1937年“七？七”卢沟桥事变后，日军发动了全面的侵华战争。王兴芳怀着强烈的抗日愿望，曾一度参加了当地的国民党军队。由于蒋介石执行片面抗战的路线，国民党军不战而退，中国大片领土沦陷。面对黑暗腐败的现实，王兴芳毅然离开国民党队伍，重新回到了码头工人中间。1939年2月，他率领130多名码头工人参加了八路军山东纵队第五支队第十三团。同年9月，王兴芳加入了中国共产党，不久升任五连排长。1940年9月，部队在莱阳城北与日伪军的激战中，五连伤亡很大，连长牺牲，副连长负伤。在紧急关头，王兴芳挺身而出，指挥全连与数量上占绝对优势的敌人进行了7次冲杀，终于打败了敌人。在战场上，王兴芳被提升为副连长。后又升任为胶东军区第五旅第十三团五连连长、二营营长。
1942年5月，由于中共招远县委机关在牟家遭到日军偷袭，使招远的抗战工作一度陷入严峻的困境。北海军区为了加强和发展地方武装力量，根据山东军区颁布的训令，决定抽调一批有经验的干部到县区加强地方武装的领导。lO月，王兴芳被派到招远县任县大队副大队长。县行署主任董华良兼任大队长，日常军事工作由王兴芳主持。
1943年6月的一天，招远县大队接到情报：玲珑金矿的日军车队载着大批军用物资，将于29日由龙口返回玲珑，并有百余人押车。王兴芳听后非常高兴，认为这是歼敌夺枪的有利战机。他同大队干部仔细地研究了作战计划，并多次到现地察看地形。28日晚，王兴芳率领战士们在槐树庄周围巧设了口袋阵。
29日凌晨，敌人车队果然鸣着喇叭，得意洋洋地从龙口出发，朝着玲珑开来，一辆、二辆……九辆，全进入预设的伏击圈。埋伏在槐树庄周围的战士屏住呼吸，随时准备痛打日寇。走在最前面的汽车压在隐埋的铁犁上，“扑”的一声左轮胎泄了气，一头扎进路边的沟里。王兴芳大喊一声“打！”战士们如猛虎扑食，杀向敌人。埋伏在洼子的战士听到枪声，一跃而起，向尾车猛烈攻击，敌汽车被夹在中间，进退两难。不到20分钟就结束了战斗。这次战斗，击毁敌汽车7辆，毙俘日伪军30多人，缴获捷克式轻机枪2挺，迫击炮1门，长短枪20余支，弹药及军用品一大批。这一仗，不仅补充了武器，更重要的是振奋了招远军民的信心。接着，王兴芳又率部一鼓作气拔掉了埠南、张家、塞里、蚕庄等日军据点。
招远县大队节节胜利，使伪县长杜祖光整天坐立不安。他丧心病狂地叫嚣要惩治这支队伍。1944年5月的一天，杜祖光指挥大批日伪军对这支队伍进行“扫荡”。日伪军队伍在通往纪山的道路上缓缓移动，足有十里之长。为了狠狠教训敌人，王兴芳采取“擒贼先擒王”的策略，率领大队人员在敌人必经之路上下院村附近设伏。上午8时，行走在队伍中间的杜祖光进入王兴芳预设的伏击地段后，王兴芳指挥部队突然猛烈开火。顿时，硝烟弥漫，喊杀声响彻山谷。杜祖光一个跟头从大洋马上栽了下来。敌人如惊弓之鸟，乱作一团，分成两节狼狈逃窜。反“扫荡”胜利后，王兴芳被任命为县大队长。之后，他指挥部队打了一个又一个大胜仗。仅9月23日一天，就拔掉了李家庄子、傅家等五处据点，摧毁敌碉堡11座，击毙日伪军131名，俘敌55名。大队被《胶东大众报》誉为“地方武装之楷模”。从此，王兴芳的名字在招远县人民群众中家喻户晓，也更令日伪军闻名丧胆。当时流传着这句警语：“你别狂，当心碰上王兴芳！”
