大家七手八脚为曾国藩换衣服，搓手脚，使他慢慢清醒过来。曾国藩睁开眼睛，遥望江面滚滚的烟雾，听着不时响起的枪炮声，看到自己精心建起的水师遭到毁灭性的打击，被击毁的船只歪歪斜斜散在江边，情景甚是凄凉。他深感大势已去，再难收拾，全身发冷，胜过沉在冰冷的江水里。眼前浮现出湖南官绅对自己冷嘲热讽的嘴脸；浮现出咸丰皇帝对自己的怒斥。
这时，罗泽南、刘蓉等将领都围着曾国藩，看着他呆呆痴痴的神情，不知他有何想法，也不知如何劝起。突然，曾国藩站了起来，大声说：“给我一匹马！”大家不明白他的意思。因为曾国藩平日是不骑马的。自湘军水师建起后，他更不骑马而总是坐在最大的指挥船上。他这时刚被从江里捞出，身体虚弱，如何能骑马呢？“大人！抬您回营吧！”亲兵以为他的船被俘获，要乘马回营了。
“牵马过来！”曾国藩又一次高声命令。
亲兵不敢违命，给曾国藩牵过一匹马。曾国藩让人把自己扶上了马。他跨上马背，突然一挺腰，双腿用力一夹，战马纵身奔驰而出。罗泽南、彭玉麟同时跳起，抓住马缰。怒马长啸一声，扬起前蹄，停了下来。
“曾大人，千万想开！”彭玉麟几乎是哀求了。
原来，曾国藩是学春秋晋国大将先轸的样子，骑马跑进敌营，让太平军把他杀死。大家扶起从马上摔下来的曾国藩，苦苦地劝慰，方才使他打消再次自杀的念头。
湘军水师遭到致命打击，留在鄱阳湖内的快船无法出湖作战，陆师也屡受挫败，太平军取得了长江上游的重大胜利。湖口战后便乘胜反攻，水陆沿江而上，势如破竹，连下黄梅、广济、蕲州、黄州，咸丰五年正月初七日（1855年2月23日）重占汉阳城。清政府闻讯急令曾国藩回师武汉。曾接到严旨，只得派胡林翼、王国才两部及彭玉麟、李孟群水师援救武汉。然而太平军对武汉包围甚紧，湘军力量单薄，加之新败，因此未能救得武汉。二月十七日（4月3日）武昌终被太平军攻克，湖北巡抚陶恩培被打死，湖广总督杨霈逃走。
关于九江之败的具体情形，曾国藩在给皇帝的两封奏折中做了具体的阐述，它们是：《内河水师三获胜仗折》及《水师三胜两挫外江老营被袭文案全失自请严处折》。从这两份奏折的内容看，一是曾国藩已经不再像靖港之战以后的他那样畏惧失败；二是在奏折中很巧妙地交替描写胜败的场景，让咸丰帝无法对此次战役的实际情况和失败的严重程度有很好的把握。
正因为曾国藩这两份极有水平的奏稿，所以他文中请求皇帝把他交给刑部严加处理的要求并未让咸丰帝多加重视。咸丰帝的上谕中就明确表示了这一点：“水师锐气过甚，由湖口驶至姑塘以上，长龙、舢板各船与外江师船隔绝，以致逆氛顿炽，两次被贼袭营，办理未为得手。曾国藩自出岳州以后，与塔齐布等协力同心，扫除群丑，此时偶有小挫，尚于大局无损。曾国藩自请严议之处，著加恩宽免。”
至此，湘军苦战攻克的长江重镇全部为太平军重新夺取。曾国藩进退两难，被咸丰下旨痛骂了一顿，仍命他克日攻下九江，东下取南京。曾国藩只好照办。
曾国藩在战场中“长于策略，短于指挥”，也正因为如此，他的两次亲自指挥均以失败告终，尤其以靖港之败与九江之败最为深刻，而且两次都差点让他送了命。但是，九江之败是发生在湘军为朝廷立下赫赫战功，取得了一系列军事胜利之后，因此，它对曾国藩来说影响并不是特别大。但是，从另一个角度来说，九江之败却破坏了曾国藩夺取南京的计划。而且，自此之后，曾国藩坐困江西，他的军事生涯也大不如前。这对他来说可谓是深刻的教训。
塔、罗战死
曾国藩在与太平天国军队长时间的对峙中，从未犯下低级错误，很少头脑发热，急不可耐，将自己的命门暴露在敌人手中——这一点是非常让人钦佩的。之所以出现这样的情况，与其说是曾国藩会打仗，倒不如说是他具备战争的素质——每当危险来临的时候，曾国藩总是变得像一条蛇一样更警觉、更缄默、也更冷峻。虽然他有时候表现得十分焦躁，但他总是全力控制自己的情绪，尽力使自己像冰一样冷静，像竹子一样坚韧。这样的性格造就了他与他的军队始终有一种坚忍不拔的特质。敌人在这样的对手面前，往往会望而却步，经常性地陷入气馁之中，无法产生胜利的自信。
