1942年9月中旬，东条在陆军大臣办公室里听到从瓜岛视察回来的官员们所做的战况报告，表现出从来没有过的激动。他说：“海军在我们不知道的情况下发动这次战役，让我们陆军擦屁股，这么搞很不好！为什么不在近处修飞机场呢？海军说有绝对优势能够作战，为什么白天不能掌握制海权呢？是不是把攻守的地方搞错了？怎样才能挽回颓势呢？”
10月下旬，日本陆军内部也发生重大摩擦。日本大本营统帅部田中新一作战部长向陆军省军务局佐藤贤了局长要求增加运输船舶和飞机，并要求增加充分的兵力和器材，去瓜岛附近洋面恢复制空权制海权，夺取瓜岛，遭到拒绝。
第三次所罗门海战（瓜岛海战）失败和第38师团运兵船被击沉以后，陆海军能够利用的运输船舶已经微乎其微了。11月6日，大本营陆军部又向陆军省要求增援37万吨船舶（已损失27万吨），陆军省坚决不答应。双方正闹得不可开交时，海军也来要求增援13万吨船舶，各方互不相让。
陆军统帅部田中新一作战部长反复坚持不能让3万人饿死在荒岛上，声嘶力竭地要求拨给37万吨船舶，寸步不让。陆军省军务局长则坚决不给，说的是：“3万人饿死荒岛，思之断肠，但不能因为救3万人而丢掉7000万人（指日本当时的总人口），不能拿国家的命运去换一个瓜达尔卡纳尔岛。”佐藤贤了主管军事行政，进退两难。
11月8日，东条英机也说：“佐藤如果答应陆军统帅部的要求，供应37万吨船舶，民需用船就必定不足，钢铁生产也要减少一半，那将要影响国力，战争再也维持不下去了。”
从瓜岛撤退吗？善后工作又怎么收拾呢？那就必然要在布干维尔岛或中部新几内亚岛迎击盟军。兵败如山倒，尤其不妙。
前方士兵正在流血、正在饿死，后方领导集团也正在翻锅一样地争吵。
田中新一气急败坏，打了佐藤贤了军务局长两个耳光。在另一个会上，甚至当着东条英机的面大骂：“马鹿野郎”（日本人常用的骂人话，意即混蛋）。当天晚上，东条下令撤消田中的职务，把他调到缅甸前线去当师团长。
战争开始只有一年，不但石油和钢铁，就连飞机和运输船舶也不足，这使日本军国主义头子们大伤脑筋。严酷的现实与开战前他们的乐观估计大不一样。军内统帅阶层的船舶争夺，具体说明了日本的国力已经不允许把太平洋战争打下去了。对这一点，当时不但东条英机知道，军部知道，政治家知道，最清楚的莫过于财界的资本家们。开战仅仅一年，国力已经达到破灭的边缘了。
当年目空一切的东条，到现在已头昏脑胀无计可施了。
11月12日，日本大本营作战部第二课长服部从瓜岛回到东京，立即向东条报告，他把失败的原因归结为以下9项：
1、盟军完全掌握了制空权。
2、盟军准备好了炽烈而巧妙的火力，日军则是赤手空拳。
3、盟军地面和空中协同攻击，日军一切皆无。
4、日本指挥官能力薄弱。
5、士气呈麻痹状态。第二师的战斗力下降到1/4，卫生状态尤其不好。晒不着太阳，都发高烧，患疟病痢疾的人甚多，营养失调，运送一个伤病员需要4人至8人。
6、现虽有榴弹炮、野炮、山炮、高射炮共46门，但是弹药严重不足。
7、粮食奇缺。即使能运去一点，也送不到第一线的士兵手里。
8、军司令官还健康，说是还要干下去，但没有掌握实际情况，特别没有掌握最前线的实情。
9、盟军船团在白昼毫无顾忌地堂堂登陆，日军只能在夜间利用潜水舰偷偷摸摸搞点小动作，用10艘潜水艇运到陆上的粮食只不过够吃2天。
11月16日，大本营作战部再一次向东条要求征用运输船舶，以便能在12月份有24万吨运输能力，到明年1月下旬能有20万吨，2月下旬能够有13万吨输送能力。
东条英机立即答复，提出5项不着边际的措施。最后东条又说：“让3万人饿死，统帅部有重大责任！”他指着真田穰一郎等两位课长说：“你们不要回来见我！”并且用尖锐的语调补充说：“在地狱里见面吧！”
