1. 法规能力建设
为了加强流域水资源的统一管理，促进水资源的合理利用和有效保护，建立流域管理与区域管理相协调的机制，保障流域经济社会的可持续发展，2007年7月27日，甘肃省十届人大常委会第三十次会议通过了《甘肃省石羊河流域水资源管理条例》（以下简称《条例》）。这是甘肃省首次为一条河流的水资源管理单独立法，标志着该流域管理工作从此迈上了依法管理的新阶段，必将推动流域治理工作的健康发展，促进流域水资源的统一调配和合理利用，有效遏制民勤绿洲生态的持续恶化。
《甘肃省石羊河流域水资源管理条例》综合生态系统管理的能力主要体现在四个方面：
一是进一步理顺了流域水资源管理体制。《条例》第三条第二款规定：“流域水资源管理实行流域管理和行政区域管理相结合，行政区域管理服从流域管理的管理体制。”《中华人民共和国水法》规定了水资源管理实行流域管理和行政区域管理相结合的管理体制，《条例》在《中华人民共和国水法》这一规定的基础上，做了进一步充实和完善，将“行政区域管理服从流域管理”的内容纳入了管理体制之中，这是在水资源管理体制上的重大进步。
二是体现了水资源的统一管理。《条例》明确了甘肃省石羊河流域管理委员会和甘肃省水利厅石羊河流域管理局的职责，规定“省人民政府设立的石羊河流域管理委员会统一管理流域内的水资源工作”，“甘肃省水利厅石羊河流域管理局是管理委员会的办事机构，负责流域水资源统一管理的具体工作”，并规定“流域内各级人民政府和流域管理机构应当依照各自职责，互相配合，共同做好流域水资源的管理和综合治理工作”。这些规定都将为流域水资源的统一管理提供坚实的法制保障。
三是突出体现了流域水资源的保护和节约。水资源的保护和节约是《条例》规范的重要内容。对于水资源的保护，《条例》规定：“流域内各级人民政府应当严格执行《甘肃省祁连山国家级自然保护区管理条例》，加大退耕还林还草、围栏封育、封山育林的力度，提高林草覆盖率，减轻水土流失，增强山区水源涵养能力。流域水源涵养林区域内禁止乱砍、滥伐林木，严格限制探矿采矿、采药和放牧。”围绕水资源的节约，《条例》从工业、农业、居民生活等方面对节水做了规范。工业节水方面，《条例》规定：“流域内禁止建设高耗水、高污染工业项目，已建的应当限期进行改造，采用新技术、新工艺，实施废水净化处理，建立循环用水系统，提高水的重复利用率。对排放废水不达标的企业，由所在地县级人民政府责令其停产、转产或者关闭。”农业节水方面，《条例》规定：“流域内各级人民政府应当鼓励和引导农民转变生产方式，采取调整种植结构，推广种植低耗水农作物，合理控制养殖规模，推行舍饲圈养，因地制宜修整渠道、平田整地、实行小畦灌溉，推广高新节水技术等措施发展高效节水型农业，提高农业用水效率。”居民生活节水方面，《条例》规定：“流域内城镇居民生活用水应当安装符合标准的节水器具，实行一户一表，分户计量收费，禁止实行包费制。”
四是强化了流域地下水取水许可管理。针对流域内地下水超采严重的情况，《条例》从两个方面做了重点规范。第一，强化审批管理。《条例》规定：“流域内地下水取水许可，经取水口所在地县（区）、市水行政主管部门逐级审核后，报流域管理机构审批。”第二，严格控制开采地下水。一是规定了必须制定流域地下水开采总量控制方案。二是要划定地下水禁止开采区和限制开采区，在禁止开采区内除保留人畜饮水和生态用水机井外，其他机井应当有计划地关闭；在限制开采区内禁止新打机井，严格控制旧井更新，逐步压减开采量。确需更新的，应当报流域管理机构批准。并规定了在整个石羊河流域，旧井更新后，原井“凿井取水的施工单位应当在每次作业前到所在地县（区）水行政主管部门办理相关手续，经流域管理机构登记后方可作业”。
2. 政策能力建设
调整优化产业结构特别是农业产业结构。流域水资源矛盾突出，除了水资源严重短缺这一客观原因外，一个更重要的原因是经济结构不合理，生产方式粗放造成水资源的大量浪费。石羊河流域用水80%以上为农业用水，要实现节水目标，除了实施节水项目，进行工程节水外，更关键的是要通过调整结构，建立与水资源相适应的经济发展模式，从农业节水上下工夫，发展高效节水农业，搞设施农业。
