两位作者的另一个重要差异涉及洪水的持续时间问题。在耶和华文本故事里，大雨持续了四十个日日夜夜，之后挪亚在船上还待了三星期，直等到水退和陆地显现、能够上岸为止。据此估计洪水一直持续了六十一天。另一方面，在祭司文本故事里，洪水持续了一百五十天才开始减退，洪水总共持续了十二个月零十天。考虑到希伯来人采用的是太阴历，十二个月计有三百五十四天，再加上十天就成为太阳历，有三百六十四天。因此祭司文本作者确认，洪水持续时间大约为太阳历一年，于是我们可以放心地断定，他生活时期的犹太人已经学会根据对太阳的观察而修正太阴历的严重错误了。
其次，两个作者在提到洪水原因时也表现出分歧。耶和华文本的作者认为滂沱大雨是产生洪水的唯一原因，而祭司文本的作者则说水是同时从地下涌出和天上落下的。
最后，耶和华文本的作者描写挪亚为了感谢从洪水中逃生，建造了一个祭坛，并向神供上牺牲。可是祭司文本的作者根本没有提到祭坛和举行祭祀；毫无疑问是因为根据他采用的利未人的律法，除了耶路撒冷的神庙之外，任何地方都不能有合法的祭坛，还因为对挪亚这样的凡人来说，举行祭祀是闻所未闻的僭越，是对教士权力的严重侵犯，这种权力是他做梦也不会让给这位可敬的族长的。
因此，对耶和华文本和祭司文本中的这两个故事所作的比较，强烈地支持了批评家们的结论，即这两个文本最初是彼此独立存在的，耶和华文本的故事比祭司文本的故事要早得多。因为耶和华文本的作者显然并不知道关于唯一圣所和除了耶路撒冷之外禁止随处祭祀的律法；同时因为这个律法是在公元前６２１年由约西亚王第一次明确颁布并在生活中实施的，由此可见，耶和华文本必定编成在某个早于该日期的时候，并且很可能要早许多。基于同样的原因，祭司文本必定编成在某个晚于该日期的时候，很可能是一个重要时刻，因为其作者无疑知道唯一圣所的律法，他不允许挪亚破坏它。因此，如果说耶和华文本的作者在他的时代质朴地建立世界创生最初时期的宗教法规和表达形式时，透露出某些古代淳朴性，那么祭司文本作者反映的是更晚时期，这个时期制订出了宗教演化的明确理论并将其严峻地运用于以往的历史。
只需将关于大洪水的希伯来故事与巴比伦故事稍作比较，就足以使我们相信，两个故事并非完全独立，要么是一个故事来自另一个故事，要么是两个故事具有同一个来源。两者之间的相似点太多，而且很详细，实在不可能是偶然的。两个故事中，都是神力决定要借大洪水毁灭人类；两个故事中，都是一个神预先将这个秘密泄露给人，他指示人建造大船以便住在里面解救自己和所有的“物种”。这可能不仅是偶然巧合：在巴比伦故事里，正如贝罗索斯所报道的，从洪水中获救的主人公是巴比伦第十代王，而希伯来故事中的挪亚是亚当的第十代子孙。在两个故事里，都是受神宠爱，并因而得到神预告的人，造了一艘几层的大船，涂上树脂和沥青，以防渗水，然后带上全家和各种动物一起上了船；两个故事中的洪水很大程度上都是由大雨引起的，也都延续了好多天；两个故事都讲所有的人都淹死了，只剩下主人公和他全家；两个故事都讲主人公放出乌鸦和鸽子，打探洪水是否已经退去；两个故事中，鸽子转了几圈，没有找到歇脚之处，就飞回船上；两个故事中都讲到乌鸦没有飞回来；两个故事都讲方舟最后搁在山顶；两个故事中主人公都在山顶摆上祭祀的牺牲，以感谢自己得救；两个故事中的神都闻到牺牲的香味，他们对人的愤恨就消退了。
我们讲了这么多巴比伦传说和希伯来传说总体上的共同相似之处。
