省农科院在科学研究方面，成果示范推广、科技服务等方面发挥着重要作用，是河南农业科技的又一个重要创新主体，是河南省政府直属的从事农业科学研究的事业单位。现设有小麦、粮食作物、棉花油料作物、烟草、园艺、植物保护、土壤肥料、畜牧兽医、生物技术、农业经济信息、农副产品加工等11个直属研究所和科学实验中心，另外还设有农业部（郑州）农产品质量监督检验测试中心、郑州（国家）小麦品种改良分中心、国家潮土肥力监测基地、河南省种子质量监督检验站和河南省农作物新品种重点实验室、河南省动物免疫学重点实验室。同时，在业务上指导21个市农业（蔬菜）科学研究所、30个县（市）农业科学试验站，形成了省、市、县三级农业科研体系。
科研方面，农科院每年主持有上百项省级以上科研项目，包括国家“863”项目、国家重大科技攻关项目、国家农业“跨越计划”项目、国家杰出青年基金项目、948项目等，取得了丰硕成果。“八五”以来，共获得省部级以上科研成果奖483项，其中国家科技进步一等奖1项，二等奖14项，三等奖16项，省科技进步一等奖18项。审定农作物新品种194个，其中国审品种达44个。
在成果示范和科技服务方面，农科院采取了切实有效措施，积极转化科技成果，通过建立示范基地、开展科技下乡活动、参与技术市场交流和成果展览等形式，为农业生产提供了高标准的示范样板和技术保障。仅2002年全院共组织实施示范基地、示范推广等项目共78项，参与科技人员250多名，推广新品种、新产品、新技术86项，在全省示范推广面积累计2357万亩，总增粮棉油等7.5亿公斤，新增社会经济效益11.8亿元。同时，发挥自身优势，创办科技型企业，全院已经注册具有法人资格的有限责任公司14家，经营性资产达5155万元，初步形成以“秋乐”、“金娃娃”等为代表的农科院种子品牌。
在新的形势下，农科院全面贯彻“三个代表”重要思想，大力发展农业科技，加强农业高新技术研究，加速科技成果转化，为全面实现小康社会提供强有力的技术支撑，为农业现代化建设做出新的更大的贡献。其主要任务是按照国家和河南省农业科技发展要求以及经济建设的需要，开展应用研究、应用基础研究和农业经济研究，着力解决农业生产中的关键技术问题，开展科技成果示范和科技服务，为河南省农业和农村经济发展提供技术支撑。
（三）河南省农业科技创新成果现状
在农业科技创新各主体的共同努力下，河南农业科技创新取得了骄人的成果：农作物育种数量实现了新跨越。2006年，河南省科技厅进一步加大了农作物新品种选育工作力度，先后启动实施了“超高产小麦新品种选育与示范”、“高产玉米新品种选育”两个重大科技专项，共有90个新品种通过省品种审定委员会的审定，同比增长14%，其中主要农作物新品种数量达到70个。通过推广应用新品种，使河南省小麦、玉米等主要粮食作物的良种覆盖率达98%以上，显着提高了主要农产品的品质结构和市场竞争能力。
农业科技成果研发取得了新突破。2006年，河南省科技厅积极引导、鼓励和支持高校、科研单位和企业开展农业科技创新活动，全省共有41项农业科技成果获得省级以上奖励。
其中“高产、优质、多抗、广适棉花杂交种——中棉所29选育及推广应用”、“大白菜游离小孢子培养技术体系的创建及其应用”等5项农业科技成果获得国家科技进步二等奖。“大白菜游离小孢子培养技术体系的创建及其应用”项目首次对大白菜活体小孢子在自然条件和培养条件下的发育特点进行了系统研究，发现了由小孢子诱导成胚的机理，成功地创建了大白菜游离小孢子高效培养技术体系，首次将大白菜游离小孢子培养技术大规模应用于育种实践，使育种周期由过去的10～12年缩短到现在的5～7年。
