近年来，随着中西医结合工作的深入开展，中西药合用的现象日趋广泛，临床上不少病症采用中西药结合治疗后能够提高疗效，缩短疗程。但由于中药的化学成分和药理作用十分复杂，如果盲目合用，有时也会引起不良反应甚至危及生命。
含有机酸的中药及其制剂，如女贞子、乌梅、山楂、山茱萸及六味地黄丸、乌梅丸、保和丸等不宜与以下西药合用：①碱性西药，如碳酸氢钠、氢氧化铝、碳酸钙、氨茶碱等，因酸碱中和反应，使中西药物疗效降低，甚至失去治疗作用；②红霉素，合用时酸性物质使其分解，从而失去抗菌作用；③磺胺类药物，合用时在酸性尿液中会加重尿结晶的形成，或引起血尿；④山楂、乌梅等能酸化药液，使利福平、阿司匹林等酸性药物吸收增加，从而加重肾脏的负担。
含有金属离子的中药及其制剂，如含钙的石膏、龙骨、牡蛎、石决明、海螵蛸、瓦楞子等；含铁的自然铜；含铝的白矾；含铁、镁、铝的磁石、代赫石；含铝、铁、钙、镁的赤石脂、钟乳石等及含此类中药制成的中成药牛黄解毒丸（片）、牛黄上清丸、明目上清丸、朱砂安神丸、当归浸膏片、复方五味子片等，不宜与四环素族抗生素（四环素、多西环素、氯霉素）、异烟肼合用，因这些中药中含有的钙、铁、镁、铝、铋等金属离子与四环素族抗生素、异烟肼形成难溶性螯合物，不易被胃肠吸收，减弱其抗菌效果，也影响中药药效的正常发挥。
中药酊剂和药酒，如国公酒、风湿骨痛酒等，不宜与胰岛素、苯巴比妥、苯妥英钠、甲苯磺丁脲、华法林等合用。因为乙醇（酒精）是1种酶诱导剂，能使肝脏药酶活性增加，使这些西药代谢加速，半衰期缩短，药效下降。如与水合氯醛合用能产生有毒的醇合三氯乙醛，严重者可致以死亡。
含朱砂的中成药如朱砂安神丸、紫血丹、七厘散、人丹、苏合香丸等，不宜与溴化钾、溴化钠、碘化钾（钠）等西药同服。因为朱砂主要成分为硫化汞，可与上述西药在合用后产生具有毒性的溴化汞或碘化汞，引起赤痢样大便，导致药源性肠炎。
含有大量鞣质的中药如地榆、人参、石榴皮、五倍子、侧柏叶等，不宜与胰酶、胃蛋白酶、淀粉酶等酶制剂合用。这些酶制剂结构中的酰胺键或肽键能与鞣质形成牢固的氢键缔合物，改变性质，降低疗效。在服用维生素B1时，也不宜服用含有大量鞣质的中药。
能够诱发药源性疾病的中药川乌、草乌、附子及含有这类药物和生物碱的中成药如小活络丹、三七片、元胡止痛片、小檗碱片等与庆大霉素、链霉素、及卡那霉素等药物合用时，可能增强对听神经的毒性，产生耳鸣、耳聋。
具有升高血糖作用的中药及含有这些药物的中成药如鹿茸、何首乌、甘草等，如与降血糖药合用，可减弱降血糖的作用。
此外，斑蝥、朱砂等中药与抗菌药、解热止痛药合用，可引起消化道损害甚至胃肠道出血及穿孔；虎杖、密陀僧与抗菌药物头孢菌素、异烟肼、利福平合用，苍耳子、雷公藤与抗癫药苯妥英钠、卡马西平合用，有可能加重肝脏损害。