方孝孺到京后被授为翰林侍讲，次年迁侍讲学士，虽然品级并不高，但是他已成为建文帝的近臣。无论是讨论国家大事，还是为建文帝读书释疑，他都是建文帝身边不可缺少的人之一。方孝孺的才学终于有了用武之地，修《太祖实录》、《类要》等书，他都被任命为总裁。皇帝的信任和尊重，让方孝孺心怀感激，他忠心辅佐年轻的新皇帝推行仁政。建文帝自幼生长于宫廷，受到传统儒家教育，在如何治理国家的问题上，他与太祖朱元璋持不同见解，首先就是改变朱元璋事必躬亲的做法，适当地放权给大臣们，而且他还注意听从大臣们的意见，朝中上下由此形成一种比较宽松的氛围。建文帝以仁义礼治为主要指导思想所采取的一系列变革，后来被史家称为“建文新政”。
建文新政中最重要的内容就是宽刑狱。建文帝推行“宽仁”之政，而方孝孺提出的“以德为主，以法辅之”的德治思想与建文帝的执政原则不谋而合。在方孝孺的参与下，建文帝平反了一大批冤假错案。建文帝宽刑狱取得最直接的成果就是全国的囚犯人数比往年减少了三分之二。
裁并州县，精简机构，更定官制，这也是建文新政的一个内容，而且历时比较长，直到建文四年（1402）还在持续。建文帝在经济方面也有所举措，一是减轻江浙地区的沉重赋税，二是准备推行井田制。方孝孺认为实行井田制可以抑制土地兼并，有利于社会的稳定。但是限于条件，井田制最后并没有真正实行。建文新政实行几年之后，取得了很好的成效，社会风气明显好转，而且赢得了民心，年轻的皇帝得到了百姓们的支持。
建文新政中还有一个主要内容，就是削藩。各地诸王拥兵自重的局面，让建文帝深感不安。方孝孺虽然不是削藩的主事者，但他也是削藩的有力支持者之一。
方孝孺在建文朝得到了前所未有的重用和恩宠，尽力辅佐建文帝将自己仁义治国的理念付诸实施。仁义治国，这是方孝孺平生的愿望。如果愿望成为现实，这对他来讲也是莫大的荣耀。对比洪武年间的遭遇，同是朱姓天下、大明王朝，方孝孺的人生发生了太大的变化。
朱元璋经过前期的统一战争，大明江山已经稳固，但是统治集团内部的矛盾却逐渐显现出来。朱元璋当了皇帝，最早跟他南征北战打天下的将领也大多高官得做，骏马得骑。这些人中的淮西勋贵逐渐成为一个庞大的势力集团，他们掌握着军政大权，并极力排挤其他大臣，维护自己的政治垄断地位。这种“君弱臣强”的局面是皇帝朱元璋决不允许的。他遵循以猛治国、重典驭下的政治方针，为强化皇权采取了一系列的严厉措施，凡是妨碍皇权专制统治的人物一概铲除。朱元璋以胡、蓝党案为切入点，几乎诛杀了全部的开国功臣。方孝孺倡导的是“以仁义治国”，他的理论和观点与洪武朝血雨腥风的政治环境、朱元璋“治乱世，用重典”的思想完全格格不入。虽然朱元璋对他的才学和人品比较赞赏，认为他是个很出色的人才，但是朱元璋作为一个杰出的统治者，他深知才非所用，不如不用。他所说的“今天不是用方孝孺的时候”，就是精当地指出了方孝孺为何不被起用的原因。有的饱学之士一生都没有等到施展才华的机会，和他们相比，方孝孺无疑是幸运的。一朝天子一朝臣，等到建文帝登上皇位，方孝孺不但被起用，还得到了重用。此时的大明王朝经过朱元璋三十多年励精图治的治理，朱姓江山已经相当巩固，皇权已经高度集中到了皇帝的手中。朱元璋认为自己已经给皇太孙朱允炆扫平了一切障碍，虽然存在各藩王尾大不掉的隐患，但是表面上还是个太平盛世。更何况建文帝自幼接受了正统的儒家教育，奉行仁义治国的理念与方孝孺如出一辙。君臣二人关于崇尚礼治、实行仁政的观点更是完全一致。此时无论是从政治环境来讲，还是从统治者自身来看，都给方孝孺提供了一个展示才华的绝好舞台。所以，在建文朝，方孝孺能够得到重用也就不足为奇了。
十族惨剧
