与国外相比，我国综合生态系统管理方面的立法起步较晚，自1973年中国开始参与人与生物圈计划国际性资源活动，生态系统的理念才逐渐引起我国立法界的重视。1979年9月颁布的《环境保护法（试行）》首次引入生态系统的观念。自那以后，涉及综合生态系统管理理念的法律法规在中国相继出台。从宪法、环境保护法、森林法、水法、草原法等法律和相当一批地方性法规都明确规定，保护生态环境和生物多样性、维护生态平衡、建设生态文明，这些重要规定为实现经济效益、社会效益、环境效益相统一提供了强有力的法制保障。
要研究我国综合生态系统管理法律制度，势必涉及我国法学界对生态系统及其相关概念的理解问题。据检索，我国现行法律中明确规定生态系统的法律政策文件不多，而明确规定或涉及综合生态系统管理的法律政策文件则更少。除“生态系统”外，在我国现行法律政策文件中提到的与生态系统相关的术语主要有：生态、生态环境（包括农业生态环境等）、生物多样性、生态平衡、生态安全、生态文明、生物与其生境（包括动物、植物与其生境）、环境（包括自然环境、生活环境）。因此，从广义上可以认为，凡是规定或涉及环境、生态、生物多样性、生态环境、生态平衡、生态安全、生态文明、生物与其生境的法律规范性文件，都是与综合生态系统管理有关的法律规范性文件。
从总体上看，我国有关综合生态系统管理的法律与国外和国际社会的综合生态系统管理的法律具有关联性，它较集中出现在20世纪80年代以后的立法中，主要由我国所参与的国际性环境资源活动所影响和带动。在20世纪80年代以前，我国很少参加国际性的生态学科学研究和生态保护活动，国内生态学研究相当落后。与此相适应，在1979年《环境保护法（试行）》颁布以前，我国的法律法规，无论是《宪法》，还是《关于保护和改善环境若干规定（试行草案）》（1973年）和《森林法（试行）》（1979年2月）中都没有生态平衡、生态系统和生态环境保护的概念。
随着生态学和生态科学研究活动的发展，综合生态系统管理的理念对我国政策和法律的影响越来越大。例如，根据1970年联合国教科文组织第十六届大会2313号决议，联合国教科文组织于1973年制定了“人与生物圈计划”①（简称MAB）。它是一项国际性、政府间合作研究生态学的综合性计划，其目的是为有效保护和合理利用生物圈资源，保存生物物种和遗传基因的多样性，为协调和改善人类同环境的关系提供科学依据。中国从1973年开始参与MAB活动，1978年成立了“中国人与生物圈国家委员会”，生态系统的理念逐渐引起我国立法部门的重视。于是有了1979年9月颁布的《环境保护法（试行）》在引入生态学观念方面的突破。该法明确规定环境保护法的目的包括“防治环境污染和生态破坏”（第2条）；强调“防止破坏生态系统”（第19条），实行“全面规划”、“综合利用”等原则，采用“综合勘探、综合评价、综合利用”、“综合治理技术”，“做好综合科学调查”等综合性方法。
在国外，对生态系统的关注首先表现在海洋法领域，海洋生态系统被认为是规模最大的生态系统。我国不仅参加了《联合国海洋法公约》（1982年12月10日签订于蒙特哥湾）的谈判和制定过程，而且于1982年12月10日签署了该公约。正是在《联合国海洋法公约》的影响和推动下，我国于1982年8月23日制定了《海洋环境保护法》。该法首次规定了“保护生态平衡”的目标。①接着，经过修订的《宪法》（1982年12月）作出了“国家保护和改善生活环境和生态环境，防止污染和其他公害”的规定。所谓“生态平衡”，包括生态系统中生物与生物、生物与环境之间相互关系的平衡，是指生态系统在一定时间内结构和功能的相对稳定状态（包括系统的生产、消费和分解过程，生物的种类和数量，系统的结构、功能、物质流和能量流，都处于相对稳定的状态），此时各要素的关系协调、功能正常，系统结构不易发生不可逆变化，系统的物质和能量的输入与输出相当（即接近相等）。生态平衡是生态系统在一定的时间和生态阈限范围内，其结构、功能和秩序相对稳定的动态平衡状态；也就是说，生态平衡是人们认为的生态系统的一种良好、稳定状态。按照这种理解，可以认为，如果法律政策文件中涉及“生态平衡”，实际上也就是规定了生态系统。