为了保护海洋环境，1972年在伦敦召开的关于海上倾倒废物公约的政府间会议通过了《防止倾倒废物及其他物质污染海洋的公约》，即《伦敦倾废公约》。该公约的1996年议定书规定，缔约方“应禁止倾倒任何废弃物或其他物质，除那些列入清单的物质外”。被列入可排放清单的包括疏浚物质、污水污泥、鱼类废弃物，或由工业鱼加工作业产生的物质、海上船舶和平台或其他人造结构、惰性的、无机的地质物质以及最初构成铁、钢、混凝土和类似无害物质的庞大物品。我国在《海洋倾废管理条例》中也明确规定“严格控制向海洋倾倒废弃物”，并分别对禁止倾倒的物质和需要获得特别许可证才能倾倒的物质进行了界定。
海洋生态补偿
海洋生态资源是人类社会与环境可持续发展的基础。但是，在开发利用海洋资源的过程中，由于人们的认识不足，生产规模宏观调控不力，导致海洋生物资源数量锐减，海洋生态系统遭到不同程度的破坏。为了保障海洋生态资源的永续利用和持续发展，有必要采用经济手段对海洋生态资源进行管理。由于海洋生态资源是公共物品，按照市场机制存在着生产不足或产出为零的情况，作为管理者的政府应该对海洋生态环境破坏的受害者和环境治理中作出贡献的贡献者给予补偿。
海洋垃圾清理
海洋生态补偿是指海域使用者或受益者在合法利用海洋资源过程中，对海洋资源的所有权人或者为海洋生态环境保护付出代价者支付相应费用，其目的是支持与鼓励保护海洋生态环境的行为。
进行海洋生态补偿，首先要确定某一海洋开发或保护活动的利益相关者，即受该活动及其结果影响的人、集团或者组织，主要依据如下：①确定海洋生态资源的经济价值；②为保护海洋生态资源作出贡献的应是主要的补偿对象；③充分考虑与海洋生态资源开发与保护相关的间接利益相关者；④进行保护海洋生态资源价值的生态补偿时，不要忽视海洋生态系统的服务价值。经济补偿或资金补偿是海洋生态补偿的一个方面，补偿程度可依据海洋资源价值和当地经济发展水平进行确定。
除经济补偿以外，海洋生态补偿还应包括对海洋生境的补偿和海洋资源的补偿。在资源补偿方面，我国已进行了大量实践，例如，20世纪80年代我国在黄海、渤海实施的中国对虾生产性增殖行动等。
海洋生态破坏
海洋环境问题包括海洋环境污染和海洋生态破坏两个方面。海洋环境污染是指污染物质进入海洋，超过海洋的自净能力；而海洋生态破坏是取出性损害或开发性损害，又称非污染性的损害，即由于人类不适当地从海洋环境中取出或开发出某种物质、能源（非排污活动）所造成的对海洋环境的不利影响和危害。
海洋石油污染
人类不合理的生产活动所造成的典型海洋生态破坏行为包括：①海岸工程建设、围海造田、红树林毁林挖塘养虾等行为破坏了海岸环境和海岸生态系统；②人类对某些传统经济鱼类的过度捕捞，使近海的鱼虾资源数量锐减，品质下降，进而导致部分非经济生物由于天敌锐减而大量繁殖，使海洋生态失去平衡，海洋生态环境遭到破坏；③赤潮，危害水产养殖和捕捞业等海洋环境。河口和港湾多与大中城市相毗邻，人口密集，因而是出现海洋生态破坏现象的主要区域。在污染较大的海域，生态系统变得十分脆弱，更容易发生生态破坏。减少污染物的排海量和控制海洋资源的过量开采，是防止海洋生态破坏的主要措施。
海洋生态系统的服务功能
海洋生态系统服务功能是指一定时间内特定的海洋生态系统及其组成部分为人类提供的赖以生存和发展的产品和服务。海洋生态系统服务功能大致上包含食品生产、原料生产、氧气生产、提供基因资源、气候调节、废弃物处理、生物控制、干扰调节、休闲娱乐、文化价值、科研价值、初级生产、营养物质循环、生物多样性维持等14项基本功能。
海洋服务功能的文化功能——休闲娱乐
根据海洋生态系统服务功能的相似作用和性质，可将这些功能合并为供给、调节、文化和支持四大类功能。
供给功能是指海洋生态系统为人类提供食品、原材料、提供基因资源等产品，从而满足和维持人类物质需要的功能。
调节功能是指人类从海洋生态系统的调节过程中获得的服务功能和效益。
文化功能是指人们通过精神感受、知识获取、主观印象、消遣娱乐和美学体验等方式从海洋生态系统中获得的非物质利益。
