洪武三十一年（1398），朱元璋已 71 岁了。这年闰五月十日，这位辛苦了一生的老皇帝离开了人世。他的死揭开了政治斗争的新的一幕。
关于朱元璋之死，《明太祖实录》上是这样记载的：“上崩于西宫，上素少疾，及疾作日，临朝决事，不倦如平时。”《明太祖实录》是通过明成祖两次改修留传下来的。明太祖在临死的时候是否还“不倦如平时”，后人已无法详考。但这段话却给人一种这样的印象，朱元璋似乎是暴死的。明眼人一眼就能够看出来，这实际上是影射朱元璋病况不明，为明成祖以后起兵夺位提供依据。
《明太祖实录》还接着记道，朱元璋在临死前，派宦官召燕王进京。燕王赴京到淮安，朱允炆矫诏命燕王返回北平。“上（明太祖）不之知也。疾亟，问左右曰：‘第四子来未？’言不及他。”这段实际上是告诉人们，明太祖本来想把皇位传给燕王，但是因建文帝“矫诏”将燕王阻了回去，皇位才落到建文帝手里。
这与上段记载一样，也是为明成祖起兵夺位的正当性提供根据。这类记载当然是不可信的。以建文帝那种儒雅的品性，他决不会迫害明太祖，尤其是他还很年轻，很希望他的爷爷能保护他几年。所以可以肯定，那些关于朱元璋未得善终的说法全是不可信的。
至于明太祖临死前召燕王进京的事，有直接的材料能够证明纯系虚构。明成祖夺得皇位后，他让一些文人编写了《奉天靖难记》这本官书，书中有他起兵时致建文帝的上书，其中说到：父皇既病久，如何不令人来报，俾得一见父皇，知何病，用何药，尽人子之礼也？焉有父病而不令子知者，焉有为子而不知父病者？
这是明成祖责怪建文帝的话。这里明明说没有“令人来报”，就不要说他到淮安后又被阻回了。
朱元璋临死前对后事作了很清楚的安排，他留下了遗诏：朕应天命三十有一年，忧危积心，日勤不怠，务有益于民，奈起自寒微，无古人之博知，好善恶恶，不及远矣。今得万物自然之理，其奚哀念之有！皇太孙允炆仁明孝友，天下归心，宜登大位。内外文武臣僚同心辅政，以安吾民。丧祭仪物，毋用金玉。孝陵山川
因其故，毋改作。天下臣民，哭临三日，皆释服，毋妨嫁娶。诸王临国中，毋至京师。诸不在令中者，推此令从事。
这个遗诏内容亦见于万历《明会典》，只有个别字不一样，例如“毋至京师”，《明会典》中作“不必至京师”，语气轻重不一样。不论从遗诏的内容看，还是从语气上来看，这个遗诏都是真实可信的。它清楚表明，明太祖再一次明确地要把皇位传给建文帝，而且不许诸藩王赴京师吊祭。
明太祖死后，其讣告一定会和遗诏一起报闻诸藩王。父皇死了，还不让诸王奔丧，这肯定引起诸王的疑虑。对燕王来说，他现在是明太祖最年长的儿子，不让他进京为父皇送葬，他当然不会甘心，甚至怀疑朝中有人故意作梗，“矫诏”
行事。燕王的 3 个哥哥已死，按伦序当由他继位，现在朝中怎么样，他不会只是满足于在外边观望。更何况父子至情，虽然有遗诏不让奔丧，他如前去，建文帝也不好拒绝。关于燕王是否奔丧一事，诸书记载不一，有的说有，有的说无。对此，朝鲜《李朝实录》中的记载比较可信：军一人自辽东逃来，本国人也，属东宁卫，以辽东役繁逃还。言燕王欲祭太祖高皇帝，率师如京。新皇帝许令单骑人城，燕王乃还。这里说的自然是指燕王奔丧一事。这个朝鲜逃卒不怀偏见，没有忌讳，他说的话自然是比我们国内的记载客观。令人费解的是，这里说燕王“率师如京”，岂不是要公开举兵夺位吗？其实，在朱元璋颁发的《皇明祖训》中明确规定，藩王进京可以带一部分兵马：凡王入朝，其侍卫文武官员，马步旗军，不拘数目。若王恐供给繁重，斟酌从行者昕。因此，燕王带一部分士兵赴京，属于正常行为，算不上冒犯朝廷。既然“祖训”上允许这样做，这时又是非常时刻，为了应付一部分可能出现的不测事件，燕王“率师如京”就是在情理之中。这也从另一个侧面表明，那个朝鲜逃卒的话是可信的。但建文帝刚刚即位，统治没稳定，对燕王仍有猜疑，故不许他“率师如京”，而只许他一人进京奔丧。燕王权衡利弊，便半道返回。其中情形在《建文遗迹》一书中有所揭示：太祖高皇帝崩，遗命燕王不许渡江进香，除朝廷大事，许令藩臣赍表，毋得擅自离国。时诸王子皆赴京奔丧吊，痛泣，惟王中途闻此而止。王大怒，欲令进舟，见江口设兵以守，遂不果。道衍进曰：“大王以至孝渡江，奈何有违治命，反为不孝也？愿殿下养成龙虎之威也，他日风云感会，羽翼高举，则大江只投鞭可断也。今日何得屑屑于此哉！”王深然其意，遂返国。把这段记载和上面的材料结合起来，事情就很
清楚了，燕王闻讣后即以奔丧为由，率师赴京。他看到建文帝已在江口重兵设防，未敢贸然前进。建文帝许他单骑进京，他又怕自投罗网，所以便听从了道衍和尚的话，回头返回北平，以便充分准备，待日后再“羽翼高举”。其它诸王是否都赴京奔丧了，难以详考。但从建文帝准允燕王单骑入城这一点来看，其它诸王也可能被准允单骑进京。虽有明太祖“毋至京师”的遗嘱，但诸王真的要去为他们的父皇送葬，建文帝也不好强行阻止。
