我们可以承认，当代大学的早期起源是在少数几个欧洲国家。从大约12世纪起，到后来16世纪科学思想大发展为止，欧洲大学的发展和一般有系统的学术活动中都缺乏后来产生的那种理念，即大学只从事自由的对知识的研究。考虑到早期学院起源于基督教（尤其是隐修院），并且强调传授不变的和神奇的真理，以上这种情况就不足为奇了。在进入现代社会以前，人们也一直通常认为，大学不仅要从事和知识有关的活动，还要从事其他工作，为较广的社会目的服务。在欧洲大陆（包括斯堪的纳维亚），很早就有了这样的主张，即国家可以合法地求助于大学，可以要求大学为满足日益增加的政府管理工作的需要而提供必要的有教养的人员，尤其是那些在管理和法律方面受过训练的人员［托斯腾达尔（Torstendahl），1993］。
17和18世纪仍然存在这种情况，即在大学内外都可以找到有学问的人和其他创新者。不同的“学科”还没来得及形成专门的“生活圈子”，大学的成员并不试图在他们日常的活动中把他们自己和其他有教养的人分离开来。此外，自学成才者在各欧洲国家内自由流动，充分参与学术和科学工作。进入学术界需要正式文凭和资格证书这样的障碍还没来得及出现，国家和其他组织也还没来得及完全形成充分发展了的合法合理的或官僚的体制，韦伯（Weber，1968）把这种体制说成是能够勇敢地面对和克服“肤浅的”（dilletantism）或不成熟的东西（因为这种体制较好的效果和效率）。
可是在这期间，民族国家对于它们所要求的用来加强管理和扩充社会干预方式的专业技能的认识变得更清楚了。管理者和大学之间的联系发展得更紧密了，并且还形成了一个大家都认可的观点，即大学在培养公务员的过程中确实很重要。在某些情况下，国家对于建立另外的（通常是地区性的）大学很积极，这样做旨在提供理论上的认识，而这种认识对于日益发展的治国才能是必要的。国家统治者们感到：受完大学教育后，接下来的实际应用可以在工作中进行（用现代的说法，是“在机构内部”进行），或者在非大学的、专门的和专业性的机构里进行。所以，宽泛的学科范围和对理论的重视（尽管也可具有实用性）已开始成为大学的特征，以区别大学和其他形式的更专业性的教育与训练。
随着19世纪德国研究型大学的兴起，在教学和培养有教养的人员之外，又加上了知识创新这一重要职能。这是一种模式———根据这一模式，大学要承担教学和研究的双重任务———这种模式在 20世纪初以前具有一种广泛的国际影响，尤其在美国快速发展的高等教育体制中影响很大。可是与此同时，在欧洲大陆的许多大学看来，教学和研究差异很大，这两者都很重要，但可以分开进行；而在其他国家（尤其是英国），研究这一功能发展得较慢，而且它更多的是关注那令人鼓舞的前景以及不断向学生传授最新的知识，却非主要关注创立新知识本身。但是，教学和研究这两种职能被认为是相互促进和相互关联的。
随着科学推理的发展，随着各学科团体和其他知识团体的自行组合（这些团体就一些公认的研究方法和程序作了系统的阐述并制订了相关的规定），人们认识到：对于科学的进一步发展来说，机构自治和学术自由是必要的条件（对于军事和工业的进一步发展来说也是如此）。有人断言：各国政府越来越受到国际竞争的压力，并在竞争中寻求进步，因此这些政府发现很难抵制对自治和自由的要求。如果说不是正式协议的话，也已有了一种默许，即假如大学能培养出有教养的和训练有素的人员，能提供各种有用的新知识，并且这些人员和知识能对国家的经济与军事发展作出贡献，那么大学就将相对地具有法人自治的特权。这种自治的程度因不同国家而异。在英国，这种自治十分明显，但在欧洲大陆却不同，一种较强烈的“公共服务”的看法与大学联在一起，例如它们把大学的员工看成是国家的雇员。然而在多数地方，学术界和学生对现存的政治与社会制度的批判还是能够被统治当局所容忍，只要这些批判不是过于激进。只要大学在经济上不能完全自立，并且还要依赖于公共经费，就一般而言（尽管在不同国家情况各异），任何一种激进的倾向在国家看来通常都是能够被控制的。
