与亚里士多德的哲学相比，托马斯·阿奎那的哲学，虽与其一致，但有一定的独创性，这表现在他为了让亚里士多德的哲学更适应基督教教义而略微做了些改动。他不仅熟知亚里士多德的观点，还对其有深刻的理解。在这一点上，至少在他之前的天主教哲学家都做不到。
托马斯相信神学，并主张君权神授，即君权来自神权，国王的权力是由上帝通过教会授予的，教权高于王权。他认为上帝的存在并非可以不证自明的，但却也不是无法证明的。他认为证明上帝的最好方法，便是先排除那些不可能是上帝的东西，这个方法又常被称为否定神学。
在《神学大全》中，他提出了证明上帝存在的五个证据，这个理论又常被称为“五个证明的方法”：
上帝是简单的，并没有各种组成的部位，例如身体或灵魂或者物质和形式。
上帝是完美的、毫无破绽的。亦即，上帝与其他事物的差异便在于完美无瑕这个特征上。
上帝是无限的，即上帝并没有如其他事物一般有着实体上的、智能上的或情绪上的限制。但这个无限与体积或数量上的无限并不相同。
上帝是永远不变的，上帝的本质和特征是无法改变的。
上帝是一致的，上帝自己并没有多样的特征存在。上帝的一致性本质就如同上帝的存在一般。
在《神学大全》里，托马斯还讨论到了耶稣基督，他首先讲述了圣经里亚当和夏娃的故事，并且描述人类原罪的负面结果。他提出耶稣基督化身的目的是恢复人类的本质，协助人类移除他们身上“原罪的污染”。“神圣的智慧认为上帝应该化身为人，以这个单一而相同的化身改变人们并且提供救赎”。
同时，他还批评了当时许多对耶稣基督抱持不同观点的历史神学家。他指出耶稣是真的出自神授的，而不只是一个凡人。一个异教者认为上帝只不过是寄居了耶稣的肉身，托马斯则回复道上帝的完整乃是耶稣的存在所不可或缺的一部分。
不过，托马斯也曾主张耶稣具有一个真正的（理性的）人类灵魂。这个说法使得耶稣有了双重的本质，也使托马斯与阿利乌的理论产生矛盾。他还认为这两个本质是同时存在的，但在同一个人类躯体里却是可以清楚辨别的，这个说法又与摩尼等人的理论产生差异。
简而言之，“基督有一个与我们本质相同的真实躯体、一个真实的理性灵魂，但除此之外还多出了完美的神性”。也因此，耶稣基督是统一的、三位一体的，但也可以是多重的。
在托马斯来看，人类存在的目标是要与上帝结合并且建立永恒的联结。更具体地说，这个目标可以透过“乐福直观”达成，乐福直观代表的是当人了解到上帝的本质，因而获得了完美、无止尽的幸福的境界。
托马斯指出这个最终的目标也与人在世时的作为有关。个人的意志必须被指挥朝向正确的方向，例如慈善、和平以及神圣，他认为这是达成幸福的途径。托马斯以幸福的观念作为他有关道德生活的理论轴心。
托马斯探究的不是事先不能知道结论的问题，相反，在他还没有开始思考之前，他就已经知道结论了，而且这些结论都是天主教在信仰里公之于众的真理。他希望能为这些信仰的某些部分找到一些合理的论证，如果找不到的话，他会向启示求助。然而，众所周知的是，给已经知道的结论寻找论据是诡辩，而非哲学。