清朝政府对阿睦尔撒纳的漏网脱逃，深感忧虑，是清廷的心腹之患。乾隆认为阿睦尔撒纳虽然败逃，可他“不能久甘穷困，势必滋生事端，为患边境”，而俄国收留他，是准备“抚而用之”，“逆贼一日不获，西路之事一日不能告竣”，决心要把阿睦撒纳逮捕回来。因而下令理藩院向俄国政府发出照会，强烈要求俄国执行中俄两国以前已经议定的彼此不匿逃犯之条约。之前，当阿睦尔撒纳初入俄境后，清军曾两次派人与俄国地方官员交涉，但俄方借口推诿，拒绝交出阿睦尔撒纳。经清朝理藩院一再交涉，要求引渡阿睦尔撒纳。直到二十三年（1758年）正月，俄方才正式通知清政府，说阿睦尔撒纳已经染天花病死，让中方派人到边境验尸。自阿睦尔撒纳叛逃之后，俄国西伯利亚总督“担心此事会泄露出去，就决定把阿睦尔撒纳安置在离托波尔斯克20俄里已经废弃的库杜斯克酒厂的一所房子里”。阿睦尔撒纳失去人身自由而染病客死他乡，这就是一个叛徒和卖国者的下场。俄国政府本打算借阿睦尔撒纳之手插手中国边境事务的梦想成为泡影。
准噶尔贵族掀起的叛乱虽至此结束，但它给本部人民造成了无比深重的灾难。除少数部民受到清廷保护之外，“计数10万户中，先痘死者十之四，继窜入俄罗斯、哈萨克十之二，卒歼于大兵者十之三”。
乾隆时期，在肃清了准噶尔部在青海和西藏的势力之后，于1755年和1757年两次派兵进攻伊犁，彻底平定了准噶尔部的长期叛乱。这样，清政府经过70年间连续对准噶尔部的用兵，最后取得了胜利。至此，在清帝国的康乾盛世之下，西北边疆的蒙古各部开始了祥和安定的生活。
历时70年平定准噶尔贵族的叛乱，清军之所以取得胜利，除了政治上的原因之外，还有军事上的原因。首先，清廷出兵前，认真做好战争准备。准噶尔及其它蒙古各部地处荒漠，蒙古兵强悍骁勇，能骑善射。而大漠南北的环境对劳师远征的清军来说，却是严峻的考验。这里地广人稀，荒凉而且气候多变，供给困难。为了适应在这样特殊地理条件下的作战需要，清军海战都有针对性地备足所需要的物质、粮秣、马匹等，保证战争的顺利进行，当然这也是有清廷强大的物力财力作战争后盾，才能保证供给。所以清兵虽劳师远征，但粮草兵马源源不断调经前线，这些是平定边疆叛乱的物质基础。其次，清不打无准备之战，能依据客观情况，制订出切合实际的作战方针，当然也与一些著名将领知己知彼，富有军事经验有关。康熙时，根据准噶尔地处荒漠、辽阔遥远，清政府实力不足等情况，制定了“诱敌邀击”的方针。诱敌至漠南，断其后路，合击歼灭。康熙、雍正两朝采取的都是这一方针。乌兰布通之战是在叛军进至距京约700里之地的蒙古地区进行的。昭莫多之战，本来也准备将叛军诱至漠南，由于噶尔丹久踞漠北巴颜乌兰地区，康熙帝才根据形势的变化分路出击，取得了胜利。乾隆朝时，相对而言，清朝中央政府的实力增强，而准噶尔部叛乱力量却实力下降，因此乾隆帝采取了分兵两路、长驱直入、直捣伊犁的方针，从而取得了平叛战争的决定性胜利。最后，清军在战争中善于发挥精锐部队的优势和先进武器的威力，在心理上和事实上给叛军以重创。乌兰布通之战，清军集中了大批火炮击破噶尔丹的“驼城”之后，才成为取胜的关键。昭莫多之战中，火炮也发挥了重大的作用。乾隆朝两次下令清军长驱直入攻克伊犁，主要靠的是精锐轻骑分兵进剿，叛军不知所措，以为是天兵天将来临。
当然，清军在几十年的平定准噶尔叛乱的战争中，军事指挥上也有失误之处。主要表现在前线一些将领偏听偏信，多次中了敌人的缓兵之计。另外各路清军经常不能密切配合，有的甚至闭关自保，误了不少战机，致使战争拖延了70年。当然大漠南北艰苦恶劣的地理环境以及叛乱各部军队的凶悍，神出鬼没，也增加了清军平定叛乱的困难。