当然，机构自治和学术自由不一定完全相同。我们将会看到：在20世纪的大约最后十年中，许多国家大学体制的改革加强了大学的法人自主性，但对大学教师的工作也加强了各种管理上的和其他外部的控制。不论是中央集权的体制（具有较强的国家问责制和评估的各种形式，旨在控制教授、学科和研究员等方面的权限），还是地方分权的体制（政府把一些职能和责任转交给大学，旨在刺激大学间的竞争），行政部门的权威变得比以往任何时候都大。
在20世纪中叶，认为“科学必须要有自由”这样的观点在波普尔（Popper，1945）的著作中从理论上得到了说明。波普尔把科学自由的必要条件和当时社会上较为普遍流行的有关政治自由与民主的看法联系起来，并和苏联极权主义的教条主义相比较。在他看来，学术自由很难在一个自我封闭的真空里生存（这种真空就是在一种较为普遍的社会和政治的压制下所规划出的一块特有的领土或飞地）。科学知识的本质和结构———这种知识是可辩驳的、暂定的、可修正的和不确定的———就其反教条的性质上来说，是和自由民主的“开放社会”相连接的。
然而，保守主义和教条主义已存在于大学内外。由于这一原因，在19世纪的普鲁士（后来的德国），大学的一般教师成了公务员，领取国家发的薪金，其目的是使他们摆脱教授们的庇护和等级制度。这一行动反映出欧洲大陆一种宽厚的观点，即把国家看成是一种中立的和仁慈社会的工具，相比较在更为市场化的美国（在较轻的程度上还有英国），可以发现对国家有更多的怀疑。在美国，一直到最近的几十年，一些较为个人化和非正式的（更合群的）关系成为大学领导人和国家其他机构成员之间上层交流与对话的特征，这些关系也不是外表上的互不相容或相互依赖。这反映了一种占统治地位的自我管理和自治的指导思想（在国家规模仍然较小的时代），这种思想在某种程度上是一种形式，被有点吓人的寡头政治用来抵御普遍民主的前景，它利用了19世纪英国维多利亚女王时代品行端正的“绅士”的完美典型以及这种典型的文化准则和对社会巧妙控制的手段［莫兰（Moran），2003］。
在许多重要的发展中的大学体制中（欧洲大陆、美国和英国），大学在19世纪和20世纪初越来越被看成是能够有助于形成杰出人士的凝聚力和一种更广泛的国民文化的意识（把这种意识作为领土巩固的一部分，尽管这种国民意识的排外性仍然很突出）。它们促进了文化和其他技能的传播，而这些文化和技能在世界的经济与国家体制的竞争中被认为是确保安全和繁荣所必不可少的。其结果就是大学逐渐享有很高的地位，依靠它们去培养一个国家的社会和文化的精华。在提供建设工业社会所需要的全部新的技能方面，虽然大学不享有垄断权（例如，工程和会计这些领域里的专业教育已普遍在大学以外的专业学院和学校里开展起来），但是，从社会上对各种新的专业化职业的渴望来说，其特征就是：这些专业的教育和训练应该在大学里进行。这是一个已经出现的迹象。
和其他组织相比，大学培养了“集体所独有的特性”，而不仅仅只是个别成员（诸如教授和研究员）的集聚。在英国和美国，大学显然是劳动力的法定雇主。科学家和理论家们———特别是他们在当教师时———必须把他们对其雇主和学校的忠诚与承诺同一种广泛的、越来越跨越国界的学科的同一性相一致（不管他们和雇主与学校的关系多么微妙）。科学和理性思维普及的趋势已常常因为雇用人的组织和国家间的边界限制而受到影响。
可是，要辨别各大学和国家之间的“基本”关系是不可能的（例如根据自治权和自我裁判权来作这种辨别，并证明这种关系是科学发展的必要条件），因为这种关系因不同国家而异，也因时而异。在欧洲大陆国家的体制中，我们发现它们最信奉以下这种看法，即大学提供一种公共服务，需要大量的国家拨款，同时大学教师应是公务员；而在美国，市场和地方政府占了支配地位。在英国，我们看到一种折中的办法，在“二战”后，大学原来那种很强烈的私立身份的传统以及与民族精英的亲密关系被改变了，代之以中央政府的大量拨款、国家干预并越来越伴有“具有市场特征的”形式和面向消费者的各种做法。