有些史书则说，根本没有燕王奔丧这件事。朱彝尊在《曝书亭集，上史馆总裁第四书》中，王鸿绪在《明史稿。史例议下》中，都持此说。他们的主要根据是，当明成祖发动靖难之役后，经 3 年苦战，接着直奔南京，师驻龙潭，燕王望钟山落泪，说：“比为奸恶所祸，不渡此江数年。”以此证明燕王没有赴京奔丧。
如果以此证明燕王未渡此江，还有一些道理，如果据此就说没有燕王奔丧这件事，则失之详考。事实上，燕王的确来奔丧了，因看到江上有防，他又不愿单骑入京，所以就返回了，这自然就“不渡此江数年”了。这条材料见于《太宗实录》卷九，《奉天靖难记》卷四中也有同样记载，应属可信。但在事实上，它与前两段史料所揭示的史实并不矛盾。
三、建文缠位皇太子朱标死了之后，朱元璋经过近半年的踌躇，终于下决心立朱允炆为皇太孙。那时朱允炆才 16 岁。他当时就觉得，那些拥兵在外的叔父对他是个威胁。为此他曾和太常寺卿黄子澄议论过此事，惠帝为皇太孙时，尝坐东角门谓子澄曰：“诸王尊属，拥重兵，多不法，奈何？”对曰：“诸王护卫兵，才足自守。倘有变，临以六师，其谁能支？汉七国非不强，卒底亡灭。大小强弱势不同，而顺逆之理异也。”太孙是其言。听了黄子澄这番话，朱允炆这才安下心来。6 年以后，朱元璋死了，他自然就成了明代的第二任皇帝。从立皇太孙到他继位，一切都显得有条不紊，平静无事，没有任何人提出过异议。慑于朱元璋的威严，也没有人敢提异议。但在平静的地表下面，不知有多少股觊觎皇位的暗流在涌动，时机一到，随时都可能冲出地面，与建文帝展开激烈争夺。
皇位意味着至尊至贵至荣，皇帝被神化为上天派往人间的总代表。也正因这样，任何礼教和宗法规则都不可能杜绝对皇位的觊觎。为了使皇位继承有条不紊，嫡长子继承制便成了一条重要的宗法原则。但它是一把有利有弊的双刃剑，虽然可使皇位继承显得有章可循，但它也会把懦弱甚至昏庸的人推上皇帝的宝座，从
而给全社会带来难以估量的危害。“在争夺皇位问题上，这些皇家子孙并不把什么宗法规定认为不能侵犯，也并不讲究什么夫妇父子兄弟叔侄等亲戚之谊。礼教纲常等仿佛一层易破的轻纱，并未掩盖住因此一问题而激发的绵亘不断的严重冲突。”建文帝就是一个比较文弱仁柔的皇帝。他依照这种继承规则登上了皇位，但他无法驾驭他的叔父，最终无可奈何地被他的叔父所取代。
对于建文帝的文弱，朱元璋好像早有觉察，明代人还为此附会出一些传说。
据说建文帝从小就长了个偏脑袋，朱元璋戏称之为“半边月”。有一次，皇太子朱标和朱允炆都在朱元璋跟前，看到新月当空，朱元璋便让他们各作一首咏新月的诗。朱标的诗是：昨夜严陵失钓钩，何人移上碧云头？虽然未得团圆相，也有清光照九州。
朱允炆的诗是：谁将玉指甲，掐破碧天痕。
影落江湖里，蛟龙不敢吞。
朱允炆的这首诗虽然构思尚可，也称得上晓畅，但气魄显然不足，特别在朱元璋这个创业帝王的眼中，这诗就太显得书生气了。所以“太祖览之不悦，以其口气非吉兆也。”这件事不一定特别真实，有的人认为，这是隐喻后来建文逊国的事，但建文帝比较文弱仁柔则是公认的。
有一次在宫禁中看跑马，朱元璋出了个上联：“风吹马尾千条线”，让朱允炆和燕王对下联。朱允炆对的是；“雨打羊毛一片毽”；燕王对的是：“日照龙鳞万点金”。朱允炆对的也算工稳，但气魄远不及燕王大。有的人对他们二人的联语大加发挥，觉得仅从这两句联语中就可以预卜二人的成败。
朱元璋封了 9 个塞王，其中除燕王外，还有辽王、宁王、谷王、代王、晋王、秦王、庆王、肃王，都靠近边地。朱元璋让他们每年都要训将练兵，塞上有战事，他们就要提兵抵御。朱元璋对这种安排很得意，有一次他就对皇太孙朱允炆说：
“我把防御外敌的事交给诸王，边境上可以保证没事了，让你当一个太平皇帝。”
朱允炆听了后说：“虏不靖，诸王御之；诸王不靖，谁去抵御他们呢？”朱元璋也许还没想到这一层，听朱允炆这么一说，“默然良久”，自己没想出好办法，就反问朱允炆：“你的意思怎么样呢？”朱允炆对此想得比较多，他立刻回答道：
“以德怀之，以礼制之，不可则削其地，又不可则废置其人，又其甚则举兵伐之。”
太祖曰；“是也，无以易此矣。”看来朱元璋也承认，他也没有比这更好的办法了。
这段记载表明，在朱元璋死前，他们祖孙二人就议论过诸王可能犯上的事，但朱元璋一直没有觉悟，只相信自己安排好的那一套礼法。这一套礼法一旦不灵，那就只有采用朱允炆那套办法了。朱允炆也是说对诸王先德、先礼，如果不行，再削、再废、再讨，对此朱元璋确实也无可指责。建文帝即位后，还没看到他对诸王施什么德和礼，就迫不及待地开始削藩了。
建文即位朱元璋临死前留下了遗诏：朕应天命三十有一年，忧危积心，日勤不怠，务有益于民。奈起自寒微，无古人之博知，好善恶恶，不及远矣。今得万物自然之理，其奚哀念之有！皇太孙允炆仁明考友，天下归心，宜登大位。内外文武臣僚同心辅政，以安吾民。丧祭仪物，毋用金玉。孝陵山川因其故，毋改作。
天下臣民，哭临三日，皆释服，毋妨嫁娶。诸王临国中，毋至京师。诸不在令中者，推此令从事。
不论从通诏的内容看，还是从语气上来看，这个遗诏都是真实可信的。它清楚表明，明太祖又一次明确地要把皇位传给建文帝，并不许诸藩王赴京师吊祭。
