英王查理一世于1647年12月在怀特岛与苏格兰长老会派签订密约，国王承认“圣约”，三年内在英国成立长老会派统治；苏格兰长老会派答应以武力帮助英王恢复政权。这时长期国会又被长老会派控制，他们力图同国王妥协。1647年12月中旬，长期国会通过给国王的建议书，其内容为：20年内剥夺国王的军权，20年后经国会同意国王才能掌握军权，国王必须收回反对国会的一切声明，国会有权把开会地点迁到对自己有利的地方，降低上院的地位。查理一世拒绝这个建议书。1648年1月长期国会开会时，围绕同国王谈判问题，长老会派和独立派斗争激烈。长老会派坚持与国王进行谈判，独立派则要求停止谈判。克伦威尔在发言中说，不应该相信国王，因为他是个骗子手，任何谈判都是徒劳无益的。他表示，与国王妥协是不可能的。
他讲完话把手放在剑柄上，以示动武之意。下院以94票多数通过决议，停止与国王来往。不久上院也被迫通过了这一决议。1648年4月初，长期国会通过安全委员会负责国家保卫事务。
这时国内王党势力猖獗，南威尔士潘布洛克要塞司令波伊尔公开树起拥护国王的旗帜。肯特郡和伦敦的王党都发动叛乱。苏格兰长老会派履行同国王的密约，于1648年3月2日建立危险委员会，组建9万军队，并在4月24日向长期国会送交咨文，要求取消独立派及其他一切民作派别，接受圣约，国王回伦敦，被逐下院诉员返回下院，解散军队等。苏格兰人的干涉也鼓动英国北部王党起来叛乱。还有10艘军舰站在王党方面，查理一世之子威尔斯亲王和王侄鲁波特亲王成为叛乱舰队的首领。1648年4月29日在温莎举行军事会议，独立派和平等派一致同意消灭保王党人，审判查理一世。独立派应允战后实行《人民公约》。5月3日，克伦威尔率军离开伦敦。第二次内战爆发！