李时珍的名气在京城越来越大，朝廷封了个正六品太医院院判给他当。官不算小，也有了权。李时珍利用这点职权，可以出入太医院的药王庙、寿药房和御药库了。
药王庙里保存着一个针灸铜人模型，它是北宋针灸学家、太医王唯一总结了历代针灸医家的实践经验，设计铸造的。
王唯一在模型上面刻出穴位，标注名称，并且写了《新铸铜人腧穴针灸图经》作为文字说明，这就大大方便了针灸的实际操作。
明代又复制了一个针灸铜人，供在药王庙里。李时珍以前就读过《新铸铜人腧穴针灸图经》和《铜人针灸经》，现在有机会通过实际模型仔细辨认人身上的各个穴位的实际位置，他感到莫大的兴奋。
李时珍虽不是针灸医生，但仍旧把每个腧穴、经络的理路都临摹下来，这对他后来撰著《奇经八脉考》等书，打下了坚实的基础。
太医院所属的寿药房和御药库里存放着许多全国各地进贡的药材和从国外进口的药材珍品。
其中如人参、鹿茸、虎骨、宝石、辰砂、珍珠、石燕、石蛇、石蚕、水晶、玛瑙、珊瑚、泰山石蕊、琅牙云母、峨眉天麻、庐山云雾茶等，在这里都能够见到。
当时宫中的各种名贵药材、丸散膏药、宝玉连珠，可以说是琳琅满目。这些药有的生在海南岛之崖，有的长在长白山之麓，有的来自西域敦煌，有的出自异国他邦。
在太医院里，李时珍开阔了眼界，增长了见识。李时珍带着历代药书里发现的问题，认真鉴别，刻苦钻研，为不少问题找到了答案。
比如人参，李时珍虽然读过前人许多医书里的论述，仔细研究过父亲写的《人参传》，但都限于见闻，没有条件将各种不同的实物进行比较，一些关于人参的错误论述也无法纠正。
现在，李时珍看到了来自各地的人参，如高丽紫参、辽东红参、潞州党参及泰山、江淮间产的人参实物。
此外，李时珍还看到了类似人参的荞尼、桔梗等实物，后来，他在重修《本草》时，对人参的叙述特别详尽，并揭露奸商用荞尼、桔梗冒充人参的骗人勾当。
李时珍在《本草》中写道：“伪者皆以沙参、荞尼、桔梗根系造作乱之，沙参体虚无心而味淡，荞尼体虚无心，桔梗体坚而味苦。人参体实有心而味甘，微带苦，自有余味……”
李时珍除了读书和考察药物外，一有空便到京城四郊采访。他用南方人的眼光来研究北方的风土习尚，对于出产在北方的药材，制药和用药的方法，以及民间的单方验方，起居饮食，都很感兴趣。
李时珍把北方农家如何栽种果树、窖藏白菜、培育韭黄等一一记录下来，准备收入他自己编著的《本草》中。
李时珍经过一番思考和准备，写了一道奏折，连同自己整理的笔记，上奏朝廷，建议由朝廷主持重修《本草》。
不料，奏折送上去后，不仅如同在楚王府遇到的情况一样，石沉大海杳无音信，而且还受到太医院的同僚们的种种诬蔑和讽刺。
太医院的医官们大多是世袭的，他们不学无术，掌握太医院的大权，排斥经地方官吏推荐进太医院的医官，李时珍陷入了他事先未曾料及的人际纠纷中。
朝廷不支持不采纳李时珍重修《本草》的建议，但这没有动摇他的决心，他早作了两手准备。
这期间，李时珍非常积极地从事药物研究工作，经常出入于太医院的药房及御药库，认真仔细地比较、鉴别全国各地的药村，搜集了大量的资料。
同时，李时珍还饱览了王府和皇家珍藏的丰富典籍，与此同时他也可能从宫廷中获得了当时有关民间的大量本草相关信息，并看到了许多平时难以见到的药物标本，使他大大开阔了眼界，丰富了知识领域。
谈到这一点，就必须联系到明代宫修的另一部著名本草书籍《本草品汇精要》。该书是明孝宗于弘治十六年八月下诏太医院编修的一部国家药典。
在司设监太监刘文泰的组织下，一个设有总督、提调、总裁、副总裁、篡修、验药等九种职位的修撰班子组成，包括誊录、绘画人员在内共49人。
在经历一年半修订后，药典编纂完成。编撰者按照宋人唐慎微的《证类本草》旧例顺序，把入药之物分为玉石、草、木、果等十部，每部分为上、中、下三品编写，全书共收药物1815种，正文用朱墨两色分写。
正文之前绘有精美的彩色写生图达1358幅，是中国第一部大型彩绘图书。
同时编撰者还舍弃了当时已比较成熟的雕版印刷技术，而由工匠分色缮写文字，宫廷画师负责绘图。
全书完成后，明孝宗还亲自撰写了序言，并仿照《永乐大典》格式装帧成36册，装入楠木盒中保存，是为明代宫廷的正统抄本。
但是，此书完稿后仅两个月，明孝宗却意外“驾崩”，其死因成为天大疑案。
而原书编纂人员中的19人中有12人涉嫌谋害孝宗皇帝，遭到查办，于是这部明代药典《本草品汇精要》一直封藏在宫中内库里。
李时珍是在距此事约五十年左右，开始进入太医院任职的，他不可能对前朝旧事一无所知。
并且此时孝宗后继位的明武宗已逝，明世宗也已出任皇帝三十余年，对故去的疑案未必有多少人关心，所以封藏在宫中的《本草品汇精要》，在不公开的情况下可能也能见到，因此李时珍在太医院工作期间，可能很幸运地看到了此书。
也许正是由于这个原因，让李时珍编著一部能超出此书的新本草专著的愿望更加强烈，而在太医院的工作环境是不可能满足他的想法，实现自己愿望的。
但是，李时珍通过多年埋头苦干，又得到了旁人没有过的在楚王府、太医院奉职的机会，积累了许多宝贵材料，认定自己有能力重修《本草》。
太医院的工作经历，给李时珍的一生带来了重大影响，为他创造《本草纲目》埋下很好的伏笔。
李时珍在博览群书时，发现各种药书互相矛盾，光靠在寿药房、御药库比较实物，还不能解决疑团。
李时珍越来越觉得需要出去，去野外进行实地调查研究，采集标本，像神农尝百草那样亲尝药物，这样重修出的《本草》才有价值，才会流芳百世，造福后人。
因为李时珍淡于功名荣禄，又十分渴望能早日完成自己的计划，所以在太医院任职没有太长时间，他就想回家了。