在遥远的未来，罪恶的黑星和他的军队为了控制地球而发动了战争。以查喀尔博士为首的麦克瑞小组，为了维护正义奋起反击，成了黑星的唯一对手。双方几次交战，黑星屡屡遭到失败。他召集几位忠实干将，一起策划新的阴谋。
佛雷兹博士首先出谋划策：“陛下，威廉·布里杰博士研究的流星动力已经获得成功，它肯定能帮助我们征服地球。”
“谁去拿呢？”黑星问。
“我手下的间谍一定能办到。”独眼龙布莱特上尉接受了任务。
这时候，在瑞典皇家科学院大会上，科学家们正在为布里杰博士荣获这一年诺贝尔物理奖而热烈鼓掌。忽然，后排几个座位上出现了几位行踪可疑的人，虽然他们也在鼓掌，可是眼睛却紧盯着布里杰博士身边的那只公文箱。他们就是布莱特上尉派来的骷髅间谍。会场上他们无法下手，就在去机场的途中，把布里杰博士绑架到了一幢房子的地下室里。
“快把那只文件箱交给我们！”骷髅们喊道。博士看了他们一眼，平静地说：“现在我没有什么好选择的，你们把它拿去吧。”说罢，博士把箱子提了起来。就在骷髅们冲上前来抢的时候，博士按动箱子上的一个红色按钮，“轰隆”一声巨响，箱子里的高效炸弹爆炸了，布里杰博士和他的公文箱，连同黑星的喽啰们都同归于尽了。
布里杰博士的儿子内森得到这个消息，悲痛万分。去年，妈妈因为意外事故离开了人世，如今，爸爸又被害死，只剩下他一个人，今后该怎么办呢？
忽然，一把雨伞遮在了他的头上。内森扭头一看，原来是一位老人。老人说：“我是你爸爸的同事查喀尔博士。你爸爸曾委托我做你的保护人。现在，快跟我走吧。”
这时，从远处传来了一阵怪叫声。“这是什么声音？”内森奇怪地问。“孩子，黑星没能从你爸爸那里拿到他想要的东西，所以派骷髅来抓你了。快走吧！”查喀尔博士催促道。
博士带着内森奋力冲出骷髅的包围圈，来到了麦克瑞基地。内森的机器人“保姆”安迪已经等候在门口：“早上好，内森。今后这里就是我们的新家了。”
查喀尔博士说：“是啊，今后我们就是一家人了。我来介绍一下，这是凯茜，我们的行动总管；这两位是加森和斯科特，出色的战斗机飞行员……”博士的话还没有说完，一个响亮的声音从头上传来：“查喀尔博士，怎么不向内森介绍我呢？”
“咦，这是谁呀？”内森好奇地抬头望去，除去一大片闪烁发光的指示灯以外，什么也没有。
“我来介绍，这是雨果，我们基地的电脑中心。”
突然，基地控制室的红灯一闪一闪，同时传来雨果的声音：“战斗警报。黑星派来大量飞机正向麦克瑞基地飞来。”博士立即发布命令：“麦克瑞小组做好战斗准备。”加森、斯科特、凯茜迅速带上头盔，坐上了各自的驾驶座椅。博士一声令下，三个驾驶座椅进入了三架飞行器里，迎着黑星的飞机高速飞去，一阵炮火，打得骷髅驾驶员哇哇直叫，黑星的进攻被粉碎了。
查喀尔博士告诉大家，今后麦克瑞将以一艘大型飞船为基地，驱动飞船的能量就是布里杰博士研究的成果——流星动力，由电脑中心雨果指挥。飞船起飞了，它不断升高，当高度达到纽约摩天大楼的最高层时，忽然火光一闪，飞船融化在耀眼的亮光里，变成了一束旋转的光线，消失在茫茫天际。
黑星从显示屏中看到了麦克瑞飞船起飞的情况，怒气冲冲地对部下说：“麦克瑞飞船已经发射了，你们说怎么办？”
布莱特上尉说：“陛下，您别着急。我派去的骷髅兵已进入飞船。”显示屏上，一群骷髅兵正在飞船里四处搜索着。
雨果也发现了飞船里的骷髅，他及时将情况报告给查喀尔博士。
“立即干掉他！”博士斩钉截铁地说。没多大功夫，骷髅兵已片甲不留，完全被解决了。
内森加入了麦克瑞小组后，常常思念起去世的爸爸。有一天，他终于梦见了爸爸。爸爸对他说：“我在发明雨果的时候，就将我的脑纹输入它的线路，雨果就是根据我的意志在指挥麦克瑞的。今后，我们可以通过计算机交谈。内森，我有许多东西要教给你，再见了，我的孩子。”内森醒后，把梦中的情况告诉了查喀尔博士。博士相信布里杰的遗传因子，一定会在内森的身上发生作用的，使内森去完成布里杰尚未完成的伟大事业。
就在这时，雨果的声音又传来了：“黑星知道布里杰博士的思维已经灌进内森的潜意识中，因此，黑星将竭尽全力抓获内森。”