1954年第一届全国人民代表大会的召开和我国第一部宪法的颁布，使国家的政治体制和行政管理体系在法制化、规范化道路上迈出了坚实的一步。1955年和1956年，我国农业合作化和城市工商业的社会主义改造相继出现高潮，中央为了加强对经济建设工作的领导，推动国民经济各部门有计划按比例地均衡发展，对国务院所属部门尤其是财经部门的组织机构进行了调整。随着工业化和“三大改造”的完成和“第一个五年计划”主要指标的实现，社会主义的政治经济体制基本确立，国民经济完全实现了国有化和集体化，同时也出现了国家行政机构膨胀臃肿，办事效率低下等问题。在高度计划经济体制下，政府直接插手企业管理，国家直接掌握的统配物资过多等现象越来越严重。为此，中央及时制定了统一领导、分级管理、因地制宜、因事制宜的方针，1958年9月中共中央、国务院联合发出《关于改进计划管理体制的规定》，进一步划分了中央和地方的行政管理权限。周恩来对中央行政体制的压缩和调整进行了积极探索，适当调整了中央与地方，国家与企业的关系。并采取了稳妥的方法步骤，向地方和企业下放权力。然而，由于反右派运动、1958年的“大跃进”运动和农村人民公社化运动，国家政治生活出现了变化，国务院的机构调整也经历了非正常的变动。周恩来也因坚持“反冒进”和纠正“大跃进”对国民经济造成的不利影响，在党内受到不公正对待。
1959年第二届全国人大上，周恩来受命第三次组阁，此后与走到一线主持工作的刘少奇一道开始领导政府解决接连不断的政治运动带来的严重困难。
第一节 中央政府管理工作的规范化
一、国务院工作制度的不断健全与规范
1954年以周恩来为首的第一届国务院成立后，在工作制度、行政法规、社会整合、财政汲取能力及贯彻中央决议进行社会管理等各方面都发挥了重要作用，为“一五”计划的顺利实施和“二五”计划的编纂提供了强有力的行政支持。
由于国务院与原政务院在行政体制、政府结构、行政职能等诸多方面存在差异，因此在国务院成立初期，周恩来着重加强了对机关编制和人事任用方面的管理。
首先，周恩来加强了对中央行政机构编制的管理。设计科学的行政编制，可以利于推动机构编制资源的高效整合，并提高政府的行政效率。通过编制管理来划分行政职能，有利于明确政府各部门的权力和责任，优化行政资源配置。在国务院刚成立不久，周恩来就发现了政府机构增多，编制膨胀的现象。1954年12月16日，他在国务院第3次全体会议上指出了“中央政府机关的编制膨胀很大，由1951年的两万增加到现在的八万，必须精简。”他建议成立国务院编制委员会，由副总理贺龙负责，以人事局为它的办事机构。规定从即日起，各单位的编制都应经它批准。各部门不准再增加编制。会议一致同意了周恩来的意见。
1955年1月11日，周恩来又亲自主持国务院汇报会议，在会议中商定编制委员会改称编制工资委员会，以国务院副总理贺龙任主任，国务院秘书长习仲勋为副主任。争取在三年时间内，有步骤地将政府系统中应该退休和转到企业、投考学校的各种人员，分别妥善处理完毕，初步做到在政府系统中定员定额。其次，周恩来加强了对政府工作制度的规范。在政府工作制度的规范性管理中，周恩来重点抓了政府行文的规范性和会议的管理。1955年3月4日，周恩来又对国务院各部委文件行文中存在的问题提出批评，指出：“文字含糊不清楚，笼统而不明确，错杂而不准确；文法混乱无条理，错误或不通；文意常不合逻辑，更缺少辩证；文风则生硬僵化，不生动活泼。”责令各部委加强行文的规范性和准确性。
同年6月9日，周恩来在主持国务院第11次全体会议时指出：有些部门的会议太多。据13个部、会、行的统计，今年共开了570多次专业会议，人数达5万多，共开了7920天。这个情况要通报，今年下半年一定要减少会议。在这次会议上，还通过了《国务院关于各省、自治区、直辖市人民委员会工作报告制度的规定》和《国务院关于各所属各部门工作报告制度的规定》。
