正是王阳明在16世纪最初十年对“良知”的研究决定性地打开了理学受佛教的明显影响之门。王阳明使自己处于陆九渊的传统之中，汲取佛教的资源，找到出路以摆脱僵化的正统思想的控制，他感到是这个正统窒息了程朱理学的传统。王阳明的思想绝不是根本背离儒学正统，这种思想在明中叶许多士人诸如邹袭的文章中都初有显露。王阳明成为这个时期的关键哲学家，是因为他具体代表了并且有组织地表达了16世纪初的思想家们普遍的一种知性上不满足的感受。通过抛弃程朱传统的某些命题，他打开了理学接受包括佛教在内的外部影响之门。[20]
王阳明青年时期曾求助于佛教和道教的修养方法来寻求思想开悟。然而，他放弃了求知这条道路，却以一种几乎是佛教的方式提升心的重要性，继续进行他的哲学生涯。心对普遍性的理有天生的知识，因此心本身在本体上和伦理上先于理而存在。王阳明曾困扰于正统的程朱哲学中的理之恒常不变性，发现理的这种不变性对自我觉醒有一种令人麻木的影响。于是他提升孟子良知的概念至超越的地位，为儒家传统的僵化结构寻找解决方案，其思想的灵感则来自佛教。他私下欠佛教的情分在他的哲学文集里有所规避，但在他的诗歌里却透射出来。他在诗里简洁地将闻见之知削减为遮迷真面的幻影。让我们看一下他的《咏良知》：
个个人心有仲尼，
自将闻见苦遮迷。
而今指与真头面，
只是良知更莫疑。[21]
诗的语言使人想起开创南禅的六祖惠能，王阳明显示此心是一种儒家的佛心，此心人人具足。开首一句诗说“个个人心有仲尼”，成为王阳明的门徒竭力倡导的口号。[22]王阳明受禅宗的恩惠还显示在他的《良知答问》中：
良知即是独知时，
此知之外更无知。
谁人不有良知在，
知得良知却是谁？[23]
王阳明利用禅宗机语所描述的某行为发生时却不见行为者（如骑牛找牛）的经典形式，引导他的交谈者达到一种醒悟良知的境界。这是一种简单而有效的文学方式，王阳明很慎重地借用了这种方式。他的意旨是，从老师之心到弟子之心的直接的口头传递这种禅宗习惯使用的教学法，也应当用来服务于儒家的智慧———事实上，只有通过这种突然的领悟（顿悟），才能达到理学的真正觉悟境界。
王阳明把他对理学的重新阐述看作是十分不同于佛教的东西，尽管他的同时代人和下一代人抱怨王学追随者读禅籍比读儒典更感兴趣。透过王阳明的全集，可以发现他对佛教有不少批评性的评论和他所认为的佛教对理学社会视野的负面影响。[24]无论王阳明怎样和佛教传统发生互动，他总是不打算把佛教置于自己的儒学之上。不过，他探讨心的至高无上性的问题等于向佛教开放了门户，他的第一代和第二代弟子大多数通过这扇门户轻而易举地越过了佛、儒之间设立的门槛。
二、理学家的吸纳
16世纪王阳明心学的优势支配地位鼓舞了后起理学家继续吸收佛教的思想成分到他们的哲学中去，以至几乎泯灭了儒、佛两家思想学说的界限。这种态势持续到在17世纪转折之际突然爆发的大改变又把佛教逐回到一个孤立的领域为止。融摄佛教的过程开始于王畿（龙溪），他是16世纪中叶王阳明的第一代弟子。王畿依照佛教的空的概念发展了其师的良知说，这是由于他以佛教的形式提出善和恶并不以自然秩序的理而只是以心的辨别力而存在。
一当王畿确立了心的第一性，儒、佛之间共同的基础就完全打开了朱熹在它们之间设立的堤防。正如16世纪的一位作者所记载的，从禅道佛法中吸收思想成分进入儒学主流的热情在士绅文化的中心江南很是强劲。[25]但是即使在江南文化影响之外的乡村地区也能感觉到这种趋向。16世纪50年代，北直隶南宫的方志编纂者写到，“今制列之官属，俾自治其徒于例，得书佛老，虽专尚其业，犹知尊孔氏。近世逢掖之儒，往往托慕于二氏，且援其空寂以自高”。并非人人都如此热衷，记载这种观察的编纂者以一种悲哀的腔调结束这段话：“可慨也夫！”[26]这位编纂者道出的苦恼与16世纪其他编志者的评论是相符合的，他们一般都坚定地拘囿在程朱的模式里。即使如此，也是迟早会变化的。
