粪便不仅是饮食中营养成分吸收后的残渣，还包含代谢后产生的诸多有害物质，如果不及时排出体外，在体内停留，毒素长时间刺激肠道被肠道吸收，会进一步毒害人体。所以，便秘的危害不仅排便痛苦，而且易致食欲不振，腹痛腹胀，头痛呕吐，头昏乏力，皮肤粗糙发黄、暗疮及色素沉着，精神不振、烦躁不安等。不可以把便秘不当成病，偶尔便秘的确无危害，也并不可怕，但长期便秘的痛苦是无以言状的。且患者又不知道区分生理和病理性的便秘特征。因为便秘不像有些病那样来势凶猛，所以，便秘的初期常常不被重视，病情便会在不知不觉中得以恶化。因此高度重视便秘已成当务之急。
初期，便秘一般都是偶尔发生的，除因排便不畅而感觉不适外，没有其他方面的反应，这种情况可能人人都会碰到。随着便秘的经常发生，大大小小的症状就接二连三地出现，甚至越来越严重。
便秘对人体的危害，总的来讲有便秘引起的各种全身和局部的不适症状，以及因便秘而引发的各类疾病及对不同人群的不同危害。
首先是消化道症状，由于食物残渣在肠腔内停留久，易于发酵腐败，产生气体，如氮、二氧化碳、硫化氢等，这些气体大量积聚在肠腔，可使肠管膨胀，静脉血液回流受阻，导致消化功能受到影响而出现排便困难、腹痛，特别是下腹部胀满不适或钝痛、肠鸣、反胃、恶心、矢气、食欲不振、嗳气等症状。
其次是全身症状，因为食物残渣发酵腐败所产生的气体吸收入血液，进入血液循环，人体就会出现一系列的自体中毒症状，如头痛、头晕、疲劳、口苦、心悸、心烦易怒、表情淡漠等，甚至可以出现轻度贫血与营养不良等表现。还会引起食欲不振、口臭、头晕、容易疲劳、心烦等症状。目前尚不了解两者之间的关系，但可能与大便长期积聚肠内产生有毒物质有关。此外，还有皮肤粗糙，面部雀斑、黑斑等。便秘患者的自主神经功能失常，使得皮肤微循环功能降低，加之产生的有毒物质，使得皮肤粗糙。有时还会引发荨麻疹和哮喘等。过敏性疾病与自主神经的功能有密切的关系，而肠内产生的胺类，又会使这种关系更为恶化。
最后是局部表现：表现有干燥坚硬的粪块损伤肛门，引起肛门出血、疼痛等症。如果原来有肛裂、痔疮等肛门疾病，便秘还会增加疼痛和出血。另外，由于粪块压迫第三、第四及第五骶神经根前支，便秘还会引起骶骨部、臀部、大腿后侧隐痛与酸胀等感觉。