早在太子时代，他就知道南京兵部尚书马文升的正直名声，即位后任命他为都察院左都御使，希望他在监察岗位上发扬嫉恶如仇的风格。
马文升对于皇帝的知遇之恩十分感动，自我奋励，犯颜直谏。弘治元年（1488）二月，孝宗举行“耕藉”仪式后，宴请群臣，觥筹交错之际，还有文艺节目演出，教坊司的歌舞伎的表演，言语粗俗淫秽。马文升拍案而起，厉声说：新天子耕藉田，是为了知道稼穑的艰难，怎么可以用这种东西来亵渎宸聪呢？立即把歌舞伎赶下台去。几天以后，马文升从监察官的视角向皇帝提出时政的十五件大事：选廉能以任风宪，禁摭拾以戒贪官，择人才以典刑狱，申命令以修庶务，逐术士以防煽惑，责成效以革奸弊，择守令以固邦本，严考课以示劝惩，禁公罚以励士风，广积储以足国用，恤士人以防后患，清僧道以杜游食，敦怀柔以安四裔，节费用以苏民困，足兵戎以御外侮。孝宗欣然接受，一一付诸实施。
次年，兵部尚书余子俊去世，由马文升顶替他出掌兵部。当时承平日久，兵政废弛，他严厉考核将校，罢黜贪赃懦弱者三十余人。这批人大为怨恨，夜里挟带弓箭埋伏他家门口，企图暗杀，并且炮制毁谤文书射入长安门内。孝宗获悉后，命锦衣卫搜捕人犯，并给马文升加派十二名卫士，保护他的出入。
孝宗倚重的大臣中，最不为人注意的是刘大夏。此人的名声远远不及王恕与丘濬，却最和皇帝谈得来。
弘治十五年，孝宗任命两广总督刘大夏为兵部尚书，立即召见他，问道：朕一向重用你，为何屡次推辞？刘大夏回答：臣年老多病，现在天下民穷财尽，万一发生动乱，责任在兵部，自度能力不足以胜任，因此推辞。孝宗默然无语。几天以后，孝宗再度召见，问道：税收和往年一样，为何说今日民穷财尽？刘大夏说关键在于“不尽有常”——并不按照常例征收，他以广西征敛铎木、广东征敛香药为例，额外征收的费用超过白银一万两。孝宗说：听取你的建议，这些征敛已经停止了，其他征敛可以一一设法停止。
几天后，孝宗召见他，询问卫所的士兵是否强勇，是否可用。刘大夏回答：臣日前说民穷，而卫所士兵的穷困更甚，怎么能够指望他们强勇？孝宗十分不解地说：士兵在驻地有月粮，出征有行粮，何至于穷困呢？刘大夏说：江南的士兵困于漕粮的转运，江北的士兵困于充当京操，所谓月粮、行粮大半为将帅独吞，能不穷困吗？孝宗叹息道：朕在位十多年居然一无所知，辜负了人主的称呼。随即命令各部门的大臣，从本职出发，畅言军民弊政，择要改正。
弘治十六年五月，北京大旱。兵部尚书刘大夏向皇帝指出，兵政的弊端没有全部革除，引咎自责，请求罢官，皇帝不许，要他陈述所说的弊端。刘大夏写了一份奏折，列举十件大事。皇帝看了表示嘉许，指示有关部门一一照办，并且在便殿召见刘大夏，君臣之间畅所欲言。
孝宗说：每每遇到棘手的事情，总想召你来讨论，又因为不是兵部的职责而作罢。今后如有应当实行、应当废止的事情，你可以写揭帖（直达皇帝的机密文件）直接送给朕。
刘大夏对于这种特殊待遇有点受宠若惊，回答：不敢。
孝宗问：为什么？
刘大夏以为，用揭帖形式的君臣单独交流，有片面性，如果臣下都给皇帝写揭帖，朝廷按照揭帖来发布政令，越过了正常的行政程序。他说：一件事情是否可行，应该交给各府、部审议，然后征询内阁的意见，才可以作出决定。如果用揭帖，对上对下都有弊端，不是后世可以效法的，因此臣不敢效从。
孝宗欣然接受，还问他：天下何时可以太平？朕如何能够成为古代的贤明帝王？
