巢元方，隋代医学家，生卒籍里不详。大业中（605～618）曾任太医博士。巢元方对医学理论有着很深的造诣，实践经验也很丰富。公元609年，主持运河工程的大总管麻数谋，患风逆不得起坐，隋炀帝特命巢元方往宁陵（今河南省宁陵县）诊视，经调治迅速痊愈，可见其临证疗效之验。
两晋南北朝时期的医学有一个特点，即比较重视医方的搜集整理，和在临证实际中对疾病的探求验证。相对来说，对医学理论的研究却有忽视的倾向。但许多医学家在长期实践中却积累了许多可贵的经验。至隋代，我国医药学又有了显著的进步。隋炀帝其人好大喜功，什么都要搞得大而全，在医学上也是如此，如他下令编纂的方书《四海类聚方》达2600卷之巨。正是在前人积累的大量资料的基础上，在隋代医药学显著进步的条件下，巢元方与同道奉隋炀帝之诏，共同编撰了一部总结疾病的病因、病理、证候的医学基础理论巨著《诸病源候论》，这是我国历史上第一部系统论述病因证候的专著。全书共50卷，分67门，载列证候1700余条，分别论述了内、外、妇、儿、五官等各科疾病的病因病理和证候，一般并不论述疾病的治疗，但也有很少一部分疾病讨论了诊断、预后，以及导引按摩、外科手术为主的一些治疗方法和步骤。据《隋书·经籍志》载，同期还有一部“吴景贤”《诸病源候论》，但仅存目而书未见传。在隋朝短短几十年中，会编著两部同名巨著，是难以想像的。由于巢氏领衔主编的《诸病源候论》并非个人专著，所以所载吴氏之书或许与巢氏主编之书即为同一著作。
《诸病源候论》在我国医学上所取得的成就与贡献主要有以下几个方面：
首先是突破了前人的病因学说。巢元方等在病因学说方面，有不少创造性见解，对有些疾病，突破了笼统的“三因”传统说法，丰富了祖国医学的病因学说。例如书中确认了疥疮等病的病原体。巢元方等通过临证认真观察，在前人基础上确认疥疮是因疥虫所致。书中把疥疮分为马疥、水疥、干疥、湿疥等类，指出：“疥者，有数种。……并皆有虫。”在叙述羌虫病时说：“熟看见处，以竹簪挑拂去之，已深者，用针挑取虫子，正如疥虫，著爪上，映光易见行动也。挑不得，灸上三七壮，则虫死病除。”可见对疥疮病原体及其传染性、好发部位，不同类型的临床表现特点及诊断要点、治愈标准等，都有了比较正确的认识，这比欧洲Linne氏在公元1758年关于疥虫的报告要早1000多年。尤其可贵的是强调“虫死病除”，把消灭病原体作为疾病治愈的标准，这无疑是一种进步的认识。在对传染病病因的认识方面，对前人的六淫致病说有所突破。书中创造性地提出，宇宙间另有一种“乖戾之气”的物质，可以导致伤寒、时气病、温病等传染病，并引起“转相染易，乃至灭门”。还强调传染病是可以预防的，多次指出“预服药及为方法以防之”。书中认为寄生虫病的发生和饮食卫生有很大关系，明确指出寸白虫（绦虫）系食入生牛肉、鱼肉所致。对漆疮、晕动病等过敏性疾病，已认识到其发病与个体反应性有关，“特由质性自然，非关宿挟病也。”总之，《诸病源候论》对病因的认识在很多方面突破了前人的旧说，这对病因学的发展具有重要意义。
《诸病源候论》对一些疾病的症状与发病特点的描述也很正确。例如书中记载了对一些地区性疾病的认识，其中“射工”、“水毒”之名，历来难以肯定究属何病。仔细研究一下书中对其发病地区、发病季节、传染途径、发病经过与临床症状等的确切描述，可以认为，这主要反映了巢元方等对血吸虫病的认识水平。其它如南方多见的羌虫病、江东岭南的脚气病、山区常见的甲状腺肿大病等，对其地区性均有正确的认识，并对症状、发病特点、诊断等也有正确记载。再如对泌尿系结石症状特点的描述，也很生动逼真，对临床诊断有较高的参考价值。
