7月，富德军终于在阿尔楚山追上回兵。富德见山下尽是老弱残兵，料叛军有埋伏，果然霍集占于两山之间设下了伏兵，又在山谷路口列阵以待，用老弱残兵引诱清军进入山口。富德没有中计，即刻分兵三路，令巴图济尔、鄂齐尔率左翼攻左边山头；由屯、伊柱率右翼攻夺右边山头；富德亲率中军以火炮猛轰谷口敌阵。战斗开始，富德率中路军进入山口，果然伏兵四起，然而清军早有防备，三路同时进攻，从左右两翼，从下向上发动了猛烈的进攻，设伏的叛军抵挡不住纷纷败退，清军则随后紧迫20多里，又与叛军战成一团，清军杀死回兵无数。清军猛追猛打，一战便歼敌千余名，俘虏50余名，霍集占的心腹战将阿布都克勒木也被清军击毙。清军以日行百里的速度猛追穷寇，大小和卓木狼狈逃至巴达克山，负隅顽抗，并抢占了山势险峻的有利地形。当清军抵达巴达克山脚下时，叛军正用武力掩护家眷和辎重由河边翻山越岭。清军立即展开强攻，逼近敌阵，用大神炮、威远炮轰击，敌军则从山口用枪炮还击，一时间炮声轰轰，飞沙走石遮天蔽日。在强攻的同时，富德又展开了宣传攻势，令随征的回部首领霍集斯、鄂对等在阵前高竖回部旗帜，用回语呼喊，劝回族百姓投降，以保证生命和财产的安全。山上回族群众原先一直受大小和卓木的欺骗和蒙蔽，听了清军的宣传政策，开始有些回心转意，回民中产生了骚动。富德跟着又采取了第三个步骤，派前锋参领喀木齐布、侍卫齐里克齐率40余名精选出来的鸟枪手，从山的北面迂迴上去，再令侍卫额尔登额、老格率兵随后策应。富德的这套攻坚和攻心相结合的战术果然有效，只见山上数千回民扶老携幼不顾霍集占等叛乱头目的威胁阻拦，相互护卫着，蔽山而下，声如奔雷，接受清的招抚，先后有数万名回民纷纷下山。北面的2000余回兵被清军堵截，不战而降。大小和卓木见大势已去，众叛亲离，只得放弃抵抗，率领三四百人夹着尾巴逃跑，投奔巴达克山部首领。
富德早已派侍卫向巴达克山汗素尔坦沙说明了清军的立场和政策，劝导素尔坦沙汗不要与叛军勾结。但素尔坦沙起初还犹豫不决，仍将大小和卓木迎入城内。富德只得发出最后通谋，限其在25天内交出大小和卓木，否则清军将踏平巴达克山，格杀勿论。素尔坦沙思前想后，既担心受大小和卓木叛乱的牵连而使自己遭清军进攻，又担心日后大小和卓木会忘恩负义，篡夺自己的国家，因为他素知大小和卓木的野心。于是一不做二不休，把只有几百人的大小和卓木兄弟团团围住，大小和卓木真是上天无路，入地无门，只有束手就擒，被素尔坦沙汗一齐枭首。素尔坦沙汗还想将这些叛军的家属全被处死，正巧清军檄文传到，于是把大小和卓木的头颅、尸体，以及他们的妻孥旧仆等，尽行缴出。清军带着叛军头目大小和卓木的首级凯旋而归。至此，大小和卓木发动的叛乱被清朝政府平定下去了。
乾隆帝命陕甘总督杨应琚，筹办回疆善后事宜，兆惠等有功之臣被召往京师，乾隆嘉封兆惠为一等功，加赏宗室公品级鞍辔；富德封为一等侯，并赏戴双眼花翎；参赞大臣阿里衮、明瑞等，俱赏戴双眼花翎。其余将官则一一论功行赏。
乾隆对于“堂堂大清，兵力全盛之时，不得已用兵西域”，不越五年，而西陲万余里城无不下，众无不降，感到十分得意。他说，对于准噶尔、回部上层贵族发动的叛乱，“不得不明正其罪，以彰挞伐”，是顺乎人情、合乎天理的事，决不是大清帝国“穷兵黩武”和皇帝“好大喜功”。乾隆帝同时承认，他坚持用兵还有两个军事目的：一是时值康乾盛世，安享太平，八旗子弟也多耽溺于安逸之中，缺少了传统的淳朴勇猛之气概，而现在蒙师远征平叛，正可以“借以练我杀敌致果之将材”。
二是以往远征西域边陲，军需供应全由内地承担、征集、调运、押送……劳民伤财。而且战争失利往往与粮饷供应不足有关。现在“西陲大功告成，一应事宜必期熟筹可久……今准噶尔回部荡平，屯田驻兵，自伊犁以达叶尔羌，向日之边陲又成内地”。这样一来，“回部之赋税，屯田之收获，以及沿途贸易、城仓积贮，储胥充裕”，便可就近解决大部军需供应。不仅现在，尤其是将来，一旦西域发生战争，则“不独内地毫无飞鞔馈运之劳，而陕甘两省蠲账之恩有加无已”。
清朝政府统一天山南北后，建立了军府制，设伊犁将军”总统新疆南北两路事务”，派参赞大臣驻喀什噶节制南路各城，天山南北社会生产得到恢复发展，清政府则加强了对西北地区的统治与边防，维护了国家的统一和领土的完整。