应该指出，清政府坚持几十年的平准战争对于恢复国家统一，挫败沙俄的侵略阴谋，维护西北边疆的和平有着极为重大的意义，促进和加强了西藏、青海及大漠南北地区与清朝中央政府的密切联系。但不可否认，清政府实现平叛维护统一的军事手段是十分残酷的。由于准噶尔部几代首领长期割据叛乱，各族对清朝政府充满了敌视和不信任，同样，清朝统治者对叛乱各族也十分仇视和痛恨。因此，清军多次出兵平定叛乱时，驱兵直入，烧杀抢劫，波及无辜，“凡山陬水涯，可渔弥资生之地，悉搜剔无遗”，“草薙禽狝无噍类”。有些部落已经归降但因受清军怀疑，也悉数遭到屠杀。多年的战乱使天山北部一片荒凉。
清朝为加强对西北边疆的控制，在伊犁设立了驻防将军、参赞大臣，领队大臣等。被准尔部逼迫西迁的土尔扈特部也于1771年从俄罗斯内迁回西北边疆，使北疆的形势进一步稳定。
§§§第六节 南服回疆平定大小和卓木
清朝政府在平定了天山北路以准噶部为主的割据势力的叛乱之后，将天山北路归入清室版图，设宫筑城，安置百姓，发展生产。但时隔不久天山南路又爆发了大小和卓木的叛乱，清廷出兵迅速平叛，从而加强了新疆地区与清朝中央政府的联系。
库车之战天山南路的回部与准噶尔部只隔一山，回部政权落入回教上层人物和卓木之手。
和卓木意为穆罕默德之后裔，玛赫杜米？阿扎木，早年自中亚来南疆传布伊斯兰教，以和卓木自居，深受察合台汗后王拉什德汗崇信，其后代则世称和卓木，并形成白山与黑山两派，进行争权夺利的斗争。察哈台后王伊斯耳汗支指黑山派，驱逐白山派领袖阿帕克和卓木出南疆。阿帕克和卓木向北疆准噶尔部求援，准部首领噶尔丹在康熙十七年（1678年）派兵进踞南疆，将察哈台汗的后裔诸汗拘禁于伊犁（即迁往北疆），而令阿帕克和卓木作为傀儡统治南疆。阿帕克和卓木死后，黑山和白山两派斗争又起，漠北的准噶尔部再次出兵天山南路，尽俘两派和卓木的后人并迁往伊犁。噶尔丹败亡后，阿帕克和卓“自拔来归”，清政府送他返归叶尔羌。至策旺阿拉布坦父子统治准噶尔部时，重又控制了新疆，时值阿帕克和卓的儿子玛罕木特为和卓，成为回疆维吾尔族人民“众所尊服”。准噶尔控制了玛罕木特，并令其“总理回地各城”。作为白山派的领袖，玛罕木特企图摆脱准噶尔贵族的统治，结果被噶尔丹策零掠至伊犁禁锢起来。玛罕木特的两个儿子，长子波罗尼都和次子霍集占就是所谓大小和卓木。清军平定准噶尔达瓦齐割据势力，进驻伊犁时，玛罕木特已死，他的两个儿子大小和卓木得到释放。这是乾隆二十年（即1755年）。清政府深知大小和卓木乃“回部头目”，于是派兵护送大和卓木波罗尼都返回故里叶尔羌，“使统回部”，而留小和卓木霍集占在伊犁掌管伊斯兰教事务。
清朝政府本想利用霍集占兄弟在宗教上的影响，去“招服叶尔羌、喀什噶尔人民”，从而和平地统一南疆。波罗尼都本人对清政府感恩戴德，曾说过这样的话：“我家三世为准夷所拘，蒙天朝释归，得统所部，此恩何可忘也”？而霍集占却是一个野心勃勃的人，他曾参与了阿睦尔撒纳在伊犁发动的叛乱，并且“率众助逆”。及至阿睦尔撒纳的叛乱被平定，霍集占怕受牵连而逃回了南疆叶尔羌。霍集占一心想摆脱清朝的控制而自立，偏其胞兄波罗尼都胆小怕事，愿意归附清朝。于是霍集占反复蛊惑人心地煽动波罗尼都，说他们的远祖摩诃末曾声灵赫濯，天下闻名，传到他们辈子孙时，却受制于人，“若听大皇帝（按：指清朝乾隆帝）谕旨，你我二人中必有一人唤至北京以为质，当于禁锢何异？莫若与中国抗拒，地方险远，内地兵不能即来，来亦率皆疲惫，粮运难继，料无奈我何。且准噶尔已灭，近地并无强邻，收罗各城，可以自立”。霍集占被权力的欲望弄得头脑发昏，低估了清朝中央政府平定叛乱维护边疆统一的力量和决心。清朝毫不犹豫地残酷镇压准噶尔部屡次叛乱的事在波罗尼都的心里历历在目，可以说是触目惊心，所以波罗尼都“欲安集回地各城人民，听候大皇帝谕者，而霍集占不从”。霍集占反复劝诱其兄叛清自立，在《圣武记》中也有类似记载，霍集占对其兄说，“我祖宗以此受制于人，今喜强邻已灭，无逼处者，不以此时自立国，长为人奴仆，非计。中国新得准部，反侧未定，兵不能来；即来，我守险拒之，馈饷不断，可不战挫也”。波罗尼都终于与霍集占一起发动了叛乱。
