一、胜利进军
（一）占安庆，围南昌
1853年5月19日，即北伐军出发几天之后，太平天国的领导者又派出春官正丞相胡以晃和夏宫副丞相赖汉英，率领战船千余艘、步军二三万人，由天京溯长江西征。
西征军首先占领安徽和州，继经太平、池州，于6月10日占领长江北岸重镇安庆。此后，胡以晃即坐镇安庆，指挥西征战事。赖汉英率检点曾天养、指挥林启容以下万余人进军江西，于13日攻占彭泽，接着连克湖口、南康（今星子）、吴城镇，前锋于6月24日直抵南昌城下。
江西巡抚张芾率兵勇六千余人驻守南昌。太平军围城前夕，新任帮办江南大营军务、湖北按察使江忠源自九江率楚勇一千三百人先期赶到南昌，与张芾共同据城防守，并焚烧城外民房，防止太平军穴地攻城。
太平军进抵南昌外围后，稍事准备，即行攻城，为敌军炮火所阻。江忠源等多次督军出城迎战，并炮轰太平军船只，企图打退太平军的进攻，均未得逞。7月9日，太平军用地雷轰塌城墙，随即冲入缺口。由于江忠源已先督楚勇数百人于缺口处堵击，来能攻入城内。7月28日，太平军再次轰塌城墙，发起冲锋，因遭清军堵截，且受绕出城外的清军背后袭击，攻城又未成功。由于僵持不下，双方都向南昌增兵，准备进一步展开争夺战。
8月初，国宗石祥祯（一作石贞祥）、石凤魁、韦志俊等率增援部队万余人、船只近千艘，自天京抵达南昌城外。赖、石等部联合发起进攻，又未得手，便决定一面围城，一面进攻外围各州县，以孤立南昌清军。于是由曾天养率领一支部队，于8月上旬至9月中旬先后攻占了南昌外围的丰城、瑞州（今高安）、饶州（今波阳）、乐平、景德镇等州县。沿途征集了不少粮食，用以支援进攻南昌的太平军和接济天京。在进占瑞州时，曾击溃自湖南来援的训导江忠淑所部楚勇二千余人。
8月中下旬，清军各路援军亦陆续到达，计有从江南大营派来的云南兵一千二百人（由总兵音德布率领），从湖南派来的湘勇三千六百人（由知州朱孙饴、训导罗泽南等率领）。8月28日，清援军在南昌守军的配合下，对围城的太平军发起反攻。太平军先则佯败诱敌，继则两翼包抄，将敌击退。此后，双方又处于相持状态。
由于久攻不下，杨秀清决定撤南昌之围，转攻皖北和湖北。9月24日，太平军撤离南昌。
其实，太平军如能审时度势，及早采取围城打援战法，着重歼灭清军援兵，不仅可以改变长期顿兵坚城之下的不利态势，而且可以在不断歼灭援敌的情况下攻克南昌。根据当时双方实力对此以及清军援军到达时间不一等情况，太平军是有可能做到这点的。可惜，太平军南昌前线的指挥者计不及此，只一味强攻坚城，以致钝兵挫锐，并陷入两面应敌的被动处境，以致围城三月，终于被迫撤围。
（二）取九江，克庐州
太平军自南昌撤围后，兵分两路：一路由石祥祯率领，西取湖北；一路由曾天养率领，回安庆并入胡以晃部，进攻皖北。1853年9月25日，天京派石达开率兵五六千人至安庆，主持西征事宜。
石祥祯等所率太平军约万余人于9月29日攻占九江，留林启容率部分兵力驻守，大队继续西进。署湖广总督张亮基急令前武昌府同知劳光泰统率炮船前往鄂东田家镇（今广济西北）扼守，并派署按察使唐树义前往督师。清军编造巨筏，上置火炮，横列江面，妄图阻止太平军船只西进。10月8日，太平军一举占领田家镇对岸的要隘半壁山，为突破清军江防创造了条件。10月15日黎明，太平军水陆并举，猛攻田家镇清军，半壁山上的大炮居高临下地轰击敌人。守军近万人（连同前一日由南昌回援的江忠源部）死伤逃亡几尽，战船炮位全部为太平军所获。田家缜既破，入鄂之水陆门户洞开，于是，太平军乘胜攻克湖北蕲州、黄州（今黄冈），直趋武汉。当时，新任湖广总督吴文镕以武昌“官弁仓皇无计，众心涣散”，只得闭城株守。“存城兵千余名，不敷分布”。由于武汉清军兵力空虚，西征太平军于10月20日即轻而易举地第二次攻占汉口、汉阳。为了集中兵力于安徽战场，太平军在汉阳、汉口一带仅停留了半个月，11月6日即主动撤离，由石祥祯、韦志俊等率一部兵力留守黄州、蕲州，主力随即转向皖北。
