一、向江南进军
1948年12月中旬，淮海战役正在激烈进行中，毛泽东已经在构思进军江南的战略计划了。12日他致电总前委，要他们开一次全体会议，“商好在邱李歼灭后的休整计划，下一步作战计划及将来的渡江计划”，然后请刘伯承将总前委意见带来中央。毛泽东在电报中谈了他的初步设想：淮海战役结束后，中野、华野休整两个月，然后完成渡江准备工作，约在1949年5月或6月举行渡江作战。华野、中野协力经营东南，夺取并控制南京、上海、杭州、福州等大城市。根据毛泽东的指示，17日总前委在萧县蔡凹开会后，刘伯承、陈毅立即北上向中央军委汇报。12月底刘、陈到达西柏坡后，参加了1949年1月6日到8日的中央政治局会议。
毛泽东在1949年的新年献词《将革命进行到底》中就已明确宣告：“1949年中国人民解放军将向长江以南进军”。这次会议上，中央领导同志和各野战军负责人在一起研究1949年面临的形势和任务。会议研究了中国人民解放军的整编和正规化、整顿纪律、解放区建设和经济工作、召开政治协商会议、组成共和国的中央政府等一系列重大问题。会议决定：北平解放后，即召开中共中央七届二中全会。
淮海战役结束后，华野全军开始休整。当中央政治局1月会议的指示电《目前形势和党在1949年的任务》传到华野后，华野前委于1月19日至26日在徐州东北的贾汪举行扩大会议。贾汪会议是总结淮海战役和部署1949年华野任务的一次重要会议。20日，粟裕代表华野前委作了题为《淮海战役的伟大胜利和华野1949年六大任务》的总结报告。在报告中，粟裕充分肯定了华野在淮海战役中取得的辉煌战绩和指战员们不辞艰苦英勇作战的优良作风。强调指出这次会议的惟一目的，“是为了打过长江去，解放全中国。”
过江不是一件容易的事。粟裕在报告中特别强调了政策和纪律问题。他长期在江南作战，对江南的情况非常熟悉。他告诉大家：到江南首先要尊重群众风俗习惯，爱护人民利益，正确执行党的政策，严肃群众纪律。他说：“今后过江去执行政策很要紧。
京沪杭是国民党反动派的经济、政治、文化中心，对国际上影响很大，如果执行政策不好，我们在政治上就会孤立。”
怎样执行政策呢？粟裕指出，首先要熟悉江南的民情。他举例说；“上海、南京生活程度高，吃大饼油条是很普遍的，这在许多山东人看来是最好的了。如果认为上海、南京吃大饼油条的都是地主，就很糟糕。南方有些事情是山东人所想不到的，例如：南方有些人吃了早饭不知夜饭在哪里，但他们却穿得很好。很多穷苦的人虽然没有吃的，还穿得好，还烫发。中农有时也吃几个菜，我们不能把两三个菜上桌子的人家都看成地主。总之，我们到了经济生活状况不同的地方，我们的政策纪律也应该有所不同一”粟裕说：“过了江，外界的繁华奢侈也会引诱部队。所谓‘上有天堂，下有苏杭’。苏北有句俗话，‘到了兴化心就花’。估计我军到了苏杭、南京、上海，心跳眼花的人一定有。中央特别要我们加强教育，我们的政治工作要有预见性、顽强性，不间断地进行。我们的军事工作干部也要做政治工作，不仅要用枪杆子去消灭敌人，而且要用政治工作去消灭敌人。”
粟裕指出：“打破家乡观念，是一件艰巨的工作。我们部队绝大部分是北方人，如今家乡解放了，有的不愿意远离家乡。俘虏兵过了江，巩固便是大问题。不仅北方人到南方会开小差，南方人回到南方也会开小差。因此，对部队要进行教育工作，消除家乡观念，强调天下穷人是一家，将革命进行到底。”
