周恩来的这些主张代表和反映了建国之初中共党内对党政职能关系问题的有益探索。由于这一时期中共对党政关系问题的重视和大多数领导人的正确认识，更重要的是周恩来作为中央人民政府实际上的最主要领导人，在政务院范围内认真贯彻执行了这些正确的指导思想，造就了中共执政之初党政关系的黄金时期。从1949至1952年间，中共对国家政权的领导主要表现为政治领导，在加强执政党建设的同时积极支持政府在行政管理范围内独立行使职权。据不完全统计，这一时期政务院通过和颁布的法令、决定等，约有344项。这些法令和决定涵盖了国家生活的各个方面，按内容可分为财经、政法、文教、监察、人事、编制六大类。这说明中央人民政府政务院在周恩来领导下开展了卓有成效的行政活动，使国家各项生活逐步走上正常化轨道。
新中国成立初期，周恩来处理党政关系的思想主张得到了一定程度的贯彻，中共中央比较支持政府在行政范围内独立行使职权。而中央人民政府有关国家的法律、法令以及重大方针、政策，一般都是先由中共提出创议，或者拟出初稿；然后经过政协全国委员会或其常务委员会讨论，提出补充修改意见；再提交中央人民政府委员会或政务院讨论通过并颁布实施。如抗美援朝、土地改革、“三反”、“五反”等都是由共产党提出，经过和民主党派协商取得一致意见后，交由政务院办理。同时，中共中央通过党委和党组系统保证政府政策的贯彻落实。
以新中国成立初期中央关于统一国家财经政策的出台和执行为例。当时为了克服极其困难而混乱的财政经济状况，政务院财经委员会于1950年2月召开了全国财经会议，决定对全国财政经济工作实行统一管理。中财委主任陈云于3月1日在中央人民政府委员、全国政协常委座谈会上通报了全国财经会议的主要内容。3月3日政务院第22次政务会议正式通过并颁布了《关于统一国家财政经济工作的决定》。同日，中共中央发出《关于统一国家财政经济工作的通知》，指出：中央认为政务院《关于统一国家财政经济工作的决定》是完全正确的和适时的，各级党委必须用一切方法去保证这个决定的全部实施，并要求各级党委在军政、财经各部门工作的党员和非党人员中进行解释，准备承受一时的部分的困难，保证政务院决定的迅速全部实现。
三、政务院党组系统的改组与党的领导的加强
中共中央在政府中的最高领导机构——政务院党组干事会成立后，周恩来作为干事会书记成为政府内党的系统的实际负责人。1952年8月10日，鉴于政务院及所属委、部所进行的机构调整，周恩来以政务院党组干事会书记名义向毛泽东和中央书记处报告：政务院党组干事会应予改组；同时，为了便于照顾整个政府部门的工作，拟扩大原政务院党组的范围，并更名为中央人民政府党组干事会，直属中共中央政治局及书记处领导。13日，毛泽东批示同意了周恩来的报告。政务院党组干事会改组后，新的政府党组干事会成员，除原政务院党组干事会书记周恩来，副书记董必武、陈云，干事罗瑞卿、薄一波、陆定一、胡乔木、刘景范、李克农、李维汉、齐燕铭11人外，新增加了邓小平、林伯渠、彭真、李富春、曾山、贾拓夫、习仲勋、钱俊瑞、王稼祥、安子文、吴溉之、李六如、廖鲁言等13人，共计24人。
新政府党组干事会以周恩来为党组书记，陈云、邓小平分任第一、第二副书记，李维汉任党组秘书长，齐燕铭、廖鲁言分任第一、第二副秘书长。
随着新的中央人民政府党组干事会的成立，一些部门党组领导人也相继进行了调整，主要包括：中财委直属小组党组书记薛暮桥、交通部党组书记王首道、对外贸易部党组书记雷任民、商业部党组书记姚依林、合作总社党组书记程子华、中财委党组书记宋劭文、财政部党组书记戎子和、重工业部党组书记李富春、农业部党组书记张林池、科学院党组书记恽子强、出版总署党组书记叶蠖生。
政务院党组系统进行改组的主要目的是为了保证中共中央对政府工作的集中统一领导。中央人民政府党组干事会取代政务院党组干事会后，调整了人员、扩大了规模。改组后的政府党组干事会成员，不单是原政务院各委部担任领导职务的党员，而且新增加了从各中央局、分局调到中央工作的党员干部。就中共在政府中的主要领导人和领导职权看没有发生太大变化，周恩来仍然担任中央政府党组干事会书记，但邓小平地位上升，他接替董必武递补为政府党组干事会第二副书记。而政府中党组系统的运行体制并此事亦未发生大的改变，党组干事会这一级组织仍是中央人民政府中党的最高领导机构，毛泽东和中共中央对于政府各部门的领导，在很大程度上仍是通过这一级组织进行。
在对中央政府中党的组织进行调整的同时，中共中央也采取措施加强并完善了自身的领导机构与工作方式。1952年6月20日，毛泽东在给斯大林的电报中表明：“由于经济建设即将成为我们国家的中心任务，我们拟即参考联共（布）中央的经验加强我们党的中央机构。”根据毛泽东的提议，由刘少奇主持、由中央办公厅主任杨尚昆、中央组织部副部长安子文拟订了《关于加强党中央办事机构的意见》。
《意见》指出：目前我们的国家正进入建设时期，各方面都要求中央领导更加集中。
但是，一方面党中央的负责同志过少，而工作却十分繁重；另一方面党中央的办事机构已远不能适应这样的要求。因此，拟于明年初将各中央局的书记抽调回来，以加强中央的领导，同时加强中央现有的各部、委、办公厅的组织及其工作，并增设一些新的部、委。
此后不久，中央局五大书记及其他重要领导干部被陆续调来中央，在中共中央和中央政府中担任领导职务。中共西南局第一书记邓小平担任了政务院副总理，中共东北局第一书记高岗担任了中央人民政府副主席、国家计划委员会主席，中共华东局第一书记饶漱石担任了中央组织部部长，中共西北局第二书记习仲勋担任了中央宣传部部长、政务院文化教育委员会副主任，中共中南局第二书记邓子恢担任了国家计划委员会副主席、政务院财经委员会副主任。
一批杰出的地方党政干部调进中央工作，为中共中央加强对政府工作的集中统一领导提供了组织上的保证。1952年7月10日，周恩来致信毛泽东并刘少奇、朱德、陈云等，提出：自己的工作重心将放在研究五年计划和外交工作方面，建议邓小平担任政务院副总理，并于8月来京主持一段时间的政务院工作。毛泽东批示同意，中央人民政府委员会第17次会议正式任命邓小平为政务院副总理。在8月周恩来出访苏联期间，即由邓小平代行总理职务。
四、党对政府工作集中统一领导的体制化
1952年8月政务院党组系统虽然进行的初次改组，将政务院党组干事会扩充并更名为中央人民政府党组干事会，但党组系统的构成及其运行机制并没有发生根本变化，仍是由中央人民政府党组干事会、政务院各委员会分党组干事会、政务院各部党组三个层次组成，周恩来作为新党组干事会书记，仍然是中央人民政府中党的最高领导机构的负责人。毛泽东和中共中央对于政府各部门的领导，在很大程度上仍是通过中央人民政府党组干事会这一级组织进行。