隆美尔是希特勒赏识的部下，但隆美尔也有着自己的性格特征，他虽然尊敬元首，但他有时也违抗元首的命令。许多从德国逃出来的政治犯到法国的外国军团中同德国作战，希特勒曾命令隆美尔将非洲军团俘获的这些人就地枪决。但是隆美尔却拒绝执行希特勒下达的处决令，对这道命令置之不理。
阿拉曼战役期间，隆美尔和希特勒之间的裂痕越来越大。当英军很快就突破了德国人的防线后，希特勒责令非洲军团在阿拉曼战役中“要么胜利，要么毁灭”。隆美尔中止了已经开始的撤退，但同时也在试图取消希特勒这个残暴的命令。但是很快，危机越来越严重，于是隆美尔违抗了希特勒的命令，再次指挥他的部队撤退，直至遁入突尼斯山区。隆美尔还曾试图希望能够将非洲军团撤回到意大利，希特勒理所当然地拒绝了，并在元首指挥部对他大发雷霆。
希特勒曾再三重申不许非洲军团后退的命令，然而每一次都被隆美尔给违抗。于是12月底在元首指挥部，一场激烈的争吵在隆美尔和希特勒之间爆发了。当时，隆美尔已经意识到眼前的战争“简直是一种邪恶罪孽”，他十分想提醒自己的元首停止这场战争，用政治的手段来和平解决。因为他看到全世界都在反对纳粹德国。
在一次军事会议上，隆美尔第一个站起来，他说：“我的元首，我想代表德国人民向你阐述西线的严重局势，首先我想谈谈政治局势……”
没等隆美尔说完，希特勒打断他的话：“元帅，请谈军事形势。”
隆美尔却坚持说：“历史要求我们先谈政治处境。”
希特勒勃然大怒：“不行，今天只谈军事，别的什么也不谈！”
这时，隆美尔表现出了非凡的勇气，他面对希特勒的强压大声说：“元首，我必须坦率地承认，不提到德国的前途我是不离开这里的！”
此时已经失去理智的希特勒开始大声地咆哮：“陆军元帅，请马上离开会议室！”。
希特勒恢复了常态后，随即命令戈林到意大利去监督隆美尔在非洲的行动。
当非洲军团在突尼斯投降后，希特勒将隆美尔召回讨论当前形势。隆美尔告诉希特勒说他觉得战争不可能胜利了，并认为德国应争取“有条件的投降”。这再一次激怒了希特勒，他脸色铁青，大声叫喊：“记住，谁都别想跟我讲和平！”
此后，隆美尔和希特勒之间就再没有亲密的接触了。
战争后期，隆美尔已经觉得战争不再有胜算。他也知道希特勒的这场战争中首要的是俄国战役。他开始明白在前苏联的这场战役竟是如此的残酷，如果红军侵入德国，那么将导致最坏的结果。隆美尔的反应是：如果可能，就无条件投降，但最好是争取“有条件地投降”。假如盟军在诺曼底的入侵能被击退，那么新的德国政府将有了讨价还价的余地。但这一切都将是幻想。一方面，盟军的常规兵力已经具有压倒性的优势，另一方面，核武器此时正在研制中，可以想像得到的是，如果欧洲战事久拖不决，那么原子弹就很有可能落到德国头上。
隆美尔认为，如果盟军在诺曼底战役中失败，那么没有希特勒的德国仍旧能够获得一个能达成有条件投降的好机会。他没想到的是一场政变在登陆前就已开始预谋。1944年，在隆美尔任B集团军司令时，虽然着手准备对抗盟军登陆的海岸防御，但整个1944年的上半年，他都与柏林的密谋者保持着接触，但他认为在他们还无法得到能确保行动成功之前，柏林并不是谋划行动的合适地点。虽然有关暗杀方面的行动计划正在讨论，但隆美尔并不赞成这么做，起先他并不知道施陶芬伯格试图于1944年7月20日刺杀希特勒。有关施陶芬伯格的暗杀计划，事先只有极少数的人知道消息。
随着盟军确立了在诺曼底的优势，隆美尔意识到西线已经失败了，他现在想得更多的是如何停止战争以使盟军穿越德国并在红军之前抵达欧洲的中心。无论如何，都要阻止苏军对德国的占领。由于这个原因，他至少两次劝说希特勒接受他的意见，西线停止抵抗，但是只要稍微提及和平的请求，希特勒就大发雷霆。因此隆美尔认为使部队投降的最佳时刻就是在一旦盟军突破了诺曼底防线之时。
作为一名前线军官，当他下定决心要在西线停止抵抗时，他决定竭尽所能以防止双方军队再交火。在诺曼底，隆美尔曾和党卫军将领迪特里希和豪森会面，他向两个人直率地谈到投降要比继续在西线抵抗而让苏军占领柏林更有利。两人都同意他的观点，都认为继续抵抗是没有前途的。
1944年7月初，隆美尔就当时的形势写了一份备忘录并交给了希特勒。7月15日，他又写了另一份报告，其中有这样一段阐述：“这场不对等的战斗正在接近尾声，我认为应当从当前形势中得出必要的结论。作为B集团军司令，我不得不清楚地表达自己的看法。”
很显然，隆美尔并不相信他的报告会让希特勒改变主意，他之所以写下并散发这些备忘录有可能是为了在战后证明他在当时那种灾难性的形势下并没有保持沉默。当希特勒不再面对现实后，他认为自己不该受到责难并被迫独自采取行动。
盟军攻入法国后，隆美尔曾经设想过除掉希特勒以实现和平，“然后我就开放西线”。慕尼黑著名的记录片制片人莫里斯·菲利普·雷米在为其著作《隆美尔的神话》查找档案时，发现了长期保存在民主德国档案馆中的材料。这些材料证明，隆美尔当时确实很接近反抗，比现在众所周知的还要接近。作者雷米说：“说出‘我要开放西线’这样的话，需要很大的勇气——可能只有隆美尔才有这样的威望。如果他成功的话，盟军将在3～5天内占领鲁尔区，这样战争也可能在1944年8月结束。”
关于隆美尔是否真的参与了刺杀希特勒的计划，即被希特勒定为叛国罪的问题，历史上普遍的看法是他没有直接参与，也没有同意刺杀希特勒。因为他在听说希特勒遇刺时感到了无比的愤怒，他觉得“死希特勒可能比活希特勒更有危险”。所以，就在刺杀希特勒的前3天，隆美尔还乘坐敞篷车视察诺曼底前线。