严格推进关井压田，关掉一部分机井，限制开采量，遏制地下水继续下降的趋势。农作物灌溉面积过大、灌溉方式粗放，是用水量居高不下的主要原因。要真正实现节水目标，需要多管齐下，严格执行禁开荒、禁放牧、禁打井“三禁”政策，采取关井、压田的办法，减少地下水开采量，压缩农作物灌溉面积，逐步实现地下水资源采补平衡。
大力发展草畜产业，退牧还林、退耕还草，恢复植被，阻挡沙漠向前推移。中上游地区不断毁林毁草、开荒种地，严重毁坏林草植被，造成水土流失，水源涵养功能急剧下降，是石羊河流域生态环境恶化的一个重要原因之一。据测算，在河西走廊，种草要比种粮食节水一半左右。实行退耕还林还草，不仅能节约灌溉用水，还可以起到防风固沙的作用，而且通过种草发展畜牧业，从长远看效益要比种粮食高得多。因此，除了北部沙漠边缘区和南部水源涵养区的一些耕地，必须撂荒进行自然修复外，要在其他压缩下来的耕地上大面积种草，加快发展以舍饲养殖为主的草畜产业，在实现节水、弥补农民减地损失的同时，提高植被覆盖率，增强生态自我修复的能力。
积极实施劳务输转和生态移民。加大农村劳动力的转移力度，减轻人口对水土资源的压力，是石羊河流域综合治理中一项长期的带有根本性的措施。积极鼓励农民群众走出土地、走出农业、走出农村、走出石羊河，向企业转移、向城镇转移、向区外转移、向城镇和发达地区流动，实现异地致富和多渠道就业，走先劳务后移民的路子。要有计划有重点地对水源涵养区和沙漠边缘区的农民实施生态移民工程，从总体上减轻人口对水资源、土地资源和生态环境的压力，实现“转移农民，减少农民，富裕农民，确保绿洲”的目标。
深化水权制度改革。石羊河流域水资源所存在的问题和矛盾，在石羊河流域具有典型性和代表性，单纯靠工程措施已难以解决，必须探索和创新水资源管理的新体制和新机制。要以水资源科学管理和优化配置为内容，从明晰水权入手，着重改革传统的水资源管理方式，建立总量控制、定额管理、有偿使用、水权交易、用水户参与等一系列管理制度。引进装配智能取水系统，建立“总量核定、分户分配、同增同减、凭卡取水、卡票交易”的取水许可运营机制。推广用水者协会参与式管理的成功经验和做法，组建农民用水者协会，让用水者参与水权、水价、水量的管理和监督。引入市场机制，全面推行水票制度，鼓励用水户在一定条件下进行水量交易，实现水权流转。按照“超用加价、节约有奖、转让有偿”的原则，深化水价改革，建立以经济手段为主的节水机制，实现水资源的科学管理、合理配置、有效保护和高效利用，以尽可能少的水资源消耗获取最大的经济效益、社会效益和生态效益。
针对石羊河流域水资源短缺、生态环境恶化的问题，石羊河流域市、县人民政府从全局出发，采取了一系列行之有效的加快石羊河流域综合治理的政策措施。一是为合理利用石羊河流域水资源，缓解用水矛盾，遏制区域内生态环境恶化趋势，凉州区人民政府根据节水型社会建设的总体要求，以“明晰水权，优化配置，总量控制，定额管理，以水定地，公众参与，配水到户，水量交易，水票流转”为基本思路，编制了《凉州区水资源利用规划》、《凉州区节约用水管理办法》等规划及管理办法。二是建立完善用水者协会，推行民主管理。先后在17个乡镇和17个行政村建立了农民用水户协会，实行水权公平、公正、公开交易。三是大力推行中水回用、节约用水技术，在保障生产生活用水的前提下，扩大工业和生态用水，降低农业灌溉用水，加快水权制度改革步伐，促进水资源的合理利用和优化配置。
3. 机构能力建设