18世纪《四库全书》的编修者在谈到学者们通过公共的讲学开始广为传播禅宗的思想学说时，追溯支持禅宗的决定性的变化发生在隆庆时代（1567—1572年）。[27]在紧跟其后的万历时代（1573—1620年）的前半叶，这种趋向几乎是普遍性的。这时在佛、儒之间弥补裂痕的人中最富雄辩的倡导者有三位，如果计死亡日期而不计出生日期的话，他们属于同一代人，他们是李贽（死于1602年）、屠隆（死于1605年）和袁宏道（死于1610年）。
这三位人物当中，朝廷的编修最明显地把李贽和佛教思想的散播联系起来，他是在泰州学派（后来黄宗羲提到阳明弟子中这个在思想上最有抱负的学派）中属于第二代王学门徒。李贽在16世纪70年代末在云南边疆地区担任知府之时就开始研究佛教。他在佛教中发现，人心的力量会穿透现象世界的不实在，这使他进一步发现他不满意于儒家传统中对真理陈陈相因、相沿成习的焦点所在。在16世纪80年代，他用佛教思想挑战儒家传统，结果在思想上否弃朱熹理学中反佛主义的桎梏。[28]在他的个人生活中，这种否弃采取大胆的形式———他削光了头发，穿上了袈裟，并且从1588年开始寄居在一所佛寺。
尽管有这些显而易见的变化，但李贽终究没有出家成为和尚。他自我放逐到佛门，本意是想以之作为对儒家正统的一种公开挑战，而非放弃儒学。这种佛教的外表给予他更大的自由去探索儒家思想传统的局限。正如他在自己一本书的序言中所说的，“夫卓吾子之落发也有故，故虽落发为僧，而实儒也”[29]。李贽融摄了佛学的许多成分，以折中的方式探索“万古一道”，从而进入他革新的儒学。[30]在这种探索中，他感到儒、佛都各自贡献了一些有益的东西。在李贽看来，佛教比儒教更可以专心获取对实在的理解。对他而言，这是一切哲学的伟大目标。事实上，佛教超越世俗世界的探索方式促使他对同时代人持批评态度：他们只是在佛教中闲荡，因而未能认识到转向佛教的全部关键在于“学道”[31]。
万历年间，泰州学派思想家中较为温和、也许更好地代表了试图把禅宗和理学家的视野联系在一起的泰州学派的人物是袁氏三兄弟，即袁宗道、宏道和中道。他们出生于湖广东北部一个从军旅生涯中崛起的家族。三个兄弟都进士及第，在朝廷任职，并且是闻名天下的诗人。16世纪末，他们的学术研究把他们引导到佛教的方向，他们的文章到处提及僧侣，充满了对佛教教义的评论。他们都成为佛教大师云栖祩宏的俗家弟子，后来袁宏道和中道还写过关于禅和净土思想的研究文章。
在他们的思想中，佛教和理学无疑糅合在一起，因为他们认为一方能够用另一方（但以不同的方式）来阐明对真理的表达。袁宏道把这种思想风格的特征称为“儒而禅者”，他不仅和他的弟兄，而且还与他的大多数同代人共享这种思想风格。在出现这种措词的1604年的一篇文章中，袁宏道主张儒、佛两家思想在终极意义上都指向同样伟大的事业，确切地说，它们都想获得对生死的领悟。因而，他能赞美一个僧侣朋友是“儒心而缁服”，又称赞他熟识的一个儒家学生是“禅心而儒服”[32]。袁宏道在这篇文章中没有批评那些陷溺佛教过深的儒家人士，反而是痛骂他那个时代保守的儒家，因为尽管王阳明和其他一些人都努力重新揭示儒家洞见的本质，但他们仍然“溺于文人习气”，而不是孔子之道的真正追求者。袁宏道认为学习佛教的可取思想是阻止这种儒家传统冲淡的一种方法，因为佛教的传统更为纯净，能充当通向真理的更直接的管道。他感到仔细研究它们不同的概念之内容大凡能显示儒教和佛教（还有道教）是用不同的语言表达了同样的概念。这种概念上的同一性为后来的诠释所遮蔽，这些诠释使它们的意义变得狭隘和彼此疏远。[33]