在1942年至1945年的3年中，王兴芳参加和指挥大小战斗60余次，为招远县地方武装创立和抗日根据地的建设做出了贡献，自己也多次负伤。1945年2月，根据八路军北海军分区的命令，招远县大队在柳杭村改编为县独立营，王兴芳任营长，直至日军投降。
二
抗日战争胜利后，国民党反动派撕毁停战协定，向我解放区发动全面进攻。1946年6月，胶东军区北海军分区独立团在山东中部偏北的黄县张家口宣告成立，王兴芳调任团参谋处长。该团成立不久，便参加了胶济路东段战斗。11月，国民党南京当局为配合胶县、高密第五十四军、潍县第八军作战，将六十四军海运至青岛，企图打通烟（台）潍（坊）公路，占领我龙口、烟台、威海等重要港口，断我海上联系。为了粉碎敌人企图，独立团奉命配合胶东军区第六师参加战斗。
1947年2月，该团一营在王兴芳的指挥下，首战塔耳埠东站南62．8高地，全歼敌交警第十五总队一个中队。次13拂晓，王兴芳率司令部部分人员于塔耳埠东站向西转移，与由老匙沟方向窜来的敌交警遭遇。王兴芳命令部队迅速隐蔽在铁路一侧，指挥炮手用缴获的六○迫击炮向敌人发射了仅有的2发炮弹。随着“轰、轰”两声巨响，敌以为中了我大部队的埋伏，立即卧倒在地，不敢动弹。“缴枪不杀！”战士们齐声大喊。王兴芳向二营方向鸣了两枪。一会儿功夫，五连、六连迅速赶到，70多个敌人还没弄清怎么回事，就全部当了俘虏。战斗结束后，该团奉命东进，准备和兄弟部队一起攻克高密县城。守敌闻风而逃，我部队乘机占领县城。接着向城东娘娘庙守敌发起攻击，经一天激战，俘敌700余人。
1947年4月，北海军分区独立团改编为胶东军区第六师第十七团，王兴芳任参谋长。5月，华东野战军主力取得了威震中外的孟良崮大捷后，国民党重新组织力量向鲁中解放区进攻。胶东军区首长决心全歼齐家埠地区守敌，以策应华野主力作战。十七团奉命配合兄弟部队向齐家埠守敌第八军独立旅第三团发起进攻，以拖住敌第八军。齐家埠位于潍县城（潍坊）东北10公里处，敌军防御阵地较强。王兴芳认为守敌虽有战斗力，但兵力配置分散，便于我分割包围，各个歼灭。6月30日20时30分，王兴芳率领该团二营向齐家埠外围据点平旺发起攻击。五连炸开敌鹿砦和外壕后，伤亡较大，连长牺牲，前进受阻。王兴芳带领六连迅速冲了上去，全连同志发挥勇敢战斗不怕牺牲的精神，连续爆破，勇猛冲击，终于把突破口打开。7月1日6时全歼平旺守敌。战斗刚结束，团通信员小马急匆匆地跑来报告：“敌第五团正向齐家埠开进。上级命令我们迅速截击运动之敌。”接到命令后，王兴芳带着队伍从小路直插二十里堡。
当日14时，敌独立旅第五团浩浩荡荡地向齐家埠增援。在二十里堡和郭家庄遭到三营的顽强阻击。因敌众我寡，三营伤亡较大。王兴芳赶到后，率领二营和刚从雷家庄赶来的一营立即组织反击。冲在前面的一营，因遭到敌强大的火力封锁，久攻不下。王兴芳命令身边的一位参谋和通信员从敌侧翼迂回过去，击毙了敌重机枪手。他们操起缴获的两挺重机枪，掉转枪口，雨点般向敌人射去，打得敌人鬼哭狼嚎。部队乘胜追击，歼敌大部，残敌窜回潍坊外围据点。这样，胶东军区达到了拖住敌第八军的目的。
