元朝掌管全国佛教事务并统辖吐蕃地区的中央机构。初名总制院，于至元元年（1264）设立，以国师八思巴领之。二十五年，尚书右丞相兼总制院使桑哥，以总制院统领吐蕃各宣慰司军民财谷，责任甚重，宜加崇异，奏请用唐朝皇帝在宣政殿接见吐蕃使臣的故典，改名为宣政院，秩从一品，用三台银印。以帝师领院事。置院使二员（后增至十员），其为长者常以朝廷大臣担任，位居第二者由帝师推荐僧人担任。宣政院官属得自选用，与中书省、枢密院、御史台并为元朝四个独立的任官系统。灭末后，即置江南释教都总统；至元二十八年，又分设行宣政院于杭州，掌江南各省佛教，其后曾两度废而复置。吐蕃发生变乱，亦设行宣政院前往当地处置，唯重大军事行动需与枢密院商议。诸路、府、州、县置僧录司、僧正司、都纲司，为宣政院下属地方机构，管理各地佛寺、僧徒。至大四年（1311），罢僧录等司，凡僧人词讼皆归管民官决断。至顺二年（1331），复于各省置广教总管府十六所，掌管僧尼政事，由宣政院选僧俗官任达鲁花赤、总管等职。元统二年（1334）罢。宣政院所辖吐蕃之地，分设三道宣慰司：吐蕃等处宣慰司都元帅府（又称朵思麻宣慰司）、吐蕃等路宣慰司都元帅府（又称朵甘思宣慰司）、乌思藏纳里速古鲁孙三路宣慰司都元帅府（又称乌思藏宣慰司）。宣慰司下辖安抚司、招讨司、宣抚司和元帅府、万户府等。自宣慰使都元帅至万户等各级官员多以当地僧俗首领担任，由帝师或宣政院荐举，朝廷授职。
