洪武十三年正月春节期间，朱元璋突然宣布，以“擅权植党”罪处死左丞相胡惟庸。处死首相，是一件非同寻常的政治事件，朱元璋为此发布了一系列诏书，但都没有涉及“谋反”之事。在第一道诏书中，他告诫文武百官，朝廷设立中书省“以总天下之文治”，设立都督府“以统天下之兵政”，设立御史台“以括朝廷之纲纪”，“岂意奸臣窃持国柄，枉法诬贤，操不轨之心，肆奸欺之蔽，嘉言结于众舌，朋比逞于群邪”。因此他主张“革去中书省”，提升六部职权，并且用商量的口吻问道：“卿等以为如何？”第二道诏书继续清算胡惟庸等人的罪状：“丞相汪广洋、御史大夫陈宁，昼夜淫昏，酣歌肆乐，各不率职，坐视废兴，以致胡惟庸私构群小，夤缘为奸，或枉法以惠罪，或挠政以诬贤。”在正式宣布废除中书省与丞相制度的诏书中，他引经据典：“自古三公论道、六卿分职，不闻设立丞相。自秦始置丞相，不旋踵而亡。汉唐宋虽有丞相，然其间亦多小人，专权乱政。”因此决定废除中书省与丞相，“大权一归朝廷”，“以后嗣君毋得议置丞相，臣下敢以此请者，置之重典”。此后他特命儒臣编撰《相鉴奸臣传》，亲自为此书写了序言，依然是针对胡惟庸，“不守人臣之分，恃要持权，窥觇人主之意，包藏祸心，舞文弄法”。自始至终没有一字一句牵涉“谋反”情节。
平心而论，用“擅权植党”罪处死胡惟庸，绰绰有余。对于胡惟庸而言，可谓咎由自取。问题在于，朱元璋要除掉的并非胡惟庸一个人，而是一个庞大的“胡党”。御史大夫陈宁、御史中丞涂节以“胡党”罪被杀，受牵连的“僚属党羽”约一万五千多人。
一些官员察觉皇帝的心态，投其所好，纷纷请求株连李善长、陆仲亨等开国元勋。朱元璋没有同意，他这样说：我当初起兵时，李善长来投奔，说终于重见天日了。当时我二十七岁，善长四十一岁，他的建言大多符合我的意思。陆仲亨当时十七岁，父母兄弟都死了，他害怕被乱兵所杀，抱了一升麦子躲在草丛中。我叫他出来，跟随我打天下，以功封侯。这些人都是我初起时股肱心腹，我不忍心杀他们。
这其实是真实的假话。罗织起来的“胡党”，极大部分是捕风捉影、恶意诬陷的。最为令人不可思议的“胡党”分子，是为明朝制定礼乐制度的大儒宋濂，以及浦江义门郑氏。
洪武十三年十二月，已经退休的宋濂，因为孙子宋慎的关系，被罗织为“胡惟庸党”，从金华家乡押解南京。朱元璋要把他处死，马皇后从旁阻拦，说：民间延聘一位老师，尚且能够始终不忘恭敬，宋先生亲自教导太子和诸王，怎么忍心杀他？况且宋先生住在金华家中，怎么知道朝廷的事情？这一番话说得朱元璋哑口无言，只得把死刑改为流放。宋濂在发配四川茂州的途中，死于夔州。
金华浦江义门郑氏家族，是几百年累世同居的孝义之家，受到地方乡邻敬仰。他们近乎隐居，和胡惟庸毫无关系。可能是他们的家训《郑氏规范》，有宋濂撰写的序言，而受到牵连。有人诬告他们“交通胡惟庸”，因而也被“指为胡党”。
当然，朱元璋发动“胡惟庸党案”，主要是针对朝廷中掌握实权的元老重臣。仅仅“擅权植党”罪是不够的，必须继续罗织，使胡惟庸的罪状不断升级，从“通倭”（沟通日本）、“通虏”（沟通蒙古）到“谋反”。
为了达到这一目的，朱元璋在洪武十五年设立了特务机构锦衣卫，它的职掌，《大明会典》把它概括为两点：“直驾侍卫”与“巡察缉捕”。事实上锦衣卫令人望而生畏的并非“直驾侍卫”，而是“巡察缉捕”。它的镇抚司专门从事侦查、逮捕、审问人犯，并且有自己的监狱——直接听命于皇帝的“诏狱”。《明史·刑法志》说：“锦衣卫狱者，世所称诏狱也……幽絷惨酷无甚于此者。太祖时，天下重罪逮至京者，收系狱中，数更大狱，多使断治，所诛杀为多。”
锦衣卫秉承皇帝旨意，逮捕“胡党”，刑讯逼供，罗织罪状，编成《昭示奸党录》，作为惩处“胡党”的依据。此书现在已不易见到，钱谦益是见到过此书的，他写的《太祖实录辨证》说：“国初《昭示奸党》凡三录，冠以手诏数千言，命刑部条列乱臣情辞，榜示天下，至今藏贮内阁。余得以次第考之。”其中的一条，说的是胡惟庸和他的同党阴谋发动宫廷政变的情节：