西征军除以部分兵力留守安庆、九江和黄州等地外，集中了一万余人，由胡以晃、曾天养率领，向安徽北部进军。11月14日占桐城，29日占舒城，斩督办安徽团练、工部侍郎吕贤基，直退庐州（今合肥市）。庐州当时为安徽临时省城，太平军如攻占该城，不仅可以成为天京的西部屏障，而且可以北出鲁豫，西进湖北，南援安庆。庐州城垣周长三十余里，守城清军不满三百，乡勇不满五千。由南昌跟踪太平军至湖北的新任安徽巡抚江忠源，自汉口经安徽六安，急驰庐州，于12月10日率兵二千七百余人进入城内。同时，清廷还从河南陈州（今淮阳）、江苏徐州、安徽定远等地调兵万余增援。江忠源入城后，按照防守南昌的办法布置庐州城守，但城内兵力、物资均不及南昌充足，只得寄希望于援兵的到来。
太平军进抵庐州后，先行围城。从12月12日开始攻城，连攻数日，均未得手。到12月18日，由东关援庐的清军寿春镇总兵玉山等部二千余人接近庐州。太平军迎击于威武门外，阵斩玉山，并歼其所部大半。次日，又击溃由六安出援的总兵音德布等所部清军四五千人。从此，清军其它各部援兵均裹足不前。自陈州出援的陕甘总督舒兴阿所部四千余人，迟至1854年1月4日才进抵庐州西北的冈子集；自徐州出援的新任江南提督和春部一千人，则于1月12日才赶到庐州东北的梁园。但各路援军均不敢逼近城池，因此，太平军得以从容部署攻城。太平军以城外民房为掩护，挖掘地道。江忠源督军从城内对挖，先后将太平军攻城地道破坏九处。太平军虽曾两次炸塌城墙，但均未能攻入。其后，太平军改用新法，“于南门月城之旁，另掘数处，形如曲突，又叠为上下层。戒曰：初发时，闻声不必相应，俾其用力堵之；堵而后发，则无及矣。”1月14日夜，大雾迷漫，咫尺不辨，上层地雷轰发，毁城墙五六丈，守城清军连忙抢堵，不久，下层地雷又发，乡勇争相下城，投奔太平军，清军惊恐大乱。太平军攻击部队乘势由缺口冲入，守军纷纷溃退。与此同时，小南门、小东门方向的太平军也缘梯而上，攻入城内，与清军展开巷战。至15日晨，守城清军全部被歼，知府胡元烽降，庐州城为太平军占领。自广西起一直与太平军为敌的江忠源投水自杀。清廷予救援不力的舒兴阿以革职处分。之后，各路援军全归和春统带。
太平军攻占庐州后，没有乘胜追歼清军援兵，扩大战果，仅留胡以晃率近万人驻守，而将曾天养部调往湖北战场，急于开辟新区。2月20日，石达开又派国宗石达英等率部由安庆过长江，经东流、建德（今东至东北）占领祁门。这样，清军得以逐渐集结了三万兵力，对庐州进行长围久困，使太平军无法与当地的捻军结合起来，扩大占领区，在皖北开创新的局面。这不能不说是西征军作战指导上的一次失策。
（三）进军湖北
1853年底，当西征军集中主力攻打庐州时，留驻湖北黄州等地的太平军基本上采取守势。1854年1月29日，湖广总督吴文镕率兵七千进驻黄州以北二十余里的堵城，并命唐树义督水师扼守上游，妄图攻占黄州。这时，由国宗韦以德、地官副丞相黄再兴、春官又副丞相林绍璋、丞相张子朋等率领的水陆大军已由下游开到，曾天养所率太平军也已由庐州到达黄州，连同原有守军，共约四万人。2月初，正值太平天国天历新年，黄州城内举行祝贺活动，吴文镕以为有机可乘，遂连续三次督兵进攻，但均未得逞。堵城“滨江临壑，三而皆水，（清军）大营十一座，排比屯扎，已犯兵家之忌。”加之连日大雪，清军斗志甚低。太平军派出部队，绕至清军大营之后，荫蔽埋伏，敌人毫无察觉。2月12日，黄州城内太平军全部出动，从正面猛攻清军，同时伏兵齐起，纵火焚烧清军营寨。清军前后受敌，纷纷溃逃，湖广总督吴文镕、总兵德亮、知府祭润深等皆被杀。唐树义见陆路覆灭，急率水师上驶金口（后被太平军全部歼灭）。
太平军取得堵城之捷后，便乘势沿江发动进攻，于2月16日第三次攻占汉口、汉阳，并进围武昌。同时，又分兵两路，向湖南和鄂北进军。南路军二万余人由石祥祯及林绍璋指挥，直指长沙；北路军万余人由曾天养指挥，进逼荆襄；留下攻武昌者仅万余人。