建文帝、方孝孺等人奉行儒家仁义治国的理论，推行一系列的改革，很得民心。但是他们缺乏政治斗争的经验，无法妥善应付来自燕王朱棣的威胁。长达四年之久的战争将建文帝和方孝孺等人逐渐推向了绝境。朝廷中能够带兵打仗的武将，在洪武朝已几乎被朱元璋赶尽杀绝。现在，上至文弱的建文帝，下至满腹诗书的方孝孺等人，面对来势汹汹的燕王朱棣却都束手无策。朱元璋为了能让子孙后代永享太平，将久经沙场的元勋宿将几乎斩杀殆尽，却没有想到，后世子孙的皇位将由谁来保卫呢？看来无论多么英雄伟大的人物都有失算的时候。当危险真正来临时，只剩皇帝一个孤家寡人和一群文人墨客坐以待毙。
建文三年（1401年）五月，前线战事节节失利，让方孝孺忧心如焚。这时，他的学生林嘉猷献上离间计。朝廷正无计可施，建文帝就同意了这种做法，命方孝孺给燕王世子朱高炽修书一封，企图离间他和朱棣之间的关系。没想到朱高炽生性谨慎，收到书信，根本就不启封，就连人带信都交给了燕王。离间计失败了，举朝上下更是一筹莫展，朝廷的失败只是早晚的事了。方孝孺此时的心境正如他在《闻鹃》这首诗中所写的一样悲凉：
不如归去，不如归去。
一声动我愁，二声伤我虑；
三声思逐白云飞，四声梦绕荆花树；
五声落月照疏棂，想见当年弄机杼；
六声泣血溅花枝，恐污阶前兰茁紫；
七八九声不忍闻，起坐无言泪如雨。
忆昔在家未远游，每听鹃声无点愁。
今日身在金陵土，始信鹃声能白头。
大势将去的悲哀深深地笼罩在方孝孺的心头。一样的鹃声，不一样的心境，“物是人非”的感伤在字里行间流露出来。
建文四年六月，这场叔侄争夺皇位的大战以燕王朱棣的胜利而结束。建文帝不知所终，朱棣登上皇位，是为明成祖，年号永乐。建文朝的遗臣们面对旧君新主，也都做了不同的选择。有的自杀殉难，有的投身新主，还有一些大臣退隐山林，从此销声匿迹……方孝孺既没有自杀，也没有投靠新主，更没有退隐，而是走向了另一个奇特的结局。
朱棣篡位后，首先要做的事情，就是对那些曾经反对他的人进行疯狂的报复，无所不用其极。朱棣从他父亲朱元璋那里继承的除了雄心壮志、文韬武略外，还有残暴和苛刻。他对建文朝不肯与自己合作的大臣们进行了一次大清洗，掀起的血雨腥风就像一大片乌云漂浮在历史的天空中，久久不散。建文帝的主要谋士黄子澄和齐泰都被“族诛”。朱棣对抵抗最为坚决的铁铉恨之入骨，命人割下了他的耳鼻，又砍碎他的身体，将其杀死。更令人切齿的是，朱棣还将这些建文忠臣的妻女发往教坊司，充为官妓，任人凌辱。不过，比起方孝孺的遭遇来，这些忠臣还不是最惨的，方孝孺被诛了十族，最为惨烈。
当年朱棣挥师南下的时候，他最依赖的谋士姚广孝送他到郊外，跪地向他请求：“方孝孺是个才学出众的人，当我们取得胜利的时候，他肯定不会降服于您，但请您不要杀他。杀了他，那么天下的读书种子就没有了！”朱棣点头同意了他的请求。后来朱棣进入南京城的当天，方孝孺就被捕下狱。朱棣即位时要拟即位诏书，朱棣想到了让方孝孺写，来装点门面。朱棣便召方孝孺上殿草拟即位诏书，然而此事的发展却超出了所有人的预料。
方孝孺不但没有理会朱棣，反而存心要为建文帝鸣不平。他身穿孝服，在大殿上痛哭不止。朱棣见他这样，就走下宝座，劝他说：“先生不要自己苦自己。我只是效法周公辅佐成王而已。”方孝孺问：“那成王在哪里？”朱棣回答：“他已经自焚死了。”方孝孺又问：“为什么不立成王的儿子为皇帝？”朱棣道：“他尚年幼，国家需要有能力的大人治理。”方孝孺步步紧逼：“那为什么不立成王的弟弟呢？”此时朱棣已经很不高兴，但还在忍耐，说：“这是朕的家事。”同时，他命人把笔墨准备好，并对方孝孺说：“诏告天下的即位诏书，一定要先生起草才行。”方孝孺挥笔写下了几个大字：“燕王篡位。”写完后，方孝孺就将笔扔到地上，并高声说：“你就是杀了我，我也不会给你起草诏书的。”朱棣强压怒火：“怎么能这么容易就让你死，就是你死了，难道你不怕株连九族吗？”方孝孺立刻回敬道：“就是株连十族又能拿我怎么样？”朱棣勃然大怒，将其重新投入大牢。盛怒之下，朱棣要诛灭方孝孺十族。自古以来，最严厉的莫过于诛九族，从没有诛十族的先例。方孝孺一案，朱棣可算是开了先河，空前绝后。最为残忍的是，朱棣将逮捕的方氏族人和朋友都一一送到方孝孺的面前杀死，要他看着，折磨他。但是，方孝孺都不为所动。