明太祖死后，其讣告必定和遗诏一起报闻诸藩王。父皇死了，还不让诸王奔丧，这必然引起诸王的疑虑。
对燕王来说，他现在是明太祖最年长的儿子，不让他进京为父皇送葬，他自然不会甘心，甚至怀疑朝中有人故意作梗，“矫诏”行事。燕王的三个哥哥已死，按伦序当由他继位，现在朝中怎么样，他不会仅仅满足于在外边观望。更何况父子至情，即使有遗诏不让奔丧，他如前去，建文帝也不好拒绝。
因此，燕王带一部分士兵赴京，属于正常行为，算不上冒犯朝廷。既然“祖训”上允许这样做，这时又是非常时刻，为了应付一些可能出现的不测事件，燕王“率师如京”正是在情理之中。这也从另一个侧面表明，那个朝鲜逃卒的话是可信的。
但建文帝刚刚即位，统治未稳，对燕王尤存猜疑，故不许他“率师如京”，而只许他一人进京奔丧。燕王权衡利弊，便半道返回。因为燕王看到建文帝已在江口重兵设防，未敢贸然前进。
建文帝许他单骑进京，他又怕自投罗网，因而便听从了道衍和尚的话，回头返回北平，以便充分准备，待日后再“羽翼高举”。
但从建文帝允许燕王单骑入城这一点来看，其它诸王也可能被允许单骑进
京。虽有明太祖“毋至京师”的遗嘱，但诸王真的要去为他们的父皇送葬，建文帝也不便强行阻止。
有些史书则说，根本没有燕王奔丧这件事。主要根据是，当明成祖发动靖难之役后，经三年苦战，后直奔南京，师驻龙潭，燕王望钟山落泪，说：“比为奸恶所祸，不渡此江数年。”以此证明燕王未曾赴京奔丧。
如果以此证明燕王未渡此江，还有一定道理。如果据此就说没有燕王奔丧这件事，则失之详考。实际上，燕王的确来奔丧了，因看到江上有防，他又不愿单骑入京，所以就返回了，这当然就“不渡此江数年”了。
皇太子朱标死了以后，朱元璋经过近半年的踌躇，终于下决心立朱允炆为皇太孙。那时朱允炆才十六岁。他当时就感到，那些拥兵在外的叔父对他是个威胁。
六年以后，朱元璋死了，朱允炆也就成了明代的第二任皇帝。从立皇太孙到他继位，一切都显得有条不紊，平静无事，没有任何人提出过异议。慑于朱元璋的威严，也没人敢提异议。但在平静的地表下面，不知有多少股觊觎皇位的暗流在涌动，时机一到，随时都可以冲出地面，与建文帝展开激烈争夺。
皇位意味着至尊至贵玉荣，皇帝被神化为上天派往人间的总代表。也正因如此，任何礼教和宗法规则都不能杜绝对皇位的觊觎。为了使皇位继承有条不紊，嫡长子继承制便成了一条重要的宗法原则。
但它是一把有利有弊的双刃剑，虽可使皇位继承显得有章可循，但它也会把懦弱甚至昏庸的人推上皇帝的宝座，从而给全社会带来难以估量的危害。“在争夺皇位问题上，这些皇家子孙并不把什么宗法规定认为不可侵犯，也并不讲究什么夫妇父子兄弟叔侄等亲亲之谊，礼教纲常等恍似一层易破的轻纱，并未掩盖住因此一问题而激发的绵亘不断的严重冲突。”建文帝就是一个比较文弱仁柔的皇帝。他按照这种继承规则登上了皇位，但他无法驾驭他的叔父，终于无可奈何地被他的叔父所取代。
朱元璋封了九个塞王，其中除燕王外，还有辽王、宁王、谷王、代王、晋王、秦王、庆王、肃王，都靠近边地。朱元璋要他们每年都要训将练兵，塞上有战事，他们就可以提兵抵御。朱元璋对这种安排很得意，有一次他就对皇太孙朱允炆说：
“我把防御外敌的事交给诸王，边境上可以保证没事了，让你当一个太平皇帝。”
朱允炆听了后说：“虏不靖，诸王御之；诸王不靖，谁去抵御他们呢？”朱元璋
可能也没想到这一层，听朱允炆这么一说，“默然良久”，自己没想出好办法，就反问朱允炆：“你的意思怎么样呢？”朱允炆对此想得比较多，他当即回答道：
“以德怀之，以礼制之，不可则削其地，又不可则废置其人，又其甚则举兵伐之。”
太祖曰：“是也，无以易此矣。”看来朱元璋也承认，他也没有比这再好的办法了。
在朱元璋死前，他们祖孙二人就议论过诸王可能犯上的事，但朱元璋一直没有觉悟，只相信自己安排好的那一套礼法。这一套礼法如果万一不灵，那就只有采用朱允坟那套办法了。朱允炆也是说对诸王先德、先礼，仍然不行，再削、再度、再讨，对此朱元璋确实也无可指责。建文帝即位后，还没看到他对诸王施什么德和礼，就迫不及待地开始削藩了。
建文帝即位开始，就按照齐泰、黄子澄的建议，首先从周王开刀，陆续削夺了数位藩王。对燕王虽未公开削除王号，但也采取了很多防范措施。
建文帝一即位就找黄子澄密议：“先生还记得往日在东角门说过的话吗？”
黄子澄顿首回答：“不敢忘。”黄子澄当然知道是指削藩的事。他原是建文帝的父亲朱标的伴读，关系密切，建文帝一直把他当作自己的心腹。他原任太常寺卿，建文帝即位后又让他兼翰林学士，这就可以更方便地参与密议。
黄子澄领会了建文帝的意图，回来就找兵部尚书齐泰商议。二人都是洪武十八年（1385）进士，相处甚洽。建文帝平时也很器重齐泰，即位后让他和黄子澄“同参国政”。他们二人对建文帝也都尽心辅佐，在削藩问题上也见解一致，因而成为建文帝削藩的得力干将。
