，使这位年仅30岁的青年人成了法兰西的第一主宰。他在推翻共和制度时信心百倍并一举成功，在收后督政府烂摊子，来创出新景象这个问题上，拿破仑同样充满信心，他清楚地知道夺取政权仅是他统治法兰西的第一步，而巩固政权，繁荣法国则更重要。
他首先告示全国：
“大革命时期的浪漫已经过去，现在我们要开始着眼现实，注重行动了。”
拿破仑并没有沉醉在获得权力后的欢愉中，而是以更大的热情来治理这个国家。他首先提出要编写新法典。当时的法国，法律没有一个准绳，婚姻、家庭向来受制于宗教教会。法国各地所依的法律都是凭自己一一臆制的。拿破仑的这一提议得到了广大民众的支持，并得以执行。后来在四年之后，法典终于公布于世。这一点上，拿破仑有不可泯灭的历史功勋。
拿破仑同时提倡尊重知识，重用专家学者。他在远征埃及时，就曾带了不少天文、地理、教学等方面的专家，并从中受益匪浅。他大张旗鼓地奖赏各种专家学者，并拔巨款专供教育经费。在内务部特设了教育局，在各大城市新开辟了数理、历史等专业学校。
从这一点看，拿破仑的确高瞻远瞩，为今后百年谋大计、出大力。在他的直接关怀下，法国上下均出现了知识为贵，学者为荣的局面，同时，各地的学校设到了小学4000多所、中学700多所、大学45所。
在拿破仑获得第一执政的权力后，其实他最为惦念的和关心的还是军队。因为他深知军队是带给他荣誉和政权的支柱，以后还依然需要军队做他事业中的中流砥柱。他首先任命贝尔蒂埃为陆军部长，同时在民众中抬高军队的地位，对军队的编制进行大方位改组，不断训练军队处于常年备战的临时状态。他早就不同意恢复旧式白军服。“穿白衣服尽看到殷红的血”。他说。
拿破仑注重的是法兰西国家平和安定的局面，他意识到法国的最大威胁是外部的危险因素，即奥地利、俄国、西西里和土耳其所组建的第二次反法大同盟。
他的第一步，是着眼于恢复对奥地利的攻势，重整东部边境的军队。为此，他于11月24日颁令，把马塞纳从瑞士调去指挥意大利军团，将莱茵和多瑙河两个军团，合并为一新的莱茵军团交由莫罗指挥。