然而如果我们注意希伯来故事自己的独立成分，那么将会看到，耶和华文本的故事比祭司文本的故事更接近巴比伦传说。在巴比伦故事和耶和华文本故事中，数字七都具有特殊意义。在耶和华文本里，挪亚在洪水到来之前七天得到警告；他把每种洁净动物都带七对上船；他接连着每隔七天就从船上放一只鸽子出去。在巴比伦文本里，洪水最具破坏性的时间持续了七天；主人公在山上摆出七件供品碗碟。其次，在耶和华文本和巴比伦文本里都特别提到当人和他的全家带着动物刚刚上船或方舟，门就在他们身后关上了；两个文本里都包含从船上放出乌鸦与鸽子、举行祭祀、神闻到祭品的香味，以及神随后得到了安慰等生动情节。可是在某些细节方面，《创世记》里的祭司文本比耶和华文本更接近巴比伦版本。比如在祭司文本和巴比伦文本里，都对船的建造有精确的指令；两个文本里，船都有好几层，每层有许多船舱；两个文本里的船都涂上树脂和沥青以防渗水；两个文本里的船都搁在山顶；两个文本里的主人公都在得到神的祝福后走下了船。
但假如说希伯来故事和巴比伦故事之间关系密切，那么怎样来解释这种关系呢？巴比伦故事不可能来自希伯来故事，因为它至少比希伯来故事早十一至十二个世纪。此外，“正如齐默尔曼指出的，《圣经》故事就其本身而言，预先应该有一个类似巴比伦那样易受水灾之害的国家；因此毋庸置疑，这个传说产生在巴比伦国土上并从那里传播到了巴勒斯坦。”可是如果真是希伯来人从巴比伦借用了大洪水传说，那么他们又是在何时和怎样这么做的呢？关于这个问题我们没有任何资料，这个问题的回答也许只能推测。有些着名学者猜测犹太人第一次听到这个传说是在他们被囚在巴比伦的时候，因此《圣经》故事的产生也顺理成章地不会早于公元前６世纪。如果我们仅仅掌握祭司文本的希伯来洪水传说的话，这样的观点是完全站得住脚的。
因为正如我们所知，祭司文本可能编成于巴比伦之囚时期或在其后，其编着者完全可能在放逐期间或者也许在返回巴勒斯坦后，通过口传或者从巴比伦文献中熟悉了该传说。因为有理由猜想，两个国家之间由于征服而造成的密切关系，能够促使巴比伦文学在巴勒斯坦的传播，以及犹太文学在巴比伦的传播。根据这个观点，祭司文本故事与耶和华文本故事之间的某些差异点，以及与巴比伦故事的契合点，就可以想象是该文本作者从巴比伦源头直接借用来的。这几点就是关于建造方舟的细节，尤其是在船上涂抹巴比伦特有的材料树脂和沥青。但是希伯来人了解洪水传说，而且是形式上与他们相近的同族人的巴比伦传说，还远在他们被囚之前，《创世记》中的耶和华文本故事充齐默尔曼·亨利希（１８６２-１９３１），德国亚述学家。——俄译本注分证实了这一事实，这个故事大约产生在公元前９世纪，而且不可能晚于公元前８世纪。
于是我们假定巴勒斯坦的希伯来人早就熟悉了巴比伦的大洪水传说，但我们仍然要问，他们是怎样及何时知道这个故事的？对这个问题有两种回答。一方面有人认为，希伯来人是在从巴比伦迁居到巴勒斯坦的时候带来了这个故事，即大约在公元前２０００年之时。另一种意见则认为，希伯来人可能是在定居巴勒斯坦以后，从当地的迦南人那里借用了这个故事，迦南人同样可能在公元前２０００年中的某个时候以巴比伦文学为媒介而学到了这个故事。两种观点中哪一种是真实的，我们现在无法决定。
后来，犹太人的幻想就用许多新的，而且往往过分铺张的细节对大洪水传说作了装饰。这些细节显然是为了满足好奇心或取悦于堕落时代的趣味，这个时代已经不满足《创世记》故事的高贵的淳朴性了。在对古代传说所作的花哨庸俗或怪诞的增补中，我们阅读到，在洪水之前的日子里人们的生活是多么轻松，当时播一次种的收成就可供人一直食用四十年，当时人能够用法术迫使太阳和月亮为自己效力。婴儿在母亲腹中不是待九个月而是总共只待几天，并且在出生后立即就会行走、说话，连鬼怪都不怕。但这样自由自在的奢华生活把人们引入迷途并犯下各种罪行，尤其是淫荡和贪婪之罪，从而引发神的愤怒，决定要用一场大洪水来消灭这些罪人。但出于恻隐之心，他给了他们应有的警告。挪亚听了神的教诲，就告诫人们改恶从善，同时用惩罚他们罪孽的洪水来威胁他们。他这样做至少做了一百二十年。甚至过了这段时间，神还给人再宽限了一个星期，而且说也奇怪，在此期间太阳每天早晨从西方升起，每天晚上从东方落下。