根据齐泰的提议，应该先削夺燕王。在齐泰看来，燕王最强，威胁也最大，把最强的削了，其它诸王也就好办了。但黄子澄却持不同意见，他说：“不能这样，周、齐、湘、代、岷诸王，在先帝在时就有很多不法的事，削之有名。今要削藩，应先从周王开始。周王是燕王的同母兄弟，削了周王就等于翦除了燕王的手足。”他们二人商议好以后，第二天就报告了建文帝。于是，建文削藩就先从周王身上开了刀。
周王朱樽是朱元璋的第五子，生于至正二十一年（1361）。他最初被封为吴王，因朱元璋称帝前即称吴王，所以又改封他为周王，洪武十四年（1381）就藩开封。他是个不安本分之人，洪武二十二年（1389）竟擅自离开王府，到了凤阳。
朱元璋听了很生气，准备将他徙往云南，后改变主意，把他留在京师，让他
的长子掌管王府事，两年后才让他归藩。“朱樽时有异谋，长史王翰数谏不纳，佯狂去。”这里的所谓“异谋”，显然是指想夺取皇位的事。周王也是个颇有才干的人，有这种野心并不奇怪。
王翰劝谏他数次，他都不听，致使王翰佯狂而去，可见他的这种“异谋”已有相当表现。建文帝即位后，不是别人，而是他的次子朱有恸告了他的状。
儿子告发父亲，在一般百姓中也很少见，但在明朝历代藩王中，此类事时有所闻。在王位继承上发生了矛盾，他们就相互到朝廷告状。朱有恸告发他的父亲周王“谋逆”，肯定不是出自什么“大义”，而是由继承上的矛盾所致。
朱有恸的告发实在太及时了，这促使建文帝马上接受了齐、黄的建议，首削周王。建文帝命李景隆率兵北上巡边，路过开封，突然将周王府包围，将周王逮系，送往京师。建文帝将周王流放到云南蒙化，周王的几个儿子也都分别被徙往别处。不久，建文帝又将周王及诸于召回，禁锢于京师。
起初，将周王逮系京师后，建文帝还把周王的罪状写成敕书，送给诸藩王议罪，实际上也是对诸藩王的警告。燕王见到敕书后很吃惊，朝廷真的动手了，第一个被削除的竟是和自己最亲近的同母兄弟，下一个目标可能就是自己了。
周王朱樽的被废，开了个先例，即以前人们把诸藩王看得很尊贵，即使有些不法行为，人们也不敢告发。现在好了，落王也可以被废掉，还被关了起来，没什么神圣不可侵犯的了。于是，告发藩王的奏书纷至沓来。一方面的原因是，这些藩王确实多有不法行为；另一方面的原因是，告密之门二开，有些人想借以立功受赏。
接着被废的是湘王朱柏。他是朱元璋的第十二子，就藩荆州，是个颇有文武才能的人物。建文元年（1399）初，有人告发他谋反。建文帝派使臣前往讯问，朱柏很害怕，“无以自明，阖官自焚。”看来他确有觊觎皇位的事。
曲线削藩以杨巍和卓敬为代表。他们也认识到封藩的危害，只是不主张严厉削藩，而是主张采取比较温和的方法，逐渐削弱藩王的势力和影响。例如高巍，他就主张应该像汉代主父偃的办法那样，实行“推恩”。他上书建文帝说：“不削，朝廷纲纪不立；削之，则伤亲亲之恩。贾谊曰：‘欲天下治安，莫若众建诸侯而少其力。’今盍师其意，勿行晁错削夺之谋，而效主父偃推恩之策。在北诸王，子弟分封于南；在南，子弟分封于北。这样则藩王之权，不削而自削矣。臣又愿
益隆亲亲之礼，岁时伏腊使人馈问。贤者下诏褒赏之。骄逸不法者，初犯容之，再犯赦之，三犯不改，则告太庙废处之。”高巍的这个建议比主父偃又前进了一步。主父偃的“推恩策”是在原本封国的土地上，除嫡长子继承外，其他诸子也都要继承一部分，郡王数目越来越多，力量就越来越小。高巍的这个建议还要易地再封，南方的藩王子弟封到北方，北方的藩王子弟要封到南方。这对削弱藩王的势力来说理应是更加有力。建文帝看到高巍的奏书以后，认为他说得很有道理，但是还没来得及实施，燕王朱棣就已经起兵发动叛乱了。
户部侍郎卓敬则主张燕王徙封到南昌，他曾向建文帝秘密上书，说：“燕王智虑绝伦，雄才大略，酷类高帝。北平形胜地，士马精强，金、元所由兴。今宜徙封南昌，万一有变，亦易控制。夫将萌而未动者，机也；量时而可为者，势也。
势非至刚莫能断，机非至明莫能察。”事实上卓敬就是建议建文帝当机立断，将燕王徙封到南昌，既维护了亲亲之谊，又削弱了朱棣的力量。理应说，这在当时是一个切实可行的措施。建文帝看了奏折后，即使也召卓敬前来商议了一番，但不知为什么没有实行。倘若真的实行了这个办法，燕王也不好反对，历史也许就是另外一番局面。
除了这两种削藩意见外，还有些大臣主张睦亲政策，反对削藩。例如御史郁新就上书建文帝说：“诸王，亲则太祖遗体，贵则孝康皇帝手足，尊则陛下叔父，使二帝在天之灵，子孙为天子，而弟与子遭残戮，其心安乎？臣每念及此，未尝不流涕也。此皆竖儒偏见，病藩封太重，疑虑太深，乃至此。夫唇亡齿寒，人人自危。周王既废，湘王自焚，代府被摧，而齐臣又告王反矣。为计者必日，兵不举则祸必加，是朝廷执政激之使然……彼其劝陛下削藩国者，果何心哉？谚曰：
‘亲者割之不断，疏者续之不坚。’殊有理也。陛下不察，不待十年，悔之晚矣。”
郁新的言辞较为激烈，他认为对诸藩王不能削，而是只能恩遇，不然的话，就是在逼他们造反。
持有郁新这种看法的人在朝廷中不乏其众。例如礼部左侍郎董伦，他为人性情耿直敦厚，就曾经多次劝建文帝要“睦亲藩”。杨砥也曾上书建文帝说：“帝尧之德始于亲九族，今宜悖睦诸蕃，无自剪枝叶。”这些建议即使未被建文帝采纳，但这些思想无疑会对本身就意志不坚、性格文弱的朱允炆产生影响，进而影响到他的削藩行动。
