海绵的体壁内镶嵌着无数结构精致的骨针，有钙质的，也有的是像玻璃一样的硅质。骨针就像建筑中的钢筋一样，对海绵起着加固和支撑作用。多数海绵的骨针是一根根分散在体壁中，但玻璃海绵和有些其他海绵，骨针排列成精巧的网络状骨架。
还有些海绵或没有这种骨针而有称作海绵硬朊的蛋白质纤维，或骨针与蛋白质纤维兼而有之。分类学家就是根据骨针的显微镜薄片类型而对海绵分类的。没有这些骨针，海绵就难以维持多姿的形态。海绵周身都布满小孔，这是它的入水小孔。每个小孔往里通入一个小房间叫滤室，所有滤室都通到一个公共腔里，这个腔就像一个瓶子的内腔一样，叫孔前腔，腔上端是一个很大的出水孔。栖于流急浪大处的海绵出水孔更大，而在静水中的海绵出水孔高高突起，像火山口一样，这就是海绵的水管系。海绵既无口，又无消化腔，依靠这一水管系来捕捉食物，摄取氧气，排泄废物，甚至输送生殖细胞等。其过程是，水由入水小孔吸入体内，进入滤室，滤室是海绵水管过滤系统的“心脏”。它的内壁上衬以无数领细胞，每个领细胞上都有一根鞭毛，鞭毛能由基部向末梢成螺旋状摆动。无数鞭毛按一定节律摆动就会在海绵的孔前腔里产生一个正压力，驱使其内的水通过很大的出水孔排出体外，同时又把体外的水由全身的入水小孔吸入体内，一直不停地流动，夜以继日、周而复始。在水进入滤室，流经领细胞的过程中，水中的藻类、细菌或其他食物小颗粒就会被领细胞捕捉并被细胞体吞没，形成食物泡予以消化。较大的食物颗粒，领细胞无法对付，可以被进入滤室的变形细胞所吞食。代谢过程的废物等再排到水里，排出体外。滤室越多，表明该海绵的结构越复杂，过滤水的能力越强。一个10立方厘米大的海绵一昼夜能过滤20升海水。过滤后排出的水在出水口处速度达5米每秒，可以排出很远，这样就可以避免排出的水又进入体内进行再循环。