刘大夏说：求治不宜太急。凡是用人行政大事，应该召见内阁大学士，以及各府、部执政大臣，当面议论决定，然后实行，但求顺理，以致太平。
孝宗说：内阁大学士刘健推荐刘宇，说他“才堪大用”。朕看刘宇是个小人，如此看来，内阁也未必全可信赖。他还对刑部尚书闵珪执法有时违背圣旨，十分恼怒，想听听刘大夏的意见。
刘大夏说：臣下执法以效忠朝廷为前提，闵珪所作所为，不足为奇。
孝宗问：古代也有这种情况吗？
刘大夏用上古时代舜与皋陶的关系为例，予以说明。
孝宗沉默片刻，他虽然感到闵珪执法有点过分，但考虑到人才难得，还是批准了闵珪的奏请。
这样的君臣对话次数很多。有一次孝宗把刘大夏召到御榻前，命左右侍从太监回避，两人单独侃侃而谈，时间不知不觉过去。对话结束时，跪在地上的刘大夏累得站不起来，由太监搀扶而出。
孝宗与刘大夏的密谈，连内阁辅臣也不与闻，阁臣为了了解皇上旨意，等候刘大夏出来，询问皇上说了些什么。有好事者赋打油诗：“当时密语人不知，左右惟闻至尊羡。”有一次，孝宗在内宫召见刘大夏，屏退左右侍从，问道：朕遵守祖训，不敢过分渔猎人民，然而各省依然民穷而亡，是什么原因？刘大夏叩头说：臣在广东时间很长，请以广东为例说明。广东市舶司太监一年聚敛的钱财，相当于一省官员俸禄的总和；如果稍微放纵一下，立即成倍增长，都出于人民。孝宗说：这种弊端由来已久，朕在宫内势力孤单，恐怕难以大改，只能等待这些太监老死，或有罪罢官，不再派太监继任。这段对话被躲在暗处的小太监偷听到了，孝宗死后，刘大夏竟然发配甘州，就缘于此。正德三年（1508），专权乱政的大太监刘瑾找个借口把他逮入锦衣卫诏狱。与他同一牢房的人建议他以行贿求生，刘公回答：死在诏狱，祸止一身；纳贿免死，累及子孙，丧失一生名声。刘瑾本欲处死他，都察院都御使屠滽力持不可，刘瑾谩骂道：即使不死，也应该充军。于是发配甘州。当时刘大夏已经七十三岁，身穿布衣徒步来到大明门下，叩首而去。
四
孝宗并非完人，他也有帝王的劣根性。《明史》赞誉孝宗为“贤君”，把他与宋仁宗相比拟，说：“宋仁宗时，国未尝无嬖幸，而不足以累治世之体；朝未尝无小人，而不足以胜善类之气。孝宗初政亦略似之。”请注意最后一句话“孝宗初政亦略似之”，是说他的前期约略近似于宋仁宗，言外之意他没有慎终如始。
他的“初政”，有一点拨乱反正的架势，弘治八年（1495）以后，渐趋懈怠，上朝经常迟到，沉迷于道教，耽于游乐，流露出帝王常有的惰性。太监李广投其所好，怂恿诱导，使他不能慎终如始。《明通鉴》说：“上（指孝宗）自八年后视朝渐宴，中官李广以斋醮烧炼被宠。”
弘治十年二月，他在李广带领下，去西苑游猎，匆匆赶回参加“经筵”（为皇帝安排的经学课程）。侍讲学士王鏊在讲课时，特地引用周文王不敢盘桓于游猎的典故，反复规劝。孝宗为之动容，对李广说：讲官所指就是你们这些人，好自为之。但此后依然固我。内阁辅臣刘健、李东阳针对他倦于朝政，在近侍太监李广引诱下继续“驰骋荒淫等事”，向他提出批评：“近日视朝太迟，免朝太多，奏事渐晚，嬉游渐广”，希望他“惕然省悟，侧身励精”，他根本听不进去。