朱允炆即位后，顾不上想方法先巩固自己的皇位，就已经迫不及待地削藩了，他对政治斗争的天真和无知由此可见一斑。整天和文人扎堆的建文帝即位后立刻找来黄子澄，秘密地对他说：“先生还记得往日在东角门说过的话吗？”黄子澄顿首回答：“臣不敢忘。”黄子澄当然明白建文帝是指削藩的事情。黄子澄本来是建文帝父亲朱标的伴读，关系很是密切，建文帝一直把黄子澄当作自己的心腹。
黄子澄原来任太常寺卿，建文帝即位后又让他兼任翰林学士，这就能更方便地与他商议机密了。
黄子澄受到建文帝的暗示，回来就找兵部尚书齐泰商议。齐泰和黄子澄都是洪武十八年（1385 年）的进士，两人的关系处得非常融洽。建文帝平时也很器重齐泰，即位以后就让齐泰和黄子澄一起“同参国政”。他们二人对建文帝也都是尽心辅佐，在削藩问题上也是见解相同，所以成为建文帝削藩事业的左膀右臂。
听从齐泰的意见，应该先削夺燕王。齐泰认为，燕王最强，威胁也最大，把最强的削了，其他诸王也就好办了。然而黄子澄却持不同意见，他说：“不能这样，周、齐、湘、代、岷诸王，在先帝时就有诸多违法的事情，削之有名。今要削藩，应先从周王开始。周王是燕王的同母兄弟，削了周王就相当于剪除了燕王的手足。”他们二人商议好以后，第二天就报告了建文帝。因此，建文帝削藩就先从周王身上开刀。
周王是朱元璋的第五子，出生于至正二十一年（1361 年）。他最初被封为吴王，因朱元璋称帝以前即称吴王，因此又改封他为周王，洪武十四年（1381 年）就藩开封。他是个不安分守己的家伙，洪武二十二年（1389 年）竟然擅自离开王府，来到凤阳。朱元璋听到这个消息后十分生气，准备将他徙往云南，后来又改变主意，把他留在京师，让他的长子掌管王府事务，两年后方才让他归藩。《明史》上说，周王时有异谋，长史王翰数谏不纳，假装赖狂而去。这里的所谓“异谋”，显然是指想夺取皇位的事情。其实周王也是颇有才干的人，有这种野心无需惊奇。王翰屡次劝谏，但周王都不听，致使王翰只好假装发疯，一跑了之，显然他的“异谋”已经是有相当的表现了。建文帝即位后，马上就有人告发周王，而告发的人竟然是他的二儿子朱有恸。这件事未见于正史，但在明人沈德符的《万历野获编》中却有记载。文中说：“建文帝即位，（周）王次子有恸告王谋逆。”
儿子告父亲，这在一般老百姓当中也是极少发生的事情，但在明朝历代藩王中，
此类事情却是屡见不鲜。一旦在王位继承上发生矛盾，这些藩王的儿子们便竟相到朝廷告状。朱有恸告发他的父亲周王谋逆，并非出于什么“大义”，而是由于王位继承上发生了矛盾才导致的。
朱有恸的告发着实是太及时了，这促使建文帝立马就接受了齐泰、黄子澄的建议，首先从周王下手，进行削藩。建文帝命曹国公李景隆率兵借口北上巡边，路过开封的时候，突然将周王府包围，逮捕了周王，押送京师。建文帝将周王流放到云南蒙化，周王的几个儿子也都分别被徙往别处。没过多久，建文帝又将周王及诸子召回，禁锢于京师。
起初，将周王逮捕到南京后，建文帝还把周王的罪状写成了敕书，送交诸藩王议罪，实际上也是对诸藩王的警告。燕王见到敕书十分吃惊，没想到朝廷这么快就动手了。而且第一个被削除的竟是和自己最亲近的同母兄弟，下一个目标大概就是自己了。周王的罪状言之凿凿，燕王朱棣也不便公开反对，只能写封奏书为周王求情：“若周王所为，刑（形）迹暖昧，曲垂宽贷，以全骨肉之恩。如其迹显著，祖训且在，臣何敢他议？臣之愚诚，惟望陛下体祖宗之心，廓日月之明，施天地之德。”由此可知，燕王的这封上书言辞还算恳切的。他并未说周王无罪，只是要建文帝“曲垂宽贷”，如罪证确凿，就按“祖训”处置，语气柔中带刚，建文帝因此也无可挑剔。据《明太宗实录》记载，建文帝看完燕王朱棣的奏书后，“观之戚然”，并将其拿给齐泰、黄子澄二人看，显得犹豫不决。齐、黄二人见建文帝有动摇削藩决心的倾向，赶忙劝说建文帝，既然已经开始了削藩，就万万不可中途而废，否则中央和皇帝的权威尽丧，其后果比不削藩还要坏。正所谓开弓没有回头箭，建文帝经过一番晓以利害的劝说，这才坚定了继续削藩的决心。
周王被废，开了削藩的先例。以前人们把藩王看得十分尊贵，即使是有些不法行为，人们也不敢告发。而现在，藩王也可以被废掉，而且还被关了起来，就没有什么神圣不可侵犯的了。因而，告发藩王的奏书纷至沓来。一方面是因为这些藩王确实是多有不法行为；另一方面也是告密之风一旦开启，有些人自然想借此机会立功受赏。
接着被废掉的是湘王。他是朱元璋的第十二子，就藩荆州，也是个有文有武的人物。建文元年（1399 年）初，有人告发他谋反，建文帝就派使臣前往查询。
湘王很害怕，想来想去，觉得没办法跟使臣说明自己的情况，为自己洗刷谋反的嫌疑，于是干脆一把大火，把王府烧了个干净，自己也自焚而死。
齐王是朱元璋的第七子，就藩在青州。他是个骄横强悍的武夫，性情暴燥，多有不法行为。有人告发他谋叛，被召至京师，削除王爵，废为庶人，和周王关在一起。