湖广总督吴文镕被击毙后，清廷立即命荆州将军台涌接任（暂驻德安府——今安陆县），并以青麟为湖北巡抚，率兵千余据守武昌。同时，从四川调兵四千东下援鄂，并一再催促两广总督速调红单船进入长江，以威胁太平军的长江航道和天京安全。
1854年3月至4月，北路太平军连下湖北孝感、云梦、安陆、随州（今随县）、钟祥。5月2日，攻破荆门，准备由此南下，进围荆州。荆州城内仅有旗绿兵丁二千人，适有奉调援鄂的云南兵一部（由游击王国才等率领）路过该地，新任荆州将军官文便截留协守。太平军向荆州进逼时，官文派王国才率兵一千二百人及练勇五百人迎战。5月9日，双方战于龙会桥，太平军稍退，清军随即分三路夹攻。太平军不支，曾天养等率部转趋上游，经当阳，于5月18日攻占宜昌。官文立派副都统贵升等率兵千余前往，会同宜昌镇总兵纳钦等率部反攻。5月27日，太平军弃宜昌，接着连下宜都、枝江，拟再攻荆州。6月8日，在离府城数十里处遭王国才等所部清军堵截，乃南下进入湖南境内，以便与南路太平军会师。
（四）挺进湖南
南路太平军水陆并进，挺进湖南，于2月27日占岳州，3月4日占湘阴，7日占靖港，11日占宁乡。这时，新建的地主武装湘军已经组成，太平军南下，受到了湘军的阻击。
1.湘军的兴起
早在1852年，太平军出广西，进湘鄂，所向披靡，清廷深感绿营和八旗兵已不足用，便饬令各省举办团练，以助“攻剿”。1853年1月21日，因母丧回湖南湘乡守制的礼部右侍部曾国藩奉命帮同湖南巡抚张亮基督办湖南团练。后来，曾国藩认为团练不足恃，决定组建一种新的军队，这就是“湘军”（也称“湘勇”）。
湘军大体上仿照明朝戚继光的营制，以营为基本单位，直接受“大帅”统辖（后增设统领，各统率若士营）。每营编营官一、哨官四、勇丁五百人，另配长夫一百八十人，合计每营六百八十五人。每哨设八队，火器队与刀矛队各半。火器主要有抬枪、鸟枪。全营有劈山炮队二，直隶于营官。湘军水师筹组的时间略晚于陆师。水师每营编快蟹船一、长龙船十、舢板船十，共二十一只，员额为四百四十七人。每只长龙船安炮七门，舢板船安炮四门，均为六百斤至千斤的洋炮。各船还配有火枪、刀矛，以备近战。此外，湘军还设有营务处和粮台，分别管理全军的军务与后勤。
针对绿营兵的流弊，曾国藩在组建湘军时采取了某些改革措施：一是薪饷较高，并专配长夫，自带帐篷，以利于加强训练和作战。二是实行募兵制，采用自上而下的办法，首先选定统领，然后由统领挑选营官，由营宫挑选哨弁，由哨弁挑选什长，由什长挑选勇丁，以便相互熟悉和层层控制。勇丁挑选的对象主要是年青力壮的农民。应募者须有人具保，并编造清册，填写籍贯、住址和父母、兄弟、妻子姓名。它实际上是把“连坐法”应用于对军队的统治。这样，在伍时可以防上勇丁逃亡，解散时可以各有所归。此外，曾国藩所选将领除所谓“诚朴”的读书人外，还从绿营中挑选少数精于武艺的将弁为营官，以便训练水陆兵丁，教会他们掌握技艺和阵法。曾国藩还强调“严刑峻法”，并建立严密的稽查制度，以申军纪，同时，向兵士灌输“忠勇奋发”、“尽忠报效”、绝对服从官长等思想，鼓励湘军士卒大肆屠杀起义人民，为封建统治阶级卖命。
至1854年初，曾国藩已练成湘军陆师十五营、水师十营（拥有战船二百四十只、坐船二百三十只），官弁、勇丁、长夫等共一万七千余人。这支军队实际上是只听命于曾国藩的私人武装，它开创了近代军阀拥兵自重的先例，表明清王朝已经衰朽到难以维护其统一军权的地步。
2.湘潭、靖港之战
自西征太平军进军皖鄂以来，清廷展饬曾国藩率湘军赴援。曾国藩以战船尚未办齐、在广东购置的火炮（千余门）尚未解到为由，迟不应命。当西征太平军再次溯江而上，进军武汉时，清廷又催促曾国藩率湘军出湖南，迅抵武汉，以阻遏太平军的攻势。曾国藩随即复奏，坚持必俟粤炮解到方可起程，并提出必先扫清湖北江面方可援皖，必力保武昌上游方可进战的方略。