1900年6月22日，敦煌的王道土发现了藏经洞，从洞中出土公元4～11世纪的各种珍贵文物50000多件，其中有佛教经卷、社会文书、法器、绢画等，对研究中国及中亚古代地理、历史、民族、宗教、语言、艺术、文学提供了数量极其巨大、内容极为丰富的珍贵资料，被誉为“中古时代的百科全书”。
莫高窟发现藏经洞的消息传出之后，敦煌民间便有了种种传说。有的说莫高窟佛祖显灵，又示现一座洞天福地；有的说王道士发一笔意外之财……搅得王道士又喜又怕，坐卧难安。于是将计就计编造了一段耸人听闻的神话，“至（光绪）贰拾陆年伍月贰拾陆日清晨（按：公历1900年6月22日），忽有天炮响震。忽然山裂一缝，贫道同工人用锄挖之，欣出闪佛洞壹所，内有石碑一个……内藏古经万卷”（见王道士《催募经款草丹》）。而光绪三十二年（公元1906）立于藏经洞窟门对面的《重修千佛洞三层楼功德碑记》则说，“鄂省羽流（王）圆禄……旋睹迤北佛洞寂寥，多为流沙所掩没，因设愿披沙开洞。庚子（公元900年）孟夏，新开洞壁偏北，复掘得洞，内藏释典充宇，铜佛盈座……”。王道士墓碑中也说，王道士“以流水疏通三层洞沙，沙出，壁裂一孔，仿佛有光。破壁，则有小洞，豁然开朗，内藏唐经万卷，古物多名”。两碑所说，显然要比王道士的“天炮山裂说”可信。
关于封存原因，大致有两种相关的推测：一说，藏经洞的藏品都是过时、残破、报废之物，在“崇圣尊经”观念支配下，这部分破烂文书、佛画仍然是不可亵渎的“神圣废弃物”，因此予以集中封存。此说以斯坦因、藤枝晃、方广铝为代表。另一说，可能是莫高窟僧人躲避战乱，这部分经籍文书、铜佛法器不便携带而又不忍丢失，乃将其封藏于密室，并在封墙上画上供养菩萨像，以遮人耳目。大多数学者皆认为此种说法较为客观。
关于此窟封闭的时间，更是仁者见仁，智者见智，众说纷纭，莫衷一是。
大体有：1.公元995年（北宋至道元年）之后说，以伯希和、斯坦因为代表；2.公元1002年后说，以藤枝晃、何昌林为代表；3.公元1002～1014年之间说，以贺世哲为代表；4.公元1030～1035年之间说，以毕素娟为代表；5.公元1035年西夏攻破沙洲之前说，以罗振玉、姜亮夫、阎文儒为代表；6.公元1049～1054年之后说，以陈垣、石璋如、马世长为代表；7.公元1228年前（蒙古军攻战敦煌之前）说，以关百益为代表等等。
以上诸说，多以躲避战乱为前提，或云西夏威胁，或云蒙古威胁，或云哈拉汗王国威胁，或云元末战乱；只有藤枝晃、方广铝认为藏经洞的封闭，属正常的废物淘汰，与战乱威胁无关。然而学术问题，不能以“票数多少”来判定是非。这就使藏经洞之谜更加扑朔迷离。敦煌藏经洞之谜的破解研究，首要的关键问题在于弄清藏经洞封闭的时间。这个问题弄清之后，其他相关问题如藏经洞原属什么性质的洞窟、藏品因何聚集、藏经洞为何封闭等等，才有解决的可能。关于藏品缘何聚集，大致不外乎两种推测：一种推测，认为这部分藏品乃是莫高窟经库之物，经过多年的收集及长期积累，非一时之所聚；第二种推测，认为不过是佛寺淘汰的破烂佛经、佛画、断残文献、过时文书、学子涂鸦，出于“崇圣尊经”、“敬惜字纸”而加以聚拢，以便统一封存。
敦煌壁画的内容极其丰富，供养人画像、有佛教故事画、装饰图案等，而壁画反映的内容就更加丰富了，不仅有宗教活动、宫廷生活，还有普通人的生活、生产情况。敦煌壁画是专家学者们研究中古时代中国和中亚地区社会各方面的生动有形的画卷和珍贵资料。
但是，专家学者们早就发现一个现象：许多早期的壁画上都盖着晚期的壁画，壁画一层盖一层，多的达到四五层之多。这些壁画由于与外界隔绝，保存得都比较完好。现在一般说的敦煌壁画面积是指石窟墙壁最外面一层的总数，并不包括被压在里面的壁画，因此敦煌宝库中到底有多少壁画，壁画面积有多大，这仍是一个谜。
以往学者们的探讨，都只在边缘问题上打游击，未能集中力量攻坚。所以，尽管扫除了某些外围障碍，却未能捣巢擒王。因此，藏经洞之谜依然未能破解。看来，一个小小的藏经洞之谜，却也是敦煌学的一项系统工程，一时尚难豁清。所以，藏经洞之谜势必还会继续一段时间，让我们拭目以待吧。