粟裕特别强调了纪律问题：“要尊重政府，服从政府法令。特别是部队打下城市以后，认为‘我们打天下，别人坐天下’，见到政府人员住洋房，点电灯，放暖气，坐沙发而不满，产生平均主义思想。甚至有的把沙发、皮箱割坏，将电灯泡及玻璃打烂，这就不仅是农民意识，而是一种流寇行为。”“有些部队不遵守交通规则，不听军管会管制，不遵守城市治安秩序，强拉车子，强占房屋、车厢，抢购物资，争先入城搞东西，不服从军管会，甚至打骂政府人员等等，都是军阀残余的行为。特别是交通运输问题，最近部队拦车、打车、扣车的事情很多。我们要求从今天起在二十天内禁绝这些事情继续发生，五天内要查明向前委报告。
贾汪会议认真研究贯彻中央军委关于部队整编的指示，这是中国人民解放军正规化建设的一件大事。关于部队整编和统一组织编制的问题，中央在1948年9月政治局会议上就已经考虑了。
会议《通知》指出：“由于我党我军在过去长时期内是处于被敌分割的、游击战争的并且是在农村的环境之下，我们曾经允许各地方党的和军事的领导机关保持着很大的自治权，这一种情况，曾经使得各地方的党组织和军队发挥了他们的自动性和积极性，度过了长期的严重的困难局面，但在同时，也产生了某些无纪律状态和无政府状态，地方主义和游击主义，损害了革命事业。目前的形势，要求我党用最大的努力克服这些无纪律状态和无政府状态，克服地方主义和游击主义，将一切可能和必须集中的权力集中于中央和中央代表机关手里，使战争由游击战争的形式过渡到正规战争的形式。”经过认真研究。军委1948年11月1日发布了《关于统一全军组织及部队番号的规定》。在贾汪会议上粟裕传达中央关于编制的规定说：“中央要求首先在全国范围内统一编制，统一番号。野战军各纵队一律改为军，军下为师，三三制，一直到团，团以上全国统一番号。”华东野战军改称第三野战军，编成四个兵团。粟裕说：“中央军委决定，三万人左右一个军（炮兵团除外），但目前全国统一困难，暂时可以按一个野战军为单位统一编制。我们每个军编九个步兵团，另一个炮兵团，共35000人左右。除编制、番号统一外，内务、装备、纪律等都要统一，一切按制度、条例行事。以后到差要报到，调动工作要办交代，对部队人员、马匹、武器都要弄清楚，多了要交，缺的要发，按一定手续来处理，一切要求高度的集中，提高正规化程度。”
1949年1月22日，陈毅回到华野参加贾汪会议。26日他在会议上传达了中央政治局1月会议精神，并就形势、任务部署、政策等问题作了总结报告。在陈毅、粟裕主持下，华野部队进行整编，对高级干部进行人事调整。在报请军委批准后，华野于2月9日发布整编命令，改称第三野战军。野战军的编制和负责人是：
第三野战军司令员兼政委：陈毅
副司令员兼第二副政委：粟裕
第一副政委：谭震林
参谋长：张震
政治部主任：唐亮
第三野战军下辖4个兵团、15个军，两个纵队，共581000余人。
第7兵团：司令员王建安，政委谭启龙。辖第21、22、23、35军。
21军（原第二纵队）：军长滕海清，政委康志强。
22军（原第三纵队）：军长孙继先，政委丁秋生。
23军（原第四纵队）：军长陶勇，政委卢胜。
35军（原鲁中南纵队与吴化文起义部队合编）：军长吴化文，政委何克希。
第8兵团：司令员陈士榘，政委袁仲贤。辖第24、25、26、34军。
24军（原第六纵队）：军长王必成，政委廖海光。