为了规范工作程序，提高工作效率，改进工作作风，在1955年10月26日召开的国务院常务会议上，周恩来主持通过了关于国务院工作制度规范化与制度化的规定，主要做出了如下三点规定：（1）今后将定期召开国务院常务会议，时间暂定为每星期三下午；（2）会议内容将增加由周恩来、陈云、邓小平中的一人负责传达中央书记处和毛泽东的若干重要决定或指示；（3）各办公室主任汇报主管部门工作情况。对某些准备提交中央讨论和决定的文件和问题，在会上现行酝酿。这样就加强了国务院与中共中央之间的工作关系，以便于更好地贯彻执行党的方针政策。
再次，为调动一切积极因素建设繁荣富强的新中国，周恩来重视对民主人士的任用问题。1954年新一届政府组成并正式运转后，周恩来注意到了在各级政府中民主人士减少的情况，他根据政府、人大、政协各机构中民主人士所占比例的实际情况，综合考虑后认为，在政府中特别是省市厅局长中还可以再吸收一些党外人士参加。1954年12月30日他致信毛泽东，报告了全国34个省市人民委员会、省市政协常务委员会、省市人民委员会厅局长名单中的中共党员与非党员所占比例的情况，并提出：“在省市正副省长、市长和省人民政府委员会委员中，非党员人数占46.4%，这个比例一般是恰当的。但在省市厅局长中，非党员只占总数的9.1%，这个比例，党外偏低。因此，有的省市还可以吸收若干非党员担任厅局长职务，厅局副职，也还可以增加一些，或位置摆的恰当些。各省市政协正副主席、常务委员中，非党员占67.2%，这个比例一般是恰当的。”
周恩来将这个情况报告中央后，引起了中央的重视。1955年1月17日，中共中央发出了《关于统一战线的工作的指示》，批评那种抛弃同盟者、爱好“清一色”的错误倾向，要求各地必须正确地配备省、市政府厅、局长和政协地方委员会负责人的人选。周恩来的人才观和始终坚持唯才是举的原则对于巩固统一战线、调动民主人士和知识分子积极性、为国家工业化建设广揽人才发挥了积极作用。
最后，为有效管理政府，更好地领导工业化建设，周恩来对50年代中后期国务院主要领导的分工进行了重新调整。20世纪50年代中后期，周恩来在政府管理工作中非常信任和重用陈云、邓小平、陈毅、李富春、邓子恢、李先念、习仲勋等同志，尤其在管理国家经济方面更多地依赖有党内经济专家之称的陈云。1955年5月10日，周恩来主持了国务院汇报会议。会上对国务院主要领导的分工问题上进行了重新调整。会议决定：在目前时期，国务院工作总的方面，由陈云更多的负责处理。
按部门来分工就是，一办、二办、民委和科学院的工作，由陈毅负责处理；三办、四办、五办、六办、七办、八办和国家计委、建委的工作，由陈云负责；外交和侨委的工作，由他自己亲自负责处理；不归各办管辖的国务院各直属机构和其他例行工作，由习仲勋负责处理。周恩来特别指出“各主管的同志能够解决的，就可以直接批办，不必传阅；不能解决的，再由周恩来、陈云、陈毅、习仲勋共同处理和请示中央解决。凡带综合性的事情，则由习仲勋根据分工范围分别批送各主管同志解决。”
相比于1954年国务院成立初期的副总理分工问题可发现，陈云被赋予了更多的领导责任，成为主管囊括重工业、轻工业、财贸、交通、农林各行业的最重要负责人。这表明周恩来对于陈云经济管理能力的信任和支持，也反映出他任人唯贤，用人不疑的工作作风。日后陈云对新中国经济发展的贡献表明，周恩来在人才的识别和使用上是很英明正确的。
二、国务院的法规制定与监督工作的开展
从1954年宪法颁布起，国务院颁行了一系列法律法规来管理社会，并开始完善自身的行政功能。1955年1月13日周恩来主持国务院常务会议，专门就法律法规工作的开展做出部署。他提出：“原政务院及其所属各部门发布的各项法规，今年内尽可能进行一次清理；今年需要起草和修改的法规，应迅速报送国务院；政府各部门应根据需要，着手建立法律室，在整理现行法规的基础上，建立经常的法规编纂工作。”在周恩来领导下国务院很快建立起一些重要的司法制度，如律师制度、公证制度等。据统计，到1956年底，全国有14个省、市、自治区成立了律师协会筹备委员会，共建有754个法律顾问处，有2249名专职律师和214名兼职律师。与此同时，国务院和全国人大在50年代中后期陆续制定和颁布了一系列法律法规，使我国开始走上法制化的道路。