李广在宫中多年，深知皇上的软肋——沉迷道教，把道士请进宫来，做法事，摆道场，炼丹药，博得皇上的欢心。结果是，朝政荒疏，李广愈发受宠。内阁大学士徐溥写了奏疏劝谏：近来陛下批答奏疏经常中断，或者稽留数月，或者不交政府施行，政务大多壅滞，正直人士遭到疏远，异端邪说畅行无阻。最近听说，有人用斋醮烧炼之说迷惑皇上。有史为鉴，宋徽宗崇信道教符箓，导致皇位不保；烧炼丹药，药性酷烈，唐宪宗因此而殒命。陛下如果亲近儒臣，明正道，行仁政，福祥善庆不召自至，何必假手妖妄之说？据说，孝宗看了这份奏疏，“为之感动”，不过仅仅是感动，并未付诸行动。
几天以后，户部主事胡燿直言：陛下受到左右小人蒙蔽，李广之流引用道士，在宫中滥设斋醮，惑乱圣听，浪费国储。竟然有不肖士大夫从早到晚乞怜于其门，交通请托，不以为耻。言官有所检举揭发，动辄瞻前顾后，苟且塞责。因此，他主张消除方士、中官、传奉冗员之害。孝宗的态度如何呢？“留中不报”——扣压奏疏不转发内阁，不了了之。礼部郎中王云凤、给事中叶绅、御史张缙先后上疏，议论时事，支持胡燿的观点。叶绅的奏疏，集中弹劾李广八大罪状，例如：诳陛下以烧炼而进不经之药；道士崔志端与王应裿称李广为“教主真人”，李广则为他们乞求官职；盗引玉泉之水绕经自己私宅；首开幸门大肆贪赃等。一时间李广权势显赫，皇亲驸马把他视为父辈，总兵镇守尊称他为公爵。叶绅责问道：“陛下奈何养此大奸于肘腋，而不思驱斥哉？”王云凤的言辞更为激厉，请求把李广斩首，以消弭灾变。李广对他恨之入骨，派锦衣卫校尉埋伏在王云凤寓所附近，企图暗杀未遂。不久，在扈从皇帝举行祭祀仪式的归途上，李广征得皇帝同意，逮捕王云凤，关进锦衣卫诏狱。
李广根据道士的建议，劝皇帝在万岁山上建造毓秀亭，在河间府修建道观庙宇，遭到吏科给事中周玺抨击，皇帝不予理睬。巧合的是，毓秀亭建成不久，孝宗的小女儿（幼公主）病死，太皇太后居住的清宁宫发生火灾，引起朝野震动。内阁大学士刘健尖锐地指出：斋醮祈祷乃邪妄之术，适足以亵渎上天，助长邪恶。近来奸佞之徒每每用斋醮荧惑陛下视听，妨碍朝政，致使贿赂公行，赏罚失当，纪纲废弛，贤否混淆，工役繁兴，征敛百出，公私耗竭；而大小臣僚被奸佞挟制，畏罪避祸，钳口结舌，下情不能上达，以致愁叹之声仰干和气，积累为灾异。刘健的矛头直指李广，然而却奈何不了这位皇帝宠信的佞幸。真正给他致命一击的是太皇太后，她对于公主之死、清宁宫之灾，大为光火：“今日李广，明日李广，果然祸及矣！”老祖宗发话，李广知道大祸临头，畏罪自杀。
李广死后，孝宗怀疑他家中藏有道教的“异书”，派人前往搜索。结果，搜到了一本比“异书”更异的“贿籍”——记载官员贿赂的账簿，上面写着文武官员的姓名，某某馈赠黄米几百石，某某馈赠白米几千石。孝宗十分不解，问左右侍从：李广一家要吃多少粮食？为什么要那么多的黄米白米？左右解释：这是黑道上的隐语，黄米指的是黄金，白米指的是白银。孝宗听了勃然大怒，想不到他宠信的奴才竟然是个巨贪，随即下令把李广家产充公，并且要司法部门查处贿赂李广的官员。那些贿赂者惊恐万状，连夜奔走于寿宁侯张鹤龄家，寻求庇护。张鹤龄非等闲之辈，乃孝宗的皇后张氏的弟弟，可以通天。孝宗是少见的感情专一的皇帝，夫妇感情甚笃，碍于皇后与国舅的面子，查处贿赂官员之事不得不半途而废。皇后张氏和她的弟弟张鹤龄、张延龄为非作歹，全是由于孝宗“仁而不断”的结果。
《明史·孝宗本纪》这样点评道：“成化以来，号为太平无事，而晏安则易耽怠玩，富盛则渐启骄奢。孝宗独能恭俭有制，勤政爱民，兢兢于保泰持盈之道，用使朝序清宁，民物康阜。”一味赞誉，对他的不能慎终如始，只字不提，失之偏颇。