自洪武八年以后，（胡）惟庸与诸公侯约日为变，殆无虚日。或候上早朝，则惟庸入内，诸公侯守四门；或候上（指皇帝）临幸，则惟庸扈从，诸公侯分守信地，皆听惟庸调遣，期约举事。其间，或以车驾不出而罢，或以宿卫严密，不能举事而罢。皆惟庸密遣人麾散，约令再举。五年之中，期会无虑二百余。
这段文字分明是在揭露胡惟庸等人企图行刺皇帝，从洪武八年到十三年，这伙“胡党”密谋活动竟有两百多次，近乎天方夜谭！五年间怎么可能不露一点痕迹？而且洪武十三年处死胡惟庸时，为何只字未提？
有些“胡党”的招供编入了《大诰》之中，例如“李茂实胡党第七”这样写道：当初，不知李茂实是胡党。由上元县民孙才四介绍，投靠胡惟庸门下，引诱邻里乡民充当义兵。胡惟庸处死后，李茂实逃窜，直到洪武十九年在沙县客店被捕。李茂实招供：洪武九年见到胡惟庸，在他家饮酒后，在西厅宿歇。次日，胡惟庸给李茂实一百三十个银锭，作为招募义兵的经费，云云。
这种语无伦次的文字，作为胡惟庸“谋反”的证据，只有锦衣卫那些头脑简单的打手才会相信。稍有头脑的人必然会反问：假如胡惟庸真想“谋反”，他的“胡党”里有不少开国元勋，手下兵多将广，哪里用得到老百姓的“义兵”呢？权倾一时的首相，即使要“谋反”，也绝不会和李茂实之辈商量，并且留他在家过夜。诸如此类的供词，破绽百出，荒诞不经，是不言自明的。
《大诰》有一条“指挥林贤胡党第九”，涉及“谋反”的主要情节——“通倭”，这样写道：指挥林贤在南京时，已与胡惟庸交往，结成死党。胡惟庸派遣亲信陈得中，与日本朝贡使节归廷（按：归廷乃人名）密谋，由林贤前往日本请求国王发兵，打着进贡来朝的幌子，配合胡惟庸谋反。
《明太祖实录》关于胡惟庸“通倭”、“通虏”的记载，就是根据《昭示奸党录》、《大诰》写的——“惟庸使指挥林贤下海招倭军，约期来会。又遣元臣封绩致书称臣于元，请兵为外应”。吴晗《胡惟庸党案考》明确指出这些纯系捏造，他说：“在胡案初起时胡氏的罪状只是擅权植党，这条文拿来杀胡惟庸有余，要用以牵蔓诸勋臣宿将却未免小题大做。在事实上有替他制造罪状的必要。明代的大患是南倭北虏，人臣的大罪结党谋叛，于是太祖和他的秘书们便代替胡氏设想，巧为造作，弄一个不相干的从未到过北边的江苏人封绩，叫他供出胡惟庸通元的事迹，算作胡党造反的罪状。后来又觉得有破绽，便强替封绩改籍为河南人，改身份为元遗臣，又叫他攀出李善长，引起第二次屠杀。一面又随便拣一个党狱中人林贤，捏造出一串事迹，算他通倭。”
洪武二十三年（1390），朱元璋指使亲信精心策划，唆使李善长家奴卢仲谦，无中生有地告发李善长与胡惟庸勾结，串通谋反。“谋反”的罪状是要满门抄斩的，看得出来，朱元璋想要斩草除根。他振振有词地说：李善长既是开国元勋，又是皇亲国戚，知道胡惟庸的“逆谋”而不揭发，狐疑观望，首鼠两端，大逆不道。
欲加之罪，何患无辞！七十七岁的李善长一门七十多人被杀，只有长子李祺因为有妻子临安公主的庇佑，才幸免一死。
接着又有吉安侯陆仲亨家奴出来告发，说陆仲亨勾结唐胜宗、费聚、赵雄等侯爵，“与胡惟庸共谋不轨”。家奴的诬告成为定罪的唯一依据，结果统统满门抄斩。
在朱元璋心目中，“满朝都是胡党”，必须彻底肃清，并且把《昭示奸党录》公布于天下。据史家记载，肃清的“奸党”，包括家属在内，共计约有三万人之多，令人毛骨悚然。
陆容在《菽园杂记》中说，他弱冠时在太仓兴福寺见到一位八十多岁的老和尚，此老年轻时曾参与纂修《永乐大典》，颇有见识。老僧对陆容说：“洪武间，秀才做官吃多少辛苦，受多少惊怕，与朝廷出多少力？到头来，小有过犯，轻则充军，重则刑戮。善终者十二三耳。其时士大夫无负国家，国家负士大夫多矣。”当时士大夫能够逃过杀身之祸的不过十之二三，毫无疑问是国家有负于士大夫。想不到出家人对尘世的是非看得那么透彻。
后世的史家对“胡惟庸党案”颇持怀疑态度，王士骐《皇明驭倭录》就对胡惟庸“通倭”、“谋叛”的说法表示质疑：“近年勘严世蕃亦云交通倭虏，潜谋叛逆，国史谓‘寻端杀之，非正法也’。胡惟庸之通倭，恐亦类此。”谈迁《国榷》明确说，“（胡）惟庸非叛也”，乃是“积疑成狱”，可谓一语道破。