国务院各机构开始正常运转后，特别是各项法规条例颁布实行后，谁来负责监督是政府管理中一个重要问题。原政务院期间，建有监察委员会，第一届国务院成立后，改设为监察部。周恩来对行政监察工作很重视，在其领导下监察部成立后立即开展了一系列建制工作。1954年12月17日，监察部发出关于调整地方各级监察机构及其有关事项的指示，明确指出：必须加强对国家政策、法令、决议、计划特别是经济建设计划的执行情况的监督检查，以保证国家建设工作的顺利进行。
1955年10月10日，监察部根据国务院批准，草拟了《关于中央和地方财经部门国家监察机关组织设置及对现有监察室（局、司）进行调整的方案》，以保证监察机关在国家经济建设中进一步发挥作用。同年11月2日，国务院批准《中华人民共和国监察部组织简则》，规定了监察部的任务，以及为实现其任务所赋予的工作权力。
在周恩来领导下，1956年国务院的行政监察工作很有起色。年初监察部就发出了《关于派驻县监查组的若干工作问题的指示》，要求在撤销县（旗）监察委后，省、自治区监察厅和专署、自治州监察处必须选择适当县派驻监查组。同年1月至2月间，监察部召开了全国检察工作会议。同年3月至4月间，全国检察院系统又召开了第3次全国检察工作会议，通过了最高人民检察院制定的1956-1957年工作规划。
国务院法律法规的制定颁布和行政监察工作的积极展开，适应了社会主义民主政治和国家法制建设的需要，有利于我国向政治现代化、法制化的方向发展。特别是监察部在成立之初所进行的各方面的工作，使我国行政监察工作的组织建设进一步完善，提高了监察工作人员和广大人民群众对国家行政立法、司法和监督工作严肃性的认识，从而对加强国家的政权和民主政治建设起了很好的推动作用。
三、增产节约运动与中央行政机构的精简
从1954年起，全国在贯彻总路线、掀起“一化三改”高潮的同时，开展了增产节约运动。《人民日报》还专门发表了社论：《精简行政机构，提高工作效率》，社论指出：为了解决国家工业化必需的资金和干部问题，就必须厉行增产节约，从各方面积聚资金，合理地使用并大力培养各种建设人才。精简国家机关和各种事业机关，紧缩行政开支，具有重大意义。
1955年国务院领导了全国的增产节约运动，周恩来在制定机关人员编制、制定国家预算、压缩机关工作人员方面做了不少工作。1955年2月17日，周恩来主持了国务院第5次全体会议，专门讨论了贺龙作的《关于紧缩国家机关人员编制问题的报告》。他在会上指出：“必须要定机构、定编制、定员、定工作量，不解决这个问题国家就很难走上计划轨道。”8月9日周恩来在审阅国家计委党组《关于计委整编工作的报告》时致函陈云：“这个编制仍嫌过大，且有些重叠。国家经济长期计划，我主张另搞一个小机构，由你领导，不隶属计委。计委应即抓紧搞一九五六年度计划，准备第二个五年计划，加紧检查本年度的基建和生产计划的执行情况。”
1955年6月22日周恩来主持召开了国务院第13次全体会议，专门讨论了财政部长李先念做的《关于一九五四年国家决算和一九五五年国家预算问题的报告》。周恩来在会上指出：“生产方面要节约，非生产方面也要大力节约。增产节约不是一个简单的运动，要有一套制度，严格管理，长期工作。”当月29日，周恩来又将《中共中央关于厉行节约的指示》、《国务院关于一九五五年下半年在基本建设中如何贯彻节约方针的指示》报送给毛泽东、刘少奇、陈云、邓小平、陈毅、李先念审阅。
并附信说：“我认为两个指示即可发出，并在人大会中散发。并说明：从1955年下半年到1957年，五年计划基本建设造价和各种费用在1954年已削减10%的基础上，可再削减15%到20%。”