公元318年三月，司马睿于是正式称皇帝，仍以晋为国号，史称东晋。此时距离吴国灭亡仅仅30年的时间。北方士家大族为了避祸纷纷举家南遣，渡江而南的占十之六七，史称“衣冠渡江”。宋末，明末，汉族在中央政权解体后已经没有阶层短时间凝聚较强的力量抵抗，而门阀正是在五胡乱华时做到了。
北方的战乱迫使大量人口逃亡南方，魏晋之前的南方多是为开发的荒芜之地，现在南方有了人口基数，经济才得以发展，东晋时期大量开发荒地。经孙吴、东晋和南朝的开发，原本属于贫穷落后地区的江南渐渐成为中国的经济中心，至隋唐时代，南方经济已经全面超过北方。
西晋士族制度下形成的百余家流亡江南的门阀士族是其政治基础。西晋时确立的士族特权在东晋进一步制度化，西晋时还竭力反对的“上品无寒门，下品无世族”的情况在东晋则已成为理所当然的事。西晋尚属皇权政治，东晋则已演变为门阀政治。在永嘉南渡直至刘宋代晋的一百余年时间里，琅琊王氏、颍川庾氏、谯郡桓氏、陈郡谢氏、太原王氏相继兴起执掌朝政，终东晋一朝，君弱臣强的状况未有改观。士家大族掌握东晋军政大权与司马睿共同治理东晋的局面，被后世称之为“门阀政治”。在司马睿登基典礼上，司马睿要求王导与其同坐，王导再三推辞才作罢，这便是历史上著名的“王与马共天下”。白彝寿先生说，一方面，它真实反映司马睿在政治上服从王导，在军事上依赖王敦的格局。另一方面，它也是司马睿不满的流露。
汉初的“黄老思想”在曹魏时再度复苏，统治思想界近四百年的正统儒家名教之学开始失去魅力，士族对于三纲五常的陈词滥调普遍感到厌倦。西晋时期，主张个体自由和限制君权的思想方兴未艾，在人性论上要求“自然”、在政治上要求君主“无为”，清谈始兴，玄学渐生。强调无为而治，甚至否认君主的合法性，思想文化领域的这些变动，对于维护皇权来说自然不是好事。
在东晋政权中，皇权与士族之间、皇帝与外戚之间的关系则发生了根本性的变化。东晋政权乃是司马氏皇室与士族大姓的一个政治性联盟体，在这一联盟体中，世家大族显然占据着主导的支配地位。如果说西晋时期皇权与士族的政治联姻是士族用以“扩大自己势力的机会”，那么在东晋时期，由于门阀士族极高的社会地位，他们已不再像过去的士大夫官僚那样，竭力要把本家族的子女送到后宫，以皇帝姻亲外戚的身份来巩固自己的地位和利益;反之，则出现了这样的情况:当皇帝选拔后妃登纳掖庭时，一些士族中女子“多败衣瘁貌以避之”。而司马氏则千方百计地要同名门望族联姻，以巩固自己的政治地位。
东晋外戚多出任荆州和扬州等州郡都督，掌握地方军事大权，以外治内。东晋几家权重的外戚都出任地方都督之职，其中特别重要的是控制建康的扬州都督和长江中游的荆州都督。荆、扬二州是当时的两个经济中心，不仅经济富庶，户口殷实，而且地理形势十分重要。扬州是东晋政权中枢所在地，故东晋以扬州为内户。而荆州居东晋上游，为东晋外门，若能控制荆州，就能威逼下游，控制朝政。
在中国历史上，以中央大员而出任领控州郡的现象并不罕见，但反过来以都督地方州郡而遥控中央政权的现象却极为罕见。这是东晋独特的政治现象，外戚在其中占据着十分突出的地位。皇族与士族大姓如王、谢诸家“共天下”的局面并不为司马氏所甘心，他们总要借助其他力量来对付这些士族和外戚。各个士族集团之间的矛盾也错综复杂。这样，在东晋的政治舞台上就爆发了一次又一次士族与外戚、外戚与皇权、地方与中央的军事冲突。在东晋高门士族把持朝政大权的情况下，由于皇室与士族、士族与士族之间利益的冲突，使东晋王朝始终处于各派政治势力由平衡到不平衡，最后严重失衡而导致冲突的规律性进展中。
除此之外东晋另一大势力是流民。西晋以来大批中原流民徙居于江淮及江南的京口晋陵地区。这一地区从地理上看，其地北接广陵、淮阴，南带三吴，又与建康东西呼应，因此，在东晋建立初期即具有着重要的战略意义。同时，由于大量起用南渡寒族士人为官，京口集团也因之初步形成。到了东晋孝武帝初年谢玄领徐州刺史，也以该地移民“人多劲悍”，于是广招流民为部伍，号称北府兵，并多以寒族成员为各级将领，北府兵实际成为京口集团的武装力量。
随着北府兵在著名的淝水之战中名声大振，京口集团的势力也有了相当大的提升，这一武装集团开始在东晋政治格局中占据重要地位，以致对东晋政局产生了极大的影响。公元398年东晋安帝隆安二年，北府名将刘牢之击杀谢玄的继任者外戚王恭，统领北府兵，京口寒族开始直接掌握北府兵权。
东晋后期皇族势力的崛起司马道子公然嘲笑桓温，而桓氏家族代表人物桓玄只有跪在地上大气也不敢出。当时最有势力的门阀尚且如此，其它士族就更不用说了。面对皇族代表人物司马道子的步步进逼，谢氏家族、王氏家族、桓氏家族都也不敢与皇族分庭抗礼了。皇族的这种兴起，意味着皇权专制的复兴，也意味着江南门阀政治已走过了它的鼎盛阶段。门阀只能通过地方军事强人来代表自己的利益了。桓玄最初能轻易打败司马元显，一个很重要的原因，就是普遍士族不甘忍受日渐崛起的皇权势力威逼，所以都想借桓玄之手，打击一下不可一世的皇权势力。
桓玄在门阀的支持下，把皇族势力、寒人势力都进行了毁灭性的打击。皇族代表人物司马道子、司马元显都被杀掉，北府兵高级将领或被杀掉、或被逼得逃亡。专制势力都已被桓玄打得一蹶不振了。现在掌控中央政府的桓玄，只要他愿意放弃地方豪强的角色，愿意再次溶入门阀贵族主流社会中，那江南地区的门阀政治就又开始恢复了。但桓玄接下来的表现，却让门阀彻底失望了，因为桓玄所作所为，比司马元显走得更远，他竟然自己当起了皇帝，成了新的专制皇权。于是门阀世族终于决定抛弃桓玄了。在这种背景下，不可一世的桓玄，面对刘裕一群乌合之众，（刘裕起兵时，并没有控制北府兵）竟然不能组织起任何有效的反击就退出了帝国中央政府。