和齐王几乎同时被废的还有代王朱桂。他是朱元璋的第十三子，就藩大同。
朱桂也是个性情残暴的人，经人告发后，也被废为庶人。
建文元年六月，岷王楩也被废除。他是朱元璋的第十八子，就藩岷州（今甘肃岷县）。西平侯沐晟上书建文帝，揭发岷王很多不法行为。于是建文帝将岷王废为庶人，遣送漳州。
建文帝即位后一年之内，就接连废除了 5 个藩王，似乎有一点气魄，岂不知他恰好犯了一个致命性的错误。由于诸藩王中最强的是燕王，他所要对付的主要目标也是燕王，但却把有限的时间浪费在几个并不重要的藩王身上，而对燕王没有采取什么行动，给了燕王朱棣充足的时间来准备对抗朝廷。单从建文帝削藩轻重颠倒、主次不分来看，就足以说明他为人气魄不足，策略失当，对政治斗争缺少经验和手段，一再错失了削除燕王这个最大威胁的有利时机。
建文帝五月即位，八月就废黜了周王，次年四月开始，又一连废削了 4 个藩王。这期间要说对燕王毫无提防，那也是不真实的。虽说没有采取公开的手段将燕王废黜，但对朱棣暗中采取了一些防范的措施。
当燕王为周王说情的奏书送来以后，建文帝“观之戚然”，本想就此罢手。
他还把燕王的奏书拿给齐泰、黄子澄二人看，认为事情该到此为止了。齐泰、黄子澄二人回去秘密商议后，认为建文帝有妇人之仁，削藩的事情绝不能半途而废。
第二天，他们二人就又劝说建文帝，认为燕王是最需要考虑对付的。假若现在不乘机图之，将来必定后悔不及。然而建文帝犹豫不决，只是派人到燕王府去侦察，结果却是一无所获，没有抓住燕王有罪的把柄。燕王虽然时刻都在觊觎皇位，然而在周王被废黜以后，更加紧了准备，只是燕王为人小心谨慎，不像他的几个哥哥弟弟那么张扬，工作做得比较隐蔽，让人看不出破绽来。不过燕王在紧锣密鼓地准备武装夺取皇位，要做到一点风声不漏恐怕也是不可能的。但是历史上到底是否有人发现了燕王起兵造反的蛛丝马迹呢？由于没有史料依据，也不好作出定
论。《明太宗实录》上记载说齐泰、黄子澄二人主张就以燕王的奏书为由，强行说朱棣与周王是同谋，以此将燕王废掉。说白了就是有谋反的证据要废掉燕王，没有谋反的证据也要捏造证据废掉燕王。然而这个证据却也不是那么好捏造的，因而在没有想好理由之前，建文帝和他的这两个心腹大臣也只好消极被动地对燕王采取一些防范措施。
齐泰建议，北边的元朝残余势力近来有南下的迹象，而且接到了这样的边报，应该以防边为名，调发军队驻守开平（今内蒙古多伦县）。开平是元朝的上都，元朝皇帝以前还经常要到开平住上一段时间，是个军事要地。齐泰是兵部尚书，恰好可以名正言顺地调发一支可靠的军队到那里驻守，这样既可以抵御蒙古人的侵扰，又可以牵制燕王。由于北边有敌情，建文帝就按照齐泰的建议，将燕王护卫中的精锐全体调出，到开平驻扎，其目的显然是要削弱燕王的实力。此外，建文帝还命谢贵为北平都指挥使，掌管北平军事；命张昺为北平布政使，掌管行政。
他们对建文帝都很忠心，事实上就是让他们把北平监控起来。此外，他们还担负有秘密侦察燕王府动静的使命。
4 个月以后，依照齐泰、黄子澄的建议，建文帝又作了一番更加周密的部署。
建文元年（1399 年）三月，建文帝命都督宋忠调沿边各卫马步军兵 3 万人驻守开平，燕王部下的护卫精锐全部转到宋忠麾下。燕王部下，有一支由观童指挥的蒙古骑兵，十分勇敢善战。建文帝便将观童等人调入南京，其所属骑兵转归宋忠指挥。此外，又调属于北平的永清左卫官军驻守彰德，永清右卫官军驻守顺德，并命都督徐凯练兵临清，都督耿炳文练兵山海关。如此一来，一些将领率大军驻守在北平周围，张昺和谢贵在北平城内控制燕王，而燕王部下的精锐又大多被抽调，这种部署不能说不严密了。在建文帝看来，即使将来燕王举兵反叛，忠于自己的军队依然可以将其一举擒获。只可惜建文帝机关算尽，还是棋差数招。首先虽然他派去监视燕王的将领忠于自己，但论谋略和军事才能却远非燕王朱棣的对手，建文帝高估了自己的实力；其二，燕王虽然被抽调走了精锐部队，但很多部队的将领是朱棣一手训练提拔起来的，这些人不一定会忠于建文帝。虽然暂时不隶属朱棣指挥，但难保这些人不在战场上反叛。而且燕王虽然手上士兵不多，但核心圈子的人物并没有被拆散，像张玉、朱能、姚广孝这些关键人物都还在燕王身边，凝聚力强，指挥协调方便。建文帝以为削了燕王的兵权就可以高枕无忧了，
却不知自己又犯了低估对手实力的错误，而这个错误毫无疑问将是致命的。
对于明成祖来说，周王被废削如同个信号，下一个也就可能轮到他了。但对于公开起兵夺位这件事，一开始他还十分犹豫。随着其它几个藩王被削和朝廷针对他所采取的一些措施，他感到形势越来越急迫。他身边的一些谋士也利用一切机会对他进行鼓动，从而促使他下决心起兵。
金忠是袁珙的密友，精通《易经》，善于于筮。他曾在北平以占卜为生，多奇中，北平城里的人都称他为神人。姚广孝在燕王面前不断称赞金忠的卜术。燕王此时正盘算着起兵的事，就以生病为名，召金忠前去占卜。结果，燕王得到一个“铸印乘轩”的卦。金忠借以发挥道：“此象贵不可言。”事实上就是说，燕王有天子之象。此后，金忠就经常出入燕王府中，并以占卜劝燕王举兵起事。再后来，金忠就成了燕王的心腹。燕王即皇位后，金忠官至兵部尚书。