《诸病源候论》虽然是探讨病因证候的专著，但也叙述了不少有关治疗创伤的外科手术方法和缝合理论等。这些创造性成就，说明我国外科手术治疗在继承汉晋以来所取得的成就的基础上，在隋代又有了新的进步，达到了更高的水平。例如书中所载的肠吻合术，对手术步骤、方法等要求很严格，其中尤其创造性地提出了富有科学性的缝合理论原则和具体详尽的缝合方法，对术后护理也有具体合理的要求。其缝合断肠的原则和护理要求，至今还是外科医师进行这种手术的注意要点。欧洲最早的同类手术，是意大利人罗格与罗兰在12、13世纪间进行的，比巢氏等人所载晚了500多年。在书中所载的处理腹部外伤、切徐大网膜的手术中，还创造了结扎血管的方法。即做这种手术时，在手术步骤上要求首先注意结扎血管，借以观察该血管营养区域并按此区域切除已坏死的大网膜。如此则可避免单纯切除局部而引起继发的感染、坏死，这是很正确的原则，是一项重要的科学发明。意大利著名外科学家伯特帕格利于1460年创造了一般结扎血管和出血创口内贯穿结扎血管的方法，另一位外科学家埃伯罗易斯帕勒（1517～1590）在截肢术中，应用了大血管的结扎方法。《诸病源候论》所载的同类方法虽尚不如他们具体，但较他们要早800多年。书中还建立了创伤内异物剔除的原则，其所论述的具体要求与现代医学关于创伤内异物剔除原则是相符的。
此外，《诸病源候论》还在中毒与毒物分析等方面有着许多新的记载。如书中最早而系统地记载了乌头、钩吻等中药的中毒症状，其描述与现代医学的观察基本一致。这在当时对这类中毒的诊断，提供了宝贵的依据。在中毒的诊断上，除了重视症状外，还创造性地应用了实际观察胃内容物的方法，以确定为何物中毒，这种方法至今仍为中毒诊断中的常用手段。书中还记载了不少当时群众在实践中总结出来的毒物分析方法，体现了我国古代毒物分析化学的初步尝试，是考查古代毒物分析方面的宝贵资料。
《诸病源候论》有一个明显的特点，就是一病一论的论述比前人增加了，而一证多病的论述减少了。这对深入研究不同疾病的病因、症状、诊断、鉴别等创造了有利的条件，促进了对各种疾病的深入观察和研究。巢元方等医学家通过自己的实践活动，补充或改正了不少前人在认识上的缺陷或错误，对我国医学的发展做出了贡献。他们敢于突破前人的定论，创造新的见解，追求实事求是和认真观察总结的作风，值得我们学习。当然，由于时代和实践领域的限制，他们在认识上仍然承袭了前人不少的错误，甚至还未能在前人的基础上彻底打破鬼神作祟的观念。同时，该书篇章浩繁，内容庞杂，屡有重复，也是不足之处。
总之，《诸病源候论》是我国历史上内容最为丰富的探讨病因病机证候的一部专著，在人们认识疾病的长河中，在我国医学发展史上，对医学理论的进步，做出了出色的贡献，是继《内经》之后在医学基础理论方面取得的一个新的创造性成就。列宁说：“判断历史的功绩，不是根据历史活动家有没有提供现代所要求的东西，而是根据他们比他们的前辈提供了新的东西。”《诸病源候论》正是巢元方等利用前人的知识积累和成就，研究医学理论问题写成的，比他们的前辈提供了许多新的东西，值得我们进一步认真发掘、整理和研究。
《诸病源候论》对后世医学发展有相当大的影响。在唐代，《千金要方》等曾大量参考引用该书的有关资料和学术观点；王焘编撰《外台秘要》时，录用以为篇首的理论。日本丹波康赖撰《医心方》（984）时曾以此书作为重要参考。在宋代，也曾为王怀隐等的《太平圣惠方》所大量引用，同时宋代的医学教育还用以为教授学生的课本。明清以来，《诸病源候论》得到更多的刻印，流传也更广泛了。