嘉靖二十四年，在人为的灾祸残酷地折磨广大人民的同时，蕲州又遭遇了一场大的天灾：洪水。
虽然蕲州边年天灾不断，可是这次洪水比以往的水灾都在厉害得多。先是大旱，随后又连续发生特大水灾，江水倒灌入蕲河，滔滔洪水如猛兽般冲决了江堤，江河横流，淹没了方圆几百里的房屋树木，蕲河两岸的千顷良田顿时化作一片汪洋。
山洪暴发吞噬了无数的村庄田园，人民流离失所，衣食无着，到处是一片哭声。
蕲河两岸一片汪洋，无边无际的水面上漂浮着茅草、枯枝、桌椅板凳、死猪、死牛、饿死的人被水泡得胀鼓鼓的，在水中一沉一浮地漂荡着，到处是一片可怕的景象。
好不容易等到大水消退，外出逃荒、讨饭的人陆续返回家园，希望能够在家乡继续生活。
可是由于抛尸荒野的饿殍无人收敛，加上腐烂的残枝败叶，淹死的牲畜在烈日的曝晒下蒸起腥风恶臭，迅速地酿成了传染病，并四处流行开了，病魔开始无情地吞噬着无辜的生命。
灾后可怕的瘟疫大肆流行，许多人相继死亡。双重灾难降临在人民的头上，有病无钱医，尸横遍野而无人掩埋。
官府设立的“惠民局”并不能给予人民任何恩惠。
那个吃粮不管事的惠民药局，还是照着它的样子办事，爱开就开，爱关就关。关门的时候，任凭病人们在门外叫，一概不管。因此，城里城外几个私家医生的担子，也就更重了。
特别是李家的小诊所，由于名气越来越大，来得人更是多，千里之外的病人来求医，都纷纷登的是李氏父子家门。
玄妙观里，从早到晚挤满了病人。李时珍帮着父亲打发了一批又一批，父子俩忙得连吃饭的时间都没有。
李时珍怕父亲过于劳累，总要争着多看几个病人。每天晚上，他还要出去给那些病得不能来的人诊治。
那时候，沿城濠地方，水还没有退尽，进出城都要坐船。下船时，李时珍按照过渡的规矩给摆渡的留下一文钱。
那摆渡早就认识李时珍了，他总是马上把钱拿起来，使劲儿塞还给他，一个劲地埋怨他怎么也给钱啊！
李时珍夜诊归来，摆渡的远远地看见他手里提的那盏白纸灯笼，便马上把船摇过去接他。
招呼了一声后，李时珍坐在船上，静静听着船桨拍水的声音，想起这里街坊人们对他家的情意，想起了自己现在享受的，正是他父亲享受了多年的东西，心里有说不出来的感动。
第二天，李时珍又开始为众人治病，就把什么疲劳都忘记了。
可是，随着瘟疫流行，有些重症病人，连玄妙观的丹药也不管用了，李时珍看到这种惨景，心如刀绞。
李时珍决心父亲李言闻一道，及早对瘟疫病人进行治疗，力求不拖成重症。他们父子全心全意地为人民治病防疫，经过没日没夜地救护，不知把多少濒临死亡的人从死神手中抢了回来。
可是对于重症病人，李时珍还是一筹莫展，看着病人痛苦地死去，李时珍感到心在流血，虽然白天已经累得够呛，他还是夜不成眠了。
于是，李时珍就认真思考瘟疫的症状，然后点上蜡烛，查询医典，希望能找到一些有效地防疫治病方法。
终于，通过对当时流行的瘟疫进行认真地分析，结合具体情况，灵活运用，李时珍发明了一套治疗重症病人的方法。
这样，李时珍帮助父亲救治了许多濒死患者，而且往往都是立见神效，而且不收一文钱，还倒贴出药材，李家比官办的惠民药局还要惠及平民，父子俩因此得到了人们的感激爱戴。
李时珍这种出色的疗法，不久就在蕲州医生间流传开来。有一位和李言闻很要好的医生，跑来向李言闻祝贺说：“我不是因为你有一个好儿子高兴，我是高兴咱们这一行中，又出来一个人才。这孩子胆大心细，将来一定会于出一番大事业来。老兄，恭喜你呀。这都是你培养出来的。”李言闻听了，真是高兴极了。