当时还有一个颠士，不晓得是何处人，也不知道他叫什么名字，行为疯疯癫癫，说的话十分荒诞不经，但他说的事却常常应验。燕王让人把他召来，他净说一些隐语，暗含有鼓动燕王起兵成大事的意思。有一天，张玉的儿子张辅坐在那里，背上有些灰尘，颠士就拍着张辅的背说：“这里这么大的灰尘，还不起吗？”
事实上是说给张玉听的，即还不赶快帮助燕王起兵吗？张玉是燕王手下的第一员大将，倍受信任。他这是在鼓动张玉，让张玉去鼓动燕王。
有一天，颠士突然求见燕王，说城西有一块风水宝地，十分贵，并问燕王：
“殿下有需要埋葬的人吗？”燕王认为这是不吉利的话，十分生气地说：“没有。”
颠士又说：“殿下的乳母在何处呢？”燕王说；“早死了，埋葬在乱草丛中了”。
颠士说：“赶快把你的乳母改葬在那里，以后肯定有征验。”燕王还真的听信了他的话，将他的乳母冯氏改葬在颠士所说的那个地方，即后来所说的“圣夫人墓”。
严燕王即位后，追封他的乳母冯氏为“保圣贞顺夫人”，“圣夫人墓”也就由此而来。据《明实录》记载，燕王在即位当年的十一月间，便派郑和赴北平祭奠他的冯乳母。像明成祖这样一个雄才大略的帝王，居然还让一些方士为他占卜，这在今天看来似乎十分可笑。但应该承认，古代的人们大都有迷信心理，即使一些大人物也难以摆脱。卜筮是一种文化现象，也是一种历史现象。它是历史的产物，也反过来影响过历史。特别是对一些处于历史关键位置上的人物来说，占卜往往能产生很大的作用，有时这种作用甚至可以是决定性的。像公开起兵夺取皇位这
种事，在封建时代实属大逆不道，不要说不一定会成功，即使成功了，也会遭到当时人和后世人的唾骂，因此燕王曾一度犹豫不决。正是在姚广孝等人的劝说下，当然也包括着占卜，燕王才下定了起兵的决心。
有一次，姚广孝秘密地劝燕王发兵。燕王说：“民心向着建文，怎么办呢？”
姚广孝巧妙地回答道：“我只知道天意，谈什么民心呢！”虽然姚广孝这么说，然而对于人心向背这件事，燕王自然要考虑。这也正是他一度犹豫的一个原因。因此我们有必要看一看，建文帝究竟是一个怎么样的皇帝。
公平而言，建文帝并不算坏皇帝。他生于皇宫，自幼与诗书为伴，身边大都是文墨之士，所接受的都是儒家以仁义治国的那一套学说。他即位后，对朱元璋的那一套做法有很多变更，总的倾向是实行“宽仁”政治，重用文臣，优容知识分子。朱元璋是以“严猛”治国，士大夫整天怀着惴惴不安的心情过日子，在霜锋雪剑之后，建文时期等同于阳春煦日。当时推行的所谓“建文新政”，除少数不合时宜难以实行外，大多数还是十分得民心的。
建文帝改变订制一些律例。《大明律》是参照《唐律》制订的，建文帝与《唐律》仔细对照了一下，发现《大明律》加重了刑罚。他警告三法司官员，刑罚宜宽，务崇礼教。对那些罪证不足的或可以原谅的囚犯，可以赦免。因此，洪武时期的一些冤案、错案得到纠正，一些流放的官员被赦还，许多被杀的功臣子弟受到录用。据刑部统计，建文年间的囚犯要比洪武时减少 2/3.
建文帝对官制进行了一系列的改革，文官的地位得到一定程度的提升。朱元璋废丞相后，权归六部，而六部尚书都是二品，建文帝提升六部尚书为正一品，从而改变了六部尚书低于五军都督府长官的情况。朱元璋经常摧辱大臣，时而当场对大臣廷杖，建文时则从未有过这类情况。建文帝还合并了一些州县，裁减了一些冗员。
在经济上，建文帝采取了一些宽松的政策。他下令“蠲逋租”，即免除农民拖欠的租税。老百姓因为灾害变卖子为奴者，建文帝命地方官府为他们赎身。他还限制僧道寺观占田的数量，余田分予平民。洪武年间江浙一带的田赋特重，建文帝下令酌量减轻。以前江浙一带的人不能当户部的官，建文时也改变了这种规定。
建文帝在作风上根本不像朱元璋那样独裁。他虚心纳谏，下诏要臣下直言。
有一次，他上朝晚了，让大臣们等了他很久。监察御史尹昌隆上疏进谏，说得颇不客气：“高皇帝鸡鸣而起，昧爽而朝，未日出而临百官，故能庶绩咸熙，天下义安。陛下嗣守大业，宜追绳祖武，忧勤万几。今乃即于晏安，日上数刻，犹未临朝。群臣宿卫，疲于侍候，旷职废业，上下懈弛。播之天下，传之四裔，非社稷福也。”建文帝继位时刚 21 岁，上朝晚的事时而有之。尹昌隆说的话如此尖锐，然而他不仅没有发怒，反而赞扬尹昌隆“切直”，并让礼部宣示天下，让全国都知道自己的过错。一个年轻的皇帝，能做到这一步，应该说是较困难的。
建文帝即位不久，就派暴昭、夏原吉等 24 名大臣分头巡视天下，了解百姓疾苦，免除不急之务，有什么弊政及时革除。
然而，建文改制带有复古的色彩。他按照《周礼》的记载，对六部官职名称进行了纷繁的改变，一些沿用了上千年的官名，他却改用《周礼》上的官名。一些机构的设置，也作了一些无谓的改变。最令人难解的是，他按照方孝孺的建议，竟然要恢复西周时的井田制。这种做法当时就遭到一些人的反对，翰林修撰王叔英说得最实际。他在致方孝孺的信中说：“天下之事，固有行千古而亦可行于今者，如夏时、周冕之类是也；亦有行于古而难行于今者，如井田、封建之类是也。