25军（原第七纵队）：军长成钧，政委黄火星。
26军（原第八纵队）：军长张仁初，政委王一平。
34军（原江淮军区部队与何基沣起义部队合编）：军长何基沣，政委赵启民。
第9兵团：司令员宋时轮，政委郭化若。辖第20、27、30、33军。
20军（原第一纵队）：军长刘飞，政委陈时夫。
27军（原第九纵队）：军长聂凤智，政委刘浩天。
30军（原第十二纵队）：军长谢振华，政委李干辉。
33军（原渤海纵队与张克侠起义部队合编）：军长张克侠，政委韩念龙。
第10兵团：司令员叶飞，政委韦国清。辖第28、29、31、32军和两广纵队。
28军（原第十纵队）：军长朱绍清，政委陈美藻。
29军（原第十一纵队）：军长胡炳云，政委张藩。
31军（原第十三纵队）：军长周志坚，政委陈华堂。
32军（原胶东纵队）：军长谭希林，政委彭林（1949年2月15日改编，两广纵队调出后归10兵团建制）。
两广纵队：司令员曾生，政委雷经天（1949年3月调归第四野战军建制）。
特种兵纵队司令员陈锐霆，政委张凯。
后勤司令员兼政委刘瑞龙。
三野整编过程基本上是顺利的，但也有不少风波，尤其是35军的组建。吴化文部队济南起义后，为了体现政策，基本保持了原部队建制，主官也没动。淮海战役初期一直在后方整训。第三阶段粟裕命令吴化文部南下参战，在宿县集结作预备队，实际上没有参加战斗。淮海战役结束后到曹八集休整，正逢全军整编。上级把鲁中南纵队与吴化文部合编。吴部缩编为三个团，35军每个师里有吴部一个团，鲁中南纵队两个团。但军长仍然让吴化文当。
鲁中南纵队在解放战争初期与吴部是死对头，听说与吴部合编，鲁纵指战员表示强烈反对。说这是“包办婚姻”、“强迫婚姻”。陈毅出面做工作，在贾汪会议总结时说：“华野编16个军，4个兵团。
鲁中、渤海、江淮三个纵队不编，充实三个起义部队。这样合编对起义部队的进步是有帮助的，向他们说清楚我们没有把他们当杂牌看待，也没有当客人看待，而当自家人一样。”鲁纵的人还是不服，后来召开全军干部大会，吴化文痛哭流涕检讨自己历史上的罪恶，矛盾才慢慢缓和下来，完成了整编任务。
老纵队改编主要是编制和人事安排的问题。有的纵队在淮海战役中缴获很多，兵强马壮，舍不得把多余的人枪补充给其他部队。有的对干部任命不满，闹情绪，发牢骚。这时又要陈毅来做工作。陈毅在贾汪会议总结中严厉批评了这些本位主义、个人主义倾向。他谈到干部任命时说：“第一要反对攀比，不要比股票，不要比军龄、党龄，不要比本事。第二不要提不信任案，不要认为党不信任你，认为你受了委屈。第三不要抱小资产阶级立场，怀疑什么个人作用。第四，干部的安排可能是有缺点的，不会百分之百是完满的；但这个名单是正确的，经过反复研究的，是比较妥当，很谨慎的。希望同志们拥护，不准说长道短。”
谈到部队编制，陈毅说：“编制表主要是为了限制人员装备，比较充裕的纵队不能超过。凡是人数超过的纵队。一定要老老实实拿出来补充不足的纵队，不得打埋伏。但是不能拿编制标作为武器向前委要，也不能因为一时没法补充就认为编制表是不必要的。编制表是为了不使部队穷富两极分化，所以我们要反对本位主义和平均主义。我们前委一致同意拨两万俘虏给中野，充实中野，以便在一起并肩作战。两广纵队名义仍然保持到两广，有号召作用。可以归兵团指挥，也可以直接指挥。可以补充一个师打回两广去。”“在编制上不准同志们去比，几十万军队是不能去比的。为了满足这一方面，一定要牺牲另一方面。五个指头不能一般齐，有长有短好做事。有马的就骑，没马的就走路，不能大小事都说理由。”陈老总的话说到这个份上，谁也不能不听。制度一旦定下来，以后的事情就好办了。到1949年3月底，三野整编工作基本完成。与此同时，华东军区也对下属军区和部队作了相应的调整，包括重建山东军区，军区部队统一编为警备部队，配备充实了各军区的领导干部。
