秋瑾之所以被害，其根本原因在于她要以武装革命的手段推翻清王朝。1906年的春夏之交，她在浙江浔溪女学教学两个月，当年冬又在上海筹办《中国女报》。此后，她就全力以赴从事武装起义的组织策划。秋瑾和徐锡麟曾经一道制定了浙、皖两省武装起义的计划。他们计划，由秋瑾在绍兴组织浙江起义，徐锡麟在安庆发动安徽起义。一旦起义发动，此起彼应，互相配合。安徽的起义军“上趋武汉，下趋江宁”；浙江的起义军则“攻上海而逼苏常”，一举而可下东南半壁。“然后简搜精锐，北窥幽燕，天下事可传檄而定”。根据这个计划，秋瑾回到绍兴，出任了大通师范学堂校董。大通学堂原为徐锡麟为培养革命骨干所创办，学生多为浙东会党所选派的富于革命精神的青年。以进行军事体操为名，曾取得官府的批准，购进了一批步枪和子弹。该校素重军事体育训练，秋瑾主持该校以后，又增设了体育专修科，并联络浙东会党，选送了百十名擅长武术的青年入学。秋瑾就利用这个公开的身分进行武装起义的筹划工作，这所学校实际上也是一个武装起义的据点。
秋瑾曾到金华、处州等地和会党首领共商革命大计。她来往于浙、沪、皖、鄂、湘等地，运动军学各界，筹措经费。曾到杭州勘察地形，绘制地图。她把浙江各地会党和光复会等反清革命力量统一编为光复军，并且起草了《光复军起义檄》和《普告同胞檄》。1907年的农历五月，她已布置就绪，并到上海和徐锡麟约定了起义事宜。不料，风云突变。因为起义日期的变更，局部起义军的过早暴露以至整个起义军处于不利境地。徐锡麟急切之间，乃于农历五月二十六日乘机起义，刺杀了安徽巡抚恩铭，以致清廷震动。起义失败，徐锡麟当天被害，浙江方面的处境更加不利。五月二十九日，秋瑾已经获悉安庆起义失败的消息，却又没有采纳及早起义的建议，而坚持六月十日起义的计划。六月三日已确知清军从杭州出动的消息，四日上午，她又拒绝了王金发关于暂时隐蔽的建议。她赶紧销毁了革命文件，并在给徐小淑的信中写下了“虽死犹生，牺牲尽我责任；即此永别，风潮取彼头颅”这样的绝命词。当天下午她被捕。之后，绍兴府和山阴、会稽两县对她严刑审问，但她始终只有“革命党的事不必多问”，“要杀便杀”等几句话，咬牙闭目，坚贞不屈。六月六日，即公历七月十五日凌晨，秋瑾就义于绍兴古轩亭口。
一场即将爆发的浙、皖起义，遂成千古遗恨。在秋瑾之前的中国旧民主主义革命史上，没有女子为革命而流血牺牲的，更没有独当一面组织武装起义的。秋瑾的一生，以一女性出任革命党的一省的党魁，独当一面组织一个省的起义，以及为革命而从容就义等等，都是中国革命史上的创举。秋瑾就义之后，浙、沪等地社会各界、报纸，纷纷起而谴责清朝地方政府，同情秋瑾。她就义的当年就出版了《秋瑾诗词》、《秋女侠冤狱汇案》、《秋雨秋风》等纪念性书刊。《小说林》等杂志上发表了烈士的诗词，以及悼念烈士的回忆录和剧作。此后，又建立了纪念烈士的组织“秋社”，烈士遗骨也被安葬在西湖之畔。迫于舆论的压力，清朝政府不得不把绍兴知府贵福和浙江巡抚张曾扬调离浙江。辛亥革命之后，在绍兴则更有烈士纪念碑、风雨亭的建立，在上海则建立了“竞雄女学”，长沙也建立了秋女侠祠堂。几十年来，亿万人民一直纪念着她的英名，缅怀着她的业绩。
生为人杰，死亦鬼雄，豪气荡天地。身为中国近代史上最香最美的耐寒枝，秋瑾是足以当此赞话的。在国家民族面临生死危亡的时刻，巾帼不让秀媚的一代女侠，抛家别子，女扮男装，东渡日本，去追求另样的人生，去寻求民族振兴的方法，并最终走上了一条不归路。把“最有豪气的女人”这样的称为献给这位女英雄的确是名至实归。