可行者行之，则人之从之也易，难行者行之，则人之从之也难。从之易，则民乐其利；从之难，则民受其患”。由于许多人的反对，井田制没能得到实行，也确实无法实行。但官制的纷杂已叫人目不暇接了。这些变更都无济于实事，反而给燕王起兵提供了借口。由于建文在变更“祖制”，燕王正可以以维护“祖制”的名义起兵反对他。
建文元年（1399）六月，燕山护卫的一个小官百户密奏建文帝，揭发燕王部下的两个官校，一个叫于谅，一个叫周铎，他们为燕王招募勇士，有不轨企图。
建文帝命将二人逮系京师，经过讯问，从他们口中知道一些燕王的阴事，掌握了一些燕王违抗朝廷的罪证。建文帝下令将二人一起杀掉。这时，建文帝似乎已意识到，燕王将要谋反。于是，他又拿这事询问徐增寿。徐增寿答曰：“先帝（指朱标，他被尊为兴宗孝康皇帝）和燕王是亲兄弟，富贵已极，怎么还会谋反呢！”
建文帝将信将疑，虽未明确下令将燕王废削，但还是颁诏训责了燕王一通。
“殷鉴不远，就在夏世之后。”周王等 5 个藩王都已陆续被削夺，有的被废为庶人，有的被禁锢，有的自焚而死，他们的罪行还被布告全国。这都是燕王亲
眼看到了的。现在建文帝亲自降诏训斥，显然是个不祥之兆，这已经不只是怀疑的问题了，简直就要问罪了。要公然举兵反抗朝廷吧，他还没有作好充分的准备，并且城内城外都有建文帝布置好的兵马，骤然起兵凶多吉少。燕王感到十分恐慌，于是顿生一计，以装疯来迷惑朝廷。
从前驰奔逐北、体格健壮的燕王，这时突然变成了另一副模样。他在大街上乱跑，大喊大叫，语无伦次，荒诞不经，有时躺在地上，半天不醒，乃至整天昏睡。燕王得了疯病的消息很快传布开来。北平布政使张昺和都指挥使谢贵来王府探望，也想借机看一看燕王是否真有疾病。这时是旧历六月，正值盛夏，一般人都感到酷热难耐，但燕王还围着火炉子烤火，嘴里还不断念叨：“真冷啊！真冷啊！”燕王看到张易和谢贵进来了：勉强撑着身子，扶着拐杖在屋里走了几步。
张昺和谢贵都是平庸之辈，见到燕王这个样子，他们还真的相信燕王得了疯病。
他们把这情况告知朝廷，建文帝也有些信以为真了。
但这事未能瞒过燕府长史葛诚的眼睛，他秘密地对张昺和谢贵说：“燕王根本没有病，二公千万不要懈怠。”他还说，燕王即将举兵谋反，并把这事密疏报告了建文帝。
这时，正好燕王派他的护卫百户邓庸赴京奏事，建文帝采纳了齐泰的建议，下令将邓庸抓了起来，进行讯问。邓庸把燕王要举兵谋反的事都一五一十地说了出来。这时候建文帝才真切感到，燕王真的要谋反了。所以发出密诏，派人往北平逮治燕府官属，并密令张爵、谢贵逮系燕王。
建文帝还给北平都指挥佥事张信发了一道密令，要他用尽办法把燕王抓起来。张信接到这个命令很发愁，不知道该怎么办。他母亲看他坐卧不宁，就问他有什么心事，他就把建文帝给他密诏的事说了出来。他母亲十分吃惊地说：“这事决不能干。我常听人说，燕王应当拥有天下。当有天下的人是害不死的，燕王不是你所能擒拿得了的。”听了母亲这番话，张信更加愁眉不展，犹豫不绝。敕使来催问他，问他到底什么时候下手，张信没好气地说；“为什么如此逼我呢！”
因此他就前往燕王府求见。他连去两次，燕王都以有病为由，拒绝接见。第三次，张信乘着一般妇女坐的车，直接到燕府门前，坚执求见，说有万分火急的密事相告，燕王这才让他进去。然而燕王还是装着重病在身，躺在床上，眼皮半睁半闭，假装不能说话。张信到床前拜见，诚恳地对燕王说：“殿下不要这样了，有什么
心事，请你告诉我。”燕王说：“我确实有病，不是假装。”张信说：“殿下还不告诉我实情呢！皇上下诏要捉拿殿下了，如无他意，就俯首就擒，若有他意，就不要再瞒我了。”燕王听了这话，便立马从床上坐了起来，向张信施礼道：“救我一家人的是你啊！”这确切的情报使燕王终于下定了决心，必须立马举事。
燕王立即把姚广孝召来，密商举兵的事。这时正好来了一阵暴风雨，屋檐上的瓦落下数块。燕王以为这是不祥之兆，心里十分烦躁，脸上一片愁容。姚广孝却解释道，这是吉祥之兆。燕王听了呻斥道：“你这个狂妄的和尚，哪来的吉兆呢！”姚广孝却不慌不忙地说：“殿下没听说过吗，‘飞龙在天，从以风雨。’屋瓦坠地，这是上天示意，要殿下换住黄屋了。”事实上是说燕王是真龙天子，一说举兵起事，上天立即就以风雨相从。旧瓦坠地，换住黄屋，也就是说很快要当皇帝了。燕王听了姚广孝这一番解释，刹时转忧为喜。一个好的谋士，不仅要帮主帅出主意，想办法，更要能够随时随地帮主帅树立信心。古人迷信心理重，本来是件平常小事，他们就会误以为是吉兆或是凶兆。同样一件事，有的可以解释为吉，有的也可以解释为凶。如此看来姚广孝是个很称职的谋士，本来通常认为是凶的征兆，他却解释为吉兆，并且说得有根有据。在那紧急关头，经姚广孝这番鼓励，燕王便决定马上起兵。至此，中国历史上一场长达 3 年之久的战争便拉开了序幕。