石羊河流域的管理，在2001年前以行政区域管理为主。2001年8月，为了解决石羊河流域地下水严重超采的问题，经甘肃省人民政府批准，成立了石羊河流域管理局，将该流域地下水取水许可审批权全部上收至石羊河流域管理局。凡属旧井改造（指在原井位上清洗井壁、更换设备）和报废机井重新改造启用的，以及变更取水井位的，由市、县水行政主管部门逐级审核后，报石羊河流域管理局审批。石羊河流域管理局下设办公室、水资源管理处、规划计划处、建设管理处和水政监察支队。它的主要职责是：负责统一管理和调配流域水资源（包括地表水和地下水），监督实施流域水中长期供求规划和水量分配方案；负责流域内属省级管理权限内的取水许可工作，组织开展流域内属省级审批的新、改、扩建取水许可项目水资源论证，统一审批流域地下水取水许可；编制流域内上报国家和省上的水利建设投资计划，下达国家和省上安排的水利建设投资计划，组织开展流域内控制性水利项目和跨市重要水利项目的前期工作，负责组织流域内重要水利工程的建设、运行、调度和管理。2005年10月，成立了石羊河流域管理委员会，统一管理流域内的水资源工作。其主要职责是：（1）审核流域综合规划和专业规划；（2）指导和监督流域水资源的保护、开发、节约和利用工作；（3）协调跨流域调水有关事宜；（4）审批流域年度水量调度方案；（5）决定流域综合治理的相关政策和其他重大事项。作为石羊河流域管理局既是甘肃省水利厅的派出机构，又是管理委员会的办事机构，负责流域水资源统一管理的具体工作。
总之，石羊河流域的治理，必须综合采用法律措施、经济措施、工程措施、行政措施和科技措施，形成强有力的推动力。要随着实践的发展和认识的深化，进一步完善治理方案，使各项措施相互配套，互相补充，以求标本兼治，实现石羊河流域的可持续发展和人与自然的和谐相处。
三、综合生态系统管理理念在甘肃农业生态环境立法中的应用
甘肃省是一个农业大省，农业的持续、健康发展是全省社会安定、经济强盛的重要条件，而农业生态环境是农业发展的基础，直接关系到人民群众的生活品质、农业发展后劲和整个国民经济的可持续发展。近几年，随着人口数量的增加和工农业的迅速发展，全省农业生态环境面临的形势越来越严峻。大量工业“三废”未经处理或经简单处理进入农业环境，对农业水体、农田土壤和农作物造成严重污染；农药、化肥、农膜等农用化学物质的大量使用，造成了一定程度的农业面源污染；大量畜禽粪便和养殖废水未经有效处理和利用，严重污染农村水体和空气；农副产品初加工产生的污水、废渣对当地农业生态环境构成较大的压力；农村能源紧缺，用能结构不合理，增加了生态治理和自然生态恢复的难度。
（一）工业“三废”对农业生态环境的污染仍很严重
2005年，甘肃省工业废气排放总量为4 250.20亿标立方米；全省废水排放总量为43 728万吨，其中工业废水排放量为16 798万吨；工业固体废弃物产生量2 248.99万吨。大量工业“三废”未经处理或经简单处理进入农业环境，对农业水体、农田土壤和农作物造成严重污染。全省监测的30条河流（段）中，有12条属五类和劣五类水质，已不符合农灌要求。黄河及其支流渭河、泾河等水质及地下水均遭受到不同程度的污染。河西内陆河流域地表水和地下水污染也很严重，直接影响农业灌溉、渔业养殖和农村的饮用水源。陇南市属长江流域上游，境内水资源相对丰富。但自20世纪80年代以来，随着上百家铅锌矿业的快速兴起，成县的东河、徽县的柳林河、西和县的六巷河等流域受到严重污染，各种重金属超标严重。临夏、甘南及天水的张家川等地的制革、洗毛等企业排放的废水对当地河流也造成严重危害。造纸企业在全省尽管数量较少，但由于甘肃省水资源缺乏，省内水系各支流年径流量很小，难以有效稀释和自净造纸厂排放的大量污水，造成一个纸厂污染一条河流的局面。这种情况突出表现在造纸厂分布较多的兰州、定西、平凉、武威、金昌等地。近年来，因工业“三废”引起的农业环境污染事故频繁发生。白银公司、金川公司周围的农田污染令人触目惊心。几年前发生的民勤县红崖山水库特大渔业污染事故，造成的直接经济损失达400余万元。不久前甘肃省徽县水阳乡发生的部分群众血铅超标问题，就是因为农业生态环境长期遭受污染，积累到一定程度后的一次集体爆发。类似的潜在隐患和威胁在甘肃省许多地方都普遍存在。