但怎么也不能使邪恶者改悔；他们看见虔诚的挪亚在建造方舟，便不停地当面讥讽和嘲笑他。挪亚从一本圣书学习如何建造方舟，这本书是大天使拉结尔给亚当的，它包含人和神的全部知识。它是用蓝宝石做的，当挪亚把它带上船时，就把它锁进精致的黄金小盒子里，在船上用它做计时器来辨别白天和黑夜。因为在整个洪水期间没有太阳，也没有月亮，地上没有光。当时，洪水是由天上落下的雄性之水和地下涌出的雌性之水相遇而产生的。神从天昴星宿中拿去两颗星，在天上做出两个窟窿，天上的水就从里面涌出来；而为了止住大雨，神后来用大熊星座的两颗星来堵住窟窿。这就是大熊星座至今一直追着天昴星的缘故：她想要回自己的孩子，但直到世界末日也不会得到他们。
方舟造好以后，挪亚开始把各种动物放进去。动物太多了。他无法将它们都带走，只好坐在船门口挑选。他挑了躺在门口的动物，而那些站着的，只好丢弃。甚至在经过这样严格执行的自然选择原则之后，拿到船舷边的各种爬行动物的数目还不少于三百六十五种，各种飞禽的数目不少于三十二种。带进船的哺乳类动物数量无法统计，至少看来没有记录下来，不过其中许多混在人群里，正如我们现在可以看到的。洪水到来之前，不洁动物比洁净动物多得多，而洪水过后情况就相反了，因为带上船的每种洁净动物各是七对，而不洁动物只有各两对。有一种称为“利姆”的生物，体型非常庞大，船上找不到放置它的地方，因而挪亚把它拴在船外面，那动物就一直跟在船后跑。巨人奥格是巴珊国王，也因为体型太大而无法安置在船内，就坐在船顶上，由此逃脱洪水得救。与挪亚一起安排在船上的有他的妻子——以挪士的女儿拿玛、三个儿子以及他们各自的妻子。一对怪异夫妻“谎言”和“不幸”也在船上找到了栖身处。起初，“谎言”独自来到船门口，但在一个通道口被拦住了，理由是船上只允许结了婚的夫妻上去。于是他准备离开，但遇到了“不幸”，便引诱她和他为伴，这一对也被同意上船。当所有人都上了船时，洪水开始了，大约七十万个罪人聚集在一起，围着船，恳求带上他们。
当挪亚断然拒绝放他们进来时，他们冲击船门，看能否破门而入，但守卫大船的各种野兽袭击他们，吞食了好些人，余下的人都淹死在已经漫上来的大水里。船在水面上整整漂泊了一年；它在巨浪中颠簸摇晃，船里所有的人和动物都像锅中的豆子不断颤抖。狮子咆哮，公牛怒吼，狼群发出悲号，其余动物都以自己的方式哀泣。但是挪亚必须在船内对付的最难办的问题是食粮。洪水过后好多年，他的儿子闪对亚伯拉罕的仆人以利以谢透露说，父亲养活那些动物有多困难。这个可怜的人上上下下，没日没夜，到处忙个不停。因为白天的动物必须白天喂，夜晚的动物必须夜晚喂；巨人奥格的食物则通过顶棚上的窟窿供给。虽然狮子一直受疟疾之苦，疾病使它多少安静一些，但非常阴郁，还会因一点点刺激大发脾气。有一次，挪亚给它食物时稍微慢了一些，这个高贵的动物用爪子打了他那么重一巴掌，这个族长从此终生成了瘸腿，并因此再也不能从事祭司职业。塔慕兹月的第十天，挪亚放出乌鸦去探看并向他汇报洪水的情况。但乌鸦发现一具浮尸并开始啄食，完全忘记了返回和向挪亚报告。一星期以后，挪亚放出一只鸽子，它飞了三圈最后返回，嘴里叼一根它从耶路撒冷的橄榄山上折来的橄榄树枝；看来洪水没有蹂躏圣地。挪亚从方舟登上岸，看见遭受洪水全面摧残后的景象，不禁失声痛哭。他的儿子闪因为获救向神献上感恩的供品，而族长本人还没有从狮爪的打击中恢复过来，不能亲自献祭。
我们在后来另一个故事中可以获得关于方舟内部结构和乘客分布的有趣细节。家畜和野兽用木板隔开关住，中甲板上放着各种飞禽，上甲板是挪亚和他家人的安身之处。但男子和女子严格分开。族长和他的儿子占据船的东部；他的妻子和他的儿媳们则住在西部；中间放着亚当的尸体作为隔离物，他由此避免了葬身水底。这个故事还给了我们关于方舟的准确规模尺寸的消息，以及人们在某月某周的某日上船的准确日子，这些内容来自西奈山圣凯瑟琳女修道院藏书室的一件阿拉伯古抄本。作者看来是一位阿拉伯基督教徒，生活在穆罕默德征服时期，尽管抄本属于稍晚时候。