淮海战役结束时，平津战役也大局已定。辽沈、淮海、平津战役之后，蒋介石的精锐主力已大部丧失。总兵力只剩下204万人，其中能用于机动作战的兵力有146万人。当时国民党军主力有京沪杭地区的汤恩伯集团、华中地区的白崇禧集团、陕西地区的胡宗南集团和西北的马步芳、马鸿逵等。汤恩伯集团虽然兵力最多，但许多部队都是被我军歼灭后重新组建，或是遭受我军沉重打击后到江南整补的，战斗力不强。长期的战争和国民党政府的腐败使国民党统治区的经济已经陷入总崩溃的局面，物价飞涨，工商凋敝，财政枯竭。军事上的失败和经济形势的恶化，使蒋介石焦头烂额，心力交瘁。不仅国民党内，就是美国人也对蒋介石丧失了信心。淮海战役刚开始的时候，美国军事顾问团的巴大维将军就看透了国民党军失败的原因。他在1948年11月16日致美国政府的报告中说：“自从我到职以来，没有一次战役是因为缺乏弹药或装备而失败的。据我看来，他们的军事崩溃，完全可以归因于世界上最拙劣的领导，以及其他许多足以破坏士气的因素，这些因素引起了战斗意志的完全丧失。”巴大维明确地告诉美国政府：“蒋委员长已经丧失了他在政治上的和他的群众的支持，——无论政府迁到哪里去，共军终究将压倒政府。”鉴于美国的军事援助得不到应有的效果，巴大维建议停止对蒋介石军队的援助并撤回美国顾问团。美国驻华大使司徒雷登也是这个态度。蒋介石发布求和的元旦文告后，曾指派其外交部长吴铁城于1949年1月8日致函美、英、法、苏四国大使，请求他们充当国共和谈的调停者。1月12日美国政府的答复是：“美国政府殊难相信在目前情势下，按中国政府的建议，试图充当调停人，能达到任何有益的效果。
司徒雷登在幕后频繁活动，支持桂系李宗仁、白崇禧取代蒋介石。司徒雷登委托他的私人秘书傅泾波转告行政院长孙科：南京政府的惟一出路是与共产党和谈，而蒋介石的下野又为进行和谈所必需。孙科当面去问司徒雷登：“傅泾波关于蒋介石下野的建议是否出自大使本人的意见？”司徒雷登回答：“作为美国大使，不便干涉中国内政，但就个人来说，确实衷心赞助议和。”得到美国的支持，白崇禧在武汉连续发出议和电报，逼迫蒋介石下野。他甚至威胁蒋介石，如果蒋坚持不下野，桂系军队将退出华中，将长江开放给共军，实现局部和平。这一来蒋介石真坐不住了，如果白崇禧这样干，整个局面将不可收拾。1月19日，蒋介石约见张群、张治中、孙科等人，当众宣布：“我是决定下野的了，现在有两个方案请大家研究：一是请李德邻（宗仁）出来谈和，谈妥了我再下野；一是我现在就下野，一切由李德邻主持。”大家都不表态，实际上都盼望蒋介石下野。蒋介石愤怒地说：“我现在不是被共产党打倒的，而是被国民党人打倒的。”
1949年1月21日，蒋介石发布“引退”文旨。李宗仁以“代总统”身份接替南京政府的权力。下午，蒋介石乘飞机离开南京去杭州，回他的奉化老家。国民党新闻这样报道：“总统今着长袍马褂，临行前对此紫金山之革命都城，颇示恋恋，而送行人员亦多神色黯然。”