第二，指出西湖是杭州的天然屏障，如果西湖湮塞，则城市的西部将无险可守，倭寇等就可以很轻易地攻入城中。
第三，杭州城内居民饮水全赖西湖水的供应，如果西湖被侵占，将使水脉不通、城市供水断绝，造成百姓生活困难。
第四，杭州城中众多的水道也依赖西湖水作为补充，如果西湖水源断绝，会造成运河来水枯竭，妨碍市内的水运交通，影响物资的运送。
最后，他指出自仁和县至海宁县万顷良田，都依赖西湖水进行灌溉，如果湖水枯竭，还将导致下游良田缺水灌溉，严重影响这一地区的农业生产。
这五条理由从不同角度论证了西湖不能被侵占的理由，言之凿凿，应该是具有很强的说服力的。但是明代对地方官的权力限制甚严，远不如唐宋时宽松，杨孟瑛疏浚西湖比唐宋时代的白苏两公困难得多。首先是当时西湖荒芜、淤塞的程度比白居易和苏轼时更严重，因此疏浚的工程量比唐宋时要大得多。其次是明代办事审批手续非常繁琐，要层层上报，处处受制。当年白居易治理西湖无需上报，可以自己作主，苏轼时虽要上报朝廷，但很快也得到批复，而杨孟瑛治理西湖，却要各级审批，等待很长时间才能得到批准。第三是地方的阻力特别大。事实上，早在北宋时，西湖周边居民已在湖中种菱作为收入。元祐年间，苏轼在开浚西湖、清除湖中葑草后，便准予当地人户适当租佃湖面种菱，酌予课利，以所入作为后来开湖的经费。到元明时，西湖很多地方早就被近湖民家和城中的有势者圈占，因此治理西湖，涉及不少坟墓要迁，房舍要拆，田地要毁，沿湖豪富之家要得罪。触犯到个人利益，必然遭到既得利益者的反对，甚至会被控告，因此来自人为的阻力要比以前大得多。
这其中，最后一条的困难显然是最大的。正如谢迁在《杭州府修复西湖碑》中所记，“盖白、苏堤之作，人皆目为游览之胜，而不知其为利济之源，无足怪者”。当时的西湖，几乎一半都被淤塞，湖面南北原本十里，此时仅存六里。苏堤以西湖底突起，已经基本成为了平地，居然还成了“世业”，这就是说湖面被占已不止一代了。要将这样的长期占据者赶走，是十分困难的。因为这些“有力者”，大多都得到历代官府批准，又或者都是有后台的。
而且反对浚湖的，还不仅仅是已占据湖面的豪强，甚至一些在当地颇有声望的官员，也站出反对。杭州人李旻，是成化二十年（1484）的状元，其所著《浚西湖说》是当时反对杨孟瑛浚湖的一篇文献，可见当时反对浚湖的官员也大有人在。他说：“至咸淳间……自堤以西，遂为民间恒产。如岳王坟，供祀田荡五十余亩，皆是当时所给。其余濒湖六里之民，有产者三百五十余户，分门不啻千家。庐舍相接，桑柘成林，坟冢累累，草木茂密，且皆财赋重粮。自宋至今，未之有改。”指出即使在宋代，西湖就有官准占据的水面，岳庙前的岳湖居然从南宋就是岳家的“祀田”。可见占湖为田，古已有之。特别是六桥以东原先苏轼浚治之处，只剩三塔犹存，而湖面早就葑草久积，变成平滩了，每当湖水浅涸之时，宛然洲渚横亘湖中。这种现象，也已存在数十年，历届地方官都不能开掘除去。他认为现在杨孟瑛视此不治，而欲破坏自宋以来已成之业，拆毁贫民之庐舍，发掘久葬之坟墓，使“千家嗷嗷，哭声振野”，非仁人君子之可为之事。然后，他又写道：若云游观，则堤东湖面千数百顷，亦不为狭。若云溉出，则今之湖水但欠深浚。若云接济运河并溉及上塘之田，则昔人虽尝有此言，然未尝深考地势而孟浪言之耳。杭州穿城四河，东、南、北、城下四处，各有源委，与西湖不通。出城之外，乃合运河。各河所受潮水及湖山诸源之水，本自有余。东城东大河，今名菜市河者，本从海宁、仁和境上临平湖而来，一百二十五里入艮山水门，至城中断河而止，谓之上塘。其市河，合西河，出武林门北，通崇德百余里，谓之下塘，即今见行运河也。中有三里洋、十里洋，水势宽广，几与湖等，与西河相隔数里。西湖石函所泄，但入新河，至坝而止。石函所泄至下湖古荡而止。虽东有小河，又有清湖三闸，兼阻三坝，不知何以接济运河之用？又上塘比之下塘，以猪圈坝视之，高几一丈，不知湖水从何处逆流入河，以溉夹河之田。
