清代史学家赵翼说过这样的话：“独至明祖，藉诸功臣以取天下，及天下既定，即尽取天下之人而杀之，其残忍实千古所未有。盖雄猜好杀，本其天性。”赵翼的这种评价虽有过激之处，却指出了朱元璋滥杀的事实。朱元璋做了皇帝后，兴起了几个大案，杀了许多人。
洪武十三年（1380）正月，御史中丞涂节、商嵩告发胡惟庸南通倭寇北接旧元，意 欲谋反。朱元璋命羽林军将胡抓捕，审问得实，磔于市，牵连被杀达3万人。
洪武二十三年（1390），有人告发李善长交通胡惟庸情状，朱元璋又将当时已经77岁的李善长赐死，并诛杀其家。吉安侯陆仲亨、延安侯唐胜宗、靖宁侯叶升因牵连于此案亦被杀。
洪武二十六年（1393）正月，又兴蓝玉案。蓝玉以谋逆罪被杀，连坐被诛杀者达15万人。
胡蓝案使得大明的开国功臣被屠戮殆尽。
朱元璋不仅屠戮功臣，也注意严肃整顿吏治。这与他来自底层，看到元朝因吏治腐败导致灭 亡的教训有关。他在明初实行以猛治国的政策，认为乱世须用重典，法外用刑的情况很严。
洪武十八年（1385），御史余敏等人告发户部侍郎郭桓等人串通舞弊，吞盗官粮。最后追赃粮700万石，郭桓等数百人被处死，各地布政使官员入狱被杀者又有数万人。追赃牵连到全国各地的地主，因此破产者不计其数。
不难发现，朱元璋所处置的大多数都是官吏，而对小民则很信任，甚至亲自接见粮长，被赏识的马上授予官职。这又体现出了朱元璋自身的小农情结。
点评：
朱元璋在位期间的各方各面的制度，或在前代的基础上加以改进，或由自己创立，大部分被明清两代所沿袭继承，奠定了五百多年政治制度的框架，他无疑是中国封建社会后期影响最大的帝王。
对于朱元璋功罪的评价，后人多关注于他妄杀无辜这一点。他每兴一次大狱，所杀之人数以万计，的确十分残暴，不过他所杀之人均为官僚富商，不涉及穷苦百姓，而他颇能关注民生，在兴建工程和发动战争上都十分注意节制，体现了他出身贫农，能知民间疾苦的优势。