万历时代还有一位像袁氏兄弟一样不断地跨越理学与佛教壁垒的著名学者兼诗人屠隆。屠隆是鄞县（今浙江宁波）人，他是一个佛教思想的热情支持者，还积极参与宣传佛教道场的需要。屠隆出身一个不太显赫的门第，他一开始就进入大家都认为可能有辉煌未来的政治生涯，只是后来京都的政治斗争的阴谋绊倒了他的前程，那时他刚刚四十岁出头。屠隆显然是妒忌的竞争者的无辜牺牲品，他离开官场，在旅行、访友和写作中度过余生。屠隆依仗着他的文学才能，靠微薄收入维持生计。结果他写作了大量的文章纪念这个人或纪念那件事，还有数量可观的致友人和资助者的信件和诗歌。在这些作品中，屠隆将自己表现为一个深深涉足各种各样的宗教活动和宗教环境的佛教居士。[34]例如，他提到在一所寺院逗留过一周，在苏州澄照禅院和宁波著名诗人沈明臣登上藏经阁观看日落，在北京报国寺和朋友促膝夜话；他还提到和僧侣讨论佛教教义，和精英人士中其他佛教信徒保持着密切联系，和途经宁波的去普陀岛参礼的知名香客交谈。屠隆写诗献给著名的僧侣，捐助至少一部寺志的出版和一本宣传信仰的居士手册，还写了后来编入第一次出版的《阿育王寺志》的一些材料。他是著名的佛教大师云栖祩宏和憨山德清的热忱崇拜者。[35]他又成为王贞焘（1558—1580年）的弟子。王贞焘在苏州上层社会信众中，被视作是一位具有超凡能力的女性宗教人物，曾在16世纪70年代末鼓舞了屠隆的六七位最亲密的朋友的精神信仰。[36]
屠隆的文集充满了士绅悠游耽乐于禅悦的姿态，这在下列对仗警句式的“清言”中有所表现：
净几明窗
好香苦茗
有时与高衲谈禅
豆棚菜圃
暖日和风
无事听闲人说鬼[37]
谈禅和说鬼的故事之间文字对仗工整，似乎可把屠隆放到张岱确定的高级文化鉴赏家的行列，他们追逐不论什么形式的能抓住闲适慵懒的东西，而这也正是李贽觉得讨厌的那类性情。然而，屠隆不止是一个闲适的艺术鉴赏家，在绅士的姿态后面他还深深地思考着哲学问题，并培养对佛教哲学的严肃信仰作为哲学考察的手段。这种严肃信仰贯穿在他的其他一些清言作品中，特别是在第一次清言文集问世成功后的续集的文字中。例如：
六道轮转，如江帆日夜乘潮，乘潮未有栖泊。
一证菩提，若海艘须臾登岸，岸岂复漂流？
度尽众生，乃如来之本愿。
众生难尽，则世界之业因。
慈父不以顽子之难教而忘教子之念，
如来不以众生之难度而懈度众生之心。
众生本来是佛，因迷自作众生。[38]
屠隆的佛教信仰就像李贽和袁氏兄弟的信仰一样有某种深度，虽然他们都主张不因青睐佛教而放弃儒教，但事实远非如此。[39]他们为对儒家传统不可摇撼的忠诚辩护，就像他们真诚信仰佛教也能很好地提供超越的智慧一样。这两种信念同时表现在这些晚明知识分子的心中。正是对阳明哲学如此重要的心的创造力，使得这两种信念共同存在。于是，在晚明，毫不奇怪，这种经验导致一些万历时代的思想家们趋向创造性的———即使最终达不到的———把佛教和理学融为一体的哲学思想的目标。
佛教和理学能融合为一种共同的哲学系统的思想在“三教合一”这个词语中得到表达。[40]这个词语陈述了佛、道、儒三教能被融合为一体的主张。这种表述出现在元代，那时中国人发现自己不得不向他们的从大草原上来的蒙古统治者解释：在他们的文化中存在着三种竞争性的知识和宗教的传统。元代合一概念的核心是这样一个思想：三教为同一实在提供了三种不同的术语，它们都试图接近这个实在。这种解释恰好符合14世纪流行的普遍的宽容气氛，尽管在明初之后的两个多世纪很少听到这种合一的概念。