有学者将清代思想文化的发展进程形容为绚烂多姿、波澜壮阔。从明清之际“经世致用”思潮的兴起、耶稣会士东来传教，到王夫之、黄宗羲、顾炎武等诸多杰出思想家和学者的涌现，诸家思潮并济开启了清代哲学思想发展的进程。
随着清朝政权的稳固和社会经济的发展、“汉学”的复兴，考据学在学术思想界占据了支配地位。统治者运用“文字狱”、科举考试等手段对思想领域的控制逐步加强，对学术思想的参与也逐渐增多，清代学术进入了一个对既往成果进行全面清理、总结的时代。
最具代表性的就是大型类书和丛书的编纂，其中康熙、雍正年间编纂的类书《古今图书集成》和乾隆时期完成的丛书《四库全书》，集我国古代经、史、子、集之大成，几乎囊括了当时所有的文献典籍。
而经过颜元﹑戴震等人批判的宋明理学，到清中期以后，日益没落。加上，大批耶稣会传教士跟随殖民者的脚步来到中国传教，带来了西方的科技文化，形成了中国历史上第二次中外文化交流的高潮。
中西方文化有相互交融的方面也冲突的方面，为了维护自身统治，清朝统治者实行了闭关锁国的政策，切断中外文化交流的官方渠道，致使当时的中国处于愚昧保守的状态下。
到了清朝中后期，科举考试中八股文对年轻学子的思想禁锢越来越严重，社会矛盾也越来越突出。一批开明的思想家目睹清朝统治急剧衰落，深感社会矛盾深重、危机四伏，终于发出了自己的呐喊—“九州生气恃风雷，万马齐喑究可哀。我劝天公重抖擞，不拘一格降人才。”
这是著名思想家、文学家龚自珍的名篇。龚自珍，字尔玉，号定庵，浙江杭州人。他出身于官宦世家，曾任内阁中书、宗人府主事和礼部主事等官职，主张革新政治，抵制外国侵略，曾全力支持林则徐禁烟。后因厌恶官场，龚自珍在48岁的时候辞官归家。在往返京杭的途中，他写下了组诗《己亥杂诗》，共315首。上文提到的是第125首，诗中用“万马齐喑”比喻当时思想被禁锢，人才被扼杀，一片死寂、令人窒息的局面；用“风雷”比喻锐意革新的力量，将天下的阴霾全部清除。这首诗反映出诗人针砭时弊，要求改革的愿望。
龚自珍对公羊三世说哲学体系实行了革命性的改造，论证了封建统治的演变规律为“治世—衰世—乱世”，并以此作为变革、救亡图强的有力的哲学思想武器。
同时期的还有被誉为近代中国“睁眼看世界”先行者的魏源，他主张学习西方的先进技术和民主制度，以抵御西方国家的侵略，并将这种思想总结为“师夷长技以制夷”。太平天国革命时期，洪秀全、洪仁玕等人从西方基督教那里吸取了“上帝”、“平等”的观念和思想，提出了要以革命的方式推翻清朝的封建统治。
这些思想在清中后期得到了空前发展，为近代哲学的发展拉开序幕。