模式是对对象的抽象，是对对象普遍性和规律性的理解与一般意义上的概括。模式突出对象的主干而舍弃多余琐碎的部分，包含对象的基本构成和主要框架、构成之间的作用机制和对象所蕴涵的价值。作为一种理念，模式既突破原来对象的经验内涵，又是新对象构建的指导。在不同的体制和制度下，模式具有一些共同的特性，也有一些各自的特色。运行模式是指系统的运行方式、特点和规律。
专业技术企业孵化器的运行模式是专业技术企业孵化器的运行方式、特征及其规律，是对专业技术企业孵化器运行的理论分析、经验总结和超越，是对专业技术企业孵化器孵化含义的一般性概括。专业技术企业孵化器作为全球性事物，具有一般性的运行模式，这就是在各种社会资源的帮助下，将新创企业孵化、培育成为可以在正常环境条件下生存与发展的毕业企业。
但是，如何把新创企业成功地孵化、培育成为毕业企业？这就涉及专业技术企业孵化器的具体运行模式问题。采用哪种具体运行模式比较合适？哪种运行模式的效率和效果最好？怎样才能提高孵化和培育的效率和效果？这些都是在运行模式研究中需要分析和研究的重要问题。实际上，企业孵化器在不同的国家和地区，处在不同的环境之中，面临不同的具体条件，也就形成了多种特殊的具体运行模式。因此，总结和研究国内外企业孵化器的运行模式，探讨适合我国情况的具有中国特色的专业技术企业孵化器运行模式，对于规范和促进我国专业技术企业孵化器的进一步发展具有重要的意义。
专业技术企业孵化器的运行涉及自身的条件和能力，也涉及新创企业、在孵企业、外部资源与毕业企业（或者离开企业、淘汰企业）。
新创企业需要专业技术企业孵化器的培育和孵化，专业技术企业孵化器就是为新创企业提供培育和孵化服务的专业组织。新创企业和专业技术企业孵化器都需要对对方进行分析和选择：新创企业分析是不是进入企业孵化器，进入哪家企业孵化器？专业技术企业孵化器分析和选择接收哪些新创企业进行培育和孵化。
选择好新创企业以后，这些新创企业就进入企业孵化器，成为企业孵化器的在孵企业，在企业孵化器中进行培育和孵化。
专业技术企业孵化器对在孵企业进行培育和孵化时，需要许多资源和能力。这些资源和能力有些是专业技术企业孵化器自身具备的，有些是自身不具备的，需要借助于一些外部专业资源和能力。这就需要专业技术企业孵化器充分利用社会专业资源，与外部资源单位或组织进行合作。
专业技术企业孵化器集聚了许多相同专业技术领域的新创企业，新创了一定规模的企业集群。这些相同专业技术领域的新创企业相互影响，新创集聚效应。
经过一段时间的培育和孵化以后，专业技术企业孵化器要对在孵企业进行评价与考核，看这些在孵企业是否达到了毕业标准或者淘汰标准。如果达到了毕业标准，就让这些在孵企业离开企业孵化器，从企业孵化器毕业；如果达到了淘汰标准，就淘汰这些在孵企业，不再对其进行培育和孵化。当然，也有些在孵企业可能由于各种不同的原因会自动离开企业孵化器。
专业技术企业孵化器的运行过程及其与相关因素的关系。