在高兴的同时，李时珍还是感到了力不从心，因为父亲的诊所天天被病人包围，李言闻从早到晚忙于诊治，弄得精疲力竭。李时珍也天天累得不行，每天一回家躺在床上就睡着了。
可是病人非但不见减少，反而越来越多，而且重症患者也在增加，这该怎么办呢？
看来，现在最重要的是能够抑制住瘟疫的传播蔓延，只有这样，病人才能越来越少，只靠得病以后治疗，是不行的。
李时珍又开始对预防瘟疫进行思考了，他几乎每天晚上都不沾床，实在瞌睡就打个盹，然后天一亮就又出现在诊所。
一天晚上，父亲看完最后一个病人，回到家中，已是半夜时分，李时珍刚好从外地诊治回来看望父亲。
李时珍兴奋地说：“我在瓦硝坝试行了一套驱逐瘟疫的新方法，很奏效。现在瘟疫在蕲州城南的十五个村庄已经制止住了。明早我陪你去看一看！”
李言闻说：“好，要是真能创造出一套办法控制住瘟疫，百姓们就有救了。”
“现在瘟疫这么厉害，可是当官的都不顾人民死活，不闻不问，他们是依靠不住的。作为良医，我们不能这样做，我们要像良相一样，负起济世救人的职责。”
第二天清晨，父子俩各饮了一杯能避瘟疫的松叶酒，便出门察访去了。
他们离开镇子，来到城南的村子，只见村里被洪水冲坏的房屋，已经有人着手修葺，村子中来往行人也多起来，这是大瘟疫流行以来少见的复苏景象。
父子俩随意走进一座四合院，只见院内弥漫着一缕淡淡的烟雾，飘散着一阵阵烟薰的香味。李时珍告诉父亲，村内家家户户每天都要用苍术熏烟。
父亲点头说：“苍术可以除山岚障气，去鬼邪。”
四合院的主人见熟悉的郎中父子进院，忙迎了出来。这是一对老年夫妇，老汉身体强健，鹤发童颜，老婆婆正在往一口大灶添柴火，灶上的大铁锅中放着一副蒸笼，冒着腾腾热气。
老汉见李言闻诧异，忙笑着说：“蒸笼里蒸的不是馍，是按着贵公子的吩咐，将病人的衣服用蒸笼蒸过，这样，一家人都不会传染疾病了。”
李时珍接着告诉父亲说：“这是我琢磨出来的，古书上没有记载过这种方法，我想为什么一人染病，全家都会传染上呢，不外乎病能够传播。”
“通过什么途径传播呢？我以为，一是衣物，二是食物，三是身体。如果能切断这几个途径，瘟疫就传播不起来。”
“于是我就想起来，可以用蒸笼蒸病人衣服，用苍术熏烟避瘟，用兰草烧汤沐浴，将麻子仁、赤小豆置于井水中驱邪，饮松叶酒、淑目酒除瘟病。采用这套办法后，瘟病的传播就逐渐缓慢下来了。”
李言闻听了儿子的话，觉得十分有理，他也认为这种方法非常好，值得推广。
李言闻回去后，把儿子在村子里采取的防治办法在疫区推广，果然瘟疫迅速得到了扑灭，百姓重新安居乐业下来。
李时珍认为，医生给人治病固然重要，但预防疾病更为重要。后来，他在《本草纲目》中，仅“瘟疫”一项，就收集有预防传染病流行的中草药达一百三十种之多，并制定既有煮沸消毒，亦有烟熏避疫，汤浴除瘟，又有内服防病等多种多样的预防措施。
在十六世纪中叶，李时珍能够提出蒸气煮沸消毒的方法，这是一个历史的创举。
当官府在瘟疫面前都束手无策时，李时珍作为一个民间医生却领着百姓扑灭了瘟疫，而且取得了决定性的胜利。李时珍的名声开始在蕲州一带传播开了。
疫情和灾情过后，李时珍也累得像发过了一次瘟疫，但他的心情是愉快的，他看到了一个能济世救民的医生的价值。
在这次灾难中帮助病人的经历，不仅使李时珍接触到了许多疑难病症，促进他认真钻研医术，精益求精，在中医学的理论和实践中都得到了提高，同时坚定了他一心学医，为了广大人民服务的信念，从科举考试中完全解脱出来了。
次年，仿佛上天要为此报答月池翁的厚德，李言闻补贡成为国子监生员，总算圆了一个梦。