1947年8月，胶东军区第五、第六、第七师组建为华东野战军第十三纵队，司令员周志坚，政治委员廖海光，副政治委员兼政治部主任陈华堂，参谋长黎有章。王兴芳所在的胶东军区新编第六师第十七团改编为十三纵队第三十八师第一一三团，王兴芳任副团长。王兴芳和团其他领导人一起率领一一三团先后参加了胶东保卫战、兖州战役和著名的济南战役。华东野战军发起的济南战役，歼敌10万，揭开了全国解放战争战略决战的序幕。
作战中，王兴芳协助团长和政治委员边打边组织，边打边补充，保持了部队的连续作战能力。战后，全团保持了参战前的人数，有的连还超过了原来数量。济南战役结束时，王兴芳被调到中央军委刚命名为“济南第二团”的步兵第三十七师第一○九团，接替负伤的团长田世兴任代理团长，翌年7月任团长。上级选择他到这个英雄团当团长是经过慎重考虑的。因为他作战勇敢，指挥若定，且善于作思想工作。这表明，经过战火的长期淬炼，王兴芳已从一个普通工人成长为我军一名优秀的指挥员。
济南战役后，第十三纵队第一○九团利用战斗间隙，在泗水县举行了隆重的“济南第二团”命名庆功大会。全团指战员更加斗志昂扬，纷纷写血书请战。10月23日，一○九团接到参加淮海战役的进军命令。11月底奉命随纵队南下攻歼灵璧敌军。
灵璧城守敌为国民党第十二军二三八师和一个新兵团，共5000余人。该敌在我江淮军区部队包围下，被迫将大部分兵力收缩于城内，企图凭坚固的高城和2米多深的护城河固守。纵队决心以第三十七师担任主攻，师部署一○九团在左，第一一一团在右，从城西门两侧并肩突击。王兴芳带领营、连干部迫近城垣，选择突破口，作出具体战斗部署。11月24日17时，一○九团在强大炮火的掩护下，向西门发起猛烈攻击。三连迅速扫清障碍，并架好浮桥。当一连进至护城河边时，浮桥脱节倒塌。战士们冒着敌人密集的火力，不顾寒冷，涉水爆破成功。一班在战斗模范隋传基的带领下首先登上城头，连续攻下突破口左右两侧地堡。入城后，一营遭敌火力封锁，伤亡较大。营教导员、战斗英雄黄相和组织全营投入巷战，同敌人反复争夺。二、三营随即投入了纵深战斗。此时，在一。九团右侧攻击的一一一团和担任西门左侧主攻的一一五团几次架桥未成，师长高锐命令他们从一○九团突破口进城，加入战斗。午夜，纵队已有4个多团突入城内，按预定计划将敌人分割成数块，逐个围歼。次日上午8时，全歼灵璧守敌。战后，一连一班被上级授予“登城第一班”的荣誉称号。
灵璧战斗后，王兴芳指挥一○九团参加了追击李延年、刘汝明兵团和配合围歼黄维兵团的作战。12月初，奉命配合兄弟部队总攻安徽省濉溪县东之双堆集，任务是占领五孔桥敌集团堡群。15日16时30分发起攻击，第二营于18时占领了河对岸敌两个地堡，打退敌数次反扑，21时占领五孔桥，巩固了既得阵地。敌第十八军军长杨伯涛在一辆坦克掩护下，率残部向三十七师指挥所中周庄方向突围时，被一○九团截歼。王兴芳指挥第三营击毁敌坦克一辆，生俘敌第十八军军长杨伯涛。
三