田家镇大捷之后，曾国藩及湘军跌入了战争的谷底。这个时候，太平军在翼王石达开的统率下进行了第二次西征。曾国藩从田家镇继续挥师东进，踌躇满志地迎战。两军的主力聚集在长江江西段一带，都摆出了决战的架势。曾国藩全力进攻九江未果，只好掉转方向，把主攻目标对准湖口，想凭借水师的优势拿下湖口，再攻九江。可是，老天爷彷佛是要故意为难曾国藩，他在这次战争中，遭受到了最为惨烈的失败。
而太平军在石达开的率领下，于湖口九江袭击湘军水师大获成功之后，全军上下极受鼓舞。鉴于这种情况，太平军便决定兵分三路沿长江上行，逐步夺回失去的重要城镇。并且发动战略性反攻，打击湘军的军事后方，重新夺回长江航线的控制权。
这样，太平军在石达开的指挥下，兵分三路溯江而上。东路人马由小池口向北进发，接连攻下黄梅、广济，将湖广总督杨霈一直追到汉口，中路由九江逆水西上，沿途攻占蕲州、黄州，直捣武汉。西路由富池口出发，经兴国拊攻武昌之背。
咸丰五年（1855年）2月23日，太平军重新占领汉阳，并对武昌发起进攻。这一下清政府立时慌了手脚，急忙下令曾国藩派兵回师助剿，援救武昌。曾国藩遂派胡林翼、彭玉麟等人率领湘勇水陆两路先后回师援鄂。
经过一个多月的苦战，4月3日，太平军终于第三次攻克武昌，此次为首的将领是韦俊。接着，太平军控制了湖北省的大部分地区，使湘军的后方极不稳定。这时，曾国藩更加相信去年（1854年）9月份攻占武昌后不待后方巩固，经济恢复就立即挥师东下的战略方针是错误的。但此时的曾国藩也害怕如果立即退兵回攻武汉，会引起士气低落，军心动摇。所以，他宁可顿兵坚城，被动挨打，也不肯撤出江西回争武汉。这就势必造成了坐困江西的局面。
在攻克武昌的过程中，湖北巡抚陶恩培被击毙城中，总督杨霈仓皇逃出城去。这一消息传到京城之后，朝野震动。咸丰皇帝龙颜大怒，立即撤了杨霈的职，任命荆州将军官文为湖广总督，胡林翼为湖北巡抚。
太平军重占武昌后，从武昌到江宁，长江两岸的重要集镇，全部又由太平军控制。江面上，挂着绣龙杏黄绸缎蜈蚣旗的太平军战船来往航行，畅通无阻，太平天国鼎盛的时期到来了。
起初，湘军陆师在江西约有一二万人左右。分别由塔齐布、罗泽南、李元度统领。塔齐布手下的人最多，约有6500人。罗泽南次之，约带领3500人。李元度手中的人最少，只有平江勇二千人左右。这李元度本来是曾国藩的一个幕僚，眼睛深度近视，从来没有带兵打过仗。由于曾国藩湖口惨败之后，手下无人，李元度便自告奋勇要率领二千人马，前去彭玉麟内湖水师的驻地南康府与水军相互依护。曾国藩由于无人可用，便答应了他的请求。但这支队伍人数不多，战斗力也不强。曾国藩在江西主要依靠的还是塔齐布、罗泽南两部。
湖口惨败以后，曾国藩又不愿回师武汉。无奈之中，只得继续围攻九江。他认为只要湘军能够坚持连续攻城，九江定可不日而下。于是集中优势兵力，加紧攻城，昼夜苦战。而太平军守将林启荣仿佛看穿了曾国藩的心思一样，只是构筑工事，坚守不出，硬是把一座九江城守得铜墙铁壁一般，使曾国藩的一切手段都无法得逞。
就在曾国藩为九江战事一筹莫展的时候，更大的打击随之而来。由于久攻九江不下，塔齐布于8月3日呕血而死。
塔齐布盛年溘然去世，这对于曾国藩来说是不能想象的事。正是曾国藩将塔齐布由一名都司衔署理抚标中营守备，仅一年多时间内，便迅速提升为湖南水陆提督。塔齐布知恩图报，尽心尽力为曾国藩打了几场漂亮仗，为湘勇大壮声威。曾国藩不能没有塔齐布，他需要塔齐布为自己带兵打仗。他更需要他为自己制造一个满汉亲密无间的形象，以消除朝野内外的各种猜忌、嫉妒以及形形色色的流言蜚语。如今在这江西战局进退维谷，晦暗不明的时候塔齐布竟然长逝了。这对曾国藩的打击无疑是很大的。
就在这时，太平军又由湖北回师江西，很快攻占义宁并全歼了曾国藩向南昌派去的援兵。江西省城大为震动。曾国藩急派罗泽南前去援救义宁，以阻止太平军由鄂返赣。
