曾国藩有意要成全曾国荃，命他带领曾家军的嫡系部队进驻集贤关，兵临安庆城下，形成围攻之势。从此，安庆内外隔绝，成为一座孤城，处在了湘军严密的包围之中。
总理两江
正当曾国藩全力围攻安庆的时候，天京战局发生了重大变化。拜上帝会的最早成员之一，洪秀全的族弟洪仁玕从香港辗转来到天京。洪秀全此时正感到身边无人，洪仁玕的到来令他万分高兴，遂封为干王，总理朝政。1860年初，为解天京之围，忠王李秀成、英王陈玉成等太平军将领策划了一场大的军事行动。李秀成率兵由苏南入浙，大兵猛压杭州。浙江巡抚罗遵殿慌忙向江南大营统帅和春求援。和春派总兵张玉良带兵二万，由江宁赶赴救杭州。张玉良刚走到半路，李秀成突然率兵北上，猛扑江南大营。此时，陈玉成也率兵强渡长江，两军会合。数日之内，连破江南大营外围要地，将江南大营紧紧包围起来。和春、张国梁拼死抵抗。九昼夜的激战过后，江南大营彻底瓦解。和春、张国梁仓皇逃出，太平军乘胜追击，接连攻下苏州、常州。和春自缢，张国粱落水而死，江苏巡抚徐有任自杀，两江总督与其他江苏官员逃往上海，一时形成了树倒猢狲散的局面。江南七万绿营全军覆没，清政府在南方的绿营武装已基本瓦解，再也没有力量组织对天京的包围了。
江南大营的覆灭对清政府来说是个沉重的打击，让湘勇出力，绿营兵坐收渔利的想法彻底破灭。从此，只得一心一意依靠湘军剿灭太平天国了。
这样的消息对清政府来说，几乎要崩溃了，但对曾国藩来说，这无异于上天帮自己出头。他和幕府得知这一消息后，欣喜万状，左宗棠、李鸿章、胡林翼等人无不倍感欢欣鼓舞，认为自己的出头之日已到。
事实证明也是如此，原两江总督何桂清逃走之后，咸丰一怒之下将其革职，后来由肃顺推荐了曾国藩。咸丰皇帝下诏令曾国藩为两江总督，速往江苏署理两江事务。肃顺精明干练，魄力宏大，敢于重用汉人。他认为要想剿灭太平天国，就必须依靠胡曾这帮汉人，所以无论是曾国藩，还是胡林翼、骆秉章等汉人之所以能够得到皇上重用，都与肃顺的极力保荐分不开。曾国藩第一次墨绖出山就曾深得肃顺的推荐。现在又仰仗他，登上两江总督的宝座，这对于苦于得不到抚督大权而苦恼的曾国藩来说，真可谓是莫大的恩典。因此，曾国藩从心底感激肃顺。然而，一向以老成持重著称的曾国藩并没有因一时的冲动与肃顺有任何私下联系。后来慈禧太后发动宫廷政变，处死肃顺时，从肃顺家中搜出许多阿谀追随的信件，其中独独没有曾国藩的，这使慈禧大为感叹。因此，曾国藩在慈禧掌权时期，仍能得以重任。
就在曾国藩总理两江不久，胡林翼又上奏皇上，保奏左宗棠。
得到了梦寐已久的两江总督的职位，同时又有了胡林翼、左宗棠、李鸿章等人的支持，曾国藩开始站在与太平军作战最高统帅的高度，思考以后的用兵计划。
首先他清醒地意识到，朝廷从江浙入手，通过苏州、常州包围天京，从天京下游进攻的决策是行不通的，要想攻克天京，必须从长江上游向天京包围。即继续执行自己复出时定下的进军皖中的计划，拿下安庆，消灭陈玉成的部队，步步进逼天京。所以他拒绝了清政府让他率兵攻下苏州、常州的要求。只把大营扎在安徽、江西、浙江三省之间的祁门，一心一意围攻安庆。
安庆自1853年6月为太平军占领后，是仅次于天京（今南京）的政治、军事中心。1858年5月九江失陷后，又成为天京上游唯一的重要屏障，一旦有失，湘军便可直窥天京。1860年夏，正当太平军二破清军江南大营和东征苏州、常州之际，湘军统帅曾国藩和湖北巡抚胡林翼统率湘、鄂军水陆师五万余，自湖北大举入皖，连陷太湖、潜山、石牌（今怀宁），直逼安庆。道员曾国荃率湘军陆师万余人相继进扎安庆北面的集贤关，与提督杨载福部湘军水师四千余人担任围城任务；副都统多隆阿、按察使李续宜率湘鄂军二万人驻扎桐城西南挂车河、青草塥，阻击太平军援军。6月20日，杨载福水师攻陷安庆东路要地枞阳镇（今枞阳县），安庆被合围。
