由于孙思邈医术高超，一心为民，千百年来一直受到人们的尊敬和爱戴，人们尊崇他为“苍生大医”。很多地方都为他筑祠立庙、塑像进香，民间流传很多关于他的故事，有的甚至已经传为神话。这些神话无不表达了人们对孙思邈的崇敬和怀念，也足以说明孙思邈的形象已根植在人们的心中，千秋不变。
隋末唐初，有一行医者在京城长安城南为人医病后在街上行走，见有家开猪肠杂碎的小店，便进去品尝。他吃时感到泡馍腥味太大，油腻糊口，便向店主了解情况，发现经营一天所收银钱难养一家老小，生意清淡。便说：“卖肠肚杂碎本钱小，好赚利，是养家糊口的好办法。但要做好，味儿要美，叫客人吃了第一碗，还想第二碗，回头再来，这样才能把生意做红火！”接着他把自己周游四方的所见所闻和如何将猪肠、猪肚进行洗、翻、刮、漂、晾等进行加工和煮肉的方法授予店主，又从自己随身带的药葫芦中取出花椒、茴香、八角、桂皮等八九种药物，开出配方，最后将药葫芦也送给店主，让他如法调配佐料。当晚，店主就按指点如法制作，不但全无腥味，也不油腻了。第二天小店里外香气四溢，顾客盈门，都赞不绝口，座无虚席，生意兴隆，店主在人们的议论中才道出了其中的奥秘，并知道这行医者就是华原人药王孙思邈。店主为了感谢药王的恩赐，就把那个药葫芦挂在店门头上，作为招牌，“葫芦头”也就由此得名。如今西安的老孙家羊肉泡、同盛祥牛肉泡、春发生葫芦头泡三家鼎足，并驾齐驱，均为三秦大地的三大名吃之一，享誉海内外。
唐代的时候，传说孙思邈为皇后治好病后，唐太宗非常高兴，就赏给他许多财物，孙思邈婉拒，唐太宗就要给他官做，他也婉拒。他挂念民间疾苦，诚恳婉辞，唐太宗为嘉奖其德行，封他为“药王”，并赐给他朝天翘的王帽和赫黄色的王袍。这件事后来被尉迟敬德知道了，他很不服气，心想自己出生入死，百战勋功，功劳那么大都没有封王，他一个小小郎中竟得了这么大的便宜，自己竟不如一介山野小民了，于是就去找孙思邈理论。孙思邈远远地看到敬德来了，忙把朝天翘弯了下来，将赫黄袍翻过来穿，出现一袭红缎。尉迟敬德追近，以为是着红袍的普通官员，便擦身而过。回首一望，老者对他微笑颔首，这正是药王孙思邈。敬德原想找碴儿，此时心中不觉有点惭愧，孙思邈问：“将军何事？”敬德说：“请神医给我瞧瞧”。孙思邈从葫芦中倒出十八颗金丹交给敬德，说：“每年五月五日服一颗，保你十八载无忧。”敬德接药道：“果如先生所言，我就为你千秋站班守护。”后来敬德出征遇到了瘟疫，因为有孙思邈所赠金丹的庇护，不但没有感染上瘟疫，还打了个大胜仗。孙思邈百岁以后辞世，尉迟敬德过十八载寿终，临终时嘱咐部下将自己的像塑于药王神像之旁，为他站班守护。
太白山下的小山庄有一位活泼俏皮的姑娘。有一天，她在房檐下用竹竿捅马蜂窝，群蜂围着蜇她，头脸霎时被蜇得火辣辣地疼痛。眼睛、鼻子和脸肿得一样平，胀胀的脸变成圆球似的，双眼眯成一条缝，疼得大哭大叫，躺在房檐下抱着头滚来滚去。正巧，孙思邈看病路过此地，听到哭叫声，赶快来到王家，上前问道：“你怎么啦？身上哪儿不舒服？”“不！”那小姑娘说，“被马蜂蜇了。”孙思邈一看她脸上、头上肿胀起了疙瘩，果真是中了马蜂毒。可是药囊里没有治疗马蜂毒的药，怎么办呢？他仔细地想了一下，忙叫过徒弟：“你快到房后去，到阴暗潮湿的地方寻些绿苔来。”不大一会儿，徒弟采来一些绿苔交给孙思邈。他立即把绿苔揉碎，敷在姑娘的头和脸上。刚敷上不大工夫，姑娘就说凉爽、不疼了。孙思邈嘱咐她说：“再接着用绿苔敷，过几天我来看看。”几天后，姑娘果然好了，她非常感激孙思邈，跪下来磕头谢恩。徒弟们疑惑不解地问孙思邈：“师傅，绿苔怎么能治蜂毒呢？哪本药书上有啊？”于是孙思邈就给他们讲了他发现绿苔能治蜂毒的经过。他说：“有年夏天，我在巷口纳凉，看到蜘蛛在一棵槐树上结网，忽然空中飞来一只大马蜂，落在蜘蛛网上。蜘蛛爬过来，伏在马蜂身上，想吃马蜂肉，却被马蜂蜇了一下，蜘蛛缩成一团，肚皮肿起来了。