制药有着悠久的历史。古埃及人就会用罂粟制取鸦片，我国古代也使用草药制备药酒与浸膏。随着化学科学的进步，人们逐渐把天然药物中的有效成分提取分离出来，如从麻黄草中得到麻黄素，从金鸡纳树皮中得到了奎宁，从鸦片中得到了吗啡。当然至今有很多药物仍然是从动植物中提取得到，如从黄连中提取黄连素，从茶叶中提取咖啡因，从槐花米中提取芦丁等。
然而，天然药物总是受自然条件限制的，有些化合物在动植物体内含量很少，提取分离工作很繁重，因而成本很高。为了得到纯净、廉价和品种多样的药物，人们开始合成药物。一种方法是从一种易得到的天然化合物开始，经过一些化学变化，制备另一种药物，这种方法叫做半合成。另一种方法是从乙炔、乙醇、苯这些简单的化合物开始，经过一系列化学反应，合成复杂的药物，叫做全合成。当人们对药物的分子结构及合成方法了解得越来越多，逐渐掌握了药物分子结构与功能的关系之后，就会合成更多自然界本来没有的新药。这些药物，将帮助人们与疾病作斗争，为患者减轻痛苦，延长寿命。