因此，“保护生态平衡”就是保护生态系统的动态的相对稳定状态和良性循环。我国法学界一般认为，“生态环境”是人类环境的一种类型，是指由各种形式的生态系统组成的环境；如果按这种理解，可以认为，这种以人为中心的生态环境实质上就是包括人在内的生态系统。因此，“保护生态环境”就是保护生态系统。“保护生态平衡”和“保护生态环境”这种规定，可以说是我国法律对生态系统方法的最初反映。根据《宪法》关于保护生态环境的规定，我国于1989年12月颁布了新的《环境保护法》，该法规定了“保护和改善生活环境和生态环境”、保护“具有代表性的各种类型的自然生态系统区域”、“防治土壤污染、土地沙化、盐渍化、贫瘠化、沼泽化、地面沉降和防治植被破坏、水土流失、水源枯竭、种源灭绝以及其他生态失调现象的发生和发展”等体现了生态系统方法的内容。在《环境保护法》的带动下，不少省、自治区、直辖市的地方环境保护法规相继规定了体现综合管理的内容，例如，《甘肃省环境保护条例》（1994年8月）第6条规定：“环境保护工作必须坚持预防为主，防治结合，全面规划，合理布局，综合治理的方针。”《内蒙古自治区环境保护条例》（1991年3月）第19条规定：“防治污染和其他公害，以防为主，防治结合，集中控制，综合整治。”《四川省环境保护条例》（1991年7月）第5条规定：“各级人民政府制定的环境保护规划必须纳入国民经济和社会发展计划，使环境保护工作同经济建设和社会发展相协调。坚持以防为主、防治结合、综合治理的原则。实行开发利用与环境保护并重，经济效益与环境效益相统一的方针。”《贵州省环境保护条例》（1992年5月）规定：“环境保护必须与经济建设、社会发展相协调，做到经济建设、城乡建设和环境建设同步规划、同步实施、同步发展，实现经济效益、社会效益和环境效益的统一”（第4条）；“环境保护必须坚持预防为主，防治结合，全面规划，区域控制，综合治理”（第5条）；“根据统一规划、合理布局、综合开发的原则，增强城市污染综合防治能力”（第44条）；“推行污染集中控制和区域性综合防治，防治废气、废水、工业固体废弃物 、噪声及放射性污染。逐步实施城市垃圾的无害化处理和生活污水的集中处理”（第44条）。
1992年11月7日，全国人民代表大会审查并批准了《生物多样性公约》，我国成为第一批达成一致的成员国之一。为履行该公约规定的义务，中国在1994年制定了《中国生物多样性保护行动计划》。此后，我国在保护生物多样性方面取得了很大的进展。1998年11月7日，国务院发布了《全国生态环境建设规划》。该规划规定了“我国生态环境建设遵循的基本原则是：坚持统筹规划，突出重点，量力而行，分步实施，优先抓好对全国有广泛影响的重点区域和重点工程，力争在短时期内有所突破；坚持按客观规律办事，从实际出发，因地制宜，讲求实效，采取生物措施、工程措施与农艺措施相结合，各种治理措施科学配置，发挥综合治理效益；坚持依法保护和治理生态环境，依靠科技进步加快建设进程，建立法律法规保障体系和科技支撑体系，使生态环境的保护和建设法制化，工程的设计、施工和管理科学化；坚持以预防为主，治理与保护、建设与管理并重，除害和兴利并举，实行边建设、边保护，使各项生态环境建设工程发挥长期效益；坚持把生态环境建设与产业开发、农民脱贫致富、区域经济发展相结合；坚持依靠亿万群众，广泛动员全社会的力量共同参与，建立多元化的投入机制，多渠道筹集生态环境建设资金”等体现综合生态系统管理原则的内容。2000年11月26日，国务院发布了《全国生态环境保护纲要》。该纲要明确规定了“实现自然生态系统良性循环，维护国家生态环境安全”、“建立生态功能保护区”；“坚持统筹兼顾，综合决策，合理开发。正确处理资源开发与环境保护的关系，坚持在保护中开发，在开发中保护。经济发展必须遵循自然规律，近期与长远统一、局部与全局兼顾。进行资源开发活动必须充分考虑生态环境承载能力，绝不允许以牺牲生态环境为代价，换取眼前的和局部的经济利益。坚持谁开发谁保护，谁破坏谁恢复，谁使用谁付费制度。要明确生态环境保护的权、责、利，充分运用法律、经济、行政和技术手段保护生态环境”；“建立生态环境保护与建设的审计制度，确保投入与产出的合理性和生态效益、经济效益与社会效益的统一”；“建立经济社会发展与生态环境保护综合决策机制”等体现综合生态系统管理的内容。