一贯自称常胜不败的“皇军”，在血和铁的事实面前，已成了三连败的常败之旅。裕仁天皇沉不住气了，11月19日，对第8军司令官今村说：“南太平洋方面敌军的反抗，关系到国家的兴亡，要迅速救援苦战中的军队，挽回颓势！今村！努力干，拜托你了！”
为了打肿脸充胖子，日军大本营依然不断给瓜达尔卡纳尔岛上的将士发电报，传达天皇绝不动摇的意志，要求天皇的“股肱”们在赤道下的小岛上继续作战。
12月10日，裕仁天皇率领东条等最高统帅部的高官们乘专列去京都，12日，到宇治山田参拜伊势神宫，祈祷神明保佑。战争紧张时期天皇去祭祖祖先，这是历史上第一次，说明日本统治集团已到黔驴技穷的地步了。
12月25日晚，参谋本部作战课长真田穰一郎大佐由第8方面军司令部所在地拉包尔回到东京，面见杉山元等大本营的首脑。大本营首脑听了汇报后立即召开紧急会议，认为瓜岛上的陆军再也不能支持下去了，只有撤退。28日上午，陆军参谋总长杉山元和海军军令部长永野修身决定把真实情况向天皇上奏，并要求从瓜达尔卡纳尔岛撤退。
1942年12月31日的御前会议上，决定取消另派两个师团去反攻的计划，并决定从瓜岛撤退的方针。经过筹划以后，决定从2月1日开始发起“撤退作战”，让瓜岛上的将士从悲惨的状态下逃生。大本营美其名日“准备卷土重来的作战”。
1943年元旦那一天，瓜岛上未死的将士们领到了最后的粮食，每人干面包2块和1粒水果糖。全体面向北方日本国的天空遥拜以后，把它吃掉了。
日军士兵一个接一个在饥饿和疟疾折磨下死去了，有的人最后还呼唤着父母和姐妹的名字；有的人在丛林的河沟里捕食蝌蚪，勉强活了下来。
1月末的一天夜晚，在黑暗中一位军官呼唤士兵紧急集合，告诉他们前线将士已经全部阵亡，召集部下参加最后的“肉弹突击”。当时有许多人不愿参加，以负伤或有病为借口迟迟不动；有的人觉得反正都是死，便报名参加了突击队。没有想到这是对有勇气的士兵的一种特殊奖励，不是去战斗，是让他们参加第一次撤退。
当时美军在瓜岛上的兵力，陆军共有2个师29000人，第2海军师共有15000人，空军部队16000人，再加上原来常驻的海军部队5000人。在这样庞大的包围队伍面前打算撤出部队，实在千难万难。通过细心策划，从2月1日到2月7日，还是偷偷地撤退了3次。
日军事先派出矢野部队担负掩护撤退的任务。这支部队共约750人，都是从静冈县征集来的新兵。上岸后，立即向美军阵地虚张声势，佯做进攻，转移美军的注意力，使岛上日军利用空隙得以撤退。在整个掩护工作中损失兵力约2/3.
2月1日黄昏，19艘驱逐舰开到离岸不到1000码的海面，以绿灯为信号，通知藏在椰林中的日军部队。九死一生的残余士兵们，在夜幕下穿越椰林，潜入乘船位置。在上船的号令下达以后，人们向舟艇冲去，一点秩序也没有了。预先准备好的梯子搭在舷侧，大家争着往上爬，有爬上的有跌下的，乱作一团。最初几艘，由于上去的人过多，严重超载，被船上水兵推到海里淹死不少。忙乱了1个多小时才开船。
持续半年的瓜岛战役以日军惨败而告终。图为部分被击毙的日军士兵。2月4日进行第二次撤退，由1艘巡洋舰和22艘驱逐舰组成的营救队沿所罗门群岛南下，被美机击伤2艘驱逐舰。在夜幕下撤回4900余人。
2月7日上午9时20分，18艘驱逐舰离开肖特兰，其中10艘担任掩护，途中因有雷暴雨，又遭到美军15架轰炸机截击，有一艘驱逐舰受伤，只有6艘驱逐舰驶达瓜岛，把司令部的人员和许多伤病员营救到舰上。还有许多不能登船的伤病员和担负警戒的战斗员，便欺骗他们说下次再来接他们，便仓促开船。
这三次撤退伪装巧妙，行动果敢，共撤出陆军9800人、海军830人，还有一部分士兵残留在岛上。
这次撤退能够奇迹般成功，主要因为有一个默默无闻、未受上级赏识的军官擅自进行情报战发挥了作用。