后来，我看到蜘蛛从网上掉下来，爬到绿苔上打滚，把肚皮在绿苔上擦了几擦，肚皮就好了。它又爬上网吃马蜂，又被马蜂蜇了一下，蜘蛛又跌下去爬到绿苔上滚了几滚，擦了几擦，又爬上网跟马蜂斗架。就这样往返三四次，后来终于把马蜂吃掉了。当时我想，马蜂毒属火，绿苔属水，水能克火，所以绿苔能治蜂毒。这次情况紧急，拿来一试，果然灵验。”孙思邈沉思片刻，又说：“大虫吃小虫，强虫吃弱虫。小虫和弱虫能够活在世上，就得有护身法，这些护身法是经过多年体验后才得到的。我们当医生的人，应该留心观察、搜集、研究。”
孙思邈在治疗方面有很多奇特的方法，其实这些方法很简单，但往往能收到神奇的效果。一天，有个人来找孙思邈，说是一位妇女生下了一个已经断了气的小孩，问还能不能救活。孙思邈看那婴儿，嘴上全是污血，全身发紫，一动不动，真像是断了气。他先用干净的棉花擦去了婴儿嘴外和口中的血，又叫人取来几根大葱，用葱白轻轻抽打婴儿的身子。过了一会儿婴儿“哇”的一声哭了起来。他叫人赶快打来一盆温水，把婴儿放到盆里，揉搓他的身子，抱了起来，再把身上的水揩干。这样，没有吃药，也没有扎针，就把那个看去像“死”了的婴儿救活了。孙思邈对人解释说：“婴儿生下后，淤血留在口中。肺气通畅，婴儿就没有危险了。”
一个小伙子的一只眼睛被什么东西撞了，眼睛肿得就像一个熟透的桃子，痛得他直叫。小伙子被人搀扶着来找孙思邈治疗。孙思邈一看患处已经发青，充满淤血。他认为应先排除淤血，然后再用药。但是伤患的地方在眼部，若用针挑，一不小心就会把眼球刺坏。他冥思苦想，终于想出了一个好办法。只见他急忙跑到后院去，在水池边捞了一会，捉了几条虫拿回来，叫病人躺在炕上，将那虫放在淤血上边，旁人一看，原来是几条蚂蟥。用它怎么治病呢？大家都感到稀奇。眨眼之间，只见那蚂蟥蜷曲了几下，便叮破了红肿的淤血，吸吮起来。不一会儿，蚂蝗的身子越来越粗，病人的瘀血却越来越少，快要吸完时，孙思邈马上把蚂蟥拿掉。他用清水洗净患处，再给病人敷上些药膏，叫他休息着。不过一个时辰，小伙子就完全轻松不痛了。他起身对孙思邈感谢道：“我的眼睛刚才肿得那么厉害，一会儿工夫就被您老人家治好了，真是神医呀！您这种治疗方法真是奇妙，我还从来没听说过呢！”孙思邈笑着说：“这也是我以前从百姓中学来的，今日恰好给你用上了。”就这样，孙思邈用蚂蟥吸血肿的神奇妙法一时盛传，他的名声更大了。
出于尊敬和爱戴，很多地方都为孙思邈筑祠立庙、塑像，为他塑像时，甚至还让他骑在虎身上，这又是怎么回事呢？传说有一次，孙思邈在深山老林里挖药，遇到一只老虎，躲也躲不及了，只好准备与老虎拼了，但老虎并没有伤害他的表现，反而流露出哀求的眼光。孙思邈感到很奇怪，大着胆子问老虎，“你到底想干什么？你若要吃我，就摇三下头；你若是有求于我，就点三下头。”老虎听了，忙点了三下头。孙思邈走近老虎一看，老虎伤得不轻，但他一想，老虎要吃人，我不能给它治，挑起药担要走，老虎咬住他的鞋角硬是不放。孙思邈与老虎约法三章：“我治好你的病，今后你不能再伤害生灵。”老虎忙又点了三下头。孙思邈每天都精心为老虎治病，终于治好了。一天，老虎衔来一块大金子给孙思邈，孙思邈大笑说：“老虎啊，你不了解我。我连官都不愿做，还要金子干什么？”老虎想想也对，既然不要金子，就当孙思邈的卫士好了。此后，不管孙思邈上山采药，还是下乡治病，老虎不离左右，有时还帮着他驮药草，孙思邈累了，就骑在虎背上休息。这就是“药王骑虎”的由来。现在，陕西耀县药王山上还有一块地方叫“聚虎坪”，相传就是孙思邈救这只老虎的地方。后来人们给孙思邈塑像时，总要塑一只老虎踞在孙思邈身边，也就是这个原因。