凌迟之刑
在当年的六月二十五日，也就是朱棣登上皇帝宝座的第八天，就在南京的聚宝门（今江苏南京中华门）外开始诛方孝孺十族。方孝孺对自己即将被杀，丝毫不感到畏惧。但是，当他看到他的弟弟方孝友受自己的牵连，就要被砍头，深感痛心，泪流满面。方孝孺兄弟三人，感情很好。哥哥方孝闻早在方孝孺任职汉中府的时候，就已病逝。方孝孺闻听丧讯，悲伤了很久。而今，弟弟又遭此劫难，方孝孺内心的伤痛无法言说。他的弟弟孝友却丝毫没有责怪他，反而在死前劝慰其兄，作诗道：
阿兄何必泪潸潸，取义成仁在此间。
华表柱头千载后，旅魂依旧到家山。
诛方孝孺十族，死者达八百多人，行刑七日方止。
临到最后杀方孝孺时，方孝孺谩骂不止。朱棣先是命人将方孝孺的嘴割裂至两耳，并割下舌头，随后处以凌迟之刑。方孝孺在临刑前曾作《绝命词》一首：
天降乱离兮孰知其由？
三纲易位兮四维不修。
骨肉相残兮至亲为仇，
奸臣得计兮谋国用猷。
忠臣发愤兮血泪交流，
以此殉君兮抑又何求？
呜呼哀哉兮庶不我尤。
诗中悲愤难平的心绪令人不忍卒读。方孝孺死时年仅46岁。门人廖镛、廖铭（皆开国功臣廖永忠之孙）在方孝孺被杀后，偷偷收了方孝孺的遗骸，并将其葬于聚宝门外山上（今南京中华门外雨花台东麓）。
生命的长度无法掌握，生命的宽度却可以扩展，那是因为生命中有了闪光的亮点。方孝孺本是一介书生，满腹经纶，有着济世救民的愿望、正直的性格和知识分子的良知。一个孱弱的读书人，为了正义和自己恪守的信念，面对统治者的残暴无所畏惧，坦然走向死亡。手无缚鸡之力，身有铮铮铁骨，这难道不正是读书人所应具有的品格吗？方孝孺引颈就戮，但是天下人读书的种子却没有断绝。他的品格永远受到后人的景仰。
况钟
况钟（1383～1443年），字伯律，洪武十六年（1383年）生于江西靖安县的龙冈洲。龙冈洲是个景色优美的地方，况钟对自己的家乡很有感情，后来他也曾自号龙冈。明代清官，出身小吏，永乐时任礼部主事，郎中。宣德五年（1430年）任苏州知府，严惩贪吏。卒于任。
名扬天下
众所周知，明代是科举制度兴盛的时期。要想做官，尤其是做大官，就必须通过科举，这似已成为人们的通识；所以，有那么多的学子不怕寒窗苦读，一考再考，为的就是一朝高中，仕途腾达。其实，在明代初期，科举并不是官员们的必经之路。当时，朝廷所实行的人事制度有个显著特点，就是三途并用。所谓“三途”，是指进士、科贡和吏员。科贡和吏员可以跟进士一样在仕途上发展，这样就大大拓展了朝廷选拔官员的范围，同时也给很多青年才俊提供了更多的机会。况钟就是三途并用制度的受惠者之一。在“仁宣之治”前后，未经科举，由出身低贱的书吏做到百姓父母的知府，并且政绩斐然的官员中，苏州知府况钟是其中最著名的一个。况钟任苏州府知府长达十三年，史书称他刚正廉洁，很爱护百姓，前后任苏州知府的人没有一个能比得上，有能吏之名。他跟随性情暴戾而且对书吏很有偏见的成祖朱棣多年，能够保全，不易；他曾三任苏州府，被苏州百姓称为“况青天”在历史上很有清名的况钟，其实在他人生的大部分时间里并不叫况钟，而是姓黄，叫黄钟。直到47岁那年，他才恢复原姓，称况钟。要清楚这其中的原由，还要追溯到况钟的祖父况渊。
况渊生活在元朝末年。当时恰逢元军和农民起义军在靖安县附近展开激战，况渊一家在战乱中惨遭杀害。在后来况钟所写的《示诸子诗》中他曾含蓄地表明祖父况渊一家似乎是死在农民起义军之手。但是，太祖朱元璋就是农民起义军中的一分子，明代政权也是建立在农民武装的基础上，因此况钟对这次家门不幸说得比较隐晦，而且也很少提及。这一年，况钟的父亲况仲谦刚刚六岁，侥幸死里逃生，但却不幸成了孤儿。况家的邻居黄胜祖没有儿子，就将况仲谦收为养子。况仲谦从此改随黄姓，名黄仲谦。黄家家境富裕，黄仲谦倒也没受什么委屈。后来他育有两子，长子黄钟，即后来的况钟，次子黄镛。