由于对生态环境保护和建设的重视，到2005年，我国已建立9个生态省（海南、吉林、黑龙江、福建、山东、浙江、安徽、江苏、辽宁）、528个生态示范区、79个全国环境优美乡镇、50个国家环保模范城市或城区、17个各种类型的生态工业示范园区、32家国家环境友好企业、488所国家级“绿色学校”和2 300个省市级“绿色社区”。①2003年，已开展生态省建设和循环经济建设的9个省的人口、土地面积和GDP总量已分别占到全国总量的33%、14%和49%；2004年，开展生态省建设的各省投入生态产业、生态环境建设的资金近700多亿，启动工程项目上百个。②生态环境保护和建设工作的发展，有力地促进了我国的生态系统立法工作。
对我国生态系统方面的立法影响较大的另一个因素是可持续发展战略的实施。自1992年联合国环境和发展会议以后，党和政府决定改变不可持续的生产方式和消费方式，实施可持续发展战略。国务院于1994年3月公布的《中国21世纪议程》专章规定了“生物多样性保护”（第15章）、“荒漠化防治”（第16章）、“团体及公众参与可持续发展”等一系列体现综合生态系统管理的内容。在实施可持续发展战略的推动下，我国制定了一批体现可持续发展思想和综合生态系统管理原则的法律，例如《土地管理法》（2004年修订）、《海域使用管理法》（2001年通过）、《防沙治沙法》（2001年通过）、《农业法》（2002年修订）、《海洋环境保护法》（1999年修订）、《大气污染防治法》（2000年修订）、《固体废物污染环境防治法》（2004年修订）、《清洁生产促进法》（2002年通过）、《环境影响评价法》（2002年通过）等法律已经规定可持续发展的目的或采用可持续发展（可持续利用）的概念。另外，不少地方法规也根据可持续发展观规定了综合管理的内容。例如《甘肃省环境保护条例》（1994年8月）第5条规定：“环境保护工作必须坚持预防为主，防治结合，全面规划，合理布局，综合治理的方针，实行谁开发谁保护，谁污染谁治理，谁破坏谁恢复，谁利用谁补偿。”《湖北省环境保护条例》（1994年12月）规定：“环境保护实行全面规划、合理布局、预防为主、防治结合、综合整治、化害为利和谁污染谁治理、谁破坏谁恢复的原则。坚持环境保护与经济建设、城乡建设同步规划、同步实施、同步发展的方针，实现经济效益、社会效益、环境效益的统一。”
目前，我国已有《环境保护法》（1989年通过）、《森林法》（1998年修订）、《草原法》（2002年修订）、《水法》（2002年修订）、《野生动物保护法》（2004年修订）、《农业法》（2002年修订）、《海洋环境保护法》（1999年修订）、《环境影响评价法》（2002年通过），这些法律法规规定了保护生态、生物多样性、生态系统、生物及其生境或者采用相关概念；已有《环境保护法》（1989年通过）、《草原法》（2002年修订）、《渔业法》（2004年修订）、《土地管理法》（2004年修订）、《水法》（2002年修订）、《海域使用管理法》（2001年通过）、《野生动物保护法》（2004年修订）、《水土保持法》（1991年通过）、《防沙治沙法》（2001年通过）、《农业法》（2002年修订）、《海洋环境保护法》（1999年修订）、《大气污染防治法》（2000年修订）规定了保护生态环境或生态平衡或采用生态环境或生态平衡的概念；已有《防沙治沙法》（2001年通过）、《固体废物污染环境防治法》（2004年修订）、《放射性污染防治法》（2003年通过）规定了维护生态安全或环境安全的目标。我国已经制定一些冠以“生态”或“生态环境”的地方法规或规范性文件，如《江苏省农业生态环境保护条例》、《海南省人民代表大会关于建设生态省的决定》，甘肃省也于2007年7月出台了《农业生态环境保护条例》。
但是从总体上看，目前我国环境资源法律中综合生态系统管理的理念或原则还体现得不够明确、具体，也缺乏具体的生态系统管理制度，如生态环境影响评价制度、生态系统开发的申报登记制度、生态破坏的恢复与重建制度、征收生态补偿费制度、生态审计制度、生态保护基金制度等。