§§§第七节 藏民土司叛乱清军荡平大小金川
大小金川土司在清朝乾隆年间发生叛乱，清军两次派重兵镇压，维护了西南边疆的和平。
四川藏民反清打箭炉之战1700年（康熙三十九年），四川藏民反清，占领打箭炉（四川康定）。清王朝派侍郎满丕提督唐希顺率兵进攻，收复打箭炉，于是雅陇江地区、喇滚、革布什咱等诸地首领各率所属共约1．2万余户归顺大清。
清军攻打四川藏族如郎之战1745年（乾隆十年），清廷川、陕总督庆复派兵进剿上、下瞻对（四川新龙）地方的藏族首领，因为他们违抗朝廷。庆复将大军分为四路，各路之间相互联系：夔州副将马良柱出呈塘，从南路进攻；松藩总兵宋宗漳出甘孜，由北路攻击；建旨总兵袁士弼出沙晋隆（四川乾宁境内），从东路进军；提督李质粹领兵屯驻东俄洛（四川雅江东）作为预备队。北路清军进展顺利，沿途藏民纷纷归顺，上瞻对藏族首领被迫放弃抵抗，投降清军。南路清军在击败下瞻对的藏族头目班滚的拦截力量之后，也赶到下瞻对附近，三路清军胜利会师。
乾隆十一年，庆复再一次组织清军围剿藏民叛乱，清军由茹色渡过雅龙江包围了藏民居住的尼日寨，攻克了如朗一地，附近各寨迫于清军的声威而相继归顺。只有狡猾的班滚率领残兵败将逃到了金川，继续与清军作对。
初平大小金川大小金川，是大渡河上游的两个支流，地处四川北部，是藏民的土司区域，因沿河诸山和谷地有金矿而得名。这里的地理位置十分重要，东通成都，南接云贵，西连康藏，北界青海，“万山丛矗，中绕詾溪，皮船笮桥，曲折一线”。这里的藏民又称作番民，因气候严寒多雪，物产不多，以青稞，荞麦等杂粮为主食，以石碉为屋。
我国西南部的云南、贵州、广西、四川等地，历来是少数民族集居或与汉族杂居的地区，社会关系错综复杂。自元明以来，我国中央王朝的统治阶级，就采取土司制度统治这一地区的少数民族。土司制度是兼指土司与土官两种统治制度而言。前者包括有宣慰司、宣抚司、安抚司等，这些官爵职称受封于中央但实际上是割据一方的地方政权；后者包括土知府、土知州、土知县等，是按汉族地区的行政区划设立的而由少数民族头人所担任的官职。这种土司制度，是在西南少数民族地区经济落后，交通梗阻的条件下，中央政府在军事征服或政治招抚之后实行的“羁縻”政策和特殊的统治制度。
清朝初年，由于中央政府忙于巩固国家的统一和抗击沙俄入侵，一时无力来加强对西南地区的统治，西南地区仍沿用土司制度，造成了社会的动荡。有些大土司，辖地数百里，拥兵数千累万，骄怒暴戾，横行不法，拒不听从清朝的管束，不仅不利于清朝多民族国家的统一，也不利于少数民族地区社会生产的发展。
金川地区，隋属金川县，唐属维州，明属杂谷安抚司，明代所封金川土司实指小金川土司而言。清袭明制，在1650年（顺治七年）清廷授小金川的头人卜尔吉细为“四川直隶杂谷理番府金川演化土司”，即为小金川土司。康熙六十年（1721年），土司嘉勒巴的庶孙莎曼奔，因率兵500随清军征剿西藏羊峒（今南坪）有功，被四川巡抚色尔图和提督岳钟琪命为副长官司，专管大金川驻牧事务。雍正元年（1723年），川陕总督年羹尧认为小金川土司人众势强，为防患于未然，请求清廷委任大金川土司之孙莎罗奔为安抚司，以分其势，清臣同意，遂授莎罗奔以“大金川安抚司印”，即为大金川土司。这样，清朝统治者对大小金川土司实行了以番治番、分而治之的政策。
大金川土司莎罗奔借用朝廷的支持和纵容，势力日益强盛，逐渐养成尾大不掉之势，经常出兵侵扰同边其它土司的领地，并谋图吞并小金川土司泽旺的领地。莎罗奔先以女儿阿扣嫁给泽旺为妻，泽旺性懦弱，受制于其妻，这样莎罗奔就肆无忌惮地插手小金川的事务。1746年（乾隆十一年），莎罗奔劫持泽旺及其印信，四川总督下令申斥，莎罗奔因羽毛未丰，“始还泽旺于故地”。随后莎罗奔积蓄力量，气焰日益嚣张，不服四川地方官的劝阻和调解。乾隆十二年，莎罗奔又发兵攻掠杂布什咱和旺正两土司的辖区，并击溃了前往镇压的清军，四川巡抚纪山的军队反为莎罗奔所败，此事惊动了朝廷。乾隆令“征苗有功”的云贵总督张广泗为川陕总督，统兵进剿，平定大金川叛乱。