认为若是从风景游览的角度考虑，则苏堤以东的湖面就已足够。如果从灌溉和接济城内运河的目的出发，则西湖的水位太低，且与城内诸河并不相通，因此反对杨孟瑛以西湖水济运河并灌溉下塘海宁“夹河之田”的说法，认为杨孟瑛是“率意而为之”。
若仅遇几个侵占湖面的普通豪绅，杨孟瑛尚不难应付，但像李旻这样有名望的官员出来反对，问题就比较复杂了。李旻的这篇《浚西湖说》被收入《万历杭州府志》，而在这部志书中，曾任杭州知府的杨孟瑛的浚湖文献反而一篇不见，这说明后来杭州的官员对杨孟瑛的功绩并非一致肯定。《万历杭州府志》的作者杭州人陈善，应该是一个比较清醒的官吏，但他所作的《杨孟瑛传》也只是说：“其浚复西湖，俾水有蓄泄，实利益下塘诸田，而论者或谓其敛怨生谤，此其故不可详究。要之亦一时敏干吏云。”
针对这些人的反对，杨孟瑛的态度也非常强硬，下令“将势豪官民侵占田荡并葑田洲埠，尽行开浚，以复旧额。如有权豪不服，或扇摇浮议，故行阻碍，致误事机，悉听察院缉拿，从重究治”。而巡按御史车梁和佥事高江也和杨孟瑛一样持强硬措施，先后说过“如有权豪不服，恃势霸占，或扇摇浮议，故行阻碍，致误事机，悉听臣等究问如律，从重处治”；“毋得倡为浮议，转相扇惑，阻挠事机，自惹罪谴。其见占有室庐园池与一应浮土之利，可以迁改者，具限正月以里拆卸搬移。如有延捱迟误，即系强梗顽民，听从府县官拿问如律。敢有恃顽抗法，即便拿解本道，从重发遣”等措词非常严厉的话。这样的强硬政策当然使占湖的豪强们损失惨重，导致他们的反抗，这也成为杨孟瑛后来被罢官的一个重要原因。
但是，西湖和杭州城市唇齿相依的关系已深入人心，为朝野所公认，因此尽管盗湖为田的人多为权贵，尽管遭到地方豪强的重重阻力，但在杨孟瑛的一再请命下，他治理西湖的上疏仍然得到了明武宗的认可，终在正德元年（1506）二月，被获准疏浚西湖，并获得了工部的拨款。
杨孟瑛深知疏浚西湖的阻力之大，针对占湖豪民的反对，他在开工前四处张贴告示，公布了《浚湖复勘谕民文》、《浚湖示谕民户文》等一系列告谕，晓谕百姓，解释利弊，再三告诫“幸相导以平心，勿相阻于异说”。在告谕文中，他说：“但今民产，本昔官湖，民侵于官以肥其家，固已干纪；官取于民以复其旧，岂谓厉民？又惟上塘万顷之田，宿仰西湖千亩之水。水尽湮塞，田渐荒芜。利归于数十家，害贻于千万井。况古人留利物之泽，岂今日启生事之端？”强调湖上的民产本来就是非法占用的官湖，如今官府取回重新改为湖面，只是恢复原状而已，并非抢占民产。而且上塘的万顷之田，原先都靠西湖水来灌溉，由于湖面被占，导致田渐荒芜，怎么能为了少数人的利益，而损害了万顷之田的灌溉？接着又表示，“其原占桑园莲荡，各具的实亩分，限十日以里自首到府。罪名则原情而宥免，赋税则奏请而豁除”。当然由于一些民户“占佃年久，已成世业，或用价置买，曾费赀财。衣食所资，粮差倚办，一旦开毁，情或不堪”，因此对于占田民家的损失，他也采取了一些补偿措施，照顾到一般农家的具体困难。考虑到这些垦殖户在开湖后可能无田耕种，他就以铜钱局和崇兴寺、崇善寺、禅智寺等废寺的数千亩肥沃之地，除每寺留余百亩左右以奉香火之外，其余田亩，逐一清查以后拨给应开湖田人户，而且可以免去当年的徭役和差役，稳定了民心。对于有人担心因开湖而导致粮税的损失，他也作了说明，表示开湖经费来自“清籍新增者之税粮”，并不会因此而减少官府赋税的收入。