孙思邈“针龙砭虎”的神话流传极广，这个神话显然是虚构的，其中宣扬了“知恩报恩”的封建伦理思想，但也颂扬了孙思邈医疗技术的高明，因为孙思邈不但能治人的病，而且能够将在封建社会中被视为神圣的龙和虎的病治好。此外，人们为了强调孙思邈药方的灵验，便传说《千金要方》的一部分是孙思邈救了昆明池的龙王后，由龙王赠送的《龙宫仙方》中选来的。据传说，孙思邈在终南山行医时，有一年大旱，人们请西域来的和尚在昆明池祈雨，祈祷七天后，池水下降了七尺。当晚忽然有一个老人来找孙思邈，说自己是昆明池的龙王，由于西域和尚祈雨，池水越来越浅，它的性命危在旦夕，请孙思邈救救他。孙思邈说：“听说龙宫有仙方三千首，我要用它救治天下黎民，如果我救了你，你就要将仙方传授于我。”老人说：“此方天帝是不许乱传的，但今天我处境危急，顾不了这么多了。”于是他立刻把仙方取了出来，双手捧给孙思邈。孙思邈说，你回去吧，不用再担心生命危险了。果然，龙王回去后，池水忽然大涨，西域和尚看祈祷不灵，羞愧而去。后来，孙思邈在撰写《千金方》的时候，就在每卷中都放入了龙宫仙方，让更多的人得到了益处。
类似的传说与神话还有很多，在封建社会里，这些神话虽然给孙思邈笼罩了一层神秘的气息，但也足以说明他在人们心目中的巨大影响。
中国寺庙多如牛毛，但大多供奉的都是神仙、菩萨。专门供奉医生的庙却并不多见。在陕西耀县药王山上的药王庙，是专门供奉我国最为著名的医生孙思邈的一座庙宇，为明代所建。这座庙是百姓感动于孙思邈一生不谋名利，医德高尚，济世活人，自发建起来的。孙思邈名气很大，太宗皇帝曾三次征召，他却不想步入仕途，始终将为百姓治病视为头等大事。他在耀县这个地方生活了42年，在为民治病的同时，还完成了《千金方》这部举世名著。如今，药王庙大殿内的医方碑亭还存有一些药方的石碑，这些碑都是明朝雕刻的，历时已四百余年，一直被百姓们传抄着。这些药方，医济当时，也方便万世。为了纪念孙思邈，每年二月初二，人们都要在药王庙举行盛大的庙会，人们炒黄豆、做面食、咬蝎子，到庙前敬香祭祀，祭祀过后下山之时，人们不会忘记要在胸前戴上一枚柏树叶，以求孙思邈的保佑。在药王庙山下的通元桥戏楼，秦腔杂剧轮番演出，灯火通明，通宵达旦。作为一个医生，能让世人如此尊崇怀念，足以证明他的伟大了。
千百年来人们一直怀念、敬仰孙思邈，不断对他的庙碑进行了不断修整，并多次刻印他的著作，1081年，在他诞辰五百周年的时候，宋朝庭曾下诏为孙氏刻立石碑，详细记载他的生平事迹，并树立他的塑像。在他的家乡耀县孙家塬西南建造了宏伟的殿宇——孙氏祠堂，如真人祠、圣母殿等古迹。在距耀县城东约三里的五台山，是孙思邈隐居的地方，人们称它为“药王山”。山上有“药王庙”，庙的西侧有“洗药池”，相传是当年孙思邈洗药的池子。“药王山石刻”是全国第一批重点文物保护单位，目前收藏的早期石刻塑像碑（北魏、西魏、北周及隋唐）存量为全国之首，具有品位高、价值大、内涵丰富的特点，在我国医药文化史上具有重要的地位。“药王山石刻”已经受到日本、美国、德国、港台等许多国家和地区专家、学者的推崇关注，日益受到国内外文物考古、宗教民族、美术研究、书法艺术、医药卫生等各界人士的重视，研究者愈来愈多。为了深入研究、发掘这些文化遗产的内涵，弘扬中华文化之精华，促进和加强东西文化的交流与协作，进一步宣传药王山，弘扬孙思邈的医德、医术、医风，更全面地了解和认识药王孙思邈，1961年，值孙思邈诞生1300周年之际，我国邮电部特别发行了纪念孙思邈的邮票，以表彰孙思邈对我国医学所作的贡献。
由于《千金要方》及《千金翼方》的影响极大，因此这两部著作被誉为我国古代的医学百科全书，起到了上承汉魏、下接宋元的历史作用。两书问世后，备受世人瞩目，甚至飘洋过海，广为流传。日本在天宝、万治、天明、嘉永及宽政年间，都曾经出版过《千金要方》，其影响可见一斑。孙思邈去世后，人们将他隐居过的“五台山”改名为“药王山”，并在山上为他建庙塑像，树碑立传，以此纪念孙思邈为我国医学所作出的巨大贡献。