1949年2月，人民解放军实行全国统一编制，华野第十三纵队改编为中国人民解放军第三十一军，隶属于第三野战军第十兵团，王兴芳所在的第三十七师一○九团改编为第九十一师第二七一团，仍由王兴芳和张志勇分别任团长和政治委员。改编是与进行渡江战役准备工作同步进行的。部队贯彻华野前委贾汪会议精神，普遍学习了第三野战军政治部颁发的《约法八章》、《入城守则》等新区政策，深入进行政策纪律教育。步兵第二七一团是教育抓得最好的单位之一。曾专门召开党员代表大会，作出关于保证圆满完成渡江南进战斗任务的决议，保持和发扬“济南第二团”的荣誉。由于有了充分的思想准备和技术准备，王兴芳所带的这个团，在渡江追击、战上海、进军福建、参加福州战役和漳厦战役中士气高昂，动作勇猛，作风优良，出色地完成了任务。
在渡江战役中，第二七一团在江苏省靖江天生港至老庄头一线上船，于江阴以东石牌港、白沙港一线上岸。王兴芳指挥刚渡过去的两个营，逼近江阴县城东关。当发现敌人弃城出逃时，立即组织追歼，截获物资十余船，俘敌百余人。
在5月的上海战役中，第三十一军归第九兵团指挥，任务是会同第三十军向浦东地区进攻。此役，王兴芳率第二七一团由周浦镇西北实施主攻。5月15日13时，这个团由柘林、旧金城沿奉贤、航头镇冒雨急行军百余里，奔袭周浦。16时2时，占领桥头镇（题字街）后，他以一部主力抢占了夭福庵东站，又于蔡家宅歼敌一部，主力直插周浦镇以北，断敌向西和向北之通路。
团指率一部兵力进至镇西北张家宅，全歼反扑之敌300余人。周浦镇战斗，俘敌海防支队司令耿子仁、参谋长谢元良、保安二旅旅长孙元惠以下2880余人，王兴芳团起了重要作用。三十一军军史记载：“周浦镇战斗，步兵第二七一团神速隐蔽前进，迂回到敌侧后，乘拂晓朦胧之际打敌措手不及，一举突破成功，创造了奔袭战的好战例。”
周浦镇战斗后，王兴芳又指挥所部打了一个漂亮的攻歼高桥镇的战斗，切断了敌人的海上退路，迫敌1100余人缴械投降。
第十兵团于1949年8月16日发起福州战役，歼敌5万余人。第二七一团打得很漂亮。该团的任务是，在师编成内夺取闽安镇和福州市外港马尾。8月15日，王兴芳指挥第二七一团协同第二七二团担任主攻团，向闽安镇守敌第二十三师六十九团发起攻击。三营七连于3日40分向高山寨守敌发起攻击，团主力随后向闽安镇压缩。8时结束战斗，俘敌500余人。得手后，迅即向马尾镇发起攻击。王兴芳率部占领了马尾以北高地，尔后沿七星堆、南山洲、西楼、中虎山向马尾攻击前进。途中截获上山送饭之敌20余人，审讯后得悉敌之兵力火力部署，即以五连攻占320高地，团主力抵近马尾。三营截歼正在登船的敌两个连，缴获山炮两门，汽车20余辆。王兴芳指挥部队，利用夜暗，翻山越岭，突然出现在马尾近郊，使敌措手不及，迅速被歼。被俘的敌青年军第六○三团和九五三团的俘虏供称：战斗打响时，我们还认为自己的部队搞演习。等到清醒过来，已当了俘虏。
福州战役胜利后，第十兵团为全歼厦门守敌，解放全福建，决心发起漳（州）厦（门）战役。
蒋介石妄图继续据守厦门等近海岛屿，曾于1949年7月22日亲临厦门，在鼓浪屿召开紧急军事会议进行部署。漳、厦守敌以国民党第八兵团之五十五军为骨干，加上第六十八、九十六军残部共3万余人，其中以第二十九师两个团（5000余人）守鼓浪屿。