器质性便秘是指由于脏器的器质性病变所致的便秘，如肠结核（增殖型）、结肠癌、直肠癌等肠道器质性病变引起的便秘，或胃肠道以外其他器官组织的病变或疾病侵及胃肠道而引起的便秘等，均属于这一范畴。
梗阻性便秘多属于器质性便秘，它是由于肠内或肠外的机械性肠梗阻，使肠内容物运行障碍所致。肠内梗阻常见于结肠癌、增殖型肠结核、不完全性肠套叠、肠扭转或结肠狭窄和其他原因所致的肠道梗阻。肠外压迫性梗阻常见于手术后肠粘连、结核性腹膜炎（粘连型）等。此种便秘大多起病后会伴有其他症状。
患器质性便秘的患者，必须重视原发病的治疗，否则，便秘最终不会得到解决。