新文化运动在思想上指导了五四爱国运动，而《新青年》则是新文化运动的思想阵地。《新青年》的创立其本意并不是想针对当时的时事政治进行批判，而是想通过思想政治工作从根本上对中国当时的政治制度和体制进行改革。《新青年》的编辑们明确地认识到他们所进行的文化思想工作是和政治密切相关的。他们不愿意就事论事地议论当时的政治问题，寻求一种根本的改变是势在必行的。但他们也有些文章直接议论政治问题。杂志的主编和主要撰稿人陈独秀在1918年撰文痛驳康有为对共和的攻讦。面对民国政治的混乱和社会的黑暗，康有为认为这全都是由共和造成的，也就是说当时中国的混乱完全归结于辛亥革命。面对这种倒退的思想，陈独秀表示了强烈的反对，他认为，“共和建设之初，所以艰难不易实现，往往复反专制或帝制”，并不是“共和本身之罪”，而是由于受到“阻力”；“武人”像“北洋派军人张勋等”，“学者”像“保皇党人康有为等”就是最强的阻力。“其反动所至，往往视改革以前尤甚，此亦自然之势也。然此反动时代之黑暗，不久必然消灭，胜利之冠终加诸改革者之头上，此亦古今中外一切革新历史经过之惯例，不独共和如斯也”。所以陈独秀又指出，如果来讨论酿成“反动时代之黑暗”的原因：“不于阻碍改革者之武人学者是诛，而归罪于谋改革者之酿乱，则天壤间尚有是非曲直之可言乎？”陈独秀和《新青年》其他作者对于辛亥革命的成就是很不满意的，但他们在反动势力的攻击面前，以其坚定态度和立场为辛亥革命作勇敢的辩护人。
在《新青年》创办的初期，该杂志以资产阶级民主主义思想为指导。《新青年》当时的一个重要的观点是如果要使中国真正成为一个民主共和国，就必须大张旗鼓地宣传民主主义的新思想、新道德、新文化，也就必须彻底地反对封建主义的旧思想、旧道德、旧文化。他们认为辛亥革命并没有完成这一历史使命，而只是一种形式上的民主共和，并不是真正意义的民主共和政府。陈独秀说：“欲建设西洋式之新国家，组织西洋式之新社会，以求适合今世之生存，则根本问题，不可不首先输入西洋式国家之基础，所谓平等人权之新信仰，对于与此新社会新国家新信仰不可相容之孔教不可不有彻底之觉悟，猛勇之决心。不塞不流，不止不行。”
《新青年》表示，中国一方面要向西方先进国家学习政治制度，另一方面也要针对当时十分猖獗的复古尊孔的反动思潮，进行勇猛的斗争。他们举起民主和科学的旗帜，要用民主和科学来“救治中国政治上、道德上、学术上、思想上一切的黑暗”。根据历史和现实生活，他们指出三纲五常、忠孝节义这些封建老教条是“奴隶之道德”，是同“今世之社会国家”根本不相容的。他们把打击的矛头直指封建时代的圣人孔子，掀起了“打倒孔家店”的浪潮。这些是戊戌变法时期的维新派和辛亥革命时期的革命派所不敢说的话。戊戌时期维新派在中国近代第一次用向西方资产阶级学来的新思想进行对封建主义旧文化的冲击，但是正如他们在政治上主张君主立宪一样，他们的思想其实是半新半旧的。他们抬出孔子作招牌，并没有同封建主义的旧思想、旧道德决裂。辛亥时期的革命派对封建宗法制度的某些传统表示否定。他们推翻了两千年来被认为不可动摇的君主制度，也就使附着于君主制度的种种传统观念发生动摇。但是他们并没有对封建主义的旧思想旧文化进行比较深入的批判，他们在政治上对封建主义的妥协也反映为对封建思想的妥协。新文化运动，作为反封建的运动是戊戌维新与辛亥革命的继续，而其斗争的彻底性大大超过了前两个时期。
其中一个重要的突破就是提倡用白话文代替文言文，并且在“文学革命”的口号下提倡新文学，这是新文化运动的一个组成部分，也是《新青年》的一个重大功绩。《新青年》的作者们明确地认识到，一个民族的文体形式与其文化、思想有着密切的联系，如果要改变中国旧有的思想，就必须改革中国旧有的文体。文体的这种改革和文学领域内的革命，是同反对旧政治、旧思想，提倡新政治、新思想的斗争密切联系着的。
通过对文体形式的改革，实现从旧文体向新文体的转变，这不仅仅是文体的转变，更重要的是它代表了人们接受了一种新的思想。面对各种新思想，《新青年》认为个人主义是他们的新道德、新思想、新信仰的核心。这虽然表现了他们还只能从资产阶级的思想库藏中寻找武器，但在一定的历史条件下，这个思想武器是发挥了战斗作用的。从个人有独立自主权利的观点出发，他们提倡独立思考，反对依附古人，反对盲从封建权威，反对做习惯势力的奴隶，要求从封建传统束缚下解放人的个性与才能，使其能够得到自由的发展。他们提倡的文学革命也贯彻了这种精神，主张写文章不应摹仿古人，写“八股文”，而应该用自己的话写自己的文章。这些呼声反映了在实际生活和精神生活上深受封建桎梏之苦的青年的要求，引起他们的共鸣，激起他们的斗争的热情。