关于杨孟瑛浚湖的时间，尚有不同的说法。明人田汝成在《西湖游览志》卷一中以为正德三年（1508），杭州市地方志编纂委员会编的《杭州市志》从此说。不过田汝成在《西湖游览志余》卷一一中又说“乃以正德二年二月二日兴工”，将之提前了一年。清雍正朝《西湖志》把时间提得更早，认为在弘治十八年（1505），而当代罗以民先生则撰文考证应在正德元年。考杨孟瑛本人所撰《湖成丏文纪迹启》中有“肇事于丙寅二月二日，至六月初，功之成在什九”之语，查丙寅年应为1506年，即正德元年。另明代理学家潘府所作《杭郡守杨公重修西湖文》，后有“时正德改元仲夏朔”之话，可见罗说为是，应为正德元年。
正德元年二月，杨孟瑛动用民夫八千，开始大规模疏浚西湖。据《西湖游览志》卷一载：“是年二月兴工……为佣一百五十二日，为夫六百七十万，为直银二万三千六百零七两，拆毁田荡三千四百八十一亩……自是西湖始复唐宋之旧。”据杨孟瑛本人《湖成丏文纪迹启》的记载，当时“简知县毛忠、余经等，分督厥工，不敢烦民，亦不敢敛于民。出帑藏节省驿传银二万六千两，募闲民从事，日给值二分七厘，民争负畚锸，趋湖上请籍姓名，畚土于田，撤篱于园，决防于荡”。
工程分两期进行，第一期从二月二日至六月初十日，完成工程量的百分之九十左右，因暑天太热，再加上正是农忙季节，所以工程暂歇，到八月十九日复兴工，至九月十二日最后完工，历时152天，共用了670万个工日，耗费银两23607两，西抵北兴路为界，拆毁田亩3481亩，“西湖始复唐、宋之旧”。疏浚工程使苏堤以西至洪春桥、茅家埠一带尽为水面，西面重现大片湖面，西湖大部始复唐宋之旧。其后，他又在外湖旧三塔塔基四周，筑起了一道圆形的堤埂，并在埂外仿苏轼三塔，建立了三座空心石塔。
疏浚所挖的淤泥和葑草，雇佣了邻湖的民船三百多只，以及知府短递便民船十只，运送到钱塘门外昭庆寺附近，以及孤山等处的空地堆放，百姓可随意取去肥田。其余的部分，湖东的泥土和葑草，都搬到苏堤上，用来修补苏堤。在杨孟瑛这次疏浚西湖之前，苏堤以西湖底突起，已经基本成为了平地，因此，如果没有这次疏浚，苏堤恐怕已与突起的湖底相混，而不存在了。杨孟瑛将其加高了二丈，拓宽到五丈三尺，南北长七里，宛如一道水上城墙，其高广远远超过清代，在当时是一项了不起的大工程。苏堤两岸遍植杨柳，重新恢复了“六桥烟柳”的固有景色。
西湖西面邻山一带，原先没有确切的湖界，以致临湖民家经常侵占湖面。因此杨孟瑛又决定将筑苏堤之外湖西的泥土和葑草，用来另筑一堤，在里湖西部又堆筑成一条呈南北走向的长堤，与苏堤并驾齐驱，从栖霞岭起，绕丁家山直至南山，作为湖面的界限，以杜绝民间重行侵占。堤上仿苏堤式样，在两岸遍植柳树。他又考虑到堤岸筑成以后，山水无路疏泄，因此在堤上造了六桥，以通水势，当时人们叫“里六桥”。不过靠近北山的三座桥，原是“旧有水口”，杨孟瑛在此基础上再修的桥；在修筑此堤时，杨孟瑛又在靠近南山一边的堤上新建了三座桥，以通泄流水，凑成六座桥，以与苏堤六桥相呼应。后来杭州百姓感激杨孟瑛对西湖山水百姓的一片厚爱，遂将这条新筑的堤称为“杨公堤”。
杨孟瑛的这次疏浚是一次可以和唐代白居易、北宋苏轼进行的治理并列的大规模西湖治理工程。通过这次疏浚，“西湖全景，式复其故。而上塘之田及城中运河，始无旱干之忧矣”。故田汝成在《西湖游览志余》中称赞道：“西湖开浚之绩，古今尤著者，白乐天、苏子瞻、杨温甫三公而已。”杨孟瑛这一次对西湖的疏浚，实际上是对西湖的一次拯救，如果没有这次大规模的疏浚，西湖很可能就已经湮没了。
在疏浚西湖的同时，杨孟瑛还重修了四贤祠。原先在孤山的南面有三贤堂，奉祀白居易、苏轼和宋代隐士林逋，由于年代已久，“栋宇就颓”，因此杨孟瑛特意加以维修，同时又添祠了唐代修建六井的李泌，以纪念他对杭州百姓的功劳。后代的杭州百姓为感激杨孟瑛的浚湖之恩，把杨孟瑛的塑像也请入四贤祠中，以作凭吊。