不知道是什么年代了，整个世界洪水滔天，土地被淹没了，人畜被淹没了，一切都被浸泡在大水之中。世界上只剩下兄妹两人，他们躲在一个大葫芦里，葫芦口是被蜡封住的。
这个大葫芦在洪水中随波逐流，漂啊，漂啊，不知漂了多少个昼夜，也不知漂过了多少个地方。有一天，洪水终于退了，山头露出来了，树梢露出来了。这个大葫芦被挂在一棵大树丫杈上。老鹰在天空盘旋，它听到大葫芦里传出声音，那是有人在里头啊！于是，老鹰把葫芦抓了起来，把它放在山顶上。这时，耗子从底下钻了出来，它听到葫芦里的声音，知道是有人在里面，就把葫芦口上的封蜡给啃掉了。葫芦里透进了一线光亮，兄妹二人便顺着光亮爬了出来。在这个荒凉的世界上，他们是惟一的两个人了。
这时，一只老金龟来到他们兄妹的面前说：“为了传种接代，你们兄妹必须结成夫妻。”兄妹回答说：“我们是一个父母所生，怎么能够成亲呢。”老金龟说：“人类只有你们两个了，如果你们不成亲，人类就要灭绝了。”
兄妹两人十分为难，哥哥想出了一个主意说：“我俩各在一方烧柱香，问问天公地神，如果香烟升起来绕在一起，我们才能成亲。”结果，香烟一阵阵地升起来，在空中相互缠绕。但是妹妹依然坚持说不能成亲。哥哥又说：“我们两人各在一个山头滚磨，如果两扇磨拢在一起。合起来，我们才能成亲。”
他们又照这样办了，结果两扇磨不偏不歪，正好合拢在一起但是妹妹还是不愿成亲。
妹妹说：“我们再滚一次簸箕，要是两个簸箕面对面地合拢了，才能成亲。”结果，他们两个人的簸箕又真地面对面地合拢了。最后，老金龟说：“你们还有什么说的？马上成亲吧。”妹妹又说道：“没有父母之命，没有媒妁之言，怎么能够成亲？”老金龟说：“现在人烟已经灭绝，到哪里去找人？那棵松树就是你们的父亲，这棵万年青就是你们的母亲，旁边的那棵梅树就是你们的媒人。你们就成亲吧。”兄妹二人再也坚持不下去了，为了传下人种，他们终于结成了夫妻。
过了十二个月，妹妹怀孕了，生了一胎，可惜不成人形，是一个大肉团。这怎么办呢？
妹妹埋怨哥哥，哥哥埋怨老金龟。这时，老金龟又出现了，他笑哈哈地向兄妹二人贺喜，并说：“你们已经传下人种！”说罢，他抽出宝剑，一剑劈下去，把肉团劈开，从那里出来了五十个童男、五十个童女。
那一张包着人种的肉皮还流着血呢，金龟老人顺手用剑一挑，甩到旁边的一棵小树上，从此，这棵小树就开出了红彤彤的马樱花。