《新青年》认为国家的基础是否牢固在很大程度上取决于思想革命，也就是说思想革命能够为新国家打下可靠的基础，然而这种想法是不符合实际的。但是他们向封建的旧思想、旧道德、旧文学开火，实际上就是向封建的旧政治开火。作为民主主义的政治斗争来说，以《新青年》为代表的新文化运动具有比以孙中山为代表的国民党当时所进行的护法运动强大得多的生命力。
参加五四新文化运动的人和为这个运动振奋起来的人，有些始终在政治和思想上停留在资产阶级的个人主义和民主主义水平上，有些则由此开始了新的探索。世界的形势和中国的现实使他们感到资产阶级思想不能解决中国的问题。先进的知识分子在运动的发展中突破了资产阶级民主主义的樊篱，找到了马克思主义，找到了无产阶级的社会主义，开始用马克思主义作为观察国家命运的工具。五四新文化运动为社会主义思潮的传播打开了道路，由此开始了马克思主义在中国传播的历史，这更使这个运动远远超越了戊戌维新和辛亥革命这两个时期，从此中国的思想文化运动进入了一个崭新的阶段。
其实，社会主义思想的传播并不是始于五四新文化运动时期，早在辛亥革命以前，有些先进的知识分子便了解到了西方资本主义社会也有自身的矛盾，而社会主义社会是解决资本主义社会矛盾的理想社会制度，资本主义社会必将被社会主义社会取代。他们已经逐渐谈论社会主义，有些刊物上还讲到马克思主义。但是那时人们把马克思主义看做不过是各派社会主义学说中的一派，他们并不懂得马克思主义。他们对社会主义有几种不同的态度。康有为、梁启超一派甚至荒谬地认为社会主义是一种可怕的社会制度，然而当时许多西方资本主义国家相继爆发了社会主义性质的革命，他们认为为了避免这种社会制度的实现，最好的办法就是避免实现资本主义制度。梁启超在有的文章中表示他赞成社会主义，所指的其实只是资产阶级的某些社会改良政策。以孙中山为首的资产阶级革命派则认为不必害怕社会主义革命，因为中国现在还很落后，可以在进行资产阶级革命的同时，采取某些措施，预防将来再发生社会主义革命，并且可以“毕其功于一役”。他们把某种彻底实行资产阶级革命的方案看成就是社会主义。还有一些人虽然赞成资产阶级民主主义革命，但他们反对发展资本主义，唯恐因此损伤小生产者的利益，因而主张建立小生产者平均主义的社会，这其实是农业社会主义的思想。辛亥革命前章太炎、陶成章一派人大体是这种思想。辛亥革命以前和以后出现了许多所谓的社会主义者，还有一些所谓的无政府主义者，他们一般地只能发出脱离实际的浮夸的喧嚣。当时中国知识分子从西方除了接触到无政府主义以外，还接触到第二国际的修正主义，这些思想从本质上来说都是社会改良主义，正是因此，这种思想迎合了当时许多改良主义者。
1914年第一次世界大战爆发，第一次世界大战的实质是一次帝国主义之间矛盾激化的非正义战争。许多资本主义国家一夜之间转变为侵略他国的帝国主义国家，也正是一战的爆发，使中国人民中的先进分子对资本主义制度产生了进一步的怀疑。1917年俄国十月社会主义革命的胜利在中国人民中引起了巨大的激动，尤其是先进分子由此开拓了眼界，看到决定人类命运的已不是资产阶级，而是无产阶级，已不是资本主义，而是社会主义。辛亥革命究竟为什么失败？爱国志士们的救中国的目的究竟为什么达不到？为这些问题苦恼的先进分子开始从马克思主义中寻求解答。《新青年》的主要撰稿人之一的李大钊在1918年到1919年间开始发表文章宣传马克思主义。许多先进的青年知识分子包括毛泽东、周恩来、蔡和森、邓中夏等在1918年到1920年间接触到和接受了马克思主义，并在各地成立了研究和宣传马克思主义的团体，而陈独秀是五四新文化运动中的主将，并与1920年在其文章中表示接受马克思主义思想。
中国的先进的知识分子主要是经过俄国十月革命而认识马克思主义的。他们当时能读到的马克思列宁主义的著作是很少的。他们学到了马克思主义的基本观点，就勇敢地投身于炽热的实践斗争中。他们的理论准备不够多，这是一个弱点；但是，一接受了马克思主义，就立即把它和中国的反帝反封建的群众运动结合起来，这又是中国马克思主义运动的一个特点和优点。