是年秋，曾国荃督军在安庆城外掘长壕两道，前壕围城，后壕拒援。时安庆由受天安叶芸来、谢天义张朝爵率二万余人驻守。太平军二破清军江南大营后，天王洪秀全等决定俟东征苏，即沿长江上取湖北，迫使湘军回撤以解安庆之围。9月下旬，洪秀全从江、浙战场调集兵力，分五路由大江南北并进，其部署为：英王陈玉成率军从长江北岸西进，经皖北入鄂东；忠王李秀成率军从长江南岸西进，经皖南、江西入鄂东南；辅王杨辅清、定南主将黄文金率军沿长江南岸趋赣北；侍王李世贤率军经皖南入赣东；右军主将刘官芳率军攻祁门曾国藩大营。五路中，陈玉成、李秀成为主力，取钳形攻势，预定于次年春会师武汉，以调动围攻安庆之敌。其他三路主要是牵制皖南和江西湘军，并伺机
歼敌。
用请旨对付圣旨
历史总是在关键时刻出现让人意想不到的问题。正当曾国藩大权在握，以为可以一展夙愿，顺利攻克安庆，进逼天京之时，北京一场意外的变故又将曾国藩拉入了难以自拔的焦思苦虑之中。原来，英、法联军进逼北京，咸丰皇帝带领嫔妃、大臣仓皇出逃，严令曾国藩派鲍超赴京救驾。
英国侵略者通过1840年鸦片战争在中国取得了大量特权后，并不满足。为了取得更大、更多的特权，他们自1854年就开始提出修改条约的要求，遭到了清政府的拒绝。尔后，英国侵略者便和法国勾结起来，于1856年10月发动了第二次鸦片战争。从此，他们由南而北，由小而大，不断挑起战争。其间前后共延续了四年。1860年8月，他们从北塘登陆，打败了僧格林沁的骑兵，攻占天津。后来又击败胜保的部队，兵临北京城下。咸丰大惊，慌忙带着一班大臣、妃嫔逃到热河，留下恭亲王奕在京师与英法侵略者谈判。同时，他还接受胜保的奏请，在逃往热河的途中，接连发布上谕，令各地抚督、将军迅速带兵来京勤王。其中第一道上谕就是发给湘军统帅、两江总督曾国藩的。咸丰帝要他速派鲍超率兵两三千人“兼程前进，刻日赴京”，交胜保调遣。
接到这道上谕，曾国藩一面为皇上蒙尘而担忧，一面又对派鲍超救驾而犯难。
当时曾国藩的处境也不好，太平军刚好攻克徽州。曾国藩孤守祁门，自身凶吉未卜，他还要靠鲍超保卫祁门，扫清通往天京的道路，哪有心思发兵北援。但假若拒不发兵，抗旨之罪，谁能担当得起？抗旨罪名已是不轻，更何况又是这非常变故之际、皇上蒙难之时。抗旨不发兵，自己平时口口声声标榜的忠君爱国岂不都成了假话。万一皇上震怒，天下共责，不待杀头灭族，自己就早已身败名裂，万人共诛了。
因此，面对这道圣旨，曾国藩落入了进退不是，左右两难的境地。
于是，他急忙与胡林翼、左宗棠等人商议，又命幕僚们献计献策。
胡林翼、左宗棠等也都不愿派鲍超北援。鲍超是湘军中有名的能征善战之将，他所率的霆字营是湘军围攻安庆所剩的最为重要的一支机动兵力，并且是唯一敢与陈玉成对抗的军队。倘若将他派走，势必影响安庆战局，何况他们也不愿意将这一支命根子一般的军队送给屡战屡败，草包一般的胜保率领。然而，北援毕竟又事关勤王之举和抵抗外国侵略者的行动，假如托词推诿，拒不发兵，不仅有可能被加上“不忠”的罪名，而且有可能被扣上“卖国贼”的帽子。因此，他们商量来，商量去，仍想不出一个两全齐美的办法。曾国藩的幕僚们也都主张北援，全无上善之策。曾国藩一连几天，急得像热锅上的蚂蚁，整夜不能入睡。