支持功能是指为海洋生态系统物质功能、调节功能和支持功能提供所必需的物种多样性维持和提供初级生产的保证的功能。
这些海洋生态系统服务功能是海洋生态系统及其生物多样性的整体性表现，是生物与生物、生物与环境相互作用的结果，也是海洋生态系统对人类的贡献。
海洋生态系统围隔实验
在用人工方法把自然海水围成的相对封闭的生态系统内，研究海洋生态系统结构、功能及其变化的实验称为海洋生态系统围隔实验。这种围隔的水深介于1～10米之间，海水与周围海水不能进行交换，不会受到潮流和水平扰动的影响，但与周围的自然环境极其相似，能够很好地解决在天然海域中试验条件差异较大的问题，使实验结果更具有客观性。围隔按水体积大小可分为3类，即小尺度围隔（1～10立方米）、中尺度围隔（10～100立方米）、大尺度围隔（>；100立方米）；按生态系统类型可分为浮游生态系围隔、浮游—底栖生态系围隔和底栖生态系围隔；按基质可分为软底围隔、岩基围隔和悬浮围隔。
围隔式实验装置
目前，国内外围隔实验的研究的内容大体上包括4个方面：①海洋生物自然生态研究。主要研究浮游生物的种群结构、组成和环境之间的关系，食物链不同营养阶层生物之间的物质和能量的转移，并在此基础上建立数学模型。②污染生态学研究。例如，营养盐、重金属、石油和农药等污染物在生态系统中的迁移转化及其对生态系统结构、功能的影响。③渔业资源学研究，尤其渔业资源是对生物资源补充及对其造成影响的因素的研究。④海——气界面通量和水——沉积界面的相互关系的研究。1984～1987年，国家海洋局第三海洋研究所、山东海洋学院和厦门大学等单位同加拿大科学家合作，在厦门进行围隔式生态系统实验工作，在20米×10米×5米的陆基水池中做了油和重金属对海洋生态系统的影响实验。
海洋生物入侵
海洋生物入侵是指非本地海洋物种由于自然或人为因素从原分布海域进入本地海域（进化史上不曾分布）的地理扩张过程。外来海洋生物一旦入侵到新的适宜生存的区域中，就可能发生不可控制的“雪崩式”大量繁殖，疯狂地掠夺当地生物的食大米草物，造成有害寄生虫和病原体的大面积迅猛繁殖，使生物多样性减少，而且使系统的能量流动、物质循环等功能受到影响，严重者会导致整个生态系统的崩溃。外来海洋生物的入侵降低了区域生物的独特性，打破了维持全球生物多样性的地理隔离。
目前，国际自然资源保护联合会公布的世界上100种最危险的外来生物物种中已有一半入侵到中国。大米草就是对中国造成越来越严重的生物入侵危害的新案例。20世纪60～80年代，福建省分别从英、美等国引入大米草时的初衷是抵御风浪和保滩护岸，但因其密集生长，抗逆性与繁殖力极强，原先生长红树林、海草的地方被挤占，儒艮及鱼、贝、虾、蟹等生物失去栖息环境，导致滩涂生态失衡、航道淤塞、海洋生物窒息致死，因而被称为“害人草”。现在大米草已经传播到北起辽宁锦西，南至广西合浦的100多个县市的沿海滩涂，以及黄河三角洲、渤海湾等处，严重威胁我国海岸生态安全。
滨海湿地
滨海湿地是一种特殊的湿地类型。
我国的学者陆海滨湿地
健健将其定义为陆缘为含60％以上湿生植物的植被区，水缘为海平面以下6米的近海区域，包括江河流域中自然的或人工的、咸水的或淡水的所有富水区域（枯水期水深2米以上的水域除外），不论区域内的水是流动的还是静止的、间歇的还是永久的。简言之，滨海湿地是指低潮时水深浅于6米的水域及其沿岸浸湿地带。
滨海湿地处于海陆交错地带的边缘区域，受海洋和陆地双重作用。其复杂的动力机制造成了复杂多样的滨海湿地类型，包括永久性浅海水域、河口水域、海草床、珊瑚礁、岩石性海岸、沙滩砾石与卵石滩、滩涂、盐沼、潮间带森林湿地、咸水或碱水渭湖、海岸淡水湖和海滨岩溶洞穴水系等。
滨海湿地除了具有湿地的普遍功能，如抵御洪水、调节径流、蓄洪抗旱、降解污染、调节气候、控制土壤侵蚀、促淤造陆、美化环境外，还具有许多独特功能，包括：减弱海流对海岸的侵蚀；防止海水入侵，减轻海水倒灌导致的土壤盐渍化；形成海景、海滩等独特的旅游资源；为洄游鱼类提供生长繁殖所需的环境等。