日本大本营通信参谋伊藤春树少佐，在过去所罗门海战美军的无线电通信频度中，发现美军在紧急的时候有不用暗号直接使用平常语言通讯的习惯。在这次日军即将撤退的时期，他急中生智，打了一个伪电，让美军上了当。
伊藤少佐乘美军所罗门海域警戒飞机和亨德森机场间通讯不良之机，从拉包尔基地的海军通信队，用美军的呼号拍电：“亨德森、亨德森。紧急通信，我是第一号警戒队”呼出瓜达尔卡纳尔岛美军基地。
瓜达尔卡纳尔岛美军基地应答以后，他发出电报：“3IGH4—ED，2AC、2B、10D、LA4……CO523E3EE。”（发现敌舰队，空母2、战列舰2、驱逐舰10、南纬——度、东经——度、针路东南东）。
美军瓜岛基地把这份伪电当真，马上转送到火奴鲁鲁的美太平洋舰队司令部和努米阿的美南太平洋舰队司令部去。因此，驻在亨德森美空军基地的美军飞机误以为日本机动舰队即将来到，停在机场上等待，不敢轻易出击。所以日本驱逐舰能够趁黑夜接运撤退军队。如果在海岸集结时遭到美军飞机轰炸，美丽的白沙海滨一定是另一番景象了。
据日本大本营统计，日本投入瓜达尔卡纳尔岛上的战斗部队，实际上共损失3万多人。其中，战死1.4万多人，下落不明2400人，饿病死4300人。这个公开发表的数字肯定是错误的。较正确的说法是，战死五六千人，另外有4300是饿死的，还有一些是撤退时自杀或扔下不管的。还有一种说法，估计共约损失4.6万人。
日本海军共损失24艘舰船，973架飞机，2362名飞行员。
从这次败退开始，被日军占领的各岛屿都暴露在盟国反攻部队的压力之下。日军防线已是漏洞百出，全线动摇了。
瓜岛距离日本本土3000海里，无论是从舰艇部队和航空部队的作战能力，还是从后勤运输所需的船舶，都是日本力不从心的。自中途岛战役失利后，日军未及时收缩战线，转入战略防御，仍然继续向所罗门群岛发动进攻，显然是不自量力的蛮干，这是导致日军瓜岛战役失败的最根本原因。
瓜岛战役是一场登陆战，而登陆战中的后勤保障对作战的胜负具有决定性的影响。失去运输船队的支援，即使部队登上岛屿也会因后援不继而失败。日军对这一点近乎无知，只注重对美军飞机、军舰的打击，却对运输船只和海滩上堆积如山的物资视而不见，最后使这场战役发展成为对日军极为不利的消耗战。双方飞机对飞机，军舰对军舰拼消耗，最后日军不仅失去了瓜岛，还对以后的作战产生了深远影响。不重视保护自己的“粮草”、切断对手的“粮草”，也是日军瓜岛失败的重要原因之一。
在作战指挥上，日本的陆军参谋本部和海军军令部是两个完全独立平等的统帅机关，分别指挥陆军和海军。虽然后来设立的大本营是作战的最高统帅机关，但因为陆、海军之间各种矛盾根深蒂固，所以还是难以实施统一指挥。最高统帅名义上是天皇，实际上天皇能够直接指挥的机会并不多，很难起到统一指挥的作用。战役进行中，陆、海军往往各行其是，当陆、海军对某个问题争执不下时，大本营只好协调双方妥协。为了避免陆海军的摩擦，大本营将某些地区分别指定陆军或海军负责，这样做的结果是陆、海军之间互不通气。如，瓜岛是划归海军负责的，最初就没有一名陆军驻守，陆军对于海军在瓜岛建机场，也全然不知。后来为了协调陆海军的行动，日军大本营于8月13日制定了关于所罗门群岛作战的《陆海军中央协定》，但并没有起到太大的作用。陆军在岛上的总攻，未能与海军协调行动；而海军舰队的出击，也不与陆军的进攻相配合，也就发挥不出陆海军协同作战的威力。陆军在岛上发动第二次总攻，海军则在海上组织圣克鲁斯海战，结果由于力量分散，陆地上既未能夺回机场，海上也没有消灭美军的舰队。在整个瓜岛战役过程中，这样的事例不胜枚举，陆海军之间的不协调是日军瓜岛失败的又一个重要原因。