罗泽南见江西战场无所作为，就想带领一支人马到湖北去建功立业。于是他多次和曾国藩商量，要回师武汉。他认为争取整个战局主动权的关键不在于能否攻下九江、湖口两镇。太平军上控武汉，下据江宁。九江是其中游要塞，太平军必然拼死据守。即使一时被湘军攻克，太平军也要尽力夺回。况且湘军永远无法摆脱在江西被动挨打的局面。要想改变目前的不利形势，唯一正确的补救办法是立即由他带领一部分主力西撤，巩固湘军的后方。
对于罗泽南的分析，曾国藩不能不佩服他的眼光独到，深谋远虑。但就曾国藩目前的处境来说，他实在不愿意让罗泽南走。塔齐布已死，罗泽南再一走，曾国藩失掉了两个最得力的助手。这无疑是砍去了他的左膀右臂。但曾国藩必定还是有军事头脑的，在处境极为不利的情况下，仍然着眼大局，冷静地分析局势，为湘军的长远利益着想。因此，虽然曾国藩极不愿意，但还是忍痛割爱，让罗泽南率领他的部下回援武昌。
塔齐布死了，罗泽南现在又走了，曾国藩心里感到一种从未有过的空虚，一连几天都是心绪不宁。如此一来，曾国藩手中所剩的仅有塔齐布死后留下的由周凤山带领的五千余兵马，李元度的平江勇及困在内湖的一部分水师。
罗泽南领兵西进过程中，连攻数镇，直逼武昌城下。这时湖北巡抚胡林翼正在为战事苦恼。由于他手中没有一支能征善战的军队，所以连吃败仗。现在罗泽南率兵来援，无异于雪中送炭。于是对罗泽南委以重用，极力笼络。这样，胡林翼以罗泽南的这支军队为骨干，仿照湘军那样，不断从各地招募勇丁扩军的同时，还对原先的绿营兵加以整顿，逐渐将他们淘汰掉。这样，湖北的军事力量逐渐强大起来，成为长江上下兵力最强的一个省份。
与湖北的情形正好相反，曾国藩在江西的处境日益狼狈起来，太平天国在湖北的军事形势稳定之后，石达开便留韦俊在武昌据守。自己率部回师江西，乘江西军事力量较弱的时机，加大攻势。从1855年11月起，石达开就联合天地会各路义军，接连攻下瑞州、临江、袁州等一系列州府，最后发兵围攻吉安。曾国藩见状，只得从九江撤围，调周凤山前去援救吉安。当时吉安形势危急，南昌也是兵力空虚，曾国藩是既怕省城有失，又怕太平军再陷吉安。因此，名为派周凤山援助吉安，其实是派他驻兵樟树镇不动，观望形势。石达开趁周凤山举棋不定、犹疑不决的时候，一举攻破了吉安府城，接着又连锅端了周凤山的樟树镇大营。周凤山大败而逃，湘军纷纷溃入南昌城内。一时间江西官场舆论哗然，纷纷指责曾国藩、周凤山调军无能，指挥不当。
樟树镇大败清军之后，石达开又乘胜追击，直逼南昌城。曾国藩此时被困在城内，焦急万分，甚至连与外界的联系都已中断。曾国藩写封家书都得用蜡丸隐语，化装潜行，其处境就可想而知了。太平军围住南昌，曾国藩昼夜不能安睡，被搅得焦头烂额。最后，不得不上书朝廷请求派罗泽南前来解围。然而他万万没有想到，就在他的这封求援文书发出不到十天，他昔日的部下因为在围攻武昌过程中被太平军击中头部，医治无效而死。
面对这种情况，曾国藩处于绝望的顶点。
塔死罗走，屡受挫败，坐困江西，曾国藩与他的湘军似乎真地到了山穷水尽的地步。他在给皇帝的奏折中诉说当时的情形是：“每闻春风之怒号，则寸心欲碎；见贼帆之上驶，则绕屋彷徨。”
曾国藩以团练大臣的身份创建湘军，又用了很多乡绅读书人带兵打仗，无论怎么说，都被当时一些官员视为越轨行为。由于长时间在军事上没有起色，曾国藩和湘军遭遇了组建之后的低谷。屡屡受挫的情况下，明枪暗箭不断向他袭来。当然，让曾国藩感到最伤脑筋的，还是来自于朝中的压力——那些遗老遗少们不断向咸丰上奏折说他的坏话，说他如此一个迂腐的书生，哪里懂得打仗呢？只是以打仗之名，沽名钓誉，甚至心怀不轨。身心俱疲的曾国藩陷入了进退维艰的地步。
王牌重生
饱尝尽丧水师之痛的曾国藩，每每看到蜷缩在岸边的东倒西歪的长龙、快蟹，再想起被锁在鄱阳湖中的舢板，心中总是痛苦不已。
水师是曾国藩的命根子。在一定程度上，曾国藩觉得水师比陆师更亲近。因为水师的将领都是由他一手提拔上来的。在曾国藩的内心深处，他实际上是把水师视为自己的嫡系部队。现在水师遭此重创，曾国藩决不会让它就此一蹶不振。