农业科技成果推广转化收到了新成效。通过对50多项重点农业科技成果的转化和推广应用，建立示范基地358个，示范区146.8万亩，建立中试线22条，生产线14条，实现了推广2000万亩的目标任务；发表论文136篇，其中在全国性期刊上发表82篇，培养博士研究生8人；举办培训班362期，培训各类技术人员4.6万多人；实现工业增加值1.12亿元，销售收入3.36亿元，净利润9654万元，上缴税收2296万元。河南农业大学承担的省级农业科技成果转化项目“高产耐密多抗玉米新品种豫单998综合配套技术研究与示范”，被安徽、湖北、辽宁、新疆的4个大型种子企业以400万元的高价买下了该品种的生产经营及技术转让权，创下了省内高校科技成果转化新纪录。
农民科技培训取得了新进展。制定出台了《2006年河南省星火科技培训工作意见》，围绕农作物及畜产品无公害生产等先进适用技术，组织实施了百万农民科技培训工程，全年共培训农民52万人次，同比增长24.1%。其中农村实用技术人才30.6万人次，农民工就业技能人才6.7万人次，星火科技带头人7.2人次，乡镇企业管理人员和工人4.3万人次，师资人才3.2万人次。
二、河南省农业科技创新存在的问题
（一）各农业科技创新主体之间缺乏合作
上述农业科技创新原始成果的取得得益于河南农业大学、河南农科院、地区农科所以及农业科技企业的研究人员在各自工作岗位上的辛勤工作、得益于省委省政府的大力支持，然而在全面建设小康社会和新农村的历史时期，面对建设现代农业的新形势，要促进河南农业大发展，不仅要重视原始创新，还应将集成创新作为当前农业科技创新的战略方向。而集成创新能力的加强首先要求各创新主体之间的合作。发达国家的农业科研机构之间有着非常好的合作关系。如在阿德雷德的维特园区出现的联合发展、同地办公、共享研究设施，参加的单位包括阿德雷德大学、联邦科学和工业研究组织、南澳大利亚研究开发院、南澳大利亚州初级产业和资源部、澳大利亚葡萄酒研究所。科研机构之间的有机合作是提高科技创新的重要条件，但省内的科研机构之间缺乏应有的合作，尤其是在农业科技创新体系中占据重要地位的河南农大和省农科院之间，由于隶属于不同的上级主管部门，研究人员、研究机构各自独立，缺乏有效的信息沟通机制，仪器设备不能发挥最大效应，很难统一组织力量面向市场去进行产品设计和科技攻关，造成研究项目低水平重复，难以研究出过硬的面向市场的可以产业化开发的科研成果。农业科研成果严重滞后于农业生产实际，成果利用率、转化率低，不但造成农业资源浪费，而且也不利于整体科技创新能力的提高。
（二）农业科技资金投入不足
资金是农业科技创新的前提，不管是科研机构的正常运转，先进仪器设备的购置，还是研究人员创新意识的提高都离不开资金的投入。各国政府也充分认识到农业科研的社会性和公益性，都给予农业科研巨额资助。美国农业是美国研究与开发长期投资的重点领域之一。国家对农业科技的投入自1958年以来以8%的年增长率逐年增加。美国联邦政府农业研究的投入有4种方向：一是对农业部研究机构农业研究局等的直接投入，占农业部投入的51%；二是对各州的拨款投入按法律方案，占农业部投入的30%，主要用于各州农业（包括畜牧业和林业）研究、学院的研究和推广以及合作推广体系的重点项目；三是竞争项目拨款，主要为国家研究计划和小型独立项目，占农业部投入的12%；四是特别项目拨款，占农业部投入的7%.尽管美国的农业科研经费较充足，政府为调控国家农业科研的方向，保持美国在现代食品与农业科研领域的国际领先地位以及强化生化安全研究能力，政府对农业科研投入力度逐年加大，为保证经费充足，还在2002年《农业法》起草时将大幅度增加农业科研经费，取消预算上限，提高最低拨款比例，增加地方政府配套资金，以及5年内科研经费翻番等新措施、新精神被写入了《新农业法》。从而在制度上保证了经费来源的稳定和充足。