在很多情况下，头痛是由全身性疾病引起的，发生头痛之后，应警惕下列疾病。
（1）全身各系统的感染性疾病：几乎所有伴有发热的全身各系统感染性疾病都能引起头痛。
（2）呼吸系统疾病：常见的是感冒引起的头痛，其次是肺气肿或支气管扩张、肺功能不全。
（3）循环系统病变：如高血压病、低血压病和心功能不全等。血压的变化是引起头痛的重要原因。另外，在临床上也可以见到以头痛为首发症状的急性心肌梗死。
（4）消化系统疾病：消化不良、顽固性便秘、肠道寄生虫、急慢性胃肠炎以及肝功能不全、溃疡性结肠炎等疾病均可产生头痛症状。
（5）泌尿系统疾病：如急慢性肾炎、尿毒症以及肾性高血压等均可引起头痛。
（6）全身代谢性疾病：如低血糖性头痛，在胰岛细胞瘤、糖尿病患者注射胰岛素过多情况下产生，也可见于过分禁食、节食减肥的人群。
（7）全身性中毒所致：几乎所有的内源性、外源性中毒，均伴有头痛。头痛也可以作为急、慢性中毒的主要症状及急性中毒之后恢复期症状之一。
（8）其他内科疾病：如血液系统的贫血，内分泌系统的甲状腺功能亢进、更年期综合征，以及各种自身免疫和变态反应性疾病等，均能产生头痛症状。