海洋缺氧区
海洋缺氧区又称为海洋低氧区，是指海水中缺氧，海洋生物难以生存的区域。丰富的有机物和稳定的水体环境是形成缺氧区的必要条件。海水中有机物含量过高，其氧化分解会消耗大量的溶解氧。海水中的溶解氧主要来源于大气和光合作用，透光层以下水体中氧的供应主要依赖表层水体的移流和扩散作用，当有温跃层存在时，上下水体交换不畅从而阻断表层海水和下层海水进行氧气交换，这时就会出现缺氧区。
海洋氧含量的垂直分布图在我国，每年八～九月，长江口海区的氧含量最低。但每当台风来临，氧含量趋于正常，台风过后，氧含量又回到低谷状态，这是因为台风等风暴潮会影响水体的结构，打乱原有的稳定的温盐跃层，水体交换频繁，氧含量得到迅速补充。所以，低氧区大都出现在稳定的水体中，常受大风浪影响的海域一般不会存在低氧区。
近年来，随着海洋有机污染的加重，海洋缺氧区的面积逐年扩大。缺氧区主要分布在城市化程度高、人口密集城市的海岸地区、近海岸河口区域以及部分海湾。缺氧区面积的逐年扩大，严重威胁着海洋生物的生存，影响海洋生物种类和数量的变化，危害海洋生物多样性，进而影响海洋生态系统结构的稳定性。
海洋自净能力
海洋自净能力是指海洋通过其自身的物理、化学和生物作用，使污染物浓度自然地逐渐降低乃至消失的能力。净化速度一般表示为浓度下降率或与污染物有关参数的变化率。海洋自净是一个错综复杂的自然变化过程，按其发生机理可分为：物理净化、化学净化和生物净化。三种过程相互影响、同时发生或相互交错进行。
海洋自净能力已不堪重负
物理净化主要发生于河口和内湾。径流带入的污染物受海水稀释，污染物不断向外海扩散，一些杂质被吸附在固态物体上，另一些沉淀在水底，具有挥发性的污染物还可以逐渐气化，这都使水体不断净化。净化速度主要取决于水平流动和湍流扩散等物理过程的快慢。
化学净化主要是污染物在海水中发生氧化还原、化合分解、吸附凝聚、交换和络合等化学反应转变成无害物质甚至消失。如有机污染物经氧化还原作用最终生成二氧化碳和水等；汞、镉、铬、铜等金属离子在海水酸碱度和盐度变化影响下，离子价态可发生改变，从而改变毒性或由胶体物质吸附凝聚共同沉淀于海底。
生物净化是通过微生物和藻类等生物代谢作用，将污染物质降解或转化成低毒或无毒物质。例如，将甲基汞转化为金属汞，将石油烃氧化成二氧化碳和水。
由于海洋辽阔，自净能力也大，人们一直把它看成是天然的最大净化池而任意倾废或排污，但海洋的自净能力并不是没有限制的。为了合理利用海洋环境自净功能，保护和改善海洋环境，研究和掌握海洋环境自净机理，是海洋环境科学研究的一项重要任务。
海洋钻孔生物
海洋钻孔生物是能够穿凿海洋中的木船、木竹建筑、红树、岩石、珊瑚礁以及贝壳等物体的海生生物。海洋钻孔生物能穿凿岩石，它们钻孔的目的有的是为了填饱肚子，有的是为了躲避其他动物的侵害。海洋中会钻孔的动物有海绵动物、环节动物的多毛类、软体动物的双壳类、节肢动物的甲壳类、苔藓动物和棘皮动物的一些种类，其中以双壳类和甲壳类最为重要，危害也最大。海绵类中的穿贝海绵、多毛类中的某些才女虫和一些苔藓动物经常穿凿扇贝、牡蛎等经济贝类，使其生长受到影响。棘皮动物中的球海胆等能用坚硬的棘穿凿珊瑚礁等。软体动物中的住石蛤、钻岩蛤、石蛏等以及海笋科中的许多种类都能穿凿岩石、珊瑚礁和贝壳等。软体动物双壳类的船蛆科、甲壳类中的蛀木水虱等穿凿木材并以木材为饵料，会严重破坏木船和海港、码头的木、竹设施。
海洋钻孔生物中研究最多的是船蛆科生物，一共有60多种，中国沿海已发现10多种。海洋钻孔生物长期地在木、竹中生活，它们的贝壳已经退化，仅剩下很小一部分包裹在身体前面，成为钻洞的工具。船蛆、马特海笋、蛀木水虱和光背团水虱等4类代表性物种在我国沿海最为常见。防除海洋钻孔生物的方法有：船只定期上岸，用手工清除污物、用淡水冲洗；用烟熏火烤，烤干后表面涂刷配制石灰水；船在海中航行一段时间后，再到江河淡水中航行一段时间；用铅包覆木船的船底；船体涂刷防污漆；焦油压入木材等。