1757年（乾隆二十二年），大和卓木自立为巴图尔汗，霍集占传令回部各城准备粮草器械，诱杀清使。不久，清政府派往南疆的使臣阿敏道等被杀，南疆的叛乱迅速蔓延起来。
二十三年，清廷因兆惠忙于剿抚北部准噶尔部，尚未峻事，乃令都统雅尔哈善为靖逆将军，率满汉官兵万余人，由吐鲁番进攻库车。库车城是南疆门户，而且城主鄂对已经只身投清，其家人惨遭杀戳，所以清兵决定首先攻下库车城。
首攻库车，这在战略方针上是正确的。作为通往“回部”的门户，库车一经攻克，“则诸城必溃”，因此库车是清军必攻的战略要地。但库车“其城依山岗，用柳条沙土密筑而成”，修筑坚固，易守难攻。霍集占派其心腹阿布都克勒木率精骑1000守该城。5月7日，清军抵达库车城下，随即开始包围，发起攻城之战。然而城内叛军据城固守，人数虽少但清军却屡攻不下。清军起初依仗人多势众，连日猛攻，同时修造云梯，企图一举攻克。但叛军居高临下，放枪投石，给清军造成了很大的伤亡。为此雅尔哈善不得不改变了战术，即暂停攻城，避免伤亡，紧围城市，守株待免。不久，雅尔哈善又采用骚扰城内守军的疲劳战，一边攻城，一边在城郊关隘设下伏兵，设计诱出城内守兵出城作战，然后出伏兵断退路，围而歼之，即可占领库车。雅尔哈善令手下的300名哈密士兵装扮成霍集占带领来的援兵，在城郊与清军“交战”，以迷惑城内的敌兵，诱其出城相助。但城内守军坚守城池，在城上摇旗纳喊却并不出城，没有上清军的当。清军无奈，只得继续攻城，同时断其水道。霍集占心知库车被围数日，立即带兵数千人从阿克苏发，向东穿越沙漠走近道前来增援，企图出其不意击退清军。然而清军人数众多，早已在沿途对霍集占的援军围攻堵截，霍集占损失惨重，伤亡大半，在库车城下又遭到围城清军的攻击，慌忙夺路入城，退保库车。此时城内叛军已是人心惶惶，如果清军继续猛攻，则有可能破城而入。然而雅尔哈善又采用了“守株待兔”的办法，“坐守军营”而且“略不设备”，以为城内叛军已成为瓮中之鳖。结果，霍集占在城内稍事喘息之后，趁清军疏于防备，在半夜突围而逃。清军紧迫不舍，在鄂根河边与霍集占军展开了决战，杀死叛军200余人，约有1600名叛军溺死水中，霍集占本人也受了轻伤，又狼狈退回库车城内。
鄂对一直随清军讨叛，作为库车城的回部头目，他渴望早日能攻克库车，所以他向雅尔哈善分析说：“今宵集占困守危城，食、力已尽，必不坐而待缚。其必乘我不备而兔脱之，返其巢穴，整兵复来，其事未可量也。今城西渭干爱曼水浅可涉，又有北山口要路通戈壁，走阿克苏，若于二路各设伏兵1000，则贼酋成擒矣”。雅尔哈善自有主张，副鄂对的建议不以为然，仍旧终日消极防守，坐等城内叛军打开城门归降。甚至当夜间城内传来阵阵驼鸣，人声鼎沸时，雅尔哈善仍不为所动，认为城内守兵已经是黔驴计穷，只等束手就擒了。结果，霍集占再一次趁夜弃城而出，从城西率400骑涉水潜逃。负责在城西围攻的副都统顺德纳闻讯后不慌不忙，借口天黑不发兵追击，延至次日天明后才派百余人去追击，而霍集占却早已渡过了鄂根河，并撤桥断后，清兵只有望水兴叹了。
库车城内叛军仍据守着城池。清军火炮难以攻破其坚固厚实的城墙，雅尔哈善无计可施。绿营提督马得胜献计挖地道，于是挑选了数百名士兵，由达世朗，常继春专管，从城北1里外的山冈下开挖地道。清军日夜转流渐次刨掘，距城只2丈余，预备火药，待7月19日点放。不意贼人知觉，于17日夜潜出城外，离城10余丈横掘大沟截断，以薪木填塞，焚死掘地兵10名，清军前功尽弃。8月，因城内无粮可食，叛将阿布都克勒木率50骑于深夜开城逃窜。头人阿拉难尔率城中3000老弱妇幼开城出降。
清军占有的库车城几乎是一个空城，而且是以“八九千官兵，驻守三月之久，俟贼首逃去，城中穷蹙出降，始得其城”。乾隆帝闻知大怒，认为雅尔哈善“顿兵城下，不异守株待兔”，而作为全军统帅“军营调度乖方，全无纪律，并无一句引罪”，于